Gvermi6714.t1 (mRNA) Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male

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Overview
NameGvermi6714.t1
Unique NameGvermi6714.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
Sequence length613
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
ScGOVlb_88contigScGOVlb_88:2077442..2079333 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005703938.1
Preferred nameSMARCA4
PFAMsBRK,Bromodomain,HSA,Helicase_C,QLQ,SNF2_N,SnAC
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K11647,ko:K11786
KEGG Pathwayko04714,ko05225,map04714,map05225
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Evalue6.98e-54
EggNOG OGsCOG0553@1|root,KOG0386@2759|Eukaryota
Descriptionaortic smooth muscle cell differentiation
COG categoryKL
BRITEko00000,ko00001,ko01000,ko03021,ko03036
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714Gvermi6714Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malegeneScGOVlb_88 2075536..2079333 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714.t1Gvermi6714.t1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malepolypeptideScGOVlb_88 2077442..2079333 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714.t1.stop1Gvermi6714.t1.stop1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestop_codonScGOVlb_88 2077442..2077444 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
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Gvermi6714.t1.CDS2Gvermi6714.t1.CDS2Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleCDSScGOVlb_88 2077510..2079333 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714.t1.exon1Gvermi6714.t1.exon1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_88 2077442..2077456 -
Gvermi6714.t1.exon2Gvermi6714.t1.exon2Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_88 2077510..2079333 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714.t1.intron1Gvermi6714.t1.intron1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleintronScGOVlb_88 2077457..2077509 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6714.t1.start1Gvermi6714.t1.start1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestart_codonScGOVlb_88 2079331..2079333 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gvermi6714.t1 ID=Gvermi6714.t1|Name=Gvermi6714.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=613bp
LHTESIARRPPSKRKDPKVAPRTSSPRAPQSPRLRRGHQAPSFEAQTCGD
LSATHVFQVKAQLDAFRRLIRDADIPAEVHIAARGRPPTCVLPASGYVIE
RGVPDPHHHTLVSDKPSIHPNGISHFDVRNLPRFPINHTFTKQDVLRNKE
EHISDAQVQERVALAKAHHQRLYARFCETHSTTPLSPTAPPPQLDARVAQ
