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Homology
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig732.6.1 vs. uniprot
Match: A0A6H5L901_9PHAE (LsmAD domain-containing protein n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 TaxID=867726 RepID=A0A6H5L901_9PHAE) HSP 1 Score: 50.1 bits (118), Expect = 1.270e-5 Identity = 26/42 (61.90%), Postives = 32/42 (76.19%), Query Frame = 1
Query: 10 NACRLAVQIEGRDSVNRHCREERNRMTPQDLAMGEEERYSSV 135
+A R+A +IEG+ S N H REERN +T QD AMGEEER+S V
Sbjct: 289 HAERMAAEIEGKTSSNIHMREERNMLTEQDKAMGEEERFSGV 330
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig732.6.1 vs. uniprot
Match: D7FVW6_ECTSI (LsmAD domain-containing protein n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D7FVW6_ECTSI) HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 1.740e-5 Identity = 26/42 (61.90%), Postives = 32/42 (76.19%), Query Frame = 1
Query: 10 NACRLAVQIEGRDSVNRHCREERNRMTPQDLAMGEEERYSSV 135
+A R+A +IEG+ S N H REERN +T QD AMGEEER+S V
Sbjct: 291 HAERMAAEIEGKTSGNIHMREERNMLTEQDKAMGEEERFSGV 332
The following BLAST results are available for this feature:
Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Stop | 0 |
| Start | 0 |
| Seed ortholog | 2880.D7FVW6 |
| Preferred name | ATXN2 |
| PFAMs | LsmAD,PAM2,SM-ATX |
| Model size | 167 |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| KEGG rclass | RC00004,RC02888,RC02997 |
| KEGG ko | ko:K15397 |
| KEGG Reaction | R09419,R10825 |
| KEGG Pathway | ko00062,ko01110,map00062,map01110 |
| KEGG Module | M00415 |
| Hectar predicted targeting category | no signal peptide or anchor |
| GOs | GO:0000003,GO:0000226,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000902,GO:0000910,GO:0001654,GO:0001709,GO:0001745,GO:0001751,GO:0001754,GO:0002090,GO:0002091,GO:0003006,GO:0003008,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003723,GO:0003729,GO:0005102,GO:0005154,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005794,GO:0005802,GO:0005829,GO:0005844,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006403,GO:0006417,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007049,GO:0007051,GO:0007059,GO:0007088,GO:0007143,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007399,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007548,GO:0007610,GO:0007611,GO:0007612,GO:0007613,GO:0007616,GO:0007622,GO:0007623,GO:0007626,GO:0008022,GO:0008064,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008284,GO:0008406,GO:0008585,GO:0009266,GO:0009581,GO:0009582,GO:0009605,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009794,GO:0009887,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009987,GO:0009994,GO:0010468,GO:0010494,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010564,GO:0010603,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010608,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010638,GO:0010639,GO:0010720,GO:0010824,GO:0010826,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010948,GO:0010968,GO:0012505,GO:0015931,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016048,GO:0016070,GO:0016071,GO:0016604,GO:0016607,GO:0019219,GO:0019222,GO:0019953,GO:0021533,GO:0021549,GO:0021575,GO:0021587,GO:0021680,GO:0021692,GO:0021694,GO:0021695,GO:0021696,GO:0021697,GO:0021702,GO:0021953,GO:0022008,GO:0022037,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022416,GO:0022607,GO:0022613,GO:0022618,GO:0030030,GO:0030100,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030716,GO:0030832,GO:0030833,GO:0030902,GO:0030953,GO:0031110,GO:0031111,GO:0031113,GO:0031115,GO:0031122,GO:0031175,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031333,GO:0031440,GO:0031441,GO:0031644,GO:0031974,GO:0031981,GO:0031984,GO:0032092,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032271,GO:0032272,GO:0032465,GO:0032467,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032535,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032886,GO:0032887,GO:0032888,GO:0032954,GO:0032956,GO:0032970,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033047,GO:0033206,GO:0033365,GO:0033962,GO:0034063,GO:0034248,GO:0034250,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034641,GO:0035770,GO:0036464,GO:0040001,GO:0040008,GO:0040014,GO:0040015,GO:0040019,GO:0040020,GO:0040038,GO:0042051,GO:0042127,GO:0042461,GO:0042462,GO:0042592,GO:0043007,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043393,GO:0043570,GO:0043900,GO:0043902,GO:0043933,GO:0044057,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044260,GO:0044380,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044428,GO:0044431,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044451,GO:0044464,GO:0044703,GO:0045137,GO:0045165,GO:0045475,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045727,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045806,GO:0045836,GO:0045840,GO:0045926,GO:0045931,GO:0045934,GO:0045977,GO:0045995,GO:0046483,GO:0046530,GO:0046545,GO:0046605,GO:0046606,GO:0046660,GO:0046958,GO:0046959,GO:0048232,GO:0048259,GO:0048261,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048471,GO:0048477,GO:0048511,GO:0048512,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048592,GO:0048599,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