Ggra2561.t1 (mRNA) Gracilaria gracilis GNS1m male

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Overview
NameGgra2561.t1
Unique NameGgra2561.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria gracilis GNS1m male (Gracilaria gracilis GNS1m male (Slender Wart Weed))
Sequence length235
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000005_piloncontigtig00000005_pilon:773904..774763 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria gracilis GNS1m male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005705748.1
Preferred nameMRS2
PFAMsCorA,Snf7
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG rclassRC00537,RC00983
KEGG koko:K01053,ko:K12194,ko:K12765,ko:K16075,ko:K17085,ko:K19306
KEGG TC1.A.35.5
KEGG ReactionR01519,R02933,R03751
KEGG Pathwayko00030,ko00053,ko00930,ko01100,ko01110,ko01120,ko01130,ko01200,ko01220,ko04113,ko04144,ko04217,map00030,map00053,map00930,map01100,map01110,map01120,map01130,map01200,map01220,map04113,map04144,map04217
KEGG ModuleM00129,M00412
GOsGO:0000003,GO:0000070,GO:0000075,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000281,GO:0000815,GO:0000819,GO:0000902,GO:0000904,GO:0000910,GO:0000920,GO:0001894,GO:0001919,GO:0003006,GO:0003674,GO:0005215,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005740,GO:0005743,GO:0005768,GO:0005770,GO:0005771,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006082,GO:0006089,GO:0006508,GO:0006511,GO:0006605,GO:0006612,GO:0006620,GO:0006623,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006811,GO:0006812,GO:0006820,GO:0006839,GO:0006862,GO:0006886,GO:0006900,GO:0006914,GO:0006950,GO:0006996,GO:0006997,GO:0006998,GO:0007009,GO:0007032,GO:0007033,GO:0007034,GO:0007040,GO:0007041,GO:0007049,GO:0007059,GO:0007080,GO:0007088,GO:0007093,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007399,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008324,GO:0008333,GO:0008356,GO:0008565,GO:0008593,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009268,GO:0009405,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009838,GO:0009892,GO:0009894,GO:0009895,GO:0009898,GO:0009966,GO:0009968,GO:0009987,GO:0010008,GO:0010035,GO:0010038,GO:0010226,GO:0010256,GO:0010324,GO:0010389,GO:0010458,GO:0010467,GO:0010506,GO:0010507,GO:0010564,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010648,GO:0010824,GO:0010941,GO:0010948,GO:0010972,GO:0012505,GO:0015031,GO:0015075,GO:0015095,GO:0015318,GO:0015693,GO:0015711,GO:0015748,GO:0015833,GO:0015865,GO:0015867,GO:0015868,GO:0015893,GO:0015931,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016032,GO:0016043,GO:0016050,GO:0016192,GO:0016197,GO:0016236,GO:0016241,GO:0016242,GO:0016322,GO:0016358,GO:0016485,GO:0017145,GO:0019058,GO:0019068,GO:0019222,GO:0019538,GO:0019752,GO:0019866,GO:0019899,GO:0019941,GO:0019953,GO:0021700,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0022857,GO:0022890,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023057,GO:0030001,GO:0030030,GO:0030117,GO:0030154,GO:0030163,GO:0030182,GO:0030425,GO:0030447,GO:0030496,GO:0031090,GO:0031175,GO:0031224,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031329,GO:0031330,GO:0031410,GO:0031468,GO:0031505,GO:0031966,GO:0031967,GO:0031975,GO:0031982,GO:0032465,GO:0032466,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032509,GO:0032511,GO:0032787,GO:0032886,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033365,GO:0033554,GO:0034059,GO:0034220,GO:0034613,GO:0034622,GO:0035690,GO:0036176,GO:0036177,GO:0036178,GO:0036257,GO:0036258,GO:0036293,GO:0036294,GO:0036438,GO:0036452,GO:0036477,GO:0039702,GO:0040007,GO:0040008,GO:0040012,GO:0040017,GO:0042058,GO:0042059,GO:0042078,GO:0042221,GO:0042493,GO:0042551,GO:0042592,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042886,GO:0042995,GO:0043005,GO:0043025,GO:0043162,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043328,GO:0043436,GO:0043632,GO:0043900,GO:0043901,GO:0043902,GO:0043903,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044088,GO:0044126,GO:0044130,GO:0044144,GO:0044146,GO:0044182,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044257,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