Ggra9158.t1 (mRNA) Gracilaria gracilis GNS1m male

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Overview
NameGgra9158.t1
Unique NameGgra9158.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria gracilis GNS1m male (Gracilaria gracilis GNS1m male (Slender Wart Weed))
Sequence length519
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000075_piloncontigtig00000075_pilon:263077..264633 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria gracilis GNS1m male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog529818.AMSG_05001T0
Preferred nameEHD4
PFAMsDynamin_N,EF-hand_4,EHD_N
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K12469,ko:K12476,ko:K12477,ko:K12483
KEGG Pathwayko04144,map04144
GOsGO:0000003,GO:0001654,GO:0001745,GO:0001751,GO:0001754,GO:0001881,GO:0001932,GO:0001934,GO:0002009,GO:0002165,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003407,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003824,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005576,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005783,GO:0005811,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005901,GO:0005911,GO:0005929,GO:0006810,GO:0006886,GO:0006892,GO:0006896,GO:0006897,GO:0006907,GO:0006937,GO:0006942,GO:0006950,GO:0006970,GO:0006972,GO:0006996,GO:0007009,GO:0007010,GO:0007034,GO:0007041,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007291,GO:0007292,GO:0007349,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007472,GO:0007474,GO:0007476,GO:0007552,GO:0007560,GO:0007596,GO:0007599,GO:0008016,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008587,GO:0009506,GO:0009611,GO:0009628,GO:0009651,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009791,GO:0009886,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009893,GO:0009987,GO:0010008,GO:0010033,GO:0010256,GO:0010562,GO:0010604,GO:0010720,GO:0010830,GO:0010831,GO:0010883,GO:0010884,GO:0010885,GO:0010886,GO:0010939,GO:0010940,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010959,GO:0010975,GO:0010976,GO:0012505,GO:0015031,GO:0015630,GO:0015833,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016192,GO:0016197,GO:0016462,GO:0016482,GO:0016787,GO:0016817,GO:0016818,GO:0016887,GO:0017016,GO:0017111,GO:0017137,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019898,GO:0019899,GO:0019904,GO:0019953,GO:0020016,GO:0020018,GO:0022008,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022603,GO:0022607,GO:0022898,GO:0023051,GO:0030029,GO:0030030,GO:0030031,GO:0030036,GO:0030054,GO:0030100,GO:0030139,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030424,GO:0030865,GO:0030866,GO:0031090,GO:0031094,GO:0031095,GO:0031175,GO:0031253,GO:0031267,GO:0031323,GO:0031325,GO:0031344,GO:0031346,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031410,GO:0031901,GO:0031982,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032386,GO:0032388,GO:0032409,GO:0032411,GO:0032412,GO:0032414,GO:0032456,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032956,GO:0032970,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033267,GO:0033365,GO:0034381,GO:0034383,GO:0034498,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034762,GO:0034764,GO:0034765,GO:0034767,GO:0035107,GO:0035114,GO:0035120,GO:0035220,GO:0035239,GO:0035295,GO:0042060,GO:0042147,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042327,GO:0042391,GO:0042538,GO:0042592,GO:0042632,GO:0042670,GO:0042802,GO:0042886,GO:0042995,GO:0043005,GO:0043010,GO:0043112,GO:0043170,GO:0043195,GO:0043209,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043269,GO:0043270,GO:0043679,GO:0043933,GO:0044057,GO:0044085,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044260,GO:0044306,GO:0044421,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044433,GO:0044440,GO:0044441,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044456,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044782,GO:0044853,GO:0045121,GO:0045171,GO:0045184,GO:0045202,GO:0045466,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045664,GO:0045666,GO:0045937,GO:0046530,GO:0046907,GO:0048052,GO:0048193,GO:0048232,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048471,GO:0048477,GO:0048513,GO:0048515,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048563,GO:0048569,GO:0048592,GO:0048593,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048707,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048736,GO:0048737,GO:0048749,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048878,GO:0050730,GO:0050731,GO:0050767,GO:0050769,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050817,GO:0050878,GO:0050896,GO:0051020,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051147,GO:0051149,GO:0051153,GO:0051155,GO:0051171,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051259,GO:0051260,GO:0051493,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051924,GO:0051928,GO:0051960,GO:0051962,GO:0055037,GO:0055038,GO:0055044,GO:0055088,GO:0055092,GO:0055117,GO:0060041,GO:0060042,GO:0060142,GO:0060143,GO:0060170,GO:0060219,GO:0060255,GO:0060271,GO:0060284,GO:0060341,GO:0060429,GO:0060562,GO:0060627,GO:0060988,GO:0060990,GO:0061024,GO:0061174,GO:0061512,GO:0065003,GO:0065005,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070201,GO:0070727,GO:0070848,GO:0070887,GO:0070925,GO:0071212,GO:0071310,GO:0071363,GO:0071495,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071825,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072657,GO:0072659,GO:0080090,GO:0086036,GO:0090160,GO:0090257,GO:0090596,GO:0097006,GO:0097159,GO:0097320,GO:0097458,GO:0097708,GO:0098588,GO:0098589,GO:0098590,GO:0098657,GO:0098793,GO:0098805,GO:0098857,GO:0120025,GO:0120031,GO:0120035,GO:0120036,GO:0120038,GO:0150034,GO:1901019,GO:1901021,GO:1901363,GO:1901385,GO:1901387,GO:1901739,GO:1901741,GO:1903169,GO:1903358,GO:1903522,GO:1903779,GO:1904062,GO:1904064,GO:1904427,GO:1904950,GO:1905952,GO:1905954,GO:1990089,GO:1990090,GO:1990255,GO:1990778,GO:2000026,GO:2001135,GO:2001137,GO:2001257,GO:2001259
Evalue1.16e-177
EggNOG OGsKOG1954@1|root,KOG1954@2759|Eukaryota
Descriptionendocytic recycling
COG categoryS
BRITEko00000,ko00001,ko04131,ko04147
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158Ggra9158Gracilaria gracilis GNS1m malegenetig00000075_pilon 263077..264633 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158.t1.start1Ggra9158.t1.start1Gracilaria gracilis GNS1m malestart_codontig00000075_pilon 263077..263079 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158.t1.CDS1Ggra9158.t1.CDS1Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000075_pilon 263077..264633 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158.t1.exon1Ggra9158.t1.exon1Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000075_pilon 263077..264633 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158.t1.stop1Ggra9158.t1.stop1Gracilaria gracilis GNS1m malestop_codontig00000075_pilon 264631..264633 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra9158.t1Ggra9158.t1Gracilaria gracilis GNS1m malepolypeptidetig00000075_pilon 263077..264633 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Ggra9158.t1 ID=Ggra9158.t1|Name=Ggra9158.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=519bp
MNALKRIYKAKVRPLEQAYKFSEFYASELTDGDFDARPFVLLVGGYSVGK
TSFIRYMLQRDFPGSRIGPEPTTDRFLAVMAGRTGQAEGVMPGNAAAVDL
DRPFTSLSRFGISFLSRFEVSELAAPILDNISFIDTPGILSGEKQRVERG
YSFEHVVEWFAERADRILLLFDGNKLDISDELKRVIECLKSHDDKIRIIL
NKADMVDPQQLMRVYGALMWSLGKVIRSPEVLRVYIGSFWDKPVNPNGAS
NAKLFSDEEADLLNDLRNLPQNSAVRKINELVKRARLARVHALLVNHLRA
SMPYLWGHKKKQERLALRLKDEYVKVQKAHSLAIGDFPSVEKFRSGLEAF
DLSEFPNLSKRLLDVTEGALARDIPKLMLSIGISAEETGRAAQADKDDER
DGGNPFGDPQQNEGGENDAKWAVTPAAKAKWDRVFDSLKPTGQPPALAGA
AVRDLMLESGLPPSTLKRVWDLADIDKDGLLDADEFAVAMTLIKKGRSEG
ISAVPEELPLSLVPHSKR*
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spliced messenger RNA

>Ggra9158.t1 ID=Ggra9158.t1|Name=Ggra9158.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1557bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000075_pilon:263077..264633+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGAACGCGTTAAAGAGAATATACAAGGCAAAAGTCCGCCCTCTCGAACA
AGCATACAAGTTTTCCGAGTTCTATGCGTCAGAACTGACTGATGGTGACT
TTGATGCTCGTCCGTTCGTGCTTCTTGTAGGCGGTTATTCAGTGGGCAAG
ACCTCGTTCATCCGCTACATGCTACAGCGCGATTTTCCTGGCTCACGGAT
TGGGCCAGAGCCTACCACGGATAGGTTTCTTGCAGTCATGGCGGGAAGAA
CTGGTCAAGCCGAAGGGGTCATGCCCGGAAATGCTGCTGCAGTCGACCTT
GACCGTCCGTTTACGTCGCTTTCGCGCTTCGGGATAAGCTTTCTCTCTCG
ATTCGAAGTGTCTGAACTCGCCGCTCCGATTTTGGATAACATCAGTTTTA
TCGATACCCCTGGTATTCTAAGCGGTGAAAAGCAGCGCGTAGAGAGAGGG
TACTCATTTGAGCACGTTGTCGAATGGTTTGCTGAACGAGCGGACAGAAT
ACTTCTTTTGTTCGATGGCAATAAGCTTGATATCTCAGATGAACTTAAGC
GAGTCATCGAATGTCTCAAATCTCACGACGATAAGATTCGAATTATCCTG
AATAAGGCTGACATGGTTGACCCTCAACAGCTAATGCGTGTGTATGGTGC
GCTCATGTGGTCCCTGGGAAAAGTTATACGATCTCCGGAGGTACTGCGAG
TATACATAGGCTCCTTTTGGGATAAACCTGTAAATCCCAACGGAGCATCA
AATGCAAAGCTGTTCAGTGATGAAGAAGCGGATTTGCTAAATGACCTGCG
AAACTTACCGCAGAATTCAGCCGTCCGCAAAATTAACGAGCTAGTCAAAC
GCGCGCGGCTTGCACGAGTACATGCTTTGCTGGTTAATCATCTACGTGCA
AGTATGCCCTACTTATGGGGGCACAAGAAAAAGCAAGAACGCCTCGCTTT
ACGTTTGAAAGATGAGTACGTCAAAGTTCAAAAAGCCCATAGTCTGGCCA
TAGGAGACTTCCCGTCGGTTGAGAAATTTCGCAGTGGACTGGAGGCCTTT
GATTTGTCGGAGTTTCCAAACTTGTCCAAACGACTGTTGGACGTCACTGA
GGGTGCTCTCGCTCGGGATATTCCGAAACTCATGCTTTCAATTGGCATTA
GTGCGGAAGAAACTGGAAGGGCAGCTCAAGCTGATAAAGATGATGAAAGA
GATGGTGGAAATCCATTTGGCGATCCACAACAAAACGAAGGTGGGGAGAA
CGACGCGAAATGGGCCGTTACACCTGCGGCGAAAGCGAAATGGGATCGAG
TGTTCGATTCCTTGAAGCCCACTGGACAACCCCCTGCCTTGGCTGGAGCT
GCTGTCCGCGATCTCATGCTTGAAAGTGGTTTACCGCCGAGCACTTTGAA
ACGAGTCTGGGATTTAGCGGATATTGACAAGGATGGGTTATTGGATGCTG
ACGAGTTCGCAGTTGCAATGACTTTGATAAAGAAAGGAAGATCTGAGGGG
ATTTCTGCTGTACCTGAGGAGCTGCCATTGTCATTAGTCCCACATAGCAA
GAGGTGA
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protein sequence of Ggra9158.t1

>Ggra9158.t1 ID=Ggra9158.t1|Name=Ggra9158.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=519bp
MNALKRIYKAKVRPLEQAYKFSEFYASELTDGDFDARPFVLLVGGYSVGK
TSFIRYMLQRDFPGSRIGPEPTTDRFLAVMAGRTGQAEGVMPGNAAAVDL
DRPFTSLSRFGISFLSRFEVSELAAPILDNISFIDTPGILSGEKQRVERG
YSFEHVVEWFAERADRILLLFDGNKLDISDELKRVIECLKSHDDKIRIIL
