|
Homology
BLAST of mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1 vs. uniprot
Match: A0A6H5KI56_9PHAE (Uncharacterized protein (Fragment) n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 TaxID=867726 RepID=A0A6H5KI56_9PHAE) HSP 1 Score: 205 bits (521), Expect = 3.100e-57 Identity = 117/206 (56.80%), Postives = 135/206 (65.53%), Query Frame = 1
Query: 43 GMGKGAAAVSLSAAWRSAWDTLLRADMQFSNPTARCKRGSVGEAVVAVLRACMRERLLDSAFVTKKQDRLWGLPLFETPARTSGGASYSPEPFHLVTAFLRQGDLLEGRDNICSHMQTQAHPDPG------SAASATAKTPSSGLNSDGVSGGGAQPFPLTASPTVGSCKQPVCGGSGGRRQTQRRWRLLQYIMGWLDAAVLGGGG 642
G G GAA L AAWRS W TLLRAD++FSNPTARC RG VGEAVVAVL ACMRERL++ FVTK+QDRLW LPLF PA G+S+S E F LVTAFLR+GDLLEGRDNIC+ MQ HP PG +AA A T S G NS + G + G +GG RQT+RRWRLLQY++GW++ A L G G
Sbjct: 377 GTGAGAAVEVLRAAWRSVWATLLRADLRFSNPTARCDRGGVGEAVVAVLGACMRERLVEPGFVTKEQDRLWALPLFRAPA----GSSFSAEGFRLVTAFLRRGDLLEGRDNICAQMQM--HPGPGGTVAPDTAAGAAGATESDGDNSADEAAVGKEG-----------------GVNGGGRQTRRRWRLLQYLLGWVEGAALKGSG 559
BLAST of mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1 vs. uniprot
Match: D8LNB7_ECTSI (Non-specific serine/threonine protein kinase n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LNB7_ECTSI) HSP 1 Score: 204 bits (519), Expect = 5.860e-57 Identity = 117/205 (57.07%), Postives = 134/205 (65.37%), Query Frame = 1
Query: 31 RLREGMGKGAAAVSLSAAWRSAWDTLLRADMQFSNPTARCKRGSVGEAVVAVLRACMRERLLDSAFVTKKQDRLWGLPLFETPARTSGGASYSPEPFHLVTAFLRQGDLLEGRDNICSHMQTQAHPDPGSA-ASATAKTPSSGLNSDGVSGGGAQPFPLTASPTVGSCKQPVCGGSGGRRQTQRRWRLLQYIMGWLDAAVLGGGG 642
R G G AA L+AAWRS W TLLRAD++FSNPTARC+RG VGEAVVAVL ACMRERL++ FVTK+QDR+W LPLF PA GAS+S E F LVTAFLR+GDLLEGRDNIC+ MQ HP PG A A TA SDG + T G +GG RQT+RRWRLLQYI+GW++ A L G G
Sbjct: 451 RAGAGAGARAAVEVLNAAWRSVWATLLRADLRFSNPTARCERGGVGEAVVAVLGACMRERLVEPGFVTKEQDRIWALPLFRAPA----GASFSAEAFRLVTAFLRRGDLLEGRDNICAQMQM--HPGPGGAVAPDTAGXXXXXTESDGDNSADEAAAGKTG------------GVNGGGRQTRRRWRLLQYILGWVEGAALEGSG 637
The following BLAST results are available for this feature:
Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Taxonomic scope | Eukaryota |
Seed ortholog score | 204.1 |
Seed ortholog evalue | 6.4e-50 |
Seed eggNOG ortholog | 2880.D8LNB7 |
Preferred name | ATM |
KEGG ko | ko:K04728 |
KEGG Pathway | ko01524,ko03440,ko04064,ko04068,ko04110,ko04115,ko04210,ko04214,ko04218,ko05165,ko05166,ko05202,ko05206,map01524,map03440,map04064,map04068,map04110,map04115,map04210,map04214,map04218,map05165,map05166,map05202,map05206 |
KEGG Module | M00295,M00691 |
Hectar predicted targeting category | other localisation |
GOs | GO:0000003,GO:0000075,GO:0000077,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000706,GO:0000723,GO:0000724,GO:0000725,GO:0000726,GO:0000729,GO:0000956,GO:0001541,GO:0001666,GO:0001756,GO:0001775,GO:0001894,GO:0001895,GO:0001932,GO:0001934,GO:0002200,GO:0002327,GO:0002329,GO:0002331,GO:0002376,GO:0002377,GO:0002440,GO:0002520,GO:0002521,GO:0002562,GO:0002682,GO:0002683,GO:0002694,GO:0002695,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003824,GO:0004672,GO:0004674,GO:0004677,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005819,GO:0005856,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006281,GO:0006302,GO:0006303,GO:0006310,GO:0006325,GO:0006342,GO:0006348,GO:0006355,GO:0006401,GO:0006402,GO:0006403,GO:0006464,GO:0006468,GO:0006629,GO:0006644,GO:0006650,GO:0006661,GO:0006725,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006915,GO:0006950,GO:0006974,GO:0006975,GO:0006977,GO:0006996,GO:0007049