mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1 (mRNA) Choristocarpus tenellus KU2346

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Overview
NamemRNA_C-tenellus_contig10701.1.1
Unique NamemRNA_C-tenellus_contig10701.1.1
TypemRNA
OrganismChoristocarpus tenellus KU2346 (Choristocarpus tenellus KU2346)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1 vs. uniprot
Match: D8LMP7_ECTSI (Component of SCAR regulatory complex n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LMP7_ECTSI)

HSP 1 Score: 70.9 bits (172), Expect = 1.170e-12
Identity = 34/59 (57.63%), Postives = 44/59 (74.58%), Query Frame = 1 
Query:   28 KNRGKAPEQQHLADPLISILIGELDALVSIVQKYSSVVQRYYAEYLKGAHRTILGQRVQ 204
            K +GK   +  L DP+I++LIGELD LVS + +Y+SV+QRYY EYLKGAH T L + VQ
Sbjct:  188 KRQGKGLPEPILLDPVITVLIGELDVLVSSIVRYTSVIQRYYIEYLKGAHLTSLRRLVQ 246
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
D8LMP7_ECTSI1.170e-1257.63Component of SCAR regulatory complex n=1 Tax=Ectoc... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
C-tenellus_contig10701contigC-tenellus_contig10701:3775..3987 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Choristocarpus tenellus KU2346 OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Stop1
Start1
Seed ortholog2880.D8LMP7
Preferred nameNCKAP1L
PFAMsNckap1
Model size213
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K05750
KEGG Pathwayko04810,map04810
Hectar predicted targeting categoryother localisation
GOsGO:0000003,GO:0000578,GO:0000768,GO:0000902,GO:0000904,GO:0001667,GO:0001701,GO:0001726,GO:0001756,GO:0001764,GO:0001775,GO:0001776,GO:0001782,GO:0001817,GO:0001818,GO:0001838,GO:0001841,GO:0001843,GO:0001932,GO:0001934,GO:0002009,GO:0002252,GO:0002253,GO:0002260,GO:0002262,GO:0002263,GO:0002274,GO:0002275,GO:0002283,GO:0002366,GO:0002376,GO:0002429,GO:0002431,GO:0002433,GO:0002443,GO:0002444,GO:0002446,GO:0002520,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002685,GO:0002687,GO:0002688,GO:0002690,GO:0002694,GO:0002696,GO:0002757,GO:0002764,GO:0002768,GO:0003002,GO:0003674,GO:0005096,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005884,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005911,GO:0006355,GO:0006810,GO:0006887,GO:0006897,GO:0006909,GO:0006915,GO:0006928,GO:0006935,GO:0006949,GO:0006950,GO:0006955,GO:0006970,GO:0006972,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007015,GO:0007154,GO:0007155,GO:0007163,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007167,GO:0007169,GO:0007264,GO:0007265,GO:0007267,GO:0007275,GO:0007350,GO:0007351,GO:0007354,GO:0007369,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007409,GO:0007417,GO:0007423,GO:0007439,GO:0007440,GO:0007492,GO:0007498,GO:0007507,GO:0007520,GO:0007528,GO:0007610,GO:0008047,GO:0008064,GO:0008078,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008219,GO:0008284,GO:0008360,GO:0008407,GO:0008595,GO:0009314,GO:0009416,GO:0009453,GO:0009605,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009790,GO:0009792,GO:0009798,GO:0009825,GO:0009880,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009948,GO:0009952,GO:0009987,GO:0010026,GO:0010090,GO:0010171,GO:0010172,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010562,GO:0010563,GO:0010591,GO:0010592,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010638,GO:0010921,GO:0010923,GO:0010941,GO:0012501,GO:0012505,GO:0012506,GO:0014020,GO:0014902,GO:0015629,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016043,GO:0016049,GO:0016192,GO:0016331,GO:0016477,GO:0016601,GO:0018991,GO:0019098,GO:0019207,GO:0019209,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019887,GO:0021915,GO:0022008,GO:0022407,GO:0022409,GO:0022414,GO:0022416,GO:0022603,GO:0022604,GO:0022607,GO:0022610,GO:0023052,GO:0030011,GO:0030027,GO:0030029,GO:0030030,GO:0030031,GO:0030032,GO:0030036,GO:0030054,GO:0030097,GO:0030099,GO:0030100,GO:0030141,GO:0030154,GO:0030155,GO:0030175,GO:0030182,GO:0030218,GO:0030234,GO:0030295,GO:0030334,GO:0030335,GO:0030593,GO:0030595,GO:0030659,GO:0030667,GO:0030695,GO:0030832,GO:0030833,GO:0030838,GO:0030865,GO:0030866,GO:0030888,GO:0030890,GO:0030903,GO:0030950,GO:0030952,GO:0031090,GO:0031143,GO:0031175,GO:0031209,GO:0031224,GO:0031226,GO:0031252,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031334,GO:0031344,GO:0031346,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031401,GO:0031410,GO:0031589,GO:0031647,GO:0031941,GO:0031982,GO:0031984,GO:0032101,GO:0032103,GO:0032147,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032270,GO:0032271,GO:0032273,GO:0032433,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032515,GO:0032535,GO:0032660,GO:0032675,GO:0032700,GO:0032715,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032940,GO:0032944,GO:0032946,GO:0032956,GO:0032970,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033627,GO:0033628,GO:0033630,GO:0033674,GO:0034101,GO:0034315,GO:0035050,GO:0035148,GO:0035239,GO:0035282,GO:0035295,GO:0035303,GO:0035304,GO:0035305,GO:0035308,GO:0035507,GO:0035509,GO:0035556,GO:0036230,GO:0038093,GO:0038094,GO:0038096,GO:0040007,GO:0040011,GO:0040012,GO:0040017,GO:0042074,GO:0042102,GO:0042119,GO:0042127,GO:0042129,GO:0042175,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042327,GO:0042330,GO:0042331,GO:0042493,GO:0042592,GO:0042692,GO:0042981,GO:0042995,GO:0043009,GO:0043029,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043085,GO:0043086,GO:0043087,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043254,GO:0043299,GO:0043312,GO:0043370,GO:0043372,GO:0043376,GO:0043378,GO:0043547,GO:0043549,GO:0043666,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044092,GO:0044093,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044430,GO:0044432,GO:0044433,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044877,GO:0045010,GO:0045055,GO:0045175,GO:0045176,GO:0045321,GO:0045577,GO:0045579,GO:0045580,GO:0045582,GO:0045586,GO:0045588,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045619,GO:0045621,GO:0045637,GO:0045639,GO:0045646,GO:0045648,GO:0045785,GO:0045807,GO:0045859,GO:0045860,GO:0045893,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045937,GO:0046634,GO:0046635,GO:0046637,GO:0046638,GO:0046643,GO:0046645,GO:0046662,GO:0046903,GO:0046956,GO:0048010,GO:0048259,GO:0048260,GO:0048332,GO:0048339,GO:0048340,GO:0048468,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048520,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048546,GO:0048557,GO:0048562,GO:0048565,GO:0048566,GO:0048567,GO:0048568,GO:0048570,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048588,GO:0048589,GO:0048598,GO:0048609,GO:0048611,GO:0048613,GO:0048617,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048667,GO:0048668,GO:0048699,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048812,GO:0048821,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048872,GO:0050670,GO:0050671,GO:0050764,GO:0050766,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050795,GO:0050808,GO:0050821,GO:0050851,GO:0050853,GO:0050863,GO:0050864,GO:0050865,GO:0050867,GO:0050870,GO:0050871,GO:0050896,GO:0050900,GO:0050920,GO:0050921,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051094,GO:0051125,GO:0051127,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051146,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051249,GO:0051251,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051270,GO:0051272,GO:0051336,GO:0051338,GO:0051345,GO:0051346,GO:0051347,GO:0051493,GO:0051495,GO:0051674,GO:0051716,GO:0052128,GO:0055123,GO:0060099,GO:0060100,GO:0060255,GO:0060326,GO:0060429,GO:0060485,GO:0060491,GO:0060548,GO:0060560,GO:0060562,GO:0060589,GO:0060606,GO:0060627,GO:0061053,GO:0061061,GO:0061515,GO:0061564,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070358,GO:0070663,GO:0070665,GO:0070820,GO:0070887,GO:0071621,GO:0071622,GO:0071624,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072132,GO:0072175,GO:0072359,GO:0080090,GO:0090022,GO:0090023,GO:0090066,GO:0090558,GO:0090626,GO:0097435,GO:0097529,GO:0097530,GO:0097581,GO:0097708,GO:0098588,GO:0098609,GO:0098657,GO:0098772,GO:0098805,GO:0098827,GO:0098858,GO:0099080,GO:0099081,GO:0099503,GO:0099512,GO:0099513,GO:0101002,GO:0101003,GO:0110053,GO:0110094,GO:0120025,GO:0120031,GO:0120032,GO:0120034,GO:0120035,GO:0120036,GO:0120038,GO:0120039,GO:1901046,GO:1902105,GO:1902107,GO:1902473,GO:1902474,GO:1902622,GO:1902624,GO:1902680,GO:1902743,GO:1902745,GO:1902903,GO:1902905,GO:1903037,GO:1903039,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903706,GO:1903708,GO:1905153,GO:1905155,GO:1990266,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000145,GO:2000147,GO:2000241,GO:2000243,GO:2000369,GO:2000370,GO:2000514,GO:2000516,GO:2000601,GO:2001141,GO:2001185,GO:2001187
Exons1
Evalue1.91e-13
EggNOG OGsKOG1917@1|root,KOG1917@2759|Eukaryota
Descriptionpositive regulation of actin filament polymerization
Cds size213
COG categoryS
BRITEko00000,ko00001
Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1680789144.9725137-CDS-C-tenellus_contig10701:3774..39871680789144.9725137-CDS-C-tenellus_contig10701:3774..3987Choristocarpus tenellus KU2346CDSC-tenellus_contig10701 3775..3987 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1prot_C-tenellus_contig10701.1.1Choristocarpus tenellus KU2346polypeptideC-tenellus_contig10701 3775..3987 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1

