Ec-00_000570.1 (mRNA) Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR

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Overview


Name	Ec-00_000570.1
Unique Name	Ec-00_000570.1
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
Sequence length	75

Homology

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BLAST of Ec-00_000570.1 vs. uniprot
Match: A0A6H5L229_9PHAE (Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 TaxID=867726 RepID=A0A6H5L229_9PHAE)

HSP 1 Score: 115 bits (287), Expect = 3.870e-28
Identity = 66/137 (48.18%), Postives = 69/137 (50.36%), Query Frame = 1

Query:    1 MRDFLHLTKQEYDDVHLGHTLASAGHIK-------------------------------------------------------------------DLCGGRVQDLDILRLEWSGFLLDNLNESRVHHQCFGEDNHNS 210
            MRDFLHLTKQEYDD HLGHTLAS+GHIK                                                                   DLCGGRVQDLDILRLEWSGFLLDNLNESR+HHQCFGEDNH+S
Sbjct: 1387 MRDFLHLTKQEYDDDHLGHTLASSGHIKVSEASEFFSPMVVQYDQRQMQWQDRLDAHNGVVVSDLGRFIPPTDAVRAADVLRRRQQQQPQGVILQDLCGGRVQDLDILRLEWSGFLLDNLNESRIHHQCFGEDNHSS 1523

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Ec-00_000570.1 vs. uniprot

BLAST of Ec-00_000570.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A6H5L229_9PHAE	3.870e-28	48.18	Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCA...	[more]

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
chr_00	contig	chr_00:776286..788339 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90	2022-09-19
OGS1.0 of Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	2016-10-08

Properties


Property Name	Value
Length	225
Hectar predicted targeting category	other localisation
Gene id	Ec-00_000570.1

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000570	Ec-00_000570	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	gene	chr_00 776286..788339 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000570.1.1	Ec-00_000570.1.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 776286..776312 +
Ec-00_000570.1.2	Ec-00_000570.1.2	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 776894..776950 +
Ec-00_000570.1.3	Ec-00_000570.1.3	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 779463..779587 +
Ec-00_000570.1.4	Ec-00_000570.1.4	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 788324..788339 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000570.1	CDS:Ec-00_000570.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	CDS	chr_00 776286..776312 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000570.1	Ec-00_000570.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	polypeptide	chr_00 776286..788339 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence
mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at chr_00:776286..788339+
coding sequence from alignment at chr_00:776286..788339+

mRNA sequence

>Ec-00_000570.1 ID=Ec-00_000570.1|Name=Ec-00_000570.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=75bp
MRDFLHLTKQEYDDVHLGHTLASAGHIKDLCGGRVQDLDILRLEWSGFLL
DNLNESRVHHQCFGEDNHNSPRGY*

spliced messenger RNA

>Ec-00_000570.1 ID=Ec-00_000570.1|Name=Ec-00_000570.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=225bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:776286..788339+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGCGGGATTTCCTGCACCTCACCAAGCAAGAGTACGACGACGTCCATCT
GGGCCACACCCTCGCTAGCGCCGGACACATCAAGGACTTGTGCGGCGGCA
GAGTCCAAGACTTGGACATCCTGAGGCTGGAATGGAGCGGCTTTCTGCTG
GACAACCTGAACGAGTCGAGGGTTCACCACCAGTGCTTCGGGGAGGACAA
CCACAACAGTCCTCGTGGGTATTAG

protein sequence of Ec-00_000570.1

>Ec-00_000570.1 ID=Ec-00_000570.1|Name=Ec-00_000570.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=polypeptide|length=75bp
MRDFLHLTKQEYDDVHLGHTLASAGHIKDLCGGRVQDLDILRLEWSGFLL
DNLNESRVHHQCFGEDNHNSPRGY*

