Gcaud193.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

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Overview


Name	Gcaud193.t1
Unique Name	Gcaud193.t1
Type	mRNA
Organism	Gracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length	464

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
NODE_4158_length_2519_cov_10.345552	contig	NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479 -

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.0	2022-05-09

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	7091.BGIBMGA012535-TA
Preferred name	SHH
PFAMs	HH_signal,Hint
Max annot lvl	33208\|Metazoa
KEGG ko	ko:K06224,ko:K11988,ko:K11989,ko:K11990
KEGG Pathway	ko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226
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Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


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The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:


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The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


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The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Gcaud193.t1.exon1	Gcaud193.t1.exon1	Gracilaria caudata M_176_S67 male	exon	NODE_4158_length_2519_cov_10.345552 1088..2479 -

The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Gcaud193.t1.start1	Gcaud193.t1.start1	Gracilaria caudata M_176_S67 male	start_codon	NODE_4158_length_2519_cov_10.345552 2477..2479 -

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
Gcaud193.t1	Gcaud193.t1	Gracilaria caudata M_176_S67 male	polypeptide	NODE_4158_length_2519_cov_10.345552 1088..2479 -

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence
mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479-
coding sequence from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479-

mRNA sequence

>Gcaud193.t1 ID=Gcaud193.t1|Name=Gcaud193.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=464bp
MPLFFIVLLALQLKYIACSGVQSDLDSSVWDLIRGHGEDAVNRFDTDPWD
FDVFRSLVELIPSVKSVLDTQKDITVFLPNDLGCGQTANDVIALSDNASF
ATSNVNTEQHAFFSLQANWLDRFENSTQALELLLNYHIIPRAFSFQEVLE
LGSFKFRTLADQNLDLIVTRLIHNDPRFPNAEIAFAPPSQPRVQPHNGFV
VVVDRMLFPSFSSLPLKPGAKQAFPSASSSFSAAPSRAISPTPSPIPSRP
KTPSPSATPIPTPELEAACFPLSSTINMHDGTFLPLSRLEAGHKVLVSEN
KSSKVFLFSHRDVHGEHMFVQITSEHNHTIELTPGHYIYANKRRVAAYTL
KEGDLLKTVDGPSRVRTVRLVTRRGLVAPHTLHGDIVINGIVASTYTTAL
TPMLAHSALSPLRCLVNVRLALEPLGGLLYFGAPYIASWLPPAGGPVLVA
KSKGERSGDFLVQ*

spliced messenger RNA

>Gcaud193.t1 ID=Gcaud193.t1|Name=Gcaud193.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1392bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGCCGCTGTTTTTCATAGTGCTCCTTGCTTTGCAGCTGAAGTACATCGC
ATGCAGTGGAGTACAAAGCGACTTGGATAGTTCCGTATGGGATCTTATTC
GCGGACATGGTGAAGACGCTGTGAATCGATTTGACACCGACCCGTGGGAT
TTCGACGTCTTTCGTTCACTAGTTGAACTCATACCTTCCGTGAAGTCCGT
TCTTGACACGCAAAAAGATATCACGGTCTTCTTACCAAACGATTTGGGAT
GCGGGCAGACCGCCAACGACGTCATTGCACTTTCAGATAATGCGTCTTTC
GCGACTAGCAACGTTAACACCGAGCAACATGCGTTCTTCTCATTGCAAGC
CAATTGGCTCGATCGCTTTGAAAACTCTACACAAGCACTTGAACTTTTGT
TGAACTATCATATTATACCCAGAGCCTTCTCATTTCAAGAGGTTCTCGAG
CTTGGTTCATTCAAGTTTCGCACTTTGGCAGACCAAAATCTGGATCTCAT
AGTTACGCGTCTTATTCACAATGATCCTCGATTTCCTAACGCGGAGATTG
CCTTTGCACCGCCAAGCCAACCAAGGGTCCAGCCGCACAACGGCTTCGTT
GTCGTTGTTGACCGGATGCTGTTTCCATCCTTTTCTTCCCTTCCGCTTAA
ACCAGGTGCAAAACAAGCGTTCCCCTCCGCTTCGTCCTCGTTTTCTGCGG
CGCCAAGTCGCGCGATATCACCTACACCATCTCCCATTCCGTCGAGGCCC
AAGACGCCCAGTCCCTCGGCAACCCCAATACCAACACCTGAATTGGAAGC
TGCTTGCTTTCCGTTGTCTTCCACAATTAACATGCATGATGGAACTTTTC
TGCCGTTGTCAAGACTTGAAGCAGGACATAAAGTACTGGTTTCCGAGAAC
AAAAGCAGCAAGGTGTTCCTATTTTCTCATAGAGATGTTCACGGTGAGCA
CATGTTCGTTCAGATCACGTCTGAACATAATCACACAATCGAGCTAACAC
CAGGCCACTACATTTATGCGAACAAACGGAGAGTGGCAGCTTATACCCTG
AAAGAGGGAGACCTTTTAAAGACAGTGGACGGTCCCTCTCGCGTTCGAAC
AGTGCGATTAGTGACACGAAGAGGCCTTGTAGCGCCACACACTCTTCACG
GGGACATTGTCATCAATGGGATTGTAGCATCAACGTATACTACGGCTCTT
ACGCCTATGCTAGCGCATTCTGCTCTTTCGCCTCTACGATGCCTAGTGAA
TGTAAGACTTGCTCTTGAACCGCTCGGGGGTTTGCTGTATTTCGGAGCAC
CATATATCGCGTCGTGGCTGCCACCTGCAGGAGGGCCAGTCTTAGTTGCG
AAGTCAAAAGGTGAACGAAGTGGAGATTTTCTCGTACAGTAA

protein sequence of Gcaud193.t1

>Gcaud193.t1 ID=Gcaud193.t1|Name=Gcaud193.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=464bp
MPLFFIVLLALQLKYIACSGVQSDLDSSVWDLIRGHGