Gchil3835.t1 (mRNA) Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male

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Overview
NameGchil3835.t1
Unique NameGchil3835.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria chilensis NLEC103_M9 male (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
Sequence length623
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000010_piloncontigtig00000010_pilon:889970..891838 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog45157.CMS430CT
Preferred namePPP2R2C
PFAMsWD40
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K04354
KEGG Pathwayko03015,ko04071,ko04111,ko04151,ko04152,ko04261,ko04390,ko04391,ko04530,ko04728,ko05142,ko05160,ko05165,map03015,map04071,map04111,map04151,map04152,map04261,map04390,map04391,map04530,map04728,map05142,map05160,map05165
GOsGO:0000003,GO:0000075,GO:0000086,GO:0000159,GO:0000184,GO:0000226,GO:0000266,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000322,GO:0000323,GO:0000324,GO:0000329,GO:0000910,GO:0000956,GO:0001100,GO:0001700,GO:0002119,GO:0002164,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003824,GO:0004721,GO:0004722,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005740,GO:0005741,GO:0005773,GO:0005774,GO:0005813,GO:0005815,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005933,GO:0005934,GO:0005935,GO:0005937,GO:0006139,GO:0006355,GO:0006401,GO:0006402,GO:0006464,GO:0006470,GO:0006605,GO:0006626,GO:0006725,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006839,GO:0006886,GO:0006915,GO:0006996,GO:0007005,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007049,GO:0007059,GO:0007088,GO:0007091,GO:0007093,GO:0007096,GO:0007098,GO:0007099,GO:0007127,GO:0007163,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007346,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007405,GO:0007406,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007447,GO:0008092,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008195,GO:0008219,GO:0008283,GO:0008285,GO:0008287,GO:0008356,GO:0008637,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009410,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010243,GO:0010389,GO:0010458,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010562,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010721,GO:0010921,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010948,GO:0010965,GO:0010971,GO:0010972,GO:0010974,GO:0012501,GO:0014070,GO:0014072,GO:0015031,GO:0015630,GO:0015833,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016071,GO:0016311,GO:0016787,GO:0016788,GO:0016791,GO:0017145,GO:0019208,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019439,GO:0019538,GO:0019867,GO:0019888,GO:0019899,GO:0019902,GO:0019903,GO:0019953,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023051,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030011,GO:0030029,GO:0030036,GO:0030071,GO:0030111,GO:0030154,GO:0030177,GO:0030182,GO:0030234,GO:0030427,GO:0031023,GO:0031029,GO:0031030,GO:0031033,GO:0031034,GO:0031090,GO:0031323,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031647,GO:0031966,GO:0031967,GO:0031968,GO:0031974,GO:0031975,GO:0031981,GO:0031991,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032465,GO:0032466,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032506,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032954,GO:0032955,GO:0032956,GO:0032970,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033047,GO:0033365,GO:0034260,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034655,GO:0035295,GO:0035303,GO:0035304,GO:0035306,GO:0035307,GO:0036211,GO:0036445,GO:0040026,GO:0040028,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042493,GO:0042578,GO:0042886,GO:0042981,GO:0042995,GO:0043065,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043086,GO:0043087,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043278,GO:0043279,GO:0043332,GO:0043412,GO:0043523,GO:0043525,GO:0043653,GO:0043666,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044270,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044428,GO:0044429,GO:0044430,GO:0044437,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044784,GO:0044818,GO:0044839,GO:0044877,GO:0045132,GO:0045143,GO:0045165,GO:0045184,GO:0045196,GO:0045201,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045839,GO:0045893,GO:0045930,GO:0045931,GO:0045935,GO:0045937,GO:0046483,GO:0046578,GO:0046580,GO:0046700,GO:0046907,GO:0048103,GO:0048156,GO:0048232,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048513,GO:0048515,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048580,GO:0048582,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048609,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0050767,GO:0050768,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050821,GO:0050896,GO:0051056,GO:0051058,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051171,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051286,GO:0051298,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051321,GO:0051336,GO:0051346,GO:0051493,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051704,GO:0051721,GO:0051726,GO:0051782,GO:0051783,GO:0051784,GO:0051960,GO:0051961,GO:0051983,GO:0055057,GO:0055059,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060322,GO:0060341,GO:0060359,GO:0060429,GO:0060828,GO:0061062,GO:0061063,GO:0061351,GO:0061586,GO:0061982,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070262,GO:0070585,GO:0070727,GO:0070925,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071840,GO:0072089,GO:0072091,GO:0072347,GO:0072594,GO:0072655,GO:0072686,GO:0080090,GO:0090068,GO:0090231,GO:0090263,GO:0090266,GO:0090304,GO:0098534,GO:0098588,GO:0098722,GO:0098772,GO:0098805,GO:0098813,GO:0098852,GO:0110020,GO:0120025,GO:0120038,GO:0140013,GO:0140014,GO:0140096,GO:1900180,GO:1900182,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901361,GO:1901564,GO:1901575,GO:1901698,GO:1901891,GO:1901892,GO:1901976,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901989,GO:1901990,GO:1901991,GO:1901992,GO:1902099,GO:1902412,GO:1902413,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902680,GO:1902692,GO:1902749,GO:1902750,GO:1902751,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903293,GO:1903436,GO:1903437,GO:1903504,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903827,GO:1903829,GO:1905818,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000647,GO:2001141
Evalue1.5e-133
EggNOG OGsCOG5170@1|root,KOG1354@2759|Eukaryota
Descriptionpeptidyl-serine dephosphorylation
COG categoryT
BRITEko00000,ko00001,ko01009,ko03036
