Ec-00_000740.1 (mRNA) Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR

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Overview


Name	Ec-00_000740.1
Unique Name	Ec-00_000740.1
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
Sequence length	34

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Ec-00_000740.1 vs. uniprot

BLAST of Ec-00_000740.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
chr_00	contig	chr_00:968275..976687 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90	2022-09-19
OGS1.0 of Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	2016-10-08

Properties


Property Name	Value
Length	102
Hectar predicted targeting category	signal peptide
Gene id	Ec-00_000740.1

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000740	Ec-00_000740	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	gene	chr_00 967206..977605 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000740.1.1	Ec-00_000740.1.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 968275..968364 +
Ec-00_000740.1.2	Ec-00_000740.1.2	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	exon	chr_00 976676..976687 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000740.1	CDS:Ec-00_000740.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	CDS	chr_00 968275..968364 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Ec-00_000740.1	Ec-00_000740.1	Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR	polypeptide	chr_00 968275..976687 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence
mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at chr_00:968275..976687+
coding sequence from alignment at chr_00:968275..976687+

mRNA sequence

>Ec-00_000740.1 ID=Ec-00_000740.1|Name=Ec-00_000740.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=34bp
MIVCIASALIVYDWLAYLVLMILGKDSGAKDVL*

spliced messenger RNA

>Ec-00_000740.1 ID=Ec-00_000740.1|Name=Ec-00_000740.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=102bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:968275..976687+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGATCGTTTGCATCGCCAGCGCTCTCATCGTGTACGACTGGCTGGCCTA
CCTTGTTCTGATGATCCTGGGCAAGGACAGTGGGGCCAAGGATGTGTTGT
AG

protein sequence of Ec-00_000740.1

>Ec-00_000740.1 ID=Ec-00_000740.1|Name=Ec-00_000740.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=polypeptide|length=34bp
MIVCIASALIVYDWLAYLVLMILGKDSGAKDVL*

mRNA from alignment at chr_00:968275..976687+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>Ec-00_000740.1 ID=Ec-00_000740.1|Name=Ec-00_000740.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=mRNA|length=8413bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:968275..976687+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
ATGATCGTTTGCATCGCCAGCGCTCTCATCGTGTACGACTGGCTGGCCTA
CCTTGTTCTGATGATCCTGGGCAAGGACAGTGGGGCCAAGGTAAGATGGC
GCATCTCACCTGCCGTTTTCTTTCTACCAGGGCAAGAGCTCACCTACCCG
ACGAAAATTTACTTAGGACCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGCCGGGC
ATGGGCTCCTTCCTATCATTGAACATTGCCCACCAAATGGCACCCACGGC
ACCCACCTTGCATGGCGAATTTCGTTTGAGGTTTGGACTACACGGTACGG
GAGGGGGCTGCAAACCCGTCATCGCGTGAAAGCTGAAACTATTAGTCTAA
CCTCATTGCGGAGTGCACAAGAGGAGGCAACATCACCCGGTATTAAGGCA
GTATCAGGGATGATGGCGGTAGGTTGATCGTGCGAGCCTGCGAGTGTACG
ATGCGCCACAACATGCAACGCACCCGGTGCATGTGCCCACAACGTAAACA
GGATGTGTTGTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at chr_00:968275..976687+

>Ec-00_000740.1 ID=Ec-00_000740.1|Name=Ec-00_000740.1|organism=Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR|type=CDS|length=102bp|location=Sequence derived from alignment at chr_00:968275..976687+ (Ectocarpus species7 Ec32 male_plus_femaleSDR)
ATGATCGTTTGCATCGCCAGCGCTCTCATCGTGTACGACTGGCTGGCCTA
CCTTGTTCTGATGATCCTGGGCAAGGACAGTGGGGCCAAGGATGTGTTGT
AG

Synonyms

The feature 'Ec-00_000740.1' has the following synonyms


Synonym
Esi177_0009
Esi_177_0009