mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 (mRNA) Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79

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Overview


Name	mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2
Unique Name	mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2
Type	mRNA
Organism	Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79 (Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79)

Homology

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BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot
Match: A0A8J4Z7V1_9CHEL (Poly [ADP-ribose] polymerase n=3 Tax=Nymphon striatum TaxID=424472 RepID=A0A8J4Z7V1_9CHEL)

HSP 1 Score: 59.7 bits (143), Expect = 7.390e-8
Identity = 38/117 (32.48%), Postives = 59/117 (50.43%), Query Frame = 1

Query:    1 CRGCRKKIKGDDLRIGLMQKSTLFEG---NQVHQRCTSHFVCTEDIADRVSAPLLLASDRSQVFCDEDKERVGQAIAGATGGGMSAEEAKGCFKVERAKSGRSTCRACKEPIPKDEV 342
            C+GC+  I  D LR+ +M +S +F+G   N  H+ C       + I+D      L   D+ ++     K + G   +  T    + ++    FKVE AKSG+STCR+C+  IPK  V
Sbjct:   19 CKGCKSSIAKDSLRLAIMIQSPMFDGKVPNWYHESCFFKKTSVKSISDIGLLDSLRWEDQEKI-----KSKAGSGSSSKTEESNNLDD----FKVEYAKSGKSTCRSCESAIPKGTV 126

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BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot
Match: UPI001B88D1BE (poly [ADP-ribose] polymerase 1-like n=1 Tax=Gigantopelta aegis TaxID=1735272 RepID=UPI001B88D1BE)

HSP 1 Score: 56.2 bits (134), Expect = 1.190e-6
Identity = 43/126 (34.13%), Postives = 62/126 (49.21%), Query Frame = 1

Query:    1 CRGCRKKIKGDDLRIGLMQKSTLFEG---NQVHQRCTSHFVCTEDIADRVSAPLLLASDRSQVFCDEDKERVGQAIAGATGGGMSAEEAKGC----FKVERAKSGRSTCRACKEPIPKDEVSASGK 357
            C+ CR+ I  D LR+ +M +S  F+G   N  H +C  +         RV  P  +    S  +  ED++++   +AG+ GGG   +   G     FK+E AKS RSTCR C   I KD +  S K
Sbjct:   21 CKACRQGITQDTLRLAVMVQSPHFDGKIPNWFHYKCFWNRA-------RVENPDDIHGFHSLRW--EDQQKIKDKVAGSGGGGGDTDVIDGAGANDFKIEYAKSNRSTCRGCDLKIDKDLIRISKK 137

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BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot
Match: UPI0003F08009 (poly [ADP-ribose] polymerase 1-like n=1 Tax=Saccoglossus kowalevskii TaxID=10224 RepID=UPI0003F08009)

HSP 1 Score: 54.7 bits (130), Expect = 3.880e-6
Identity = 41/121 (33.88%), Postives = 57/121 (47.11%), Query Frame = 1

Query:    1 CRGCRKKIKGDDLRIGLMQKSTLFEGNQ---VHQRCTSHFVCTEDIADRVSAPLLLASD----RSQVFCDEDKERVGQAIAGATGGGMSAEEAKGCFKVERAKSGRSTCRACKEPIPKDEV 342
            C+ CR  IK   +R+  M +S  F+G      H  C       +  ++ V    L  +D    R+++  DE KE V   +       +S E     F +E AKS RSTCRACKE I KDE+
Sbjct:   20 CKKCRGGIKKGSVRLAKMMQSPFFDGKVPTWYHYSCFWKMAEVKATSEIVGYDGLRWTDQEKIRNKIAGDETKESVEDKV-------VSKETTTSDFSMEYAKSNRSTCRACKEKIAKDEL 133

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BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot
Match: A0A507DYZ5_9FUNG (Poly [ADP-ribose] polymerase n=1 Tax=Powellomyces hirtus TaxID=109895 RepID=A0A507DYZ5_9FUNG)

HSP 1 Score: 54.3 bits (129), Expect = 5.650e-6
Identity = 42/123 (34.15%), Postives = 60/123 (48.78%), Query Frame = 1

Query:    1 CRGCRKKIKGDDLRIGLMQKSTLFEG---NQVHQRCTSHFVCTEDIADRVSAPLLLASDRSQVFCD---EDKERVGQAIAGATGGGMSAEEAKGC---FKVERAKSGRSTCRACKEPIPKDEV 342
            C+GCR  I    +RI  + +S  F+G   N  H RC         I  +     +   +    F +   ED++ + + I GA+GG  + E  K      KVERAKSGRSTCRAC E I ++ +
Sbjct:   21 CKGCRSPIAQGSVRIATLVRSPFFDGLQPNWHHLRC---------ILKKAEGRRINGVENIHGFSNLRWEDQQMLKEKI-GASGGSANGEPIKANPHGLKVERAKSGRSTCRACDEKIAQNSL 133