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835Gchil3835Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malegenetig00000010_pilon 889970..891838 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835.t1.stop1Gchil3835.t1.stop1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestop_codontig00000010_pilon 889970..889972 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835.t1.CDS1Gchil3835.t1.CDS1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleCDStig00000010_pilon 889970..891838 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835.t1.exon1Gchil3835.t1.exon1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00000010_pilon 889970..891838 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835.t1.start1Gchil3835.t1.start1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestart_codontig00000010_pilon 891836..891838 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil3835.t1Gchil3835.t1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malepolypeptidetig00000010_pilon 889970..891838 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gchil3835.t1 ID=Gchil3835.t1|Name=Gchil3835.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=623bp
MDGAARSSDTDSLYDESLDRPIVSMRRLSSHGAHLRPLSPPSAASAGPHP
LRFVFAQAFGERITAVVPPASLSSATTSASSLSLHDPPHNQLLSIPTPAH
PQKEKELQQLHQPQPNAPVVSESDIISAVRFSDTSDMLAAGDRAGRIIIL
KRIRRKRPPSPPRSPSPHRDASIPLPPEFRFWTQFQSHHPEFDYLKSMEI
EEKISQIRWCRPAATSHRLLATNDKTIKLWSLYEKELTALATLHHPTLRS
RTSSPSFKSHPSSRSTSPSSTTTSSSSTSDSSFASNMSNASHRPRYQPGS
AWTMRAMQAHSMASFVTDPSMLTMPRLQHQGRFITAIPRRSFCSPDSYHI
NSISLNSDEETFLSADDLRVNLWNLERQGQGFNVLDLKPTNVEDLTEVVT
CAVFHPRHCHLFMHSTSRGIVRLCDLRTSALCDSYANTYWLPPDNARRNS
FFSEIIASISDVKFSPDGRYFLTRDYMNLRLWDINMERAPVLVVPVQEHL
RSRFCDLYENDCIFDKFQCAFSNDGGSLLTGSYNSLFQAYSAYDGVGTAT
EASVEFVSGVSPRHRYTAEGLSVARHRHASAAELVDPTRRVMYLHASPTE
PLAAVAAGPAVYLFYGLTGDAS*
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spliced messenger RNA

>Gchil3835.t1 ID=Gchil3835.t1|Name=Gchil3835.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1869bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000010_pilon:889970..891838- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGATGGTGCCGCGCGCTCTTCTGATACCGACTCGCTGTATGACGAAAG
CCTCGACAGACCCATCGTTAGCATGCGTCGTCTTTCGTCGCACGGCGCCC
ATCTTCGTCCGCTTTCGCCGCCCTCCGCCGCCAGCGCCGGTCCACATCCG
CTGCGTTTCGTCTTTGCCCAGGCATTTGGCGAGCGCATCACCGCCGTCGT
TCCGCCTGCCTCCCTGTCCTCTGCCACCACCTCCGCATCCTCCCTCTCGC
TCCACGACCCCCCGCACAATCAACTCCTCTCTATTCCTACCCCCGCACAT
CCGCAGAAAGAGAAAGAGCTCCAGCAGCTTCACCAACCGCAGCCCAATGC
CCCAGTCGTGTCTGAAAGCGATATCATTTCCGCCGTGCGCTTCAGCGACA
CTTCCGACATGCTTGCTGCCGGCGACCGCGCCGGTCGCATCATCATCTTG
AAGCGAATACGTCGGAAGCGTCCCCCGTCGCCCCCGCGCTCCCCCTCACC
CCACCGCGATGCTTCCATCCCGCTGCCGCCTGAGTTTCGCTTCTGGACCC
AGTTTCAGTCCCACCACCCCGAGTTTGACTACCTCAAGAGCATGGAGATT
GAGGAGAAGATCAGTCAGATTCGGTGGTGTCGCCCAGCCGCCACTTCGCA
CCGTCTGCTTGCCACCAACGACAAGACAATCAAACTGTGGAGCCTCTACG
AGAAAGAGCTCACCGCCTTGGCCACCTTGCATCACCCGACCCTGCGCTCT
CGCACCTCCTCTCCGTCCTTCAAGTCCCACCCCTCATCGCGCTCTACATC
CCCTTCTTCCACCACCACTTCCTCTTCTTCCACCTCCGATTCCTCCTTTG
CCTCCAACATGTCCAACGCCTCCCATCGTCCAAGGTACCAGCCGGGCTCC
GCATGGACTATGCGCGCCATGCAAGCCCACTCCATGGCCAGCTTTGTAAC
TGATCCCTCAATGTTGACAATGCCGCGCTTGCAGCACCAGGGCCGCTTCA
TCACCGCCATTCCTCGTCGCTCCTTCTGCTCTCCCGATTCATACCACATA
AACTCCATCTCTCTCAACTCGGACGAGGAAACCTTTCTGTCGGCCGATGA
CCTACGAGTCAATTTGTGGAATCTGGAACGCCAGGGGCAGGGCTTCAACG
TGCTGGACCTCAAGCCAACCAACGTGGAAGACCTCACTGAGGTCGTTACA
TGCGCTGTGTTCCACCCGCGTCACTGTCACCTTTTTATGCACTCTACTTC
GCGCGGCATTGTTCGGCTGTGCGACTTGAGGACCTCCGCGTTGTGTGACT
CGTATGCAAATACGTACTGGTTACCTCCTGACAATGCCCGCCGCAACTCT
TTCTTCTCGGAGATCATTGCTTCTATCTCAGATGTCAAGTTTTCTCCCGA
CGGGCGCTACTTTCTTACCAGGGATTATATGAACCTGAGACTTTGGGACA
TTAACATGGAGCGTGCACCCGTGCTGGTGGTTCCCGTGCAAGAGCATCTG
CGTTCGCGCTTCTGTGACTTGTATGAGAACGATTGTATCTTTGACAAGTT
TCAGTGTGCGTTTTCAAATGACGGCGGCTCACTCCTCACTGGAAGTTACA
ACTCATTGTTTCAAGCGTATTCTGCGTATGATGGCGTTGGTACTGCTACA
GAAGCCAGTGTGGAGTTTGTTTCGGGCGTGTCTCCGCGCCATCGATATAC
GGCGGAGGGACTGTCGGTGGCTCGGCATCGGCACGCTTCTGCGGCAGAAC
TGGTTGATCCGACCAGGCGGGTGATGTACCTGCATGCGTCACCCACAGAA
CCTCTTGCTGCGGTGGCGGCGGGGCCGGCAGTGTATCTGTTTTATGGGCT
TACTGGCGATGCGAGCTAG
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protein sequence of Gchil3835.t1