048638,GO:0048640,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048749,GO:0048812,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048872,GO:0050657,GO:0050658,GO:0050684,GO:0050686,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050795,GO:0050803,GO:0050807,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050896,GO:0050905,GO:0051049,GO:0051051,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051098,GO:0051099,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051235,GO:0051236,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051276,GO:0051293,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051321,GO:0051445,GO:0051446,GO:0051493,GO:0051494,GO:0051495,GO:0051606,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051642,GO:0051649,GO:0051651,GO:0051653,GO:0051656,GO:0051657,GO:0051661,GO:0051704,GO:0051726,GO:0051781,GO:0051783,GO:0051785,GO:0051823,GO:0051983,GO:0051984,GO:0060147,GO:0060149,GO:0060236,GO:0060255,GO:0060281,GO:0060282,GO:0060284,GO:0060322,GO:0060341,GO:0060627,GO:0060631,GO:0060903,GO:0060964,GO:0060965,GO:0060966,GO:0060967,GO:0060968,GO:0060969,GO:0061458,GO:0061640,GO:0061842,GO:0062033,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070507,GO:0070727,GO:0070851,GO:0070925,GO:0071539,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071826,GO:0071840,GO:0072698,GO:0080090,GO:0080154,GO:0090066,GO:0090068,GO:0090169,GO:0090224,GO:0090304,GO:0090328,GO:0090596,GO:0097159,GO:0097167,GO:0097435,GO:0098791,GO:0110028,GO:0110053,GO:0120036,GO:0120039,GO:0140013,GO:1900363,GO:1900364,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901363,GO:1902115,GO:1902412,GO:1902846,GO:1902850,GO:1902903,GO:1902904,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903311,GO:1903312,GO:1903436,GO:1903438,GO:1903490,GO:1903827,GO:1903828,GO:1904779,GO:1904780,GO:1905508,GO:1905516,GO:1905833,GO:1905879,GO:1905881,GO:1905936,GO:1905938,GO:1905939,GO:1905941,GO:1990904,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000194,GO:2000196,GO:2000241,GO:2000243,GO:2001252 |
| Exons | 2 |
| Evalue | 2.86e-06 |
| EggNOG OGs | COG5180@1|root,KOG2375@2759|Eukaryota |
| EC | 2.3.1.199 |
| Description | regulation of cytoplasmic mRNA processing body assembly |
| Cds size | 165 |
| COG category | A |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko00002,ko01000 |
Relationships
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
|---|
| 1680790028.8269143-CDS-C-tenellus_contig732:12512..12593 | 1680790028.8269143-CDS-C-tenellus_contig732:12512..12593 | Choristocarpus tenellus KU2346 | CDS | C-tenellus_contig732 12513..12593 - |
| 1680790028.8432724-CDS-C-tenellus_contig732:13379..13463 | 1680790028.8432724-CDS-C-tenellus_contig732:13379..13463 | Choristocarpus tenellus KU2346 | CDS | C-tenellus_contig732 13380..13463 - |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of mRNA_C-tenellus_contig732.6.1 >prot_C-tenellus_contig732.6.1 ID=prot_C-tenellus_contig732.6.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig732.6.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=polypeptide|length=55bp
HYQNACRLAVQIEGRDSVNRHCREERNRMTPQDLAMGEEERYSSVPRAIS
MGDRL back to topmRNA from alignment at C-tenellus_contig732:12511..13463- Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >mRNA_C-tenellus_contig732.6.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig732.6.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig732.6.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=mRNA|length=953bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig732:12511..13463- (Choristocarpus tenellus KU2346)
CACTACCAGAATGCTTGTCGTCTTGCAGTTCAAATTGAGGGTCGAGACAG
TGTTAACAGGCACTGCAGGGAGGAACGCAATAGGGTGAGTGGGAAGGAGG
GAGAATTGGAGTACATGCAGGTTAACAAGATAAATAGTGAACTAGAAGTG
GATCGGAATATGTGAAGAACTATGTTTTAGAAAGAAGGGGCGGGGACAGG
GTTCAGAATATTTGTGCAATGCTGTGGACACAATAGATGTCAGGTGGAGT
GGGAAGGTCTGCCATACATTGAGGGGTAAGGTGCAAAGGACTAAACACCA
TCAATCTGGCTCTTGTGGTGTTCTGATGCACATCTCGGGTATTCCTTGCT
TGCACAATGTGAAGCAGTTCAGTGTACCTCATACGAGTCTTGCTCATGAT
GTCAGTTTCTACTGCTCCTCCCAGGTAATAAAGGATATTCTAGAGGCGAA
TGAGTTCTCAAGGGTCATTTCATGGTTTCTGTTTGAGGGTTTATGTGCCT
CATCCCGATTTCTCCATTTACCCAGTACCACTGCTCATGTTCATTTGTGT
GTGTGTTTGGGTGAGATTTCAGCAATTATAATGGAGGGATAGGTATTCAC
CTCAAGACCCACAAAAGGGCAGTAGTGCAGTGTGTCCTGTTCTCTTCATT
CATCCCTTATCATGTCAACTGCATATCAACTCCTTCCATGCGCCCCTCCT
TTATCCCCAACCCTCACTCCAACCAACATCCCCAAACATCCATGTTGACC
CCAAAATACCTATTGGTGATGTGTGACCAAAACGGATTACACTGAGGTTA
TCTGAAATATCTTGCTATTATCATGTCTCCATTCTTCCGTTGATAACATC
ATGCTTGATGCAATATCAAGATGACACCACAAGACCTTGCCATGGGTGAG
GAGGAGCGATACAGCAGCGTGCCAAGGGCTATTAGCATGGGGGACAGATT
ACA back to topCoding sequence (CDS) from alignment at C-tenellus_contig732:12511..13463- >mRNA_C-tenellus_contig732.6.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig732.6.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig732.6.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=CDS|length=165bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig732:12511..13463- (Choristocarpus tenellus KU2346)
CACTACCAGAATGCTTGTCGTCTTGCAGTTCAAATTGAGGGTCGAGACAG
TGTTAACAGGCACTGCAGGGAGGAACGCAATAGGATGACACCACAAGACC
TTGCCATGGGTGAGGAGGAGCGATACAGCAGCGTGCCAAGGGCTATTAGC
ATGGGGGACAGATTA back to top
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