044281,GO:0044297,GO:0044403,GO:0044419,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044428,GO:0044429,GO:0044433,GO:0044440,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044878,GO:0045016,GO:0045047,GO:0045169,GO:0045184,GO:0045229,GO:0045324,GO:0045746,GO:0045786,GO:0045926,GO:0045930,GO:0046605,GO:0046618,GO:0046755,GO:0046873,GO:0046907,GO:0046983,GO:0048132,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048469,GO:0048475,GO:0048477,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048523,GO:0048524,GO:0048583,GO:0048585,GO:0048609,GO:0048666,GO:0048667,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048812,GO:0048813,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048871,GO:0050000,GO:0050789,GO:0050792,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051117,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051258,GO:0051259,GO:0051260,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051303,GO:0051310,GO:0051493,GO:0051503,GO:0051603,GO:0051604,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051656,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051782,GO:0051783,GO:0055085,GO:0060236,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060548,GO:0061024,GO:0061640,GO:0061919,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070482,GO:0070507,GO:0070676,GO:0070727,GO:0070838,GO:0070887,GO:0070925,GO:0070938,GO:0070972,GO:0071214,GO:0071241,GO:0071248,GO:0071285,GO:0071453,GO:0071454,GO:0071467,GO:0071554,GO:0071555,GO:0071695,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071840,GO:0071852,GO:0071944,GO:0071985,GO:0072511,GO:0072594,GO:0072599,GO:0072657,GO:0072665,GO:0072666,GO:0080171,GO:0090148,GO:0090150,GO:0090169,GO:0090224,GO:0090543,GO:0090611,GO:0097320,GO:0097447,GO:0097458,GO:0097708,GO:0098552,GO:0098562,GO:0098588,GO:0098655,GO:0098660,GO:0098662,GO:0098722,GO:0098728,GO:0098796,GO:0098805,GO:0098813,GO:0104004,GO:0120025,GO:0120036,GO:0120038,GO:0120039,GO:0140014,GO:1901184,GO:1901185,GO:1901214,GO:1901215,GO:1901264,GO:1901564,GO:1901565,GO:1901575,GO:1901615,GO:1901673,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902115,GO:1902116,GO:1902186,GO:1902188,GO:1902749,GO:1902750,GO:1902902,GO:1903047,GO:1903830,GO:1903900,GO:1903902,GO:1904669,GO:1990542,GO:1990635,GO:2000785
Evalue2.43e-63
EggNOG OGsKOG1656@1|root,KOG2662@1|root,KOG1656@2759|Eukaryota,KOG2662@2759|Eukaryota
EC2.1.1.309,2.7.11.1,3.1.1.17
Descriptionmagnesium ion transmembrane transporter activity
COG categoryC
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01001,ko02000,ko03009,ko04131,ko04147
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561Ggra2561Gracilaria gracilis GNS1m malegenetig00000005_pilon 773904..774763 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1Ggra2561.t1Gracilaria gracilis GNS1m malepolypeptidetig00000005_pilon 773904..774763 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1.stop1Ggra2561.t1.stop1Gracilaria gracilis GNS1m malestop_codontig00000005_pilon 773904..773906 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1.CDS1Ggra2561.t1.CDS1Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000005_pilon 773904..773915 -
Ggra2561.t1.CDS2Ggra2561.t1.CDS2Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000005_pilon 774004..774132 -
Ggra2561.t1.CDS3Ggra2561.t1.CDS3Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000005_pilon 774200..774763 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1.exon1Ggra2561.t1.exon1Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000005_pilon 773904..773915 -
Ggra2561.t1.exon2Ggra2561.t1.exon2Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000005_pilon 774004..774132 -
Ggra2561.t1.exon3Ggra2561.t1.exon3Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000005_pilon 774200..774763 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1.intron1Ggra2561.t1.intron1Gracilaria gracilis GNS1m maleintrontig00000005_pilon 773916..774003 -
