Gvermi7988.t1 (mRNA) Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male

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Overview
NameGvermi7988.t1
Unique NameGvermi7988.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
Sequence length481
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
ScGOVlb_24226contigScGOVlb_24226:490860..492302 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog8364.ENSXETP00000060548
Preferred namePSEN1
PFAMsPresenilin
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K04505,ko:K04522
KEGG Pathwayko04310,ko04330,ko04722,ko05010,ko05165,map04310,map04330,map04722,map05010,map05165
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0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043269,GO:0043270,GO:0043292,GO:0043299,GO:0043312,GO:0043392,GO:0043393,GO:0043405,GO:0043406,GO:0043408,GO:0043410,GO:0043412,GO:0043413,GO:0043473,GO:0043523,GO:0043524,GO:0043549,GO:0043588,GO:0043589,GO:0043603,GO:0044057,GO:0044070,GO:0044085,GO:0044092,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044297,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044429,GO:0044430,GO:0044433,GO:0044437,GO:0044441,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044449,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0045055,GO:0045121,GO:0045165,GO:0045176,GO:0045177,GO:0045184,GO:0045202,GO:0045296,GO:0045321,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045597,GO:0045664,GO:0045665,GO:0045666,GO:0045732,GO:0045747,GO:0045859,GO:0045860,GO:0045861,GO:0045862,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045937,GO:0046530,GO:0046649,GO:0046822,GO:0046824,GO:0046873,GO:0046903,GO:0046907,GO:0046983,GO:0048066,GO:0048143,GO:0048167,GO:0048190,GO:0048468,GO:0048471,GO:0048489,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048538,GO:0048562,GO:0048563,GO:0048568,GO:0048569,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048592,GO:0048598,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048705,GO:0048708,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048736,GO:0048854,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048878,GO:0050435,GO:0050673,GO:0050730,GO:0050732,GO:0050767,GO:0050768,GO:0050769,GO:0050770,GO:0050771,GO:0050773,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050801,GO:0050804,GO:0050806,GO:0050808,GO:0050818,GO:0050820,GO:0050839,GO:0050851,GO:0050852,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050896,GO:0050931,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051098,GO:0051099,GO:0051100,GO:0051101,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051222,GO:0051223,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