Ggra10177.t1 (mRNA) Gracilaria gracilis GNS1m male

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Overview
NameGgra10177.t1
Unique NameGgra10177.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria gracilis GNS1m male (Gracilaria gracilis GNS1m male (Slender Wart Weed))
Sequence length493
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000016_piloncontigtig00000016_pilon:11102..12580 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria gracilis GNS1m male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog6183.Smp_136240.6
Preferred nameVAPA
PFAMsMotile_Sperm
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K06096,ko:K10707
KEGG TC9.B.17.1.1
KEGG Pathwayko04979,map04979
GOsGO:0000226,GO:0000323,GO:0001505,GO:0001775,GO:0002252,GO:0002263,GO:0002274,GO:0002275,GO:0002283,GO:0002366,GO:0002376,GO:0002443,GO:0002444,GO:0002446,GO:0003674,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005737,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005766,GO:0005773,GO:0005774,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005794,GO:0005856,GO:0005886,GO:0006629,GO:0006643,GO:0006644,GO:0006650,GO:0006665,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006836,GO:0006873,GO:0006874,GO:0006875,GO:0006887,GO:0006888,GO:0006900,GO:0006928,GO:0006950,GO:0006952,GO:0006955,GO:0006986,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007018,GO:0007029,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007267,GO:0007268,GO:0007269,GO:0007275,GO:0007399,GO:0007528,GO:0008017,GO:0008021,GO:0008088,GO:0008092,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008219,GO:0008610,GO:0009058,GO:0009605,GO:0009607,GO:0009617,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010256,GO:0010970,GO:0012505,GO:0012506,GO:0015630,GO:0015631,GO:0016020,GO:0016032,GO:0016043,GO:0016050,GO:0016079,GO:0016082,GO:0016192,GO:0017156,GO:0019048,GO:0019054,GO:0019637,GO:0019725,GO:0019899,GO:0019904,GO:0021700,GO:0022008,GO:0022607,GO:0023052,GO:0023061,GO:0030003,GO:0030030,GO:0030133,GO:0030141,GO:0030148,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030659,GO:0030667,GO:0030705,GO:0030968,GO:0031090,GO:0031122,GO:0031175,GO:0031410,GO:0031965,GO:0031967,GO:0031975,GO:0031982,GO:0031984,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032940,GO:0033036,GO:0033149,GO:0033365,GO:0033554,GO:0034613,GO:0034620,GO:0034622,GO:0034976,GO:0035577,GO:0035821,GO:0035966,GO:0035967,GO:0036230,GO:0040012,GO:0040013,GO:0040017,GO:0042119,GO:0042175,GO:0042221,GO:0042582,GO:0042592,GO:0042742,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043207,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043299,GO:0043312,GO:0043900,GO:0043901,GO:0043902,GO:0043903,GO:0043933,GO:0044003,GO:0044068,GO:0044085,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044255,GO:0044403,GO:0044419,GO:0044421,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044428,GO:0044432,GO:0044433,GO:0044437,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044456,GO:0044464,GO:0044788,GO:0044789,GO:0044790,GO:0044791,GO:0044793,GO:0044794,GO:0044827,GO:0044828,GO:0044829,GO:0044830,GO:0045055,GO:0045069,GO:0045070,GO:0045071,GO:0045202,GO:0045321,GO:0046467,GO:0046486,GO:0046488,GO:0046719,GO:0046725,GO:0046903,GO:0046907,GO:0046982,GO:0046983,GO:0048193,GO:0048194,GO:0048468,GO:0048487,GO:0048489,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048524,GO:0048525,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048878,GO:0050789,GO:0050792,GO:0050794,GO:0050801,GO:0050808,GO:0050829,GO:0050896,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051648,GO:0051649,GO:0051650,GO:0051656,GO:0051701,GO:0051702,GO:0051704,GO:0051707,GO:0051716,GO:0051817,GO:0051851,GO:0055065,GO:0055074,GO:0055080,GO:0055082,GO:0060074,GO:0061024,GO:0061025,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070382,GO:0070727,GO:0070887,GO:0070972,GO:0071310,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072503,GO:0072507,GO:0072553,GO:0090114,GO:0097435,GO:0097458,GO:0097479,GO:0097480,GO:0097708,GO:0098542,GO:0098588,GO:0098771,GO:0098793,GO:0098805,GO:0098827,GO:0098852,GO:0098916,GO:0099003,GO:0099111,GO:0099172,GO:0099503,GO:0099504,GO:0099536,GO:0099537,GO:0099643,GO:0120036,GO:0140029,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1902186,GO:1902187,GO:1902188,GO:1903900,GO:1903901,GO:1903902
Evalue2.08e-08
EggNOG OGsCOG5066@1|root,KOG0439@2759|Eukaryota,39W5E@33154|Opisthokonta,3BHVG@33208|Metazoa,3CZXH@33213|Bilateria
DescriptionFFAT motif binding
COG categoryU
BRITEko00000,ko00001,ko02000,ko04131
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177Ggra10177Gracilaria gracilis GNS1m malegenetig00000016_pilon 11102..12580 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177.t1.start1Ggra10177.t1.start1Gracilaria gracilis GNS1m malestart_codontig00000016_pilon 11102..11104 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177.t1.CDS1Ggra10177.t1.CDS1Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000016_pilon 11102..12580 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177.t1.exon1Ggra10177.t1.exon1Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000016_pilon 11102..12580 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177.t1.stop1Ggra10177.t1.stop1Gracilaria gracilis GNS1m malestop_codontig00000016_pilon 12578..12580 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra10177.t1Ggra10177.t1Gracilaria gracilis GNS1m malepolypeptidetig00000016_pilon 11102..12580 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Ggra10177.t1 ID=Ggra10177.t1|Name=Ggra10177.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=493bp
MPTILSTPPPAKVPEPKTPPPLRNTKSYGLAQTHRDATDTFFTTEPARRF
IFRSALDQPSTETLKITNNSPETLLYKVKTNEHRTYAVKSGSGLIEPHTT
VEVQIIQRPLRVFPRPQDVARHRFLVIAAPISSAPNRTTVKPDAAADLWN
LVPGNAVRKRTLGVVVKQSAFYIPMEKLITFKPATLAFVPSTNPNGSCCS
HLDVTNVSEFPILFKMKTTNQMGYVVRPRVGIIDPHQDYRIELSSQPKSK
RMDINGEIAANPIVPVSRPTSHDKFKLEIAAVHSENLLGNVTPQDLWPRV
LAGDVSTMLFPVLRNADPRKLSPSELPDHAAHRLHDAFKRLNSNGGAGKL
QLSTFVDTLDDVLFWTPKVLRLRAENDAEQQPSILHLSNISDKTLLYRIV
TANRGLYEIYPQKDIIAPYDSLNVSVSMQNLKISSQNWESLSDEAAIEVT
SIDLKPDESLDKDDNDLDDMWTSVEEKDVLKVKFDVQIRNAL*
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spliced messenger RNA