,GO:0007050,GO:0007059,GO:0007088,GO:0007093,GO:0007094,GO:0007095,GO:0007127,GO:0007131,GO:0007140,GO:0007143,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007507,GO:0007548,GO:0007568,GO:0007569,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008219,GO:0008285,GO:0008334,GO:0008340,GO:0008406,GO:0008585,GO:0008610,GO:0008630,GO:0008654,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009314,GO:0009410,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009894,GO:0009896,GO:0009952,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009987,GO:0009994,GO:0010033,GO:0010165,GO:0010212,GO:0010243,GO:0010259,GO:0010332,GO:0010389,GO:0010468,GO:0010506,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010562,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010629,GO:0010638,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010948,GO:0010965,GO:0010972,GO:0012501,GO:0014070,GO:0014074,GO:0015630,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016071,GO:0016233,GO:0016301,GO:0016303,GO:0016310,GO:0016444,GO:0016458,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016572,GO:0016740,GO:0016772,GO:0016773,GO:0018105,GO:0018193,GO:0018209,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019439,GO:0019538,GO:0019637,GO:0019953,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030071,GO:0030097,GO:0030098,GO:0030154,GO:0030163,GO:0030183,GO:0030258,GO:0030330,GO:0030717,GO:0030888,GO:0030889,GO:0031000,GO:0031056,GO:0031058,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031329,GO:0031331,GO:0031334,GO:0031347,GO:0031348,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031503,GO:0031570,GO:0031571,GO:0031572,GO:0031577,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032006,GO:0032007,GO:0032200,GO:0032204,GO:0032205,GO:0032206,GO:0032210,GO:0032212,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032944,GO:0032945,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033046,GO:0033047,GO:0033048,GO:0033127,GO:0033129,GO:0033151,GO:0033554,GO:0034350,GO:0034351,GO:0034397,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034655,GO:0035004,GO:0035173,GO:0035264,GO:0035282,GO:0035556,GO:0035825,GO:0036092,GO:0036211,GO:0036270,GO:0036289,GO:0036293,GO:0040007,GO:0040029,GO:0042113,GO:0042127,GO:0042157,GO:0042159,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042327,GO:0042493,GO:0042592,GO:0042770,GO:0042981,GO:0043009,GO:0043030,GO:0043065,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043069,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043279,GO:0043412,GO:0043516,GO:0043517,GO:0043523,GO:0043525,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044255,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044270,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044446,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044773,GO:0044774,GO:0044783,GO:0044818,GO:0044819,GO:0044877,GO:0045017,GO:0045088,GO:0045132,GO:0045137,GO:0045141,GO:0045143,GO:0045321,GO:0045494,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045814,GO:0045824,GO:0045839,GO:0045841,GO:0045892,GO:0045930,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045937,GO:0046474,GO:0046483,GO:0046486,GO:0046488,GO:0046545,GO:0046649,GO:0046660,GO:0046700,GO:0046777,GO:0046834,GO:0046854,GO:0046983,GO:0047485,GO:0048232,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048538,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048589,GO:0048599,