051336,GO:0051338,GO:0051340,GO:0051347,GO:0051348,GO:0051352,GO:0051402,GO:0051438,GO:0051444,GO:0051563,GO:0051580,GO:0051582,GO:0051588,GO:0051590,GO:0051604,GO:0051606,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051648,GO:0051649,GO:0051650,GO:0051656,GO:0051674,GO:0051716,GO:0051952,GO:0051954,GO:0051955,GO:0051957,GO:0051960,GO:0051961,GO:0051962,GO:0051966,GO:0052547,GO:0052548,GO:0055037,GO:0055065,GO:0055074,GO:0055080,GO:0055082,GO:0055085,GO:0060041,GO:0060070,GO:0060075,GO:0060173,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060291,GO:0060322,GO:0060341,GO:0060429,GO:0060548,GO:0060562,GO:0060828,GO:0060998,GO:0060999,GO:0061053,GO:0061097,GO:0061099,GO:0061136,GO:0061371,GO:0061900,GO:0061919,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070001,GO:0070011,GO:0070085,GO:0070201,GO:0070482,GO:0070588,GO:0070765,GO:0070838,GO:0070887,GO:0070925,GO:0070997,GO:0071310,GO:0071417,GO:0071495,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071840,GO:0071900,GO:0071902,GO:0071944,GO:0072358,GO:0072359,GO:0072503,GO:0072507,GO:0072511,GO:0080090,GO:0090087,GO:0090092,GO:0090287,GO:0090316,GO:0090596,GO:0090647,GO:0097028,GO:0097447,GO:0097458,GO:0097479,GO:0097480,GO:0097708,GO:0098588,GO:0098589,GO:0098590,GO:0098609,GO:0098655,GO:0098660,GO:0098662,GO:0098687,GO:0098771,GO:0098796,GO:0098797,GO:0098805,GO:0098852,GO:0098857,GO:0098916,GO:0099003,GO:0099080,GO:0099081,GO:0099177,GO:0099503,GO:0099504,GO:0099512,GO:0099536,GO:0099537,GO:0099568,GO:0099643,GO:0106027,GO:0120025,GO:0120035,GO:0120036,GO:0120038,GO:0140029,GO:0140096,GO:0150034,GO:0198738,GO:1900006,GO:1900180,GO:1900182,GO:1901135,GO:1901137,GO:1901184,GO:1901185,GO:1901214,GO:1901215,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1901652,GO:1901653,GO:1901698,GO:1901699,GO:1901700,GO:1901701,GO:1901800,GO:1902531,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902903,GO:1902905,GO:1903050,GO:1903051,GO:1903052,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903362,GO:1903363,GO:1903364,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903522,GO:1903789,GO:1903793,GO:1903827,GO:1903829,GO:1903844,GO:1903959,GO:1903961,GO:1904589,GO:1904591,GO:1904645,GO:1904646,GO:1904796,GO:1904797,GO:1904951,GO:1905037,GO:1905114,GO:1905906,GO:1905908,GO:1990535,GO:2000026,GO:2000058,GO:2000059,GO:2000060,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000272,GO:2000677,GO:2000678,GO:2001023,GO:2001025,GO:2001141,GO:2001233,GO:2001234
Evalue1.42e-44
EggNOG OGsKOG2736@1|root,KOG2736@2759|Eukaryota,38HQN@33154|Opisthokonta,3BE5S@33208|Metazoa,3CRWI@33213|Bilateria,4844B@7711|Chordata,493D6@7742|Vertebrata