>Ggra10177.t1 ID=Ggra10177.t1|Name=Ggra10177.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1479bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000016_pilon:11102..12580+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGCCCACCATTCTTAGCACACCGCCACCGGCCAAGGTGCCCGAGCCCAA
GACTCCGCCCCCCCTGCGCAACACCAAGTCGTACGGGCTCGCTCAGACGC
ACCGGGATGCCACCGACACCTTCTTCACCACCGAGCCGGCTCGCCGCTTC
ATATTCCGTTCAGCTCTTGACCAGCCGTCTACCGAGACGCTCAAGATTAC
CAACAACTCTCCCGAGACACTCTTGTACAAGGTCAAGACCAATGAACACC
GAACTTATGCAGTCAAGTCTGGTTCCGGCCTTATTGAACCGCATACCACT
GTCGAGGTTCAGATCATTCAGCGCCCTCTTCGAGTCTTTCCTAGGCCGCA
GGATGTTGCTCGCCATCGTTTTTTAGTCATTGCCGCACCCATTAGTTCAG
CCCCGAATCGCACAACCGTCAAGCCGGATGCCGCCGCCGACTTGTGGAAC
CTTGTTCCTGGTAATGCCGTCCGTAAACGTACCCTAGGTGTTGTTGTCAA
ACAGAGTGCTTTCTATATCCCGATGGAAAAGCTTATCACTTTCAAGCCGG
CCACGCTTGCCTTTGTACCGTCTACCAATCCTAACGGTTCATGCTGTTCA
CATTTAGATGTTACCAATGTGTCCGAGTTTCCCATCTTGTTTAAGATGAA
GACTACCAATCAGATGGGCTATGTTGTCCGACCTCGTGTGGGTATTATTG
ATCCTCATCAAGATTATCGTATCGAGCTTTCATCTCAGCCAAAGTCCAAA
CGAATGGATATAAACGGAGAAATCGCCGCCAATCCAATTGTCCCCGTGAG
CAGACCTACTTCTCATGACAAGTTCAAGCTCGAAATAGCTGCTGTGCATT
CTGAGAACCTTCTTGGAAATGTCACGCCTCAGGATCTTTGGCCCAGAGTA
TTGGCCGGCGACGTGAGCACTATGTTATTCCCCGTGCTGCGAAACGCCGA
TCCTCGCAAACTCAGTCCTTCGGAGTTACCCGACCATGCTGCGCATCGTT
TGCATGACGCATTTAAGAGGTTGAATTCGAATGGGGGTGCGGGGAAGCTG
CAACTATCCACTTTTGTGGATACTTTGGATGATGTATTGTTCTGGACGCC
GAAGGTTTTACGTCTGCGAGCTGAGAATGACGCGGAACAGCAGCCGTCAA
TCTTGCACCTGAGCAACATTTCGGATAAGACCTTGTTATACCGCATTGTT
ACGGCGAATCGTGGTTTGTACGAGATATATCCTCAGAAGGATATTATCGC
TCCTTATGATTCTCTCAATGTGAGTGTGAGTATGCAGAATCTAAAGATAT
CTTCGCAGAACTGGGAATCGCTTTCGGATGAAGCTGCTATTGAGGTTACG
AGCATTGATTTGAAACCAGATGAGAGTCTCGATAAGGATGATAATGACTT
GGATGACATGTGGACTTCAGTTGAGGAGAAGGACGTCCTGAAGGTCAAGT
TTGACGTTCAGATTCGTAATGCTCTTTAA
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protein sequence of Ggra10177.t1

>Ggra10177.t1 ID=Ggra10177.t1|Name=Ggra10177.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=493bp
MPTILSTPPPAKVPEPKTPPPLRNTKSYGLAQTHRDATDTFFTTEPARRF
IFRSALDQPSTETLKITNNSPETLLYKVKTNEHRTYAVKSGSGLIEPHTT
VEVQIIQRPLRVFPRPQDVARHRFLVIAAPISSAPNRTTVKPDAAADLWN
LVPGNAVRKRTLGVVVKQSAFYIPMEKLITFKPATLAFVPSTNPNGSCCS
HLDVTNVSEFPILFKMKTTNQMGYVVRPRVGIIDPHQDYRIELSSQPKSK
RMDINGEIAANPIVPVSRPTSHDKFKLEIAAVHSENLLGNVTPQDLWPRV
LAGDVSTMLFPVLRNADPRKLSPSELPDHAAHRLHDAFKRLNSNGGAGKL
QLSTFVDTLDDVLFWTPKVLRLRAENDAEQQPSILHLSNISDKTLLYRIV
TANRGLYEIYPQKDIIAPYDSLNVSVSMQNLKISSQNWESLSDEAAIEVT
SIDLKPDESLDKDDNDLDDMWTSVEEKDVLKVKFDVQIRNAL*
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mRNA from alignment at tig00000016_pilon:11102..12580+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Ggra10177.t1 ID=Ggra10177.t1|Name=Ggra10177.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1479bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000016_pilon:11102..12580+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGCCCACCATTCTTAGCACACCGCCACCGGCCAAGGTGCCCGAGCCCAA
GACTCCGCCCCCCCTGCGCAACACCAAGTCGTACGGGCTCGCTCAGACGC
ACCGGGATGCCACCGACACCTTCTTCACCACCGAGCCGGCTCGCCGCTTC
ATATTCCGTTCAGCTCTTGACCAGCCGTCTACCGAGACGCTCAAGATTAC
CAACAACTCTCCCGAGACACTCTTGTACAAGGTCAAGACCAATGAACACC