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot

BLAST of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 4


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A8J4Z7V1_9CHEL	7.390e-8	32.48	Poly [ADP-ribose] polymerase n=3 Tax=Nymphon stria...	[more]
UPI001B88D1BE	1.190e-6	34.13	poly [ADP-ribose] polymerase 1-like n=1 Tax=Gigant...	[more]
UPI0003F08009	3.880e-6	33.88	poly [ADP-ribose] polymerase 1-like n=1 Tax=Saccog...	[more]
A0A507DYZ5_9FUNG	5.650e-6	34.15	Poly [ADP-ribose] polymerase n=1 Tax=Powellomyces ...	[more]

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
P-wetherbeei_contig7097	contig	P-wetherbeei_contig7097:2007..2848 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90	2022-09-19
Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79 OGS1.0	2022-07-08

Properties


Property Name	Value
Stop	1
Start	0
Seed ortholog	8049.ENSGMOP00000016022
Preferred name	PARP1
PFAMs	BRCT,PADR1,PARP,PARP_reg,WGR,zf-PARP
Model size	375
Max annot lvl	33208\|Metazoa
KEGG ko	ko:K10798
KEGG Pathway	ko03410,ko04210,ko04212,ko04214,ko04217,map03410,map04210,map04212,map04214,map04217
KEGG Module	M00296
Hectar predicted targeting category	other localisation
GOs	GO:0000002,GO:0000003,GO:0000122,GO:0000166,GO:0000228,GO:0000302,GO:0000303,GO:0000305,GO:0000715,GO:0000723,GO:0000724,GO:0000725,GO:0000785,GO:0000790,GO:0000791,GO:0000976,GO:0000977,GO:0000981,GO:0001012,GO:0001067,GO:0001228,GO:0001817,GO:0001818,GO:0002009,GO:0002064,GO:0002065,GO:0002066,GO:0002225,GO:0002376,GO:0002520,GO:0002521,GO:0002573,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002697,GO:0002699,GO:0002700,GO:0002702,GO:0002759,GO:0002760,GO:0002784,GO:0002786,GO:0002791,GO:0002792,GO:0002803,GO:0002805,GO:0002807,GO:0002808,GO:0002831,GO:0002833,GO:0002920,GO:0002922,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003254,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003682,GO:0003690,GO:0003700,GO:0003824,GO:0003909,GO:0003910,GO:0003950,GO:0005102,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005694,GO:0005700,GO:0005703,GO:0005719,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005739,GO:0006139,GO:0006140,GO:0006163,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006266,GO:0006271,GO:0006273,GO:0006281,GO:0006282,GO:0006284,GO:0006289,GO:0006293,GO:0006294,GO:0006296,GO:0006302,GO:0006310,GO:0006351,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006366,GO:0006464,GO:0006471,GO:0006508,GO:0006725,GO:0006753,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006915,GO:0006950,GO:0006952,GO:0006955,GO:0006963,GO:0006974,GO:0006979,GO:0006996,GO:0006997,GO:0007000,GO:0007005,GO:0007154,GO:0007163,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007167,GO:0007178,GO:0007179,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007389,GO:0007552,GO:0007610,GO:0008069,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008219,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009117,GO:0009123,GO:0009126,GO:0009141,GO:0009144,GO:0009150,GO:0009161,GO:0009167,GO:0009199,GO:0009205,GO:0009259,GO:0009266,GO:0009303,GO:0009314,GO:0009408,GO:0009410,GO:0009411,GO:0009416,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009798,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009950,GO:0009953,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010035,GO:0010038,GO:0010043,GO:0010212,GO:0010243,GO:0010332,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010563,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010611,GO:0010613,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010990,GO:0012501,GO:0012505,GO:0014070,GO:0014742,GO:0014743,GO:0015030,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016072,GO:0016333,GO:0016334,GO:0016485,GO:0016540,GO:0016604,GO:0016740,GO:0016757,GO:0016763,GO:0016874,GO:0016886,GO:0017144,GO:0018130,GO:0018193,GO:0018209,GO:0018312,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019637,GO:0019693,GO:0019899,GO:0019900,GO:0019901,GO:0019953,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0022616,GO:0023019,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0030097,GO:0030099,GO:0030154,GO:0030225,GO:0030331,GO:0030534,GO:0030575,GO:0030576,GO:0030707,GO:0030808,GO:0030809,GO:0030855,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