QRLEIIHAASAIAPIPSAKPSESSHPHKPLHERKSPRRRERGLPAIHTSI
VRNAAAVPICVVSKGQHRPSYLQLLREREERLRQRMKFRLQEINEIKTYA
PDEVQRLLKIEEKQLKLTNLQRSVREKVMYSMKAVLDRRGISDLRPATIA
RWRRRAAGYAYGNSISHGSYIGAPRVEESYRIQQAMQRRARRQGFMQNLL
HHGHQFKVWFSARQTLKKRLLKDLERYFRDRSREEERRKKKEQLDRLRAL
RSNNQDEYLELLKATKNKRLIQLLKQTDEYLMQIGAQVERQKRFAREEDE
RLGGGHQEADRGTESEARGANAVYPGEADDELTQFKKRRNDYYTISHTIS
EKVRQPDCLVGGKLKHYQLEGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTL
SLITYLCEQLGT*
back to top

spliced messenger RNA

>Gvermi6714.t1 ID=Gvermi6714.t1|Name=Gvermi6714.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1839bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_88:2077442..2079333- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
CTGCACACCGAGTCTATCGCACGGCGCCCGCCCTCCAAGCGCAAGGACCC
CAAGGTCGCCCCGCGCACCTCCTCTCCGCGTGCCCCGCAATCTCCGCGCC
TTCGTCGCGGCCACCAAGCTCCCTCCTTCGAGGCGCAGACATGCGGCGAT
CTATCCGCCACACACGTGTTTCAAGTCAAGGCCCAACTGGATGCCTTTCG
CCGCCTCATTCGCGACGCTGACATCCCGGCAGAGGTGCACATTGCCGCGA
GGGGTCGCCCTCCCACCTGCGTCTTGCCTGCTTCCGGGTACGTCATTGAA
CGCGGCGTGCCAGATCCTCATCATCATACCCTTGTGTCCGATAAACCTTC
AATACATCCAAATGGTATCTCGCATTTTGACGTGAGGAATCTCCCGCGTT
TTCCGATTAACCATACCTTCACCAAACAAGACGTCTTGCGCAACAAAGAG
GAACACATATCAGACGCTCAGGTGCAAGAACGCGTCGCGCTTGCCAAGGC
ACACCATCAACGCCTGTACGCTCGATTTTGTGAGACACACAGTACCACCC
CCCTGTCACCCACGGCACCCCCACCACAATTAGATGCACGGGTCGCTCAG
CAACGCCTTGAAATCATTCACGCCGCCAGCGCAATCGCTCCCATTCCTTC
TGCAAAGCCCAGCGAGTCTTCCCACCCTCACAAACCTCTCCACGAGCGTA
AAAGCCCCCGTCGTAGGGAGCGCGGCCTTCCTGCCATTCACACATCCATT
GTACGCAATGCTGCTGCTGTTCCAATTTGTGTCGTTTCAAAGGGCCAACA
CCGTCCGTCCTACTTGCAACTCCTCAGAGAACGTGAGGAAAGGCTGCGTC
AACGCATGAAGTTTAGACTGCAGGAAATCAATGAGATCAAAACATATGCT
CCCGACGAGGTTCAGCGATTACTCAAAATTGAGGAGAAACAGCTCAAACT
TACCAACCTTCAGCGATCGGTGCGGGAGAAAGTGATGTACTCAATGAAGG
CTGTGTTAGACCGCCGCGGTATTTCTGACCTGCGACCGGCGACAATTGCG
AGGTGGAGGAGGCGTGCGGCGGGCTATGCGTATGGCAACTCAATTAGCCA
CGGTAGTTATATCGGTGCGCCTCGCGTTGAAGAGAGTTACAGAATACAGC
AAGCCATGCAACGGAGAGCTCGGCGTCAGGGTTTCATGCAGAATCTATTG
CACCATGGCCACCAGTTCAAAGTTTGGTTCAGTGCTCGTCAAACTCTGAA
GAAGCGCCTGCTCAAGGACCTTGAGCGCTACTTCCGCGATCGCTCGCGAG
AAGAGGAACGAAGAAAGAAGAAGGAGCAGCTGGATCGCCTACGCGCGCTA
CGGAGCAATAACCAGGATGAATACCTTGAATTGCTAAAGGCTACGAAGAA
CAAGAGATTGATTCAGCTCCTCAAACAAACCGATGAGTATCTTATGCAAA
TTGGGGCCCAGGTGGAGCGACAAAAACGGTTTGCGAGAGAGGAGGATGAA
AGATTGGGAGGTGGGCACCAGGAGGCGGATAGGGGGACGGAGTCCGAGGC
GAGGGGCGCCAACGCAGTCTATCCAGGAGAGGCAGATGACGAACTTACAC
AATTTAAGAAGCGAAGAAATGATTACTATACGATATCGCATACTATATCG
GAAAAAGTTCGCCAACCTGACTGTCTCGTGGGTGGAAAGTTGAAACACTA
CCAGCTAGAAGGCCTGGAATGGCTGGTATCTCTATACAACAACAACCTGA
ATGGAATTCTGGCTGATGAAATGGGGCTTGGGAAAACGATCCAAACATTG