Ggra2561.t1.intron2Ggra2561.t1.intron2Gracilaria gracilis GNS1m maleintrontig00000005_pilon 774133..774199 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra2561.t1.start1Ggra2561.t1.start1Gracilaria gracilis GNS1m malestart_codontig00000005_pilon 774761..774763 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Ggra2561.t1 ID=Ggra2561.t1|Name=Ggra2561.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=235bp
MEAPAAVPLAAVELSSKKAPKGTFIQKADAAQELGLMVRDLRVVDPSFRS
QAPAILPRQSAIIIHLAHIRIIVLSDRALAFDPTNPAVEYFLPKLQRRLD
APTHPMPFEFRAVEAVLVEIVSTFNATIGTLIPSLDLVLDTLSTTQDFGG
GTVQNCMDRLLPLENALNEFSVKVSQTRAALNEVLVSDEDMSLMYLSSFK
ETGVRRRVDQHDEVEMMLENYMKQIDTVYSETYF*
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spliced messenger RNA

>Ggra2561.t1 ID=Ggra2561.t1|Name=Ggra2561.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=705bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000005_pilon:773904..774763- (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGAAGCGCCAGCCGCCGTGCCTTTGGCTGCTGTGGAGCTAAGTTCAAA
GAAGGCTCCCAAAGGAACTTTCATTCAAAAAGCAGATGCTGCGCAAGAAC
TTGGCTTAATGGTACGCGACCTTCGTGTTGTAGATCCCAGTTTCCGTTCA
CAAGCTCCAGCAATACTTCCCAGACAAAGTGCAATCATAATTCATTTGGC
ACATATACGAATAATTGTTCTATCTGACCGAGCCCTTGCGTTTGATCCAA
CCAATCCAGCTGTTGAATATTTTCTCCCAAAGCTTCAACGAAGACTGGAC
GCACCCACACACCCGATGCCTTTTGAGTTTCGAGCCGTAGAAGCTGTTCT
TGTGGAGATTGTTTCAACATTTAATGCAACGATTGGAACGCTCATTCCAA
GTTTGGACCTTGTATTGGATACTCTCTCTACTACTCAAGATTTCGGTGGA
GGTACCGTTCAAAACTGCATGGATCGCTTGCTTCCCCTGGAAAATGCTCT
TAACGAATTCAGTGTTAAGGTTTCGCAAACACGAGCGGCCTTAAACGAAG
TGCTTGTGTCTGACGAAGATATGAGCCTTATGTACCTCTCAAGCTTTAAA
GAAACCGGTGTCAGAAGGCGAGTGGATCAGCATGACGAAGTCGAAATGAT
GCTGGAGAACTACATGAAACAAATTGACACTGTGTATAGTGAAACATATT
TCTGA
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protein sequence of Ggra2561.t1

>Ggra2561.t1 ID=Ggra2561.t1|Name=Ggra2561.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=235bp
MEAPAAVPLAAVELSSKKAPKGTFIQKADAAQELGLMVRDLRVVDPSFRS
QAPAILPRQSAIIIHLAHIRIIVLSDRALAFDPTNPAVEYFLPKLQRRLD
APTHPMPFEFRAVEAVLVEIVSTFNATIGTLIPSLDLVLDTLSTTQDFGG
GTVQNCMDRLLPLENALNEFSVKVSQTRAALNEVLVSDEDMSLMYLSSFK
ETGVRRRVDQHDEVEMMLENYMKQIDTVYSETYF*
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mRNA from alignment at tig00000005_pilon:773904..774763-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Ggra2561.t1 ID=Ggra2561.t1|Name=Ggra2561.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=860bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000005_pilon:773904..774763- (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGGAAGCGCCAGCCGCCGTGCCTTTGGCTGCTGTGGAGCTAAGTTCAAA
GAAGGCTCCCAAAGGAACTTTCATTCAAAAAGCAGATGCTGCGCAAGAAC
TTGGCTTAATGGTACGCGACCTTCGTGTTGTAGATCCCAGTTTCCGTTCA
CAAGCTCCAGCAATACTTCCCAGACAAAGTGCAATCATAATTCATTTGGC
ACATATACGAATAATTGTTCTATCTGACCGAGCCCTTGCGTTTGATCCAA
CCAATCCAGCTGTTGAATATTTTCTCCCAAAGCTTCAACGAAGACTGGAC
GCACCCACACACCCGATGCCTTTTGAGTTTCGAGCCGTAGAAGCTGTTCT
TGTGGAGATTGTTTCAACATTTAATGCAACGATTGGAACGCTCATTCCAA
GTTTGGACCTTGTATTGGATACTCTCTCTACTACTCAAGATTTCGGTGGA
GGTACCGTTCAAAACTGCATGGATCGCTTGCTTCCCCTGGAAAATGCTCT
TAACGAATTCAGTGTTAAGGTTTCGCAAACACGAGCGGCCTTAAACGAAG
TGCTTGTGTCTGACGTAAGTAAAGGTTTCTCTGCCTCGTTTACATTTCAT
TTTCTTAAGTACACTAACACATGAATAACAGGAAGATATGAGCCTTATGT
ACCTCTCAAGCTTTAAAGAAACCGGTGTCAGAAGGCGAGTGGATCAGCAT
GACGAAGTCGAAATGATGCTGGAGAACTACATGAAACAAATTGACACTGT
GTATAGTGAAGTGACGACTGCGCAACAAGCTATTAAAACGACAGAGAACG
CAACGCAAATCAGACTCGATGCTATGCGTAATCGGGTTCTCAGACTAGAC
ATATTTCTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000005_pilon:773904..774763-

>Ggra2561.t1 ID=Ggra2561.t1|Name=Ggra2561.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=705bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000005_pilon:773904..774763- (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGGAAGCGCCAGCCGCCGTGCCTTTGGCTGCTGTGGAGCTAAGTTCAAA
GAAGGCTCCCAAAGGAACTTTCATTCAAAAAGCAGATGCTGCGCAAGAAC
TTGGCTTAATGGTACGCGACCTTCGTGTTGTAGATCCCAGTTTCCGTTCA
CAAGCTCCAGCAATACTTCCCAGACAAAGTGCAATCATAATTCATTTGGC
ACATATACGAATAATTGTTCTATCTGACCGAGCCCTTGCGTTTGATCCAA
CCAATCCAGCTGTTGAATATTTTCTCCCAAAGCTTCAACGAAGACTGGAC
GCACCCACACACCCGATGCCTTTTGAGTTTCGAGCCGTAGAAGCTGTTCT
TGTGGAGATTGTTTCAACATTTAATGCAACGATTGGAACGCTCATTCCAA
GTTTGGACCTTGTATTGGATACTCTCTCTACTACTCAAGATTTCGGTGGA
GGTACCGTTCAAAACTGCATGGATCGCTTGCTTCCCCTGGAAAATGCTCT
TAACGAATTCAGTGTTAAGGTTTCGCAAACACGAGCGGCCTTAAACGAAG
TGCTTGTGTCTGACGAAGATATGAGCCTTATGTACCTCTCAAGCTTTAAA
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