Gchil6385.t1 (mRNA) Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male

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Overview
NameGchil6385.t1
Unique NameGchil6385.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria chilensis NLEC103_M9 male (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
Sequence length411
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000196_piloncontigtig00000196_pilon:511518..512750 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog103372.F4WZN0
Preferred nameSHH
PFAMsHH_signal,Hint
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K06224,ko:K11988,ko:K11989,ko:K11990
KEGG Pathwayko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226
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Descriptionhedgehog protein
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Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

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The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

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The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
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The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil6385.t1.exon1Gchil6385.t1.exon1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00000196_pilon 511518..512750 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil6385.t1.stop1Gchil6385.t1.stop1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestop_codontig00000196_pilon 512748..512750 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil6385.t1Gchil6385.t1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malepolypeptidetig00000196_pilon 511518..512750 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gchil6385.t1 ID=Gchil6385.t1|Name=Gchil6385.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=411bp
MAHTARALSIAAVRVQTKFLRLPSVSESCASSITHVRLALYRGINGADPN
GTYDGLLWRNLRVDDKSCVSLYDALHSTFFEVRASPSPAAPVDAASPWFL
VGFDNSPRRCEMYSTRLSESYYFTDDLPRFRGRLERDGLLLRGVAQNAKS
GTIFMFTVPFSREGTLQGPSCVFVDERDAQGITSDVAADSDANTETEAEA
ETDAAATPEALQDVDEDGAVCLAGDVLVQLDDGTLRRMDALQRGDRVRAP
RGHDTVISLSHADATMRTKFIQLCVLVTGAETTLTTLTLTPGHLLLARNG
EAFAAREARAGSALRAVDGVRAVVNSTKTVWRRGVYSPLTRQGVLVLRGG
VVVSCYSELLHERVAHAMLTPVRALRLRVDWGAAVAAALRAAYVARARYS
ALPRRRCRLG*
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spliced messenger RNA

>Gchil6385.t1 ID=Gchil6385.t1|Name=Gchil6385.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000196_pilon:511518..512750+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGCACACACGGCGCGCGCATTGTCCATTGCGGCCGTGCGCGTGCAGAC
AAAGTTCCTGCGACTGCCTTCGGTGTCGGAGTCGTGTGCCAGCAGCATCA
CGCACGTCAGGCTAGCGTTGTACCGCGGTATCAACGGTGCCGACCCTAAC
GGCACGTATGACGGGCTGCTATGGCGCAACTTGCGCGTGGATGACAAAAG
TTGTGTGTCGCTGTACGACGCGCTGCATTCAACGTTCTTTGAGGTGAGGG
CGTCGCCCTCGCCGGCCGCGCCTGTGGATGCAGCATCGCCATGGTTTCTC
GTCGGGTTTGACAACTCGCCGCGCCGCTGTGAAATGTATAGCACGCGTCT
TAGCGAGTCGTACTACTTCACGGACGATTTGCCGCGCTTTCGTGGCCGCC
TTGAGCGCGATGGACTGCTGTTGCGTGGCGTGGCGCAGAATGCCAAGAGC
GGTACCATCTTCATGTTTACCGTGCCTTTTTCGCGCGAAGGCACGCTGCA
GGGCCCGTCCTGCGTCTTTGTGGACGAGCGCGACGCGCAGGGCATTACGT
CCGACGTCGCAGCGGACAGCGACGCCAACACCGAAACTGAGGCCGAAGCC
GAAACCGACGCGGCCGCCACTCCGGAGGCGTTGCAGGATGTGGACGAGGA
CGGCGCGGTGTGTCTGGCAGGCGACGTACTCGTGCAACTGGACGACGGCA
CACTACGACGCATGGACGCGCTACAGCGTGGCGACCGCGTACGCGCGCCG
CGCGGGCACGACACGGTAATTTCTCTGAGCCACGCCGATGCGACGATGCG
CACAAAGTTCATACAACTGTGCGTATTGGTGACGGGCGCAGAAACAACGC
TGACGACACTCACCTTGACACCAGGACACCTTCTACTAGCGCGGAACGGG
GAGGCGTTcgcggcgcgcgaggcgcgcgcgggaagcgcactgcgcgcgGT
GGACGGCGTTAGAGCGGTGGTAAACTCTACGAAGACGGTGTGGCGTCGAG
GAGTTTACTCACCGCTGACGCGCCAAGGCGTGCTGGTGTTGCGCGGCGGT
GTGGTGGTCAGTTGTTACAGCGAGTTGCTGCACGAGCGCGTTGCGCACGC
GATGCTGACGCCCGTTCGCGCGCTGCGGCTGCGCGTGGATTGGGGCGCCG
CCGTCGCTGCCGCACTGCGCGCCGCGTACGTCGCGCGCGCGCGCTACTCC
GCGCTGCCGCGCCGTCGCTGCCGCCTCGGCTGA
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protein sequence of Gchil6385.t1

>Gchil6385.t1 ID=Gchil6385.t1|Name=Gchil6385.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=411bp
MAHTARALSIAAVRVQTKFLRLPSVSESCASSITHVRLALYRGINGADPN
GTYDGLLWRNLRVDDKSCVSLYDALHSTFFEVRASPSPAAPVDAASPWFL
VGFDNSPRRCEMYSTRLSESYYFTDDLPRFRGRLERDGLLLRGVAQNAKS
GTIFMFTVPFSREGTLQGPSCVFVDERDAQGITSDVAADSDANTETEAEA
ETDAAATPEALQDVDEDGAVCLAGDVLVQLDDGTLRRMDALQRGDRVRAP
RGHDTVISLSHADATMRTKFIQLCVLVTGAETTLTTLTLTPGHLLLARNG
EAFAAREARAGSALRAVDGVRAVVNSTKTVWRRGVYSPLTRQGVLVLRGG
VVVSCYSELLHERVAHAMLTPVRALRLRVDWGAAVAAALRAAYVARARYS
ALPRRRCRLG*
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mRNA from alignment at tig00000196_pilon:511518..512750+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gchil6385.t1 ID=Gchil6385.t1|Name=Gchil6385.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000196_pilon:511518..512750+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGCACACACGGCGCGCGCATTGTCCATTGCGGCCGTGCGCGTGCAGAC
AAAGTTCCTGCGACTGCCTTCGGTGTCGGAGTCGTGTGCCAGCAGCATCA
CGCACGTCAGGCTAGCGTTGTACCGCGGTATCAACGGTGCCGACCCTAAC
GGCACGTATGACGGGCTGCTATGGCGCAACTTGCGCGTGGATGACAAAAG
TTGTGTGTCGCTGTACGACGCGCTGCATTCAACGTTCTTTGAGGTGAGGG
CGTCGCCCTCGCCGGCCGCGCCTGTGGATGCAGCATCGCCATGGTTTCTC
GTCGGGTTTGACAACTCGCCGCGCCGCTGTGAAATGTATAGCACGCGTCT
TAGCGAGTCGTACTACTTCACGGACGATTTGCCGCGCTTTCGTGGCCGCC
TTGAGCGCGATGGACTGCTGTTGCGTGGCGTGGCGCAGAATGCCAAGAGC
GGTACCATCTTCATGTTTACCGTGCCTTTTTCGCGCGAAGGCACGCTGCA
GGGCCCGTCCTGCGTCTTTGTGGACGAGCGCGACGCGCAGGGCATTACGT
CCGACGTCGCAGCGGACAGCGACGCCAACACCGAAACTGAGGCCGAAGCC
GAAACCGACGCGGCCGCCACTCCGGAGGCGTTGCAGGATGTGGACGAGGA
CGGCGCGGTGTGTCTGGCAGGCGACGTACTCGTGCAACTGGACGACGGCA
CACTACGACGCATGGACGCGCTACAGCGTGGCGACCGCGTACGCGCGCCG
CGCGGGCACGACACGGTAATTTCTCTGAGCCACGCCGATGCGACGATGCG
CACAAAGTTCATACAACTGTGCGTATTGGTGACGGGCGCAGAAACAACGC
TGACGACACTCACCTTGACACCAGGACACCTTCTACTAGCGCGGAACGGG
GAGGCGTTcgcggcgcgcgaggcgcgcgcgggaagcgcactgcgcgcgGT
GGACGGCGTTAGAGCGGTGGTAAACTCTACGAAGACGGTGTGGCGTCGAG
GAGTTTACTCACCGCTGACGCGCCAAGGCGTGCTGGTGTTGCGCGGCGGT
GTGGTGGTCAGTTGTTACAGCGAGTTGCTGCACGAGCGCGTTGCGCACGC
GATGCTGACGCCCGTTCGCGCGCTGCGGCTGCGCGTGGATTGGGGCGCCG
CCGTCGCTGCCGCACTGCGCGCCGCGTACGTCGCGCGCGCGCGCTACTCC
GCGCTGCCGCGCCGTCGCTGCCGCCTCGGCTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000196_pilon:511518..512750+

>Gchil6385.t1 ID=Gchil6385.t1|Name=Gchil6385.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=1233bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000196_pilon:511518..512750+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGCACACACGGCGCGCGCATTGTCCATTGCGGCCGTGCGCGTGCAGAC
AAAGTTCCTGCGACTGCCTTCGGTGTCGGAGTCGTGTGCCAGCAGCATCA
CGCACGTCAGGCTAGCGTTGTACCGCGGTATCAACGGTGCCGACCCTAAC
GGCACGTATGACGGGCTGCTATGGCGCAACTTGCGCGTGGATGACAAAAG
TTGTGTGTCGCTGTACGACGCGCTGCATTCAACGTTCTTTGAGGTGAGGG
CGTCGCCCTCGCCGGCCGCGCCTGTGGATGCAGCATCGCCATGGTTTCTC
GTCGGGTTTGACAACTCGCCGCGCCGCTGTGAAATGTATAGCACGCGTCT
TAGCGAGTCGTACTACTTCACGGACGATTTGCCGCGCTTTCGTGGCCGCC
TTGAGCGCGATGGACTGCTGTTGCGTGGCGTGGCGCAGAATGCCAAGAGC
GGTACCATCTTCATGTTTACCGTGCCTTTTTCGCGCGAAGGCACGCTGCA
GGGCCCGTCCTGCGTCTTTGTGGACGAGCGCGACGCGCAGGGCATTACGT
CCGACGTCGCAGCGGACAGCGACGCCAACACCGAAACTGAGGCCGAAGCC
GAAACCGACGCGGCCGCCACTCCGGAGGCGTTGCAGGATGTGGACGAGGA
CGGCGCGGTGTGTCTGGCAGGCGACGTACTCGTGCAACTGGACGACGGCA
CACTACGACGCATGGACGCGCTACAGCGTGGCGACCGCGTACGCGCGCCG
CGCGGGCACGACACGGTAATTTCTCTGAGCCACGCCGATGCGACGATGCG
CACAAAGTTCATACAACTGTGCGTATTGGTGACGGGCGCAGAAACAACGC
TGACGACACTCACCTTGACACCAGGACACCTTCTACTAGCGCGGAACGGG
GAGGCGTTcgcggcgcgcgaggcgcgcgcgggaagcgcactgcgcgcgGT
GGACGGCGTTAGAGCGGTGGTAAACTCTACGAAGACGGTGTGGCGTCGAG
GAGTTTACTCACCGCTGACGCGCCAAGGCGTGCTGGTGTTGCGCGGCGGT
GTGGTGGTCAGTTGTTACAGCGAGTTGCTGCACGAGCGCGTTGCGCACGC
GATGCTGACGCCCGTTCGCGCGCTGCGGCTGCGCGTGGATTGGGGCGCCG
CCGTCGCTGCCGCACTGCGCGCCGCGTACGTCGCGCGCGCGCGCTACTCC
GCGCTGCCGCGCCGTCGCTGCCGCCTCGGCTGA
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