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048871,GO:0050000,GO:0050670,GO:0050672,GO:0050776,GO:0050777,GO:0050789,GO:0050794,GO:0050864,GO:0050865,GO:0050866,GO:0050869,GO:0050896,GO:0051052,GO:0051053,GO:0051054,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051236,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051249,GO:0051250,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051276,GO:0051303,GO:0051321,GO:0051402,GO:0051409,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051656,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051783,GO:0051784,GO:0051983,GO:0051985,GO:0052742,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060322,GO:0060429,GO:0060548,GO:0061053,GO:0061458,GO:0061982,GO:0061988,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070013,GO:0070192,GO:0070482,GO:0070663,GO:0070664,GO:0070727,GO:0070997,GO:0071044,GO:0071156,GO:0071158,GO:0071173,GO:0071174,GO:0071214,GO:0071478,GO:0071479,GO:0071480,GO:0071481,GO:0071500,GO:0071704,GO:0071840,GO:0072331,GO:0072359,GO:0072395,GO:0072401,GO:0072413,GO:0072422,GO:0072425,GO:0072431,GO:0072434,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090068,GO:0090220,GO:0090304,GO:0090399,GO:0090407,GO:0097190,GO:0097193,GO:0097694,GO:0097695,GO:0098813,GO:0104004,GO:0140013,GO:0140096,GO:1900034,GO:1901214,GO:1901215,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901361,GO:1901564,GO:1901565,GO:1901575,GO:1901576,GO:1901698,GO:1901796,GO:1901798,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902099,GO:1902100,GO:1902275,GO:1902400,GO:1902402,GO:1902403,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902749,GO:1902750,GO:1902806,GO:1902807,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903432,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903624,GO:1903626,GO:1903978,GO:1904262,GO:1904353,GO:1904354,GO:1904356,GO:1904358,GO:1904882,GO:1904884,GO:1905269,GO:1905818,GO:1905819,GO:1905843,GO:1990164,GO:1990391,GO:2000045,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000134,GO:2000278,GO:2000573,GO:2000816,GO:2001020,GO:2001022,GO:2001141,GO:2001228,GO:2001251,GO:2001252 |
EggNOG free text desc. | protein serine/threonine kinase activity |
EggNOG OGs | KOG0892@1,KOG0892@2759 |
EC | 2.7.11.1 |
COG Functional cat. | T |
Best tax level | Eukaryota |
Best eggNOG OG | NA|NA|NA |
BRITE | ko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01001,ko03032,ko03400 |
Exons | 3 |
Model size | 651 |
Cds size | 648 |
Stop | 0 |
Start | 0 |
Relationships
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
protein sequence of mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1 >prot_H-paniculata_contig1452.2706.1 ID=prot_H-paniculata_contig1452.2706.1|Name=mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1|organism=Halopteris paniculata Hal_grac_a_UBK monoicous|type=polypeptide|length=216bp
SGSGDSGDGPRLREGMGKGAAAVSLSAAWRSAWDTLLRADMQFSNPTARC KRGSVGEAVVAVLRACMRERLLDSAFVTKKQDRLWGLPLFETPARTSGGA SYSPEPFHLVTAFLRQGDLLEGRDNICSHMQTQAHPDPGSAASATAKTPS SGLNSDGVSGGGAQPFPLTASPTVGSCKQPVCGGSGGRRQTQRRWRLLQY IMGWLDAAVLGGGGGG back to topmRNA from alignment at H-paniculata_contig1452:11782..13345+ Legend: polypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1 ID=mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1|Name=mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1|organism=Halopteris paniculata Hal_grac_a_UBK monoicous|type=mRNA|length=1564bp|location=Sequence derived from alignment at H-paniculata_contig1452:11782..13345+ (Halopteris paniculata Hal_grac_a_UBK monoicous) TCCGGGAGTGGCGACAGCGGCGATGGTCCAAGGTTGAGGGAAGGAATGGG