GAACTTATGCAGTCAAGTCTGGTTCCGGCCTTATTGAACCGCATACCACT
GTCGAGGTTCAGATCATTCAGCGCCCTCTTCGAGTCTTTCCTAGGCCGCA
GGATGTTGCTCGCCATCGTTTTTTAGTCATTGCCGCACCCATTAGTTCAG
CCCCGAATCGCACAACCGTCAAGCCGGATGCCGCCGCCGACTTGTGGAAC
CTTGTTCCTGGTAATGCCGTCCGTAAACGTACCCTAGGTGTTGTTGTCAA
ACAGAGTGCTTTCTATATCCCGATGGAAAAGCTTATCACTTTCAAGCCGG
CCACGCTTGCCTTTGTACCGTCTACCAATCCTAACGGTTCATGCTGTTCA
CATTTAGATGTTACCAATGTGTCCGAGTTTCCCATCTTGTTTAAGATGAA
GACTACCAATCAGATGGGCTATGTTGTCCGACCTCGTGTGGGTATTATTG
ATCCTCATCAAGATTATCGTATCGAGCTTTCATCTCAGCCAAAGTCCAAA
CGAATGGATATAAACGGAGAAATCGCCGCCAATCCAATTGTCCCCGTGAG
CAGACCTACTTCTCATGACAAGTTCAAGCTCGAAATAGCTGCTGTGCATT
CTGAGAACCTTCTTGGAAATGTCACGCCTCAGGATCTTTGGCCCAGAGTA
TTGGCCGGCGACGTGAGCACTATGTTATTCCCCGTGCTGCGAAACGCCGA
TCCTCGCAAACTCAGTCCTTCGGAGTTACCCGACCATGCTGCGCATCGTT
TGCATGACGCATTTAAGAGGTTGAATTCGAATGGGGGTGCGGGGAAGCTG
CAACTATCCACTTTTGTGGATACTTTGGATGATGTATTGTTCTGGACGCC
GAAGGTTTTACGTCTGCGAGCTGAGAATGACGCGGAACAGCAGCCGTCAA
TCTTGCACCTGAGCAACATTTCGGATAAGACCTTGTTATACCGCATTGTT
ACGGCGAATCGTGGTTTGTACGAGATATATCCTCAGAAGGATATTATCGC
TCCTTATGATTCTCTCAATGTGAGTGTGAGTATGCAGAATCTAAAGATAT
CTTCGCAGAACTGGGAATCGCTTTCGGATGAAGCTGCTATTGAGGTTACG
AGCATTGATTTGAAACCAGATGAGAGTCTCGATAAGGATGATAATGACTT
GGATGACATGTGGACTTCAGTTGAGGAGAAGGACGTCCTGAAGGTCAAGT
TTGACGTTCAGATTCGTAATGCTCTTTAA
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000016_pilon:11102..12580+

>Ggra10177.t1 ID=Ggra10177.t1|Name=Ggra10177.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=1479bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000016_pilon:11102..12580+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGCCCACCATTCTTAGCACACCGCCACCGGCCAAGGTGCCCGAGCCCAA
GACTCCGCCCCCCCTGCGCAACACCAAGTCGTACGGGCTCGCTCAGACGC
ACCGGGATGCCACCGACACCTTCTTCACCACCGAGCCGGCTCGCCGCTTC
ATATTCCGTTCAGCTCTTGACCAGCCGTCTACCGAGACGCTCAAGATTAC
CAACAACTCTCCCGAGACACTCTTGTACAAGGTCAAGACCAATGAACACC
GAACTTATGCAGTCAAGTCTGGTTCCGGCCTTATTGAACCGCATACCACT
GTCGAGGTTCAGATCATTCAGCGCCCTCTTCGAGTCTTTCCTAGGCCGCA
GGATGTTGCTCGCCATCGTTTTTTAGTCATTGCCGCACCCATTAGTTCAG
CCCCGAATCGCACAACCGTCAAGCCGGATGCCGCCGCCGACTTGTGGAAC
CTTGTTCCTGGTAATGCCGTCCGTAAACGTACCCTAGGTGTTGTTGTCAA
ACAGAGTGCTTTCTATATCCCGATGGAAAAGCTTATCACTTTCAAGCCGG
CCACGCTTGCCTTTGTACCGTCTACCAATCCTAACGGTTCATGCTGTTCA
CATTTAGATGTTACCAATGTGTCCGAGTTTCCCATCTTGTTTAAGATGAA
GACTACCAATCAGATGGGCTATGTTGTCCGACCTCGTGTGGGTATTATTG
ATCCTCATCAAGATTATCGTATCGAGCTTTCATCTCAGCCAAAGTCCAAA
CGAATGGATATAAACGGAGAAATCGCCGCCAATCCAATTGTCCCCGTGAG
CAGACCTACTTCTCATGACAAGTTCAAGCTCGAAATAGCTGCTGTGCATT
CTGAGAACCTTCTTGGAAATGTCACGCCTCAGGATCTTTGGCCCAGAGTA
TTGGCCGGCGACGTGAGCACTATGTTATTCCCCGTGCTGCGAAACGCCGA
TCCTCGCAAACTCAGTCCTTCGGAGTTACCCGACCATGCTGCGCATCGTT
TGCATGACGCATTTAAGAGGTTGAATTCGAATGGGGGTGCGGGGAAGCTG
CAACTATCCACTTTTGTGGATACTTTGGATGATGTATTGTTCTGGACGCC
GAAGGTTTTACGTCTGCGAGCTGAGAATGACGCGGAACAGCAGCCGTCAA
TCTTGCACCTGAGCAACATTTCGGATAAGACCTTGTTATACCGCATTGTT
ACGGCGAATCGTGGTTTGTACGAGATATATCCTCAGAAGGATATTATCGC
TCCTTATGATTCTCTCAATGTGAGTGTGAGTATGCAGAATCTAAAGATAT
CTTCGCAGAACTGGGAATCGCTTTCGGATGAAGCTGCTATTGAGGTTACG
AGCATTGATTTGAAACCAGATGAGAGTCTCGATAAGGATGATAATGACTT
GGATGACATGTGGACTTCAGTTGAGGAGAAGGACGTCCTGAAGGTCAAGT
TTGACGTTCAGATTCGTAATGCTCTTTAA
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