Gvermi12761.t1 (mRNA) Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male

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Overview
NameGvermi12761.t1
Unique NameGvermi12761.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
Sequence length585
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
ScGOVlb_425contigScGOVlb_425:1407001..1408755 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog126957.SMAR000462-PA
Preferred nameSHH
PFAMsHH_signal,Hint
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K06224,ko:K11988,ko:K11989,ko:K11990
KEGG Pathwayko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226
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Evalue6.11e-14
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DescriptionIntercellular signal essential for a variety of patterning events during development. Establishes the anterior- posterior axis of the embryonic segments and patterns the larval imaginal disks. Binds to the patched (ptc) receptor, which functions in association with smoothened (smo), to activate the transcription of target genes wingless (wg), decapentaplegic (dpp) and ptc. In the absence of hh, ptc represses the constitutive signaling activity of smo through fused (fu)
COG categoryT
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Relationships

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The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

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The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

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The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi12761.t1.exon1Gvermi12761.t1.exon1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_425 1407001..1408755 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi12761.t1.stop1Gvermi12761.t1.stop1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestop_codonScGOVlb_425 1408753..1408755 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi12761.t1Gvermi12761.t1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malepolypeptideScGOVlb_425 1407001..1408755 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gvermi12761.t1 ID=Gvermi12761.t1|Name=Gvermi12761.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=585bp
MAFAPVCLLVFVLGCTLLSPVLSVPSLPSTVRNAVYEDISTTYNLVYAVK
DSSCPSSITFGTYTFDEREFPILPFSDIEEDEAECSGDGSLNFVTERTVN
EPGLLEALKLQSFQEAISENGNAGALIDSPVTDDLLVGWHSGTRTCGSLS
YPTQTIYFVIREDKDYKITFRSPEASNRVNIPPGLRSLLIVAPNNQVCLL
IDKSTNPDQDVTLLTGYSNGTVTNSQLTTAGIVELPPPSADSADEGDSSS
SANNGGEMEESSAASDDTMDETSDEPPSPSPAPEPSASSSLSPFPSVSPS
ASVAPDVDQSAGSVAGGGLAELPSASPAPSVASGVASVAPSPSDFGALVA
SPSAIATAVPLGSPIGTVAPGASAVPPGAAGAISFEDDPVASAEEDDGSA
CFPASAIVRTERGDLPMHQVEIGDRVSTGNGFSDVVLFTHRRRVGTFAFT
RLRVKSGRDLTVSDGHYVLRKNGHLVAASSVAVGDVLRMSDESEDGSVVK
IEKVFEAGLYNPQTESGSIVVNGFVASTYTTAVDPRMAHTALLVPVRLMY
KVWRWPVEQLSLALDEGSRIARWMPRGEAVVVGL*
back to top