NKADMVDPQQLMRVYGALMWSLGKVIRSPEVLRVYIGSFWDKPVNPNGAS
NAKLFSDEEADLLNDLRNLPQNSAVRKINELVKRARLARVHALLVNHLRA
SMPYLWGHKKKQERLALRLKDEYVKVQKAHSLAIGDFPSVEKFRSGLEAF
DLSEFPNLSKRLLDVTEGALARDIPKLMLSIGISAEETGRAAQADKDDER
DGGNPFGDPQQNEGGENDAKWAVTPAAKAKWDRVFDSLKPTGQPPALAGA
AVRDLMLESGLPPSTLKRVWDLADIDKDGLLDADEFAVAMTLIKKGRSEG
ISAVPEELPLSLVPHSKR*
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mRNA from alignment at tig00000075_pilon:263077..264633+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Ggra9158.t1 ID=Ggra9158.t1|Name=Ggra9158.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1557bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000075_pilon:263077..264633+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGAACGCGTTAAAGAGAATATACAAGGCAAAAGTCCGCCCTCTCGAACA
AGCATACAAGTTTTCCGAGTTCTATGCGTCAGAACTGACTGATGGTGACT
TTGATGCTCGTCCGTTCGTGCTTCTTGTAGGCGGTTATTCAGTGGGCAAG
ACCTCGTTCATCCGCTACATGCTACAGCGCGATTTTCCTGGCTCACGGAT
TGGGCCAGAGCCTACCACGGATAGGTTTCTTGCAGTCATGGCGGGAAGAA
CTGGTCAAGCCGAAGGGGTCATGCCCGGAAATGCTGCTGCAGTCGACCTT
GACCGTCCGTTTACGTCGCTTTCGCGCTTCGGGATAAGCTTTCTCTCTCG
ATTCGAAGTGTCTGAACTCGCCGCTCCGATTTTGGATAACATCAGTTTTA
TCGATACCCCTGGTATTCTAAGCGGTGAAAAGCAGCGCGTAGAGAGAGGG
TACTCATTTGAGCACGTTGTCGAATGGTTTGCTGAACGAGCGGACAGAAT
ACTTCTTTTGTTCGATGGCAATAAGCTTGATATCTCAGATGAACTTAAGC
GAGTCATCGAATGTCTCAAATCTCACGACGATAAGATTCGAATTATCCTG
AATAAGGCTGACATGGTTGACCCTCAACAGCTAATGCGTGTGTATGGTGC
GCTCATGTGGTCCCTGGGAAAAGTTATACGATCTCCGGAGGTACTGCGAG
TATACATAGGCTCCTTTTGGGATAAACCTGTAAATCCCAACGGAGCATCA
AATGCAAAGCTGTTCAGTGATGAAGAAGCGGATTTGCTAAATGACCTGCG
AAACTTACCGCAGAATTCAGCCGTCCGCAAAATTAACGAGCTAGTCAAAC
GCGCGCGGCTTGCACGAGTACATGCTTTGCTGGTTAATCATCTACGTGCA
AGTATGCCCTACTTATGGGGGCACAAGAAAAAGCAAGAACGCCTCGCTTT
ACGTTTGAAAGATGAGTACGTCAAAGTTCAAAAAGCCCATAGTCTGGCCA
TAGGAGACTTCCCGTCGGTTGAGAAATTTCGCAGTGGACTGGAGGCCTTT
GATTTGTCGGAGTTTCCAAACTTGTCCAAACGACTGTTGGACGTCACTGA
GGGTGCTCTCGCTCGGGATATTCCGAAACTCATGCTTTCAATTGGCATTA
GTGCGGAAGAAACTGGAAGGGCAGCTCAAGCTGATAAAGATGATGAAAGA
GATGGTGGAAATCCATTTGGCGATCCACAACAAAACGAAGGTGGGGAGAA
CGACGCGAAATGGGCCGTTACACCTGCGGCGAAAGCGAAATGGGATCGAG
TGTTCGATTCCTTGAAGCCCACTGGACAACCCCCTGCCTTGGCTGGAGCT
GCTGTCCGCGATCTCATGCTTGAAAGTGGTTTACCGCCGAGCACTTTGAA
ACGAGTCTGGGATTTAGCGGATATTGACAAGGATGGGTTATTGGATGCTG
ACGAGTTCGCAGTTGCAATGACTTTGATAAAGAAAGGAAGATCTGAGGGG
ATTTCTGCTGTACCTGAGGAGCTGCCATTGTCATTAGTCCCACATAGCAA
GAGGTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000075_pilon:263077..264633+

>Ggra9158.t1 ID=Ggra9158.t1|Name=Ggra9158.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=1557bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000075_pilon:263077..264633+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGAACGCGTTAAAGAGAATATACAAGGCAAAAGTCCGCCCTCTCGAACA
AGCATACAAGTTTTCCGAGTTCTATGCGTCAGAACTGACTGATGGTGACT
TTGATGCTCGTCCGTTCGTGCTTCTTGTAGGCGGTTATTCAGTGGGCAAG
ACCTCGTTCATCCGCTACATGCTACAGCGCGATTTTCCTGGCTCACGGAT
TGGGCCAGAGCCTACCACGGATAGGTTTCTTGCAGTCATGGCGGGAAGAA
CTGGTCAAGCCGAAGGGGTCATGCCCGGAAATGCTGCTGCAGTCGACCTT
GACCGTCCGTTTACGTCGCTTTCGCGCTTCGGGATAAGCTTTCTCTCTCG
ATTCGAAGTGTCTGAACTCGCCGCTCCGATTTTGGATAACATCAGTTTTA
TCGATACCCCTGGTATTCTAAGCGGTGAAAAGCAGCGCGTAGAGAGAGGG
TACTCATTTGAGCACGTTGTCGAATGGTTTGCTGAACGAGCGGACAGAAT
ACTTCTTTTGTTCGATGGCAATAAGCTTGATATCTCAGATGAACTTAAGC
GAGTCATCGAATGTCTCAAATCTCACGACGATAAGATTCGAATTATCCTG
AATAAGGCTGACATGGTTGACCCTCAACAGCTAATGCGTGTGTATGGTGC
GCTCATGTGGTCCCTGGGAAAAGTTATACGATCTCCGGAGGTACTGCGAG
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