GAAGGGGGCGGCCGCAGTGTCGCTCTCCGCGGCGTGGCGATCGGCGTGGG
ATACCCTGTTGCGCGCGGACATGCAATTTTCGAATCCGACGGCGAGGTGC
AAGAGAGGAAGTGTGGGAGAGGCGGTGGTGGCGGTGCTCCGGGCTTGCAT
GCGGGAGAGGTTGTTGGATTCCGCCTTTGTGACGAAAAAACAGGTAACTC
ATTGATGAAGAGGAGGCACTGAATGAGAGCGGGGAGGCGGGGGGTGTAGA
CCAACCAACTCGCGTTTAACCTGCCATTGTATAACTTCAGCACATTAAGT
TCGCGGTGCTCACGCTGAGGTTATGCAGCTCAACTGAACTCTGAGCCGCT
TATGCTTCTCAGCAAAATTAGGTCAACGGAAGGACATGTAGGGCATACTG
TACAACGTCTTGAGTAGGTGGGTTTAAGGTGTGCACAACGTTTTTTTGTC
GACTCTTGTGTTTGCGACGAGAAGCAGGTGGTTTGGTGCGTGTCGGTACC
AAAACTAGGTTTGTGTTTTGCTGGTTGAGTGCGTGGTTCAAGTTCAGTGT
GTGTGAATGAGGGAGGGCGGTCCAGTTAACGCTGTGTGTGTCTGTCTAAG
CCCCAGTTTCTTCTTGTTTTTTTTAGAGCAATCGGCTTTTTGCTATGCTG
CAAGATCTGTCGGTTTGCATTTGCTCCAACGGCGGAAAGACTGTGTTATT
TTGTACACCACTCTCACGAGTTTCCGTTCTGCCACAGGACCGACTGTGGG
GTCTCCCACTGTTCGAGACCCCCGCTCGGACGTCCGGTGGCGCGAGCTAC
TCTCCGGAGCCGTTCCACCTTGTAACGGCCTTTTTGCGTCAAGGAGACCT
GCTGGAAGGACGAGATAATATTTGCAGTCACATGCAGGTGACGGCACCAA
TATGAACTTTCGAGCAGTGATCTCCATGTCGTCCCATATCGTGAGCCCAC
CCTACACAGTTGGTGCTCTTCCTCGATCGCCGCACAAATTCACTCACCGT
TCCCCTTGAAAATACCCGCCCGTGGTTGGAATACAGGGGTGGATGGCATG
TTTATTCGACGGAGATGAGATGATTACAGGGCACTAGACGTCTAACATCG
CTCGAACGTTGTAGCATTTCAAACTTAAGACGCGTGTCAAACTGTGAGTA
TATCTGTTGTAGCCACCCATGTTTTCCAGCGCTTTTTTGTGTGTGTATTT
CACCAACCCCCTCGAATTCACACGGCGTCTCTCCCTTGCACATCTCCAAC
CACACAGACACAGGCACATCCGGATCCGGGCTCGGCAGCATCAGCGACTG
CCAAAACCCCGTCGAGTGGCTTGAACTCGGACGGTGTTTCTGGGGGTGGG
GCTCAGCCATTTCCTCTAACAGCGTCCCCAACTGTTGGTAGTTGTAAGCA
ACCGGTCTGCGGAGGCAGCGGCGGCAGAAGGCAAACTCAGCGTCGCTGGC
GTCTGCTGCAGTATATTATGGGCTGGCTGGATGCGGCCGTCCTGGGCGGC
GGGGGAGGAGGTGG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at H-paniculata_contig1452:11782..13345+ >mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1 ID=mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1|Name=mRNA_H-paniculata_contig1452.2706.1|organism=Halopteris paniculata Hal_grac_a_UBK monoicous|type=CDS|length=1296bp|location=Sequence derived from alignment at H-paniculata_contig1452:11782..13345+ (Halopteris paniculata Hal_grac_a_UBK monoicous) TCCGGGAGTGGCGACAGCGGCGATGGTCCAAGGTTGAGGGAAGGAATGGG GAAGGGGGCGGCCGCAGTGTCGCTCTCCGCGGCGTGGCGATCGGCGTGGG ATACCCTGTTGCGCGCGGACATGCAATTTTCGAATCCGACGGCGAGGTGC AAGAGAGGAAGTGTGGGAGAGGCGGTGGTGGCGGTGCTCCGGGCTTGCAT GCGGGAGAGGTTGTTGGATTCCGCCTTTGTGACGAAAAAACAGTCCGGGA GTGGCGACAGCGGCGATGGTCCAAGGTTGAGGGAAGGAATGGGGAAGGGG GCGGCCGCAGTGTCGCTCTCCGCGGCGTGGCGATCGGCGTGGGATACCCT GTTGCGCGCGGACATGCAATTTTCGAATCCGACGGCGAGGTGCAAGAGAG GAAGTGTGGGAGAGGCGGTGGTGGCGGTGCTCCGGGCTTGCATGCGGGAG AGGTTGTTGGATTCCGCCTTTGTGACGAAAAAACAGGACCGACTGTGGGG TCTCCCACTGTTCGAGACCCCCGCTCGGACGTCCGGTGGCGCGAGCTACT CTCCGGAGCCGTTCCACCTTGTAACGGCCTTTTTGCGTCAAGGAGACCTG CTGGAAGGACGAGATAATATTTGCAGTCACATGCAGGACCGACTGTGGGG TCTCCCACTGTTCGAGACCCCCGCTCGGACGTCCGGTGGCGCGAGCTACT CTCCGGAGCCGTTCCACCTTGTAACGGCCTTTTTGCGTCAAGGAGACCTG CTGGAAGGACGAGATAATATTTGCAGTCACATGCAGACACAGGCACATCC GGATCCGGGCTCGGCAGCATCAGCGACTGCCAAAACCCCGTCGAGTGGCT TGAACTCGGACGGTGTTTCTGGGGGTGGGGCTCAGCCATTTCCTCTAACA GCGTCCCCAACTGTTGGTAGTTGTAAGCAACCGGTCTGCGGAGGCAGCGG CGGCAGAAGGCAAACTCAGCGTCGCTGGCGTCTGCTGCAGTATATTATGG GCTGGCTGGATGCGGCCGTCCTGGGCGGCGGGGGAGGAGGTACACAGGCA CATCCGGATCCGGGCTCGGCAGCATCAGCGACTGCCAAAACCCCGTCGAG TGGCTTGAACTCGGACGGTGTTTCTGGGGGTGGGGCTCAGCCATTTCCTC TAACAGCGTCCCCAACTGTTGGTAGTTGTAAGCAACCGGTCTGCGGAGGC AGCGGCGGCAGAAGGCAAACTCAGCGTCGCTGGCGTCTGCTGCAGTATAT TATGGGCTGGCTGGATGCGGCCGTCCTGGGCGGCGGGGGAGGAGGT back to top
|