spliced messenger RNA

>Gvermi12761.t1 ID=Gvermi12761.t1|Name=Gvermi12761.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1755bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_425:1407001..1408755+ (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGCGTTCGCGCCCGTGTGTCTTCTCGTTTTCGTGCTTGGGTGTACCCT
TCTTTCTCCAGTATTGAGCGTGCCCTCGTTGCCTTCAACCGTTCGCAACG
CTGTGTATGAAGATATCAGCACCACCTACAACCTGGTTTATGCTGTCAAA
GATTCCTCCTGCCCGTCGTCGATAACCTTCGGTACATACACCTTCGACGA
ACGTGAGTTTCCGATCCTGCCATTTTCGGACATCGAAGAAGATGAAGCAG
AGTGTTCTGGCGATGGATCGCTTAACTTTGTCACTGAACGCACAGTCAAC
GAGCCTGGCTTATTGGAGGCTCTCAAGCTCCAATCCTTTCAGGAAGCTAT
TTCTGAAAATGGAAACGCAGGGGCCCTCATCGATAGTCCAGTCACAGATG
ATTTGCTAGTTGGATGGCACAGTGGAACGCGTACGTGTGGATCACTTTCC
TACCCAACACAGACCATCTACTTCGTTATTCGGGAGGACAAAGATTACAA
GATTACTTTCAGAAGTCCCGAAGCTAGCAATCGAGTTAACATTCCACCCG
GACTTCGCTCGTTGCTCATTGTAGCTCCGAACAATCAGGTTTGTTTGCTT
ATCGACAAGAGCACAAACCCTGACCAGGATGTCACACTTCTCACTGGGTA
TTCCAATGGAACTGTGACTAATTCGCAGCTTACAACGGCTGGTATCGTGG
AGCTGCCTCCACCAAGTGCGGATTCTGCCGATGAAGGTGACAGCTCTTCT
TCAGCGAACAATGGAGGCGAAATGGAAGAATCCAGCGCTGCATCGGATGA
CACAATGGATGAAACATCAGATGAACCTCCCTCCCCATCACCAGCACCAG
AACCCAGTGCGAGCTCAAGTTTGTCGCCTTTTCCGAGTGTCAGTCCTTCT
GCATCTGTAGCGCCTGATGTCGATCAATCTGCAGGATCAGTTGCTGGCGG
GGGGTTGGCCGAGCTGCCTAGTGCTAGCCCAGCTCCATCCGTGGCATCTG
GAGTCGCGTCGGTGGCACCGTCACCAAGTGACTTTGGAGCTCTAGTCGCA
TCACCGAGTGCTATTGCTACAGCTGTCCCGTTGGGTTCTCCAATCGGCAC
TGTGGCACCCGGCGCAAGTGCCGTTCCGCCGGGCGCGGCTGGCGCCATAT
CTTTTGAGGACGACCCAGTGGCTAGTGCAGAAGAGGATGATGGTTCCGCT
TGTTTCCCGGCTTCGGCCATAGTGCGTACTGAGAGAGGTGATTTACCCAT
GCACCAGGTTGAGATTGGAGACAGAGTGTCCACTGGCAACGGTTTTTCTG
ATGTGGTGTTGTTCACGCATCGGCGAAGAGTTGGTACATTCGCTTTCACT
AGACTTAGGGTGAAGAGTGGACGGGATCTGACTGTATCAGATGGACACTA
TGTGCTTCGGAAGAACGGACATCTAGTGGCTGCATCATCTGTAGCTGTGG
GCGATGTGTTGCGCATGTCTGATGAATCGGAAGACGGAAGCGTTGTGAAG
ATTGAAAAGGTATTCGAGGCCGGACTGTACAATCCTCAAACCGAAAGCGG
AAGCATCGTGGTGAATGGGTTTGTGGCATCGACATACACAACGGCAGTTG
ACCCGAGGATGGCACACACAGCGCTTTTGGTGCCGGTCCGACTCATGTAT
AAGGTTTGGAGATGGCCGGTTGAACAACTGAGCCTTGCGTTGGATGAAGG
AAGCAGGATCGCCAGGTGGATGCCCAGGGGAGAGGCTGTAGTTGTTGGAT
TGTAG
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protein sequence of Gvermi12761.t1

