Gcaud826.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

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Overview
NameGcaud826.t1
Unique NameGcaud826.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length278
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
NODE_995_length_15379_cov_4.695120contigNODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005705448.1
Preferred nameFER1L6
PFAMsC2,FerA,FerB,FerI,Ferlin_C
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K18261,ko:K19949,ko:K22125,ko:K22126,ko:K22127
GOsGO:0000003,GO:0001505,GO:0001775,GO:0001778,GO:0002064,GO:0002065,GO:0002066,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003008,GO:0003012,GO:0003013,GO:0003674,GO:0005488,GO:0005509,GO:0005543,GO:0005544,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005770,GO:0005783,GO:0005789,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005901,GO:0006810,GO:0006836,GO:0006887,GO:0006906,GO:0006928,GO:0006936,GO:0006950,GO:0006996,GO:0007009,GO:0007154,GO:0007267,GO:0007268,GO:0007269,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007292,GO:0007304,GO:0007338,GO:0007343,GO:0007389,GO:0007423,GO:0007600,GO:0007605,GO:0008015,GO:0008021,GO:0008150,GO:0008289,GO:0009266,GO:0009408,GO:0009566,GO:0009605,GO:0009611,GO:0009612,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009888,GO:0009966,GO:0009987,GO:0010256,GO:0010646,GO:0010996,GO:0012505,GO:0012506,GO:0015630,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016043,GO:0016050,GO:0016079,GO:0016082,GO:0016192,GO:0016323,GO:0017156,GO:0019953,GO:0021700,GO:0022411,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023061,GO:0030027,GO:0030030,GO:0030133,GO:0030139,GO:0030154,GO:0030315,GO:0030317,GO:0030381,GO:0030397,GO:0030658,GO:0030659,GO:0030672,GO:0030703,GO:0030707,GO:0030855,GO:0030947,GO:0031090,GO:0031143,GO:0031224,GO:0031226,GO:0031252,GO:0031253,GO:0031260,GO:0031268,GO:0031300,GO:0031301,GO:0031410,GO:0031965,GO:0031967,GO:0031975,GO:0031982,GO:0031984,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032809,GO:0032940,GO:0033554,GO:0034605,GO:0034622,GO:0035045,GO:0035612,GO:0036477,GO:0040011,GO:0042060,GO:0042175,GO:0042383,GO:0042734,GO:0042995,GO:0043025,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043169,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043583,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044297,GO:0044298,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044432,GO:0044433,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044456,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044853,GO:0044877,GO:0045055,GO:0045121,GO:0045177,GO:0045178,GO:0045202,GO:0045995,GO:0046872,GO:0046903,GO:0046907,GO:0048232,GO:0048240,GO:0048284,GO:0048468,GO:0048469,GO:0048477,GO:0048489,GO:0048513,GO:0048515,GO:0048583,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048731,GO:0048786,GO:0048787,GO:0048839,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048870,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050877,GO:0050885,GO:0050896,GO:0050905,GO:0050954,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051648,GO:0051649,GO:0051650,GO:0051656,GO:0051674,GO:0051704,GO:0051716,GO:0060429,GO:0061024,GO:0061025,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070382,GO:0071840,GO:0071944,GO:0090102,GO:0090174,GO:0090287,GO:0097060,GO:0097458,GO:0097479,GO:0097480,GO:0097708,GO:0097722,GO:0098588,GO:0098589,GO:0098590,GO:0098793,GO:0098805,GO:0098827,GO:0098857,GO:0098916,GO:0099003,GO:0099501,GO:0099503,GO:0099504,GO:0099536,GO:0099537,GO:0099643,GO:0120025,GO:0120036,GO:0120038,GO:0140029,GO:2000026
Evalue1.18e-21
EggNOG OGsKOG1326@1|root,KOG1326@2759|Eukaryota
Descriptionplasma membrane repair
COG categoryS
BRITEko00000,ko04131,ko04147
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826Gcaud826Gracilaria caudata M_176_S67 malegeneNODE_995_length_15379_cov_4.695120 7175..8008 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826.t1.start1Gcaud826.t1.start1Gracilaria caudata M_176_S67 malestart_codonNODE_995_length_15379_cov_4.695120 7175..7177 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826.t1.CDS1Gcaud826.t1.CDS1Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_995_length_15379_cov_4.695120 7175..8008 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826.t1.exon1Gcaud826.t1.exon1Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_995_length_15379_cov_4.695120 7175..8008 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826.t1.stop1Gcaud826.t1.stop1Gracilaria caudata M_176_S67 malestop_codonNODE_995_length_15379_cov_4.695120 8006..8008 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud826.t1Gcaud826.t1Gracilaria caudata M_176_S67 malepolypeptideNODE_995_length_15379_cov_4.695120 7175..8008 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gcaud826.t1 ID=Gcaud826.t1|Name=Gcaud826.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=278bp
MITQGRNLPAADDDGLSDPRFVVAMGDKRTAGSVLCRRTVSPLWEESVEV
TDINMTEEQQEPDVNVLIYDDDDDREIMEYFGRSIIPCAELDTAEPFLQV
GMWYSVFSVNPGVIVGEILADFQLIPTEVAIERPMPAPPSPIRSESVLGI
SLVGLRDIKFLRYAAGKLWVECAISAVSLKPEQSKRSAILQQRAYEGNCN
ILDVLGLGIQIPEDLRIATALNIYVFADYDHSETVDVVTTACVPLEKWLS
EHHRRLLTGETLIEDSFGTDAPVPQRL*
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spliced messenger RNA

>Gcaud826.t1 ID=Gcaud826.t1|Name=Gcaud826.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=834bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGATTACTCAAGGTCGCAACCTCCCAGCTGCCGATGACGACGGTCTTTC
GGATCCCAGATTCGTGGTAGCCATGGGAGACAAGAGGACTGCCGGTTCCG
TGCTGTGCCGTCGAACTGTTTCTCCGTTGTGGGAAGAATCTGTAGAAGTC
ACAGATATCAACATGACAGAGGAACAACAAGAACCCGATGTGAACGTTTT
GATATATGATGATGACGACGACAGGGAGATTATGGAATACTTTGGAAGAT
CAATTATTCCCTGTGCGGAGCTGGACACGGCTGAGCCTTTCCTTCAGGTT
GGAATGTGGTACTCCGTATTCTCGGTGAATCCTGGAGTTATTGTCGGTGA
GATTCTCGCCGATTTCCAACTCATCCCAACAGAAGTTGCTATCGAGCGGC
CTATGCCTGCACCACCATCTCCCATACGCTCTGAATCCGTATTGGGGATT
TCTTTGGTCGGTCTTCGCGACATAAAGTTCCTACGATACGCTGCCGGAAA
GTTATGGGTGGAGTGTGCCATTTCAGCGGTCTCGCTCAAACCAGAGCAGT
CGAAGCGGAGTGCTATCCTACAGCAACGGGCGTATGAAGGCAACTGTAAC
ATTCTGGATGTGCTCGGTTTGGGTATTCAAATACCAGAGGATCTACGCAT
TGCTACAGCGCTCAATATCTATGTCTTTGCTGATTATGACCATTCCGAGA
CCGTCGATGTCGTAACGACAGCCTGTGTACCGCTTGAGAAGTGGCTCTCA
GAGCATCACCGTCGGCTACTCACGGGAGAGACGCTGATTGAGGACTCCTT
TGGAACAGATGCCCCAGTGCCCCAGCGTCTGTAG
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protein sequence of Gcaud826.t1

>Gcaud826.t1 ID=Gcaud826.t1|Name=Gcaud826.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=278bp
MITQGRNLPAADDDGLSDPRFVVAMGDKRTAGSVLCRRTVSPLWEESVEV
TDINMTEEQQEPDVNVLIYDDDDDREIMEYFGRSIIPCAELDTAEPFLQV
GMWYSVFSVNPGVIVGEILADFQLIPTEVAIERPMPAPPSPIRSESVLGI
SLVGLRDIKFLRYAAGKLWVECAISAVSLKPEQSKRSAILQQRAYEGNCN
ILDVLGLGIQIPEDLRIATALNIYVFADYDHSETVDVVTTACVPLEKWLS
EHHRRLLTGETLIEDSFGTDAPVPQRL*
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mRNA from alignment at NODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gcaud826.t1 ID=Gcaud826.t1|Name=Gcaud826.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=834bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGATTACTCAAGGTCGCAACCTCCCAGCTGCCGATGACGACGGTCTTTC
GGATCCCAGATTCGTGGTAGCCATGGGAGACAAGAGGACTGCCGGTTCCG
TGCTGTGCCGTCGAACTGTTTCTCCGTTGTGGGAAGAATCTGTAGAAGTC
ACAGATATCAACATGACAGAGGAACAACAAGAACCCGATGTGAACGTTTT
GATATATGATGATGACGACGACAGGGAGATTATGGAATACTTTGGAAGAT
CAATTATTCCCTGTGCGGAGCTGGACACGGCTGAGCCTTTCCTTCAGGTT
GGAATGTGGTACTCCGTATTCTCGGTGAATCCTGGAGTTATTGTCGGTGA
GATTCTCGCCGATTTCCAACTCATCCCAACAGAAGTTGCTATCGAGCGGC
CTATGCCTGCACCACCATCTCCCATACGCTCTGAATCCGTATTGGGGATT
TCTTTGGTCGGTCTTCGCGACATAAAGTTCCTACGATACGCTGCCGGAAA
GTTATGGGTGGAGTGTGCCATTTCAGCGGTCTCGCTCAAACCAGAGCAGT
CGAAGCGGAGTGCTATCCTACAGCAACGGGCGTATGAAGGCAACTGTAAC
ATTCTGGATGTGCTCGGTTTGGGTATTCAAATACCAGAGGATCTACGCAT
TGCTACAGCGCTCAATATCTATGTCTTTGCTGATTATGACCATTCCGAGA
CCGTCGATGTCGTAACGACAGCCTGTGTACCGCTTGAGAAGTGGCTCTCA
GAGCATCACCGTCGGCTACTCACGGGAGAGACGCTGATTGAGGACTCCTT
TGGAACAGATGCCCCAGTGCCCCAGCGTCTGTAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008+

>Gcaud826.t1 ID=Gcaud826.t1|Name=Gcaud826.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=834bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_995_length_15379_cov_4.695120:7175..8008+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGATTACTCAAGGTCGCAACCTCCCAGCTGCCGATGACGACGGTCTTTC
GGATCCCAGATTCGTGGTAGCCATGGGAGACAAGAGGACTGCCGGTTCCG
TGCTGTGCCGTCGAACTGTTTCTCCGTTGTGGGAAGAATCTGTAGAAGTC
ACAGATATCAACATGACAGAGGAACAACAAGAACCCGATGTGAACGTTTT
GATATATGATGATGACGACGACAGGGAGATTATGGAATACTTTGGAAGAT
CAATTATTCCCTGTGCGGAGCTGGACACGGCTGAGCCTTTCCTTCAGGTT
GGAATGTGGTACTCCGTATTCTCGGTGAATCCTGGAGTTATTGTCGGTGA
GATTCTCGCCGATTTCCAACTCATCCCAACAGAAGTTGCTATCGAGCGGC
CTATGCCTGCACCACCATCTCCCATACGCTCTGAATCCGTATTGGGGATT
TCTTTGGTCGGTCTTCGCGACATAAAGTTCCTACGATACGCTGCCGGAAA
GTTATGGGTGGAGTGTGCCATTTCAGCGGTCTCGCTCAAACCAGAGCAGT
CGAAGCGGAGTGCTATCCTACAGCAACGGGCGTATGAAGGCAACTGTAAC
ATTCTGGATGTGCTCGGTTTGGGTATTCAAATACCAGAGGATCTACGCAT
TGCTACAGCGCTCAATATCTATGTCTTTGCTGATTATGACCATTCCGAGA
CCGTCGATGTCGTAACGACAGCCTGTGTACCGCTTGAGAAGTGGCTCTCA
GAGCATCACCGTCGGCTACTCACGGGAGAGACGCTGATTGAGGACTCCTT
TGGAACAGATGCCCCAGTGCCCCAGCGTCTGTAG
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