031334,GO:0031347,GO:0031349,GO:0031960,GO:0031967,GO:0031974,GO:0031975,GO:0031981,GO:0032042,GO:0032101,GO:0032103,GO:0032200,GO:0032204,GO:0032205,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032507,GO:0032660,GO:0032700,GO:0032774,GO:0032868,GO:0032869,GO:0032870,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032991,GO:0032993,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033143,GO:0033145,GO:0033146,GO:0033148,GO:0033365,GO:0033554,GO:0033683,GO:0033993,GO:0034248,GO:0034250,GO:0034504,GO:0034599,GO:0034605,GO:0034613,GO:0034614,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034644,GO:0034645,GO:0034654,GO:0034660,GO:0035079,GO:0035080,GO:0035257,GO:0035258,GO:0035363,GO:0036094,GO:0036211,GO:0040008,GO:0040009,GO:0042220,GO:0042221,GO:0042391,GO:0042393,GO:0042493,GO:0042592,GO:0042769,GO:0042802,GO:0042826,GO:0042981,GO:0043067,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043279,GO:0043388,GO:0043412,GO:0043434,GO:0043484,GO:0043502,GO:0043504,GO:0043523,GO:0043565,GO:0043900,GO:0043902,GO:0043933,GO:0044030,GO:0044057,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044093,GO:0044212,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044281,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044451,GO:0044454,GO:0044464,GO:0044703,GO:0045087,GO:0045185,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045739,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045944,GO:0045980,GO:0046034,GO:0046332,GO:0046483,GO:0047485,GO:0048037,GO:0048148,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048545,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048609,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048878,GO:0050662,GO:0050707,GO:0050708,GO:0050709,GO:0050710,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050801,GO:0050879,GO:0050881,GO:0050882,GO:0050896,GO:0051046,GO:0051048,GO:0051049,GO:0051051,GO:0051052,GO:0051053,GO:0051054,GO:0051094,GO:0051098,GO:0051099,GO:0051101,GO:0051103,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051223,GO:0051224,GO:0051235,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051276,GO:0051287,GO:0051385,GO:0051427,GO:0051457,GO:0051604,GO:0051606,GO:0051641,GO:0051651,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051881,GO:0051900,GO:0051901,GO:0055086,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060341,GO:0060359,GO:0060390,GO:0060391,GO:0060429,GO:0062012,GO:0062014,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070201,GO:0070212,GO:0070412,GO:0070727,GO:0070848,GO:0070887,GO:0070911,GO:0071214,GO:0071241,GO:0071248,GO:0071294,GO:0071310,GO:0071363,GO:0071375,GO:0071417,GO:0071450,GO:0071451,GO:0071478,GO:0071482,GO:0071495,GO:0071559,GO:0071560,GO:0071704,GO:0071824,GO:0071840,GO:0072347,GO:0072521,GO:0072595,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090087,GO:0090092,GO:0090100,GO:0090257,GO:0090304,GO:0090305,GO:0097159,GO:0097305,GO:0097659,GO:0098687,GO:0098781,GO:0104004,GO:0140096,GO:0140097,GO:0140110,GO:1900180,GO:1900182,GO:1900371,GO:1900372,GO:1900407,GO:1900424,GO:1900426,GO:1900542,GO:1900543,GO:1901135,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901265,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901576,GO:1901652,GO:1901653,GO:1901654,GO:1901698,GO:1901699,GO:1901700,GO:1901701,GO:1902175,GO:1902531,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902882,GO:1903201,GO:1903203,GO:1903376,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903516,GO:1903518,GO:1903530,GO:1903531,GO:1903578,GO:1903579,GO:1903827,GO:1903829,GO:1904044,GO:1904181,GO:1904356,GO:1904357,GO:1904645,GO:1904646,GO:1904760,GO:1904762,GO:1904950,GO:1905076,GO:1905077,GO:1990404,GO:1990837,GO:1990966,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000677,GO:2000679,GO:2001020,GO:2001022,GO:2001141,GO:2001169,GO:2001170,GO:2001233,GO:2001242,GO:2001251
Exons	2
Evalue	5.41e-10
EggNOG OGs	KOG1037@1\|root,KOG1037@2759\|Eukaryota,38B7U@33154\|Opisthokonta,3BBUM@33208\|Metazoa,3CT5Y@33213\|Bilateria,4833Y@7711\|Chordata,494V3@7742\|Vertebrata,4A1A0@7898\|Actinopterygii
EC	2.4.2.30
Description	Poly (ADP-ribose) polymerase
Cds size	375
COG category	KLO
BRITE	ko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko03032,ko03036,ko03400

Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
1683186957.8663871-CDS-P-wetherbeei_contig7097:2006..2191	1683186957.8663871-CDS-P-wetherbeei_contig7097:2006..2191	Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79	CDS	P-wetherbeei_contig7097 2007..2191 +
1683186957.8771794-CDS-P-wetherbeei_contig7097:2658..2848	1683186957.8771794-CDS-P-wetherbeei_contig7097:2658..2848	Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79	CDS	P-wetherbeei_contig7097 2659..2848 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2	prot_P-wetherbeei_contig7097.1.2	Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79	polypeptide	P-wetherbeei_contig7097 2007..2848 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

protein sequence
mRNA from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+
coding sequence from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+

protein sequence of mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2

>prot_P-wetherbeei_contig7097.1.2 ID=prot_P-wetherbeei_contig7097.1.2|Name=mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2|organism=Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79|type=polypeptide|length=125bp
CRGCRKKIKGDDLRIGLMQKSTLFEGNQVHQRCTSHFVCTEDIADRVSAP
LLLASDRSQVFCDEDKERVGQAIAGATGGGMSAEEAKGCFKVERAKSGRS
TCRACKEPIPKDEVSASGKSRARR*

mRNA from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+

Legend: CDSpolypeptide

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 ID=mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2|Name=mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2|organism=Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79|type=mRNA|length=842bp|location=Sequence derived from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+ (Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79)
TGCAGGGGCTGCCGTAAGAAGATCAAAGGCGACGACCTCCGGATCGGACT
CATGCAAAAGTCAACCTTGTTCGAGGGAAACCAGGTACATCAACGATGCA
CCTCCCATTTCGTGTGCACCGAGGATATTGCGGATCGAGTCTCAGCGCCC
TTGTTGCTCGCCAGTGACCGTTCTCAGGTCTTCTGGTACCACCTCGATTG
CATGTTTCACGGCGGCACGCATGACGTTCCTCGAAGCATCGAGCTGGTCC
ACAACCTTGACAAGATCAAGTGCGTTGTGCCGTCCTTTTATATCTCCCGA
TGGAAAGAGACGAAAGCTCCCAGCATATCATACGCCAGGAGGCTCGACTG
TTTTTCAGATAGAATCCTCGCCCGTACTGCCTGTTGAGAACGTGTCTTCT
CTTGCCTTCTTCCCTTATCATTTTTTGCATTTAATGTAGAAACGCCTTGT
CCTGCCTACCTACGCGTCAACTTTCCTCCGAGCTGTCCAACCTACTTCTT
ACTGCGTCTGCCTCCCACGTCTACCATCCTGCGAAGACTTAAACGCCCAC
GTCTTCTTCTAGACCTTACTAATCTAATAACCTTTTCTCGCGTCGTTCTT
CGCTACATCGCGCACGCAACCGCACTGCGCCGTTTACGCGCCGCCGCTGC
AGCGATGAGGACAAGGAGCGCGTTGGGCAGGCTATCGCGGGCGCCACCGG
CGGCGGCATGAGCGCGGAGGAGGCCAAGGGTTGCTTCAAGGTGGAGCGTG
CCAAGAGCGGCCGCTCGACGTGTCGCGCCTGCAAGGAGCCTATCCCGAAG
GACGAGGTGAGCGCGAGCGGAAAGAGCCGAGCGAGGCGGTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+

>mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2 ID=mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2|Name=mRNA_P-wetherbeei_contig7097.1.2|organism=Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79|type=CDS|length=375bp|location=Sequence derived from alignment at P-wetherbeei_contig7097:2007..2848+ (Phaeothamnion wetherbeei SAG_119_79)
TGCAGGGGCTGCCGTAAGAAGATCAAAGGCGACGACCTCCGGATCGGACT
CATGCAAAAGTCAACCTTGTTCGAGGGAAACCAGGTACATCAACGATGCA
CCTCCCATTTCGTGTGCACCGAGGATATTGCGGATCGAGTCTCAGCGCCC
TTGTTGCTCGCCAGTGACCGTTCTCAGGTCTTCTGCGATGAGGACAAGGA
GCGCGTTGGGCAGGCTATCGCGGGCGCCACCGGCGGCGGCATGAGCGCGG
AGGAGGCCAAGGGTTGCTTCAAGGTGGAGCGTGCCAAGAGCGGCCGCTCG
ACGTGTCGCGCCTGCAAGGAGCCTATCCCGAAGGACGAGGTGAGCGCGAG
CGGAAAGAGCCGAGCGAGGCGGTAA