>prot_C-tenellus_contig10701.1.1 ID=prot_C-tenellus_contig10701.1.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=polypeptide|length=71bp
MFVLLSCQSKNRGKAPEQQHLADPLISILIGELDALVSIVQKYSSVVQRY
YAEYLKGAHRTILGQRVQVR*
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mRNA from alignment at C-tenellus_contig10701:3775..3987-

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=mRNA|length=213bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig10701:3775..3987- (Choristocarpus tenellus KU2346)
ATGTTTGTACTCCTTTCCTGCCAGTCTAAGAATAGAGGGAAGGCCCCTGA
GCAGCAGCACCTAGCCGACCCTCTCATCTCGATCTTGATAGGCGAGTTGG
ATGCATTGGTTTCTATTGTCCAAAAGTACTCCTCAGTGGTACAAAGGTAC
TATGCAGAGTACCTTAAAGGGGCTCATCGCACCATCCTTGGACAGAGGGT
ACAGGTGAGATAA
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Coding sequence (CDS) from alignment at C-tenellus_contig10701:3775..3987-

>mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1 ID=mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1|Name=mRNA_C-tenellus_contig10701.1.1|organism=Choristocarpus tenellus KU2346|type=CDS|length=213bp|location=Sequence derived from alignment at C-tenellus_contig10701:3775..3987- (Choristocarpus tenellus KU2346)
ATGTTTGTACTCCTTTCCTGCCAGTCTAAGAATAGAGGGAAGGCCCCTGA
GCAGCAGCACCTAGCCGACCCTCTCATCTCGATCTTGATAGGCGAGTTGG
ATGCATTGGTTTCTATTGTCCAAAAGTACTCCTCAGTGGTACAAAGGTAC
TATGCAGAGTACCTTAAAGGGGCTCATCGCACCATCCTTGGACAGAGGGT
ACAGGTGAGATAA
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