>Gvermi12761.t1 ID=Gvermi12761.t1|Name=Gvermi12761.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=polypeptide|length=585bp
MAFAPVCLLVFVLGCTLLSPVLSVPSLPSTVRNAVYEDISTTYNLVYAVK
DSSCPSSITFGTYTFDEREFPILPFSDIEEDEAECSGDGSLNFVTERTVN
EPGLLEALKLQSFQEAISENGNAGALIDSPVTDDLLVGWHSGTRTCGSLS
YPTQTIYFVIREDKDYKITFRSPEASNRVNIPPGLRSLLIVAPNNQVCLL
IDKSTNPDQDVTLLTGYSNGTVTNSQLTTAGIVELPPPSADSADEGDSSS
SANNGGEMEESSAASDDTMDETSDEPPSPSPAPEPSASSSLSPFPSVSPS
ASVAPDVDQSAGSVAGGGLAELPSASPAPSVASGVASVAPSPSDFGALVA
SPSAIATAVPLGSPIGTVAPGASAVPPGAAGAISFEDDPVASAEEDDGSA
CFPASAIVRTERGDLPMHQVEIGDRVSTGNGFSDVVLFTHRRRVGTFAFT
RLRVKSGRDLTVSDGHYVLRKNGHLVAASSVAVGDVLRMSDESEDGSVVK
IEKVFEAGLYNPQTESGSIVVNGFVASTYTTAVDPRMAHTALLVPVRLMY
KVWRWPVEQLSLALDEGSRIARWMPRGEAVVVGL*
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mRNA from alignment at ScGOVlb_425:1407001..1408755+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gvermi12761.t1 ID=Gvermi12761.t1|Name=Gvermi12761.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=1755bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_425:1407001..1408755+ (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGGCGTTCGCGCCCGTGTGTCTTCTCGTTTTCGTGCTTGGGTGTACCCT
TCTTTCTCCAGTATTGAGCGTGCCCTCGTTGCCTTCAACCGTTCGCAACG
CTGTGTATGAAGATATCAGCACCACCTACAACCTGGTTTATGCTGTCAAA
GATTCCTCCTGCCCGTCGTCGATAACCTTCGGTACATACACCTTCGACGA
ACGTGAGTTTCCGATCCTGCCATTTTCGGACATCGAAGAAGATGAAGCAG
AGTGTTCTGGCGATGGATCGCTTAACTTTGTCACTGAACGCACAGTCAAC
GAGCCTGGCTTATTGGAGGCTCTCAAGCTCCAATCCTTTCAGGAAGCTAT
TTCTGAAAATGGAAACGCAGGGGCCCTCATCGATAGTCCAGTCACAGATG
ATTTGCTAGTTGGATGGCACAGTGGAACGCGTACGTGTGGATCACTTTCC
TACCCAACACAGACCATCTACTTCGTTATTCGGGAGGACAAAGATTACAA
GATTACTTTCAGAAGTCCCGAAGCTAGCAATCGAGTTAACATTCCACCCG
GACTTCGCTCGTTGCTCATTGTAGCTCCGAACAATCAGGTTTGTTTGCTT
ATCGACAAGAGCACAAACCCTGACCAGGATGTCACACTTCTCACTGGGTA
TTCCAATGGAACTGTGACTAATTCGCAGCTTACAACGGCTGGTATCGTGG
AGCTGCCTCCACCAAGTGCGGATTCTGCCGATGAAGGTGACAGCTCTTCT
TCAGCGAACAATGGAGGCGAAATGGAAGAATCCAGCGCTGCATCGGATGA
CACAATGGATGAAACATCAGATGAACCTCCCTCCCCATCACCAGCACCAG
AACCCAGTGCGAGCTCAAGTTTGTCGCCTTTTCCGAGTGTCAGTCCTTCT
GCATCTGTAGCGCCTGATGTCGATCAATCTGCAGGATCAGTTGCTGGCGG
GGGGTTGGCCGAGCTGCCTAGTGCTAGCCCAGCTCCATCCGTGGCATCTG
GAGTCGCGTCGGTGGCACCGTCACCAAGTGACTTTGGAGCTCTAGTCGCA
TCACCGAGTGCTATTGCTACAGCTGTCCCGTTGGGTTCTCCAATCGGCAC
TGTGGCACCCGGCGCAAGTGCCGTTCCGCCGGGCGCGGCTGGCGCCATAT
CTTTTGAGGACGACCCAGTGGCTAGTGCAGAAGAGGATGATGGTTCCGCT
TGTTTCCCGGCTTCGGCCATAGTGCGTACTGAGAGAGGTGATTTACCCAT
GCACCAGGTTGAGATTGGAGACAGAGTGTCCACTGGCAACGGTTTTTCTG
ATGTGGTGTTGTTCACGCATCGGCGAAGAGTTGGTACATTCGCTTTCACT
AGACTTAGGGTGAAGAGTGGACGGGATCTGACTGTATCAGATGGACACTA
TGTGCTTCGGAAGAACGGACATCTAGTGGCTGCATCATCTGTAGCTGTGG
GCGATGTGTTGCGCATGTCTGATGAATCGGAAGACGGAAGCGTTGTGAAG
ATTGAAAAGGTATTCGAGGCCGGACTGTACAATCCTCAAACCGAAAGCGG
AAGCATCGTGGTGAATGGGTTTGTGGCATCGACATACACAACGGCAGTTG
ACCCGAGGATGGCACACACAGCGCTTTTGGTGCCGGTCCGACTCATGTAT
AAGGTTTGGAGATGGCCGGTTGAACAACTGAGCCTTGCGTTGGATGAAGG
AAGCAGGATCGCCAGGTGGATGCCCAGGGGAGAGGCTGTAGTTGTTGGAT
TGTAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at ScGOVlb_425:1407001..1408755+

>Gvermi12761.t1 ID=Gvermi12761.t1|Name=Gvermi12761.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=CDS|length=1755bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_425:1407001..1408755+ (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGGCGTTCGCGCCCGTGTGTCTTCTCGTTTTCGTGCTTGGGTGTACCCT
TCTTTCTCCAGTATTGAGCGTGCCCTCGTTGCCTTCAACCGTTCGCAACG
CTGTGTATGAAGATATCAGCACCACCTACAACCTGGTTTATGCTGTCAAA
GATTCCTCCTGCCCGTCGTCGATAACCTTCGGTACATACACCTTCGACGA
ACGTGAGTTTCCGATCCTGCCATTTTCGGACATCGAAGAAGATGAAGCAG
AGTGTTCTGGCGATGGATCGCTTAACTTTGTCACTGAACGCACAGTCAAC
GAGCCTGGCTTATTGGAGGCTCTCAAGCTCCAATCCTTTCAGGAAGCTAT
TTCTGAAAATGGAAACGCAGGGGCCCTCATCGATAGTCCAGTCACAGATG
ATTTGCTAGTTGGATGGCACAGTGGAACGCGTACGTGTGGATCACTTTCC
TACCCAACACAGACCATCTACTTCGTTATTCGGGAGGACAAAGATTACAA
GATTACTTTCAGAAGTCCCGAAGCTAGCAATCGAGTTAACATTCCACCCG
GACTTCGCTCGTTGCTCATTGTAGCTCCGAACAATCAGGTTTGTTTGCTT
ATCGACAAGAGCACAAACCCTGACCAGGATGTCACACTTCTCACTGGGTA
TTCCAATGGAACTGTGACTAATTCGCAGCTTACAACGGCTGGTATCGTGG
AGCTGCCTCCACCAAGTGCGGATTCTGCCGATGAAGGTGACAGCTCTTCT
TCAGCGAACAATGGAGGCGAAATGGAAGAATCCAGCGCTGCATCGGATGA
CACAATGGATGAAACATCAGATGAACCTCCCTCCCCATCACCAGCACCAG
AACCCAGTGCGAGCTCAAGTTTGTCGCCTTTTCCGAGTGTCAGTCCTTCT
GCATCTGTAGCGCCTGATGTCGATCAATCTGCAGGATCAGTTGCTGGCGG
GGGGTTGGCCGAGCTGCCTAGTGCTAGCCCAGCTCCATCCGTGGCATCTG
GAGTCGCGTCGGTGGCACCGTCACCAAGTGACTTTGGAGCTCTAGTCGCA
TCACCGAGTGCTATTGCTACAGCTGTCCCGTTGGGTTCTCCAATCGGCAC
TGTGGCACCCGGCGCAAGTGCCGTTCCGCCGGGCGCGGCTGGCGCCATAT
CTTTTGAGGACGACCCAGTGGCTAGTGCAGAAGAGGATGATGGTTCCGCT
TGTTTCCCGGCTTCGGCCATAGTGCGTACTGAGAGAGGTGATTTACCCAT
GCACCAGGTTGAGATTGGAGACAGAGTGTCCACTGGCAACGGTTTTTCTG
ATGTGGTGTTGTTCACGCATCGGCGAAGAGTTGGTACATTCGCTTTCACT
AGACTTAGGGTGAAGAGTGGACGGGATCTGACTGTATCAGATGGACACTA
TGTGCTTCGGAAGAACGGACATCTAGTGGCTGCATCATCTGTAGCTGTGG
GCGATGTGTTGCGCATGTCTGATGAATCGGAAGACGGAAGCGTTGTGAAG
ATTGAAAAGGTATTCGAGGCCGGACTGTACAATCCTCAAACCGAAAGCGG
AAGCATCGTGGTGAATGGGTTTGTGGCATCGACATACACAACGGCAGTTG
ACCCGAGGATGGCACACACAGCGCTTTTGGTGCCGGTCCGACTCATGTAT
AAGGTTTGGAGATGGCCGGTTGAACAACTGAGCCTTGCGTTGGATGAAGG
AAGCAGGATCGCCAGGTGGATGCCCAGGGGAGAGGCTGTAGTTGTTGGAT
TGTAG
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