TCCCTGATTACATACCTCTGCGAACAACTGGGTACGTGA
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protein sequence of Gvermi6714.t1

>Gvermi6714.t1 ID=Gvermi6714.t1|Name=Gvermi6714.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=polypeptide|length=613bp
LHTESIARRPPSKRKDPKVAPRTSSPRAPQSPRLRRGHQAPSFEAQTCGD
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EHISDAQVQERVALAKAHHQRLYARFCETHSTTPLSPTAPPPQLDARVAQ
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EKVRQPDCLVGGKLKHYQLEGLEWLVSLYNNNLNGILADEMGLGKTIQTL
SLITYLCEQLGT*
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mRNA from alignment at ScGOVlb_88:2077442..2079333-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gvermi6714.t1 ID=Gvermi6714.t1|Name=Gvermi6714.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1892bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_88:2077442..2079333- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
CTGCACACCGAGTCTATCGCACGGCGCCCGCCCTCCAAGCGCAAGGACCC
CAAGGTCGCCCCGCGCACCTCCTCTCCGCGTGCCCCGCAATCTCCGCGCC
TTCGTCGCGGCCACCAAGCTCCCTCCTTCGAGGCGCAGACATGCGGCGAT
CTATCCGCCACACACGTGTTTCAAGTCAAGGCCCAACTGGATGCCTTTCG
CCGCCTCATTCGCGACGCTGACATCCCGGCAGAGGTGCACATTGCCGCGA
GGGGTCGCCCTCCCACCTGCGTCTTGCCTGCTTCCGGGTACGTCATTGAA
CGCGGCGTGCCAGATCCTCATCATCATACCCTTGTGTCCGATAAACCTTC
AATACATCCAAATGGTATCTCGCATTTTGACGTGAGGAATCTCCCGCGTT
TTCCGATTAACCATACCTTCACCAAACAAGACGTCTTGCGCAACAAAGAG
GAACACATATCAGACGCTCAGGTGCAAGAACGCGTCGCGCTTGCCAAGGC
ACACCATCAACGCCTGTACGCTCGATTTTGTGAGACACACAGTACCACCC
CCCTGTCACCCACGGCACCCCCACCACAATTAGATGCACGGGTCGCTCAG
CAACGCCTTGAAATCATTCACGCCGCCAGCGCAATCGCTCCCATTCCTTC
TGCAAAGCCCAGCGAGTCTTCCCACCCTCACAAACCTCTCCACGAGCGTA
AAAGCCCCCGTCGTAGGGAGCGCGGCCTTCCTGCCATTCACACATCCATT
GTACGCAATGCTGCTGCTGTTCCAATTTGTGTCGTTTCAAAGGGCCAACA
CCGTCCGTCCTACTTGCAACTCCTCAGAGAACGTGAGGAAAGGCTGCGTC
AACGCATGAAGTTTAGACTGCAGGAAATCAATGAGATCAAAACATATGCT
CCCGACGAGGTTCAGCGATTACTCAAAATTGAGGAGAAACAGCTCAAACT
TACCAACCTTCAGCGATCGGTGCGGGAGAAAGTGATGTACTCAATGAAGG
CTGTGTTAGACCGCCGCGGTATTTCTGACCTGCGACCGGCGACAATTGCG
AGGTGGAGGAGGCGTGCGGCGGGCTATGCGTATGGCAACTCAATTAGCCA
CGGTAGTTATATCGGTGCGCCTCGCGTTGAAGAGAGTTACAGAATACAGC
AAGCCATGCAACGGAGAGCTCGGCGTCAGGGTTTCATGCAGAATCTATTG
CACCATGGCCACCAGTTCAAAGTTTGGTTCAGTGCTCGTCAAACTCTGAA
GAAGCGCCTGCTCAAGGACCTTGAGCGCTACTTCCGCGATCGCTCGCGAG
AAGAGGAACGAAGAAAGAAGAAGGAGCAGCTGGATCGCCTACGCGCGCTA
CGGAGCAATAACCAGGATGAATACCTTGAATTGCTAAAGGCTACGAAGAA
CAAGAGATTGATTCAGCTCCTCAAACAAACCGATGAGTATCTTATGCAAA
TTGGGGCCCAGGTGGAGCGACAAAAACGGTTTGCGAGAGAGGAGGATGAA
AGATTGGGAGGTGGGCACCAGGAGGCGGATAGGGGGACGGAGTCCGAGGC
GAGGGGCGCCAACGCAGTCTATCCAGGAGAGGCAGATGACGAACTTACAC