Descriptionnegative regulation of core promoter binding
COG categoryT
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01002
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988Gvermi7988Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malegeneScGOVlb_24226 490860..492302 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988.t1.stop1Gvermi7988.t1.stop1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestop_codonScGOVlb_24226 490860..490862 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988.t1.CDS1Gvermi7988.t1.CDS1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleCDSScGOVlb_24226 490860..492302 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988.t1.exon1Gvermi7988.t1.exon1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_24226 490860..492302 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988.t1.start1Gvermi7988.t1.start1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestart_codonScGOVlb_24226 492300..492302 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi7988.t1Gvermi7988.t1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malepolypeptideScGOVlb_24226 490860..492302 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gvermi7988.t1 ID=Gvermi7988.t1|Name=Gvermi7988.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=481bp
MLRNLFRRARRTRRRRPRTISPHDALTNAISRVLTPVMICMVLAVWFVNG
HGDPQKCNFVPERQYNDQIFNVPQSRDEETSGTTPIVAIVFMFVFFALMV
VFTFLIVWLYKTGRDKIIKGWLITAVFVIFGYIGGLYVFDFCRSYCINLD
WITLVIAVWNFTITGLFAIFSSVPRVVNQAYLVIMSALMAFVFRPLPSWT
IWIVLAVLVIWDLYAVLGPGGPLKKLVAIARERGGDLPALVYDTDPRDAG
RERSKTPSSKPSQTPDKQRKPREPQAETEQQGPSAGQAQPETEQPGSPPG
QPQPETEQPASSAERPQTEREQRQQVDELSPADVSRTPQVSKPAYIRKFF
PKRSNNRSSLPPAPPVPPPPATLPNVRPAQERKEEVPVGTLGTHLKLGLG
DFVFYSILVAEASKTGVMTAVTSFVAILAGLCATLFLVTACRKALPALPI
SITAGLLTYVLTRYTIQPFTANLFEELLFH*
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spliced messenger RNA

>Gvermi7988.t1 ID=Gvermi7988.t1|Name=Gvermi7988.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1443bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24226:490860..492302- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGCTTCGAAATCTTTTCCGACGTGCACGACGAACACGACGGCGACGACC
GCGTACCATTTCTCCACACGATGCTCTCACAAACGCCATATCCCGAGTGT
TGACTCCCGTCATGATATGTATGGTTTTGGCCGTATGGTTCGTCAACGGG
CATGGAGATCCGCAGAAATGTAATTTCGTCCCAGAGCGGCAGTACAACGA
CCAAATTTTCAATGTACCCCAGTCTCGGGATGAAGAAACCTCCGGCACCA
CTCCCATAGTGGCAATTGTTTTCATGTTTGTTTTCTTTGCGCTCATGGTT
GTCTTTACCTTTCTCATTGTGTGGCTTTACAAAACCGGTCGCGACAAGAT
TATCAAAGGTTGGCTTATCACTGCTGTGTTTGTCATTTTCGGCTACATTG
GTGGTCTGTACGTTTTCGACTTTTGCCGCTCGTATTGCATAAATCTCGAC
TGGATCACGCTGGTCATAGCCGTTTGGAACTTCACGATCACAGGGCTTTT
CGCCATTTTCAGCTCCGTTCCGCGTGTGGTCAACCAGGCGTACCTGGTCA
TCATGTCCGCCTTAATGGCCTTTGTGTTTCGACCGCTTCCGTCATGGACA
ATATGGATAGTTCTGGCTGTTTTAGTCATCTGGGACTTGTACGCTGTGTT
AGGGCCGGGCGGGCCGCTCAAGAAGCTAGTTGCTATTGCTCGCGAACGCG
GAGGTGATTTACCGGCTCTCGTGTACGATACGGACCCAAGAGATGCCGGG
AGAGAGCGTTCAAAGACCCCATCCTCAAAACCCTCGCAAACGCCCGACAA
ACAGCGCAAGCCTAGAGAGCCACAGGCGGAGACAGAACAACAAGGGCCGT
CGGCGGGGCAAGCGCAGCCCGAGACGGAACAACCAGGGTCGCCGCCGGGA
CAACCGCAACCTGAGACGGAGCAACCAGCGTCGTCAGCAGAGCGGCCGCA
AACTGAGAGAGAACAAAGGCAACAAGTTGACGAACTTTCCCCAGCAGACG
TTTCACGAACGCCACAAGTTTCAAAGCCGGCATACATCAGGAAGTTTTTT
CCGAAGCGATCAAACAACAGATCATCTCTGCCACCAGCACCGCCCGTGCC
TCCGCCGCCGGCAACGCTTCCAAATGTACGCCCGGCTCAAGAACGAAAGG
AGGAGGTGCCCGTCGGAACACTCGGAACCCATCTCAAGCTTGGCCTGGGC
GATTTTGTATTTTACTCTATTCTTGTGGCTGAGGCAAGTAAGACTGGTGT
CATGACGGCTGTCACAAGCTTTGTGGCTATTCTTGCCGGGTTGTGTGCCA
CTCTATTTCTTGTTACTGCCTGCAGGAAGGCTCTGCCAGCTTTGCCCATC
AGCATCACTGCTGGGTTGCTGACTTACGTGCTAACGCGTTACACTATTCA
GCCGTTTACTGCTAATCTTTTTGAAGAGCTTCTGTTTCACTAA
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protein sequence of Gvermi7988.t1

>Gvermi7988.t1 ID=Gvermi7988.t1|Name=Gvermi7988.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=polypeptide|length=481bp
MLRNLFRRARRTRRRRPRTISPHDALTNAISRVLTPVMICMVLAVWFVNG
HGDPQKCNFVPERQYNDQIFNVPQSRDEETSGTTPIVAIVFMFVFFALMV
VFTFLIVWLYKTGRDKIIKGWLITAVFVIFGYIGGLYVFDFCRSYCINLD
WITLVIAVWNFTITGLFAIFSSVPRVVNQAYLVIMSALMAFVFRPLPSWT
IWIVLAVLVIWDLYAVLGPGGPLKKLVAIARERGGDLPALVYDTDPRDAG
RERSKTPSSKPSQTPDKQRKPREPQAETEQQGPSAGQAQPETEQPGSPPG
QPQPETEQPASSAERPQTEREQRQQVDELSPADVSRTPQVSKPAYIRKFF
PKRSNNRSSLPPAPPVPPPPATLPNVRPAQERKEEVPVGTLGTHLKLGLG
DFVFYSILVAEASKTGVMTAVTSFVAILAGLCATLFLVTACRKALPALPI
SITAGLLTYVLTRYTIQPFTANLFEELLFH*
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mRNA from alignment at ScGOVlb_24226:490860..492302-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gvermi7988.t1 ID=Gvermi7988.t1|Name=Gvermi7988.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1443bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24226:490860..492302- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGCTTCGAAATCTTTTCCGACGTGCACGACGAACACGACGGCGACGACC
GCGTACCATTTCTCCACACGATGCTCTCACAAACGCCATATCCCGAGTGT
TGACTCCCGTCATGATATGTATGGTTTTGGCCGTATGGTTCGTCAACGGG
CATGGAGATCCGCAGAAATGTAATTTCGTCCCAGAGCGGCAGTACAACGA
CCAAATTTTCAATGTACCCCAGTCTCGGGATGAAGAAACCTCCGGCACCA
CTCCCATAGTGGCAATTGTTTTCATGTTTGTTTTCTTTGCGCTCATGGTT
GTCTTTACCTTTCTCATTGTGTGGCTTTACAAAACCGGTCGCGACAAGAT
TATCAAAGGTTGGCTTATCACTGCTGTGTTTGTCATTTTCGGCTACATTG
GTGGTCTGTACGTTTTCGACTTTTGCCGCTCGTATTGCATAAATCTCGAC
TGGATCACGCTGGTCATAGCCGTTTGGAACTTCACGATCACAGGGCTTTT
CGCCATTTTCAGCTCCGTTCCGCGTGTGGTCAACCAGGCGTACCTGGTCA
TCATGTCCGCCTTAATGGCCTTTGTGTTTCGACCGCTTCCGTCATGGACA
ATATGGATAGTTCTGGCTGTTTTAGTCATCTGGGACTTGTACGCTGTGTT
AGGGCCGGGCGGGCCGCTCAAGAAGCTAGTTGCTATTGCTCGCGAACGCG
GAGGTGATTTACCGGCTCTCGTGTACGATACGGACCCAAGAGATGCCGGG
AGAGAGCGTTCAAAGACCCCATCCTCAAAACCCTCGCAAACGCCCGACAA
ACAGCGCAAGCCTAGAGAGCCACAGGCGGAGACAGAACAACAAGGGCCGT
CGGCGGGGCAAGCGCAGCCCGAGACGGAACAACCAGGGTCGCCGCCGGGA
CAACCGCAACCTGAGACGGAGCAACCAGCGTCGTCAGCAGAGCGGCCGCA
AACTGAGAGAGAACAAAGGCAACAAGTTGACGAACTTTCCCCAGCAGACG
TTTCACGAACGCCACAAGTTTCAAAGCCGGCATACATCAGGAAGTTTTTT
CCGAAGCGATCAAACAACAGATCATCTCTGCCACCAGCACCGCCCGTGCC
TCCGCCGCCGGCAACGCTTCCAAATGTACGCCCGGCTCAAGAACGAAAGG
AGGAGGTGCCCGTCGGAACACTCGGAACCCATCTCAAGCTTGGCCTGGGC
GATTTTGTATTTTACTCTATTCTTGTGGCTGAGGCAAGTAAGACTGGTGT
CATGACGGCTGTCACAAGCTTTGTGGCTATTCTTGCCGGGTTGTGTGCCA
CTCTATTTCTTGTTACTGCCTGCAGGAAGGCTCTGCCAGCTTTGCCCATC
AGCATCACTGCTGGGTTGCTGACTTACGTGCTAACGCGTTACACTATTCA
GCCGTTTACTGCTAATCTTTTTGAAGAGCTTCTGTTTCACTAA
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Coding sequence (CDS) from alignment at ScGOVlb_24226:490860..492302-

>Gvermi7988.t1 ID=Gvermi7988.t1|Name=Gvermi7988.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=CDS|length=1443bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24226:490860..492302- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGCTTCGAAATCTTTTCCGACGTGCACGACGAACACGACGGCGACGACC
GCGTACCATTTCTCCACACGATGCTCTCACAAACGCCATATCCCGAGTGT
TGACTCCCGTCATGATATGTATGGTTTTGGCCGTATGGTTCGTCAACGGG
CATGGAGATCCGCAGAAATGTAATTTCGTCCCAGAGCGGCAGTACAACGA
CCAAATTTTCAATGTACCCCAGTCTCGGGATGAAGAAACCTCCGGCACCA
CTCCCATAGTGGCAATTGTTTTCATGTTTGTTTTCTTTGCGCTCATGGTT
GTCTTTACCTTTCTCATTGTGTGGCTTTACAAAACCGGTCGCGACAAGAT
TATCAAAGGTTGGCTTATCACTGCTGTGTTTGTCATTTTCGGCTACATTG
GTGGTCTGTACGTTTTCGACTTTTGCCGCTCGTATTGCATAAATCTCGAC
TGGATCACGCTGGTCATAGCCGTTTGGAACTTCACGATCACAGGGCTTTT
CGCCATTTTCAGCTCCGTTCCGCGTGTGGTCAACCAGGCGTACCTGGTCA
TCATGTCCGCCTTAATGGCCTTTGTGTTTCGACCGCTTCCGTCATGGACA
ATATGGATAGTTCTGGCTGTTTTAGTCATCTGGGACTTGTACGCTGTGTT
AGGGCCGGGCGGGCCGCTCAAGAAGCTAGTTGCTATTGCTCGCGAACGCG
GAGGTGATTTACCGGCTCTCGTGTACGATACGGACCCAAGAGATGCCGGG
AGAGAGCGTTCAAAGACCCCATCCTCAAAACCCTCGCAAACGCCCGACAA
ACAGCGCAAGCCTAGAGAGCCACAGGCGGAGACAGAACAACAAGGGCCGT
CGGCGGGGCAAGCGCAGCCCGAGACGGAACAACCAGGGTCGCCGCCGGGA
CAACCGCAACCTGAGACGGAGCAACCAGCGTCGTCAGCAGAGCGGCCGCA
AACTGAGAGAGAACAAAGGCAACAAGTTGACGAACTTTCCCCAGCAGACG
TTTCACGAACGCCACAAGTTTCAAAGCCGGCATACATCAGGAAGTTTTTT
CCGAAGCGATCAAACAACAGATCATCTCTGCCACCAGCACCGCCCGTGCC
TCCGCCGCCGGCAACGCTTCCAAATGTACGCCCGGCTCAAGAACGAAAGG
AGGAGGTGCCCGTCGGAACACTCGGAACCCATCTCAAGCTTGGCCTGGGC
GATTTTGTATTTTACTCTATTCTTGTGGCTGAGGCAAGTAAGACTGGTGT
CATGACGGCTGTCACAAGCTTTGTGGCTATTCTTGCCGGGTTGTGTGCCA
CTCTATTTCTTGTTACTGCCTGCAGGAAGGCTCTGCCAGCTTTGCCCATC
AGCATCACTGCTGGGTTGCTGACTTACGTGCTAACGCGTTACACTATTCA
GCCGTTTACTGCTAATCTTTTTGAAGAGCTTCTGTTTCACTAA
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