>Gchil3835.t1 ID=Gchil3835.t1|Name=Gchil3835.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=623bp
MDGAARSSDTDSLYDESLDRPIVSMRRLSSHGAHLRPLSPPSAASAGPHP
LRFVFAQAFGERITAVVPPASLSSATTSASSLSLHDPPHNQLLSIPTPAH
PQKEKELQQLHQPQPNAPVVSESDIISAVRFSDTSDMLAAGDRAGRIIIL
KRIRRKRPPSPPRSPSPHRDASIPLPPEFRFWTQFQSHHPEFDYLKSMEI
EEKISQIRWCRPAATSHRLLATNDKTIKLWSLYEKELTALATLHHPTLRS
RTSSPSFKSHPSSRSTSPSSTTTSSSSTSDSSFASNMSNASHRPRYQPGS
AWTMRAMQAHSMASFVTDPSMLTMPRLQHQGRFITAIPRRSFCSPDSYHI
NSISLNSDEETFLSADDLRVNLWNLERQGQGFNVLDLKPTNVEDLTEVVT
CAVFHPRHCHLFMHSTSRGIVRLCDLRTSALCDSYANTYWLPPDNARRNS
FFSEIIASISDVKFSPDGRYFLTRDYMNLRLWDINMERAPVLVVPVQEHL
RSRFCDLYENDCIFDKFQCAFSNDGGSLLTGSYNSLFQAYSAYDGVGTAT
EASVEFVSGVSPRHRYTAEGLSVARHRHASAAELVDPTRRVMYLHASPTE
PLAAVAAGPAVYLFYGLTGDAS*
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mRNA from alignment at tig00000010_pilon:889970..891838-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gchil3835.t1 ID=Gchil3835.t1|Name=Gchil3835.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1869bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000010_pilon:889970..891838- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGATGGTGCCGCGCGCTCTTCTGATACCGACTCGCTGTATGACGAAAG
CCTCGACAGACCCATCGTTAGCATGCGTCGTCTTTCGTCGCACGGCGCCC
ATCTTCGTCCGCTTTCGCCGCCCTCCGCCGCCAGCGCCGGTCCACATCCG
CTGCGTTTCGTCTTTGCCCAGGCATTTGGCGAGCGCATCACCGCCGTCGT
TCCGCCTGCCTCCCTGTCCTCTGCCACCACCTCCGCATCCTCCCTCTCGC
TCCACGACCCCCCGCACAATCAACTCCTCTCTATTCCTACCCCCGCACAT
CCGCAGAAAGAGAAAGAGCTCCAGCAGCTTCACCAACCGCAGCCCAATGC
CCCAGTCGTGTCTGAAAGCGATATCATTTCCGCCGTGCGCTTCAGCGACA
CTTCCGACATGCTTGCTGCCGGCGACCGCGCCGGTCGCATCATCATCTTG
AAGCGAATACGTCGGAAGCGTCCCCCGTCGCCCCCGCGCTCCCCCTCACC
CCACCGCGATGCTTCCATCCCGCTGCCGCCTGAGTTTCGCTTCTGGACCC
AGTTTCAGTCCCACCACCCCGAGTTTGACTACCTCAAGAGCATGGAGATT
GAGGAGAAGATCAGTCAGATTCGGTGGTGTCGCCCAGCCGCCACTTCGCA
CCGTCTGCTTGCCACCAACGACAAGACAATCAAACTGTGGAGCCTCTACG
AGAAAGAGCTCACCGCCTTGGCCACCTTGCATCACCCGACCCTGCGCTCT
CGCACCTCCTCTCCGTCCTTCAAGTCCCACCCCTCATCGCGCTCTACATC
CCCTTCTTCCACCACCACTTCCTCTTCTTCCACCTCCGATTCCTCCTTTG
CCTCCAACATGTCCAACGCCTCCCATCGTCCAAGGTACCAGCCGGGCTCC
GCATGGACTATGCGCGCCATGCAAGCCCACTCCATGGCCAGCTTTGTAAC
TGATCCCTCAATGTTGACAATGCCGCGCTTGCAGCACCAGGGCCGCTTCA
TCACCGCCATTCCTCGTCGCTCCTTCTGCTCTCCCGATTCATACCACATA
AACTCCATCTCTCTCAACTCGGACGAGGAAACCTTTCTGTCGGCCGATGA
CCTACGAGTCAATTTGTGGAATCTGGAACGCCAGGGGCAGGGCTTCAACG
TGCTGGACCTCAAGCCAACCAACGTGGAAGACCTCACTGAGGTCGTTACA
TGCGCTGTGTTCCACCCGCGTCACTGTCACCTTTTTATGCACTCTACTTC
GCGCGGCATTGTTCGGCTGTGCGACTTGAGGACCTCCGCGTTGTGTGACT
CGTATGCAAATACGTACTGGTTACCTCCTGACAATGCCCGCCGCAACTCT
TTCTTCTCGGAGATCATTGCTTCTATCTCAGATGTCAAGTTTTCTCCCGA
CGGGCGCTACTTTCTTACCAGGGATTATATGAACCTGAGACTTTGGGACA
TTAACATGGAGCGTGCACCCGTGCTGGTGGTTCCCGTGCAAGAGCATCTG
CGTTCGCGCTTCTGTGACTTGTATGAGAACGATTGTATCTTTGACAAGTT
TCAGTGTGCGTTTTCAAATGACGGCGGCTCACTCCTCACTGGAAGTTACA
ACTCATTGTTTCAAGCGTATTCTGCGTATGATGGCGTTGGTACTGCTACA
GAAGCCAGTGTGGAGTTTGTTTCGGGCGTGTCTCCGCGCCATCGATATAC
GGCGGAGGGACTGTCGGTGGCTCGGCATCGGCACGCTTCTGCGGCAGAAC
TGGTTGATCCGACCAGGCGGGTGATGTACCTGCATGCGTCACCCACAGAA
CCTCTTGCTGCGGTGGCGGCGGGGCCGGCAGTGTATCTGTTTTATGGGCT
TACTGGCGATGCGAGCTAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000010_pilon:889970..891838-

>Gchil3835.t1 ID=Gchil3835.t1|Name=Gchil3835.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=1869bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000010_pilon:889970..891838- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGATGGTGCCGCGCGCTCTTCTGATACCGACTCGCTGTATGACGAAAG
CCTCGACAGACCCATCGTTAGCATGCGTCGTCTTTCGTCGCACGGCGCCC
ATCTTCGTCCGCTTTCGCCGCCCTCCGCCGCCAGCGCCGGTCCACATCCG
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