AATTTAAGAAGCGAAGAAATGATTACTATACGATATCGCATACTATATCG
GAAAAAGTTCGCCAACCTGACTGTCTCGTGGGTGGAAAGTTGAAACACTA
CCAGCTAGAAGGCCTGGAATGGCTGGTATCTCTATACAACAACAACCTGA
ATGGAATTCTGGCTGATGAAATGGGGCTTGGGAAAACGATCCAAACATTG
TCCCTGATTACATACCTCTGCGAAGTGAAGAAAACTTACGGGCCGTTTTT
GATAATAGTTCCGCTGAGTGTCATCAGCAACTGGGTACGTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at ScGOVlb_88:2077442..2079333-

>Gvermi6714.t1 ID=Gvermi6714.t1|Name=Gvermi6714.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=CDS|length=1839bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_88:2077442..2079333- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
CTGCACACCGAGTCTATCGCACGGCGCCCGCCCTCCAAGCGCAAGGACCC
CAAGGTCGCCCCGCGCACCTCCTCTCCGCGTGCCCCGCAATCTCCGCGCC
TTCGTCGCGGCCACCAAGCTCCCTCCTTCGAGGCGCAGACATGCGGCGAT
CTATCCGCCACACACGTGTTTCAAGTCAAGGCCCAACTGGATGCCTTTCG
CCGCCTCATTCGCGACGCTGACATCCCGGCAGAGGTGCACATTGCCGCGA
GGGGTCGCCCTCCCACCTGCGTCTTGCCTGCTTCCGGGTACGTCATTGAA
CGCGGCGTGCCAGATCCTCATCATCATACCCTTGTGTCCGATAAACCTTC
AATACATCCAAATGGTATCTCGCATTTTGACGTGAGGAATCTCCCGCGTT
TTCCGATTAACCATACCTTCACCAAACAAGACGTCTTGCGCAACAAAGAG
GAACACATATCAGACGCTCAGGTGCAAGAACGCGTCGCGCTTGCCAAGGC
ACACCATCAACGCCTGTACGCTCGATTTTGTGAGACACACAGTACCACCC
CCCTGTCACCCACGGCACCCCCACCACAATTAGATGCACGGGTCGCTCAG
CAACGCCTTGAAATCATTCACGCCGCCAGCGCAATCGCTCCCATTCCTTC
TGCAAAGCCCAGCGAGTCTTCCCACCCTCACAAACCTCTCCACGAGCGTA
AAAGCCCCCGTCGTAGGGAGCGCGGCCTTCCTGCCATTCACACATCCATT
GTACGCAATGCTGCTGCTGTTCCAATTTGTGTCGTTTCAAAGGGCCAACA
CCGTCCGTCCTACTTGCAACTCCTCAGAGAACGTGAGGAAAGGCTGCGTC
AACGCATGAAGTTTAGACTGCAGGAAATCAATGAGATCAAAACATATGCT
CCCGACGAGGTTCAGCGATTACTCAAAATTGAGGAGAAACAGCTCAAACT
TACCAACCTTCAGCGATCGGTGCGGGAGAAAGTGATGTACTCAATGAAGG
CTGTGTTAGACCGCCGCGGTATTTCTGACCTGCGACCGGCGACAATTGCG
AGGTGGAGGAGGCGTGCGGCGGGCTATGCGTATGGCAACTCAATTAGCCA
CGGTAGTTATATCGGTGCGCCTCGCGTTGAAGAGAGTTACAGAATACAGC
AAGCCATGCAACGGAGAGCTCGGCGTCAGGGTTTCATGCAGAATCTATTG
CACCATGGCCACCAGTTCAAAGTTTGGTTCAGTGCTCGTCAAACTCTGAA
GAAGCGCCTGCTCAAGGACCTTGAGCGCTACTTCCGCGATCGCTCGCGAG
AAGAGGAACGAAGAAAGAAGAAGGAGCAGCTGGATCGCCTACGCGCGCTA
CGGAGCAATAACCAGGATGAATACCTTGAATTGCTAAAGGCTACGAAGAA
CAAGAGATTGATTCAGCTCCTCAAACAAACCGATGAGTATCTTATGCAAA
TTGGGGCCCAGGTGGAGCGACAAAAACGGTTTGCGAGAGAGGAGGATGAA
AGATTGGGAGGTGGGCACCAGGAGGCGGATAGGGGGACGGAGTCCGAGGC
GAGGGGCGCCAACGCAGTCTATCCAGGAGAGGCAGATGACGAACTTACAC
AATTTAAGAAGCGAAGAAATGATTACTATACGATATCGCATACTATATCG
GAAAAAGTTCGCCAACCTGACTGTCTCGTGGGTGGAAAGTTGAAACACTA
CCAGCTAGAAGGCCTGGAATGGCTGGTATCTCTATACAACAACAACCTGA
ATGGAATTCTGGCTGATGAAATGGGGCTTGGGAAAACGATCCAAACATTG
TCCCTGATTACATACCTCTGCGAACAACTGGGTACGTGA
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