mRNA from alignment at chr_00:776286..788339+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>Ec-00_000570.1 ID=Ec-00_000570.1|Name=Ec-00_000570.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=12054bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:776286..788339+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
ATGCGGGATTTCCTGCACCTCACCAAGGTAAGCGATGTCCGGTGGCGTTT
TATTCCCTTCGGATTTGTAGGTTGTTCTGTTTCTTTCCCCTTTGACGTAC
CACCCTAGCCCTAGGTCCCGTCTTGCCTTTGGTTGTGATACTAACGATCC
CACTCGTTGTCATTTCTGTTGATTTGTGCACCACCTATCCATGTATACCT
GCATGTGGTGCGAAGGTGCAACCTTATGTATTCTTCGGTTGTTGTCGGTT
GCTGATGACGACATCTCGTCGGCTTGTCCGTCTTTGTTCCTCGACGATCG
GTCTTTGTCTTTCTCAGACTGCATCGCGTGTGCCGCGGCGTGGCGACCAG
CGGTCCTGTCCGAACGCTAACCCTGAAGCTGTTACAGTTCTCTAACCCAA
AGTCAACCTACACCCCAGAGACTCCGCAGCAGCCAGTGTGCGGACAGAGA
GGCGTGTTGGCCTGACGCAACTGCTAGCCCTTACCTTTACCCTCGTACGT
TCTAACCCAAAGTCACGCTACGCCAGACTCCATGTCATCCACAGTGCGGA
CAGAGAACCGTGTTGGCCTAACCCTACTGCTACCCCTTTTACCCTTACCC
TCGAGCAGCAAGAGTACGACGACGTCCATCTGGGCCACACCCTCGCTAGC
GCCGGACACATCAAGGTGACTGACTTTATCATAGCGTTGTTGTCTTGGCA
CATCCACGTTGAGGCTGGCGTTCTCGGTGTTATGGTTTGGCGTTTGCTCT
CGTTCAAGGCGACCCTCGTCATGGACCGCCTGGGTCTTTCAGCATCGGCG
ATGGCCGAATAGTCTTCGCCACCACCGCTTCCCAGAACCAATCATAGTAC
TGGTGGCAACCCTAAGGCAACAATGCTAAAATTGTAACGAGAGTATGAAC
ACGCACACTAAATAGCGCATTGCTTAGTGAAAACAACGCCCGAATATTCG
TGCTTAGTGGTACCTGTTGAGAGCGCTTGTTCGCAAACTTAGGCTTGGGG
TTAAGGTCTACACTTGTTCGCAAACCTAGGGTTAGAGGTAAGCCTTTCCC
GCCTTGACAACGGAGACATGCACCGCAATGGGGGCGATTCTGCGTAGCCC
CTCGTCGGAGCTCGTAGTTAGGTACCGTAGGTAGACGGGGCGAGAGACGG
TGGCATATCACATGATCATCCGATGACGACAACAAAGGTCAACCGCGCAT
CGCAATGTCTGGGGGTTATTGGTCAATCGAGTCTCGTTTTGTCAATCAAG
TCTTGTTGTGCGCAGCGGGCGAAGAGGCACGGTGAAAGCAGCACGTCAAT
AGTCCGGTGACATCATTACTGTCACTAACGCCTGTGCATTTCCATCGCTG
TTGGTATGTGTGCTCAGGTATCCGAGGCGAGCGAGTTTTTATCTCCGATG
GTGGTACAGGTGCGATTTTGTTTTCGTAGATGTTCGTGAGCATGACACGT
TGCGAACTTCGGTGGTGCTGTTGTTGCTGTTGCTGTTGCTATTGCTGTTG
TTGCTGCTACCGTTGTTGTGTTTTTTCGTCTCCGGCAGTGTCGGCCTACC
GCACAGTCGTGCCCTTTCACTGAAGAGCTCCGACCCGGGGTCACACAGAA
GAACCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGGAAGGGACAAAGAG
AGTGCGCTACAAAAGCAAAAGCTTTATTCGCGAATCAAGTTTGGGCTGCT
GTATCCCATCACGCAGTGTCGGGAGAAAAGAGGCACCCTAAGGCAACAGT
TTTGCGCCGTATTCTGCTGTCTGTGTTCCAAACAGTGATAAACGTGCCAA
CGCGCTACTGAAAGTATTAGTGTCCCACGGAAGCCGCTTCGTCAAAATGA
CATGAGAACAAAGCTAAGAATTTTTAAGCTGAGACTTTGGCGGAAGACGG
AATATACTCACGTTTAATCAACTGACGTTTAATGTAACCGAAATAGTTCA
AAAATGCAAATACTTCAACACATCCCTTTCGACTGAGTGAGGATATATCT
CGAACGGGTAGTATTTCTGTGTTTTATGTATTTTCCCTATATATGCATCA
TTATTGAAAAACCGGGGTCACGAAGACTAATATCTCGCGTGTTATTTATC
GTAAATGCAAGCATCATCTAGTAAAGCAAGGTATATGATCGTAACGTCCC
TGAAGTAATCGTAGGTGGAGACCCGGTTTTGTTTTGCAACGTTTCCCCGT
GAACAGTAAGCAGAGGCGGGTCATGCAATTTGTGGCCTTGATTGGTGGTC
TTGGATTCGTAAACAGCCTACCGACCGCAAACCGCCAAAACACGACTGAC
ATGCTTGGCCCCGGCATATACTGATCTGCGTGAACTGTACAATTATGCAA
CAGCCCTGGTAGTTAGTGCCGTTGAATACCAACCCCACGAACCACGGCCG
CCGAATACGATTGATGTGTTTGGTTCCTTCCGGCACATGTACCTGATTGT
ACATGCAATGACTGAGTGAATCGCGGAAGGCGACCGTGGAAATAGTAGGC
ATTGCTGCTGCGAACAAGCCCTCCAACCCCACAGCCGCCCATAACGATTG
CATGTGTTGGGTCCCGGCGGATGCCACAACAGCAACAACAGCAACAACAA
CAACAACCATAATGTGTAATTCTGCAGGACTTGTGCGGCGGCAGAGTCCA
AGACTTGGACATCCTGAGGCTGGAATGGAGCGGCTTTCTGCTGGACAACC
TGAACGAGTCGAGGGTTCACCACCAGTGCTTCGGGGAGGACAACCACAAC
AGGTGGGCGAAGGAATTATGCACTTGTTGCATGTTTTTCAGCGAGCTTCT
GGCTGCAGCTAGTAGAAACAATTGCACCACGCACAACAAACATGAAGAGC
AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGCGTCGATAGAACGACGAG
AGGTTCTCCCAGCCCCCACCCCTTCACGTTGAACCTTAGGGAAGCACGTG
GGGACATTCTCTGCTCAAGGCTCCTCGAGGGCCAACGACCTCTCCCCGCC
CTTTGTGGCGATCGACGCTTGATGCAATGCTTGCATTGCATGGGGTCTGG
TGGTTTGAAGGATTTGGCCGTGTATAATCATACCCCCCCCCCCCCCCCCC
CAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGGGGGCTGCTGGG
GTGTACGGGTGTCGGGCTCACGTGGGTTTTCCCCAATTTCCATCTTCAGC
CCGTTTTGGTCCCTTCCCACAAACTCCAATCCCCCCCCCTCAATTTGGTG
GTTTTTTTCCGGGTGGCCCTCATAGCTTCCATCCCACGTCCGGGGGGAAA
CAATTTGGTGAAAGTGTTTCGTGGGACGAGGAAGGGCCCAAGGAAAGTTC
TTTCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTGGTGCCAACGTCCCGGTATC
TGAACCCGACAGCCCCGAAACTCCTCCCAACCAAGTCCTGCCGCCTTCAA
GCCATTTGATCGCAACGATTCCCAAACGAAAGATGTCGCAACAAGTACAA
CCTACCCCCTTCTGGTGTTCTTTGCAAGCGCTGATATTTTCGTCTCGCTC
TCAACACTACAGCGTCAACTGGTCGGTGTCACACCGTCAACCGAGCGTAG
GCAAACCAACGCCCGGCGGCATGCATCCCTTGGGGGTACTTGCTCTTGGT
TTTGGGTTGCATGCGCTGCCGTTGGGGCCTTGCCTAGGTTCGCTTTCTCG
ATGGATTGTTTCTTGTTCCGTTCTCTCTCATGTACTCTGTAATCCCCTTC
GCTTTCGTTCGCTCACCGTGTCAACCTCGCCTGCGCCGGTAAAGTTCCTC
CCAAGATTTCGGTCGGGCCAACTAGCATTATTTCCTTCTCTTCCGTCATT
TTTTTGTCTTGCGTGTTCTCCCCACGTCGTCTGTGGGGCCAACCTTTCGA
TAATATTTCCTTCTCTTGGTAATTTTTCTTCTCTTTCATCTTCCCTCGCT
TGGCCTCGTGGGTTGTCTGTCGGGCCAACCTTTCCATATTATTTCCTTCT
CTTGGTCATTTTGTGCCCTTTCGTGTCCCCCCGCTTAGTCCTCGTGGGTA
TTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at chr_00:776286..788339+

>Ec-00_000570.1 ID=Ec-00_000570.1|Name=Ec-00_000570.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=CDS|length=225bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:776286..788339+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
ATGCGGGATTTCCTGCACCTCACCAAGCAAGAGTACGACGACGTCCATCT
GGGCCACACCCTCGCTAGCGCCGGACACATCAAGGACTTGTGCGGCGGCA
GAGTCCAAGACTTGGACATCCTGAGGCTGGAATGGAGCGGCTTTCTGCTG
GACAACCTGAACGAGTCGAGGGTTCACCACCAGTGCTTCGGGGAGGACAA
CCACAACAGTCCTCGTGGGTATTAG

Synonyms

The feature 'Ec-00_000570.1' has the following synonyms


Synonym
Esi1129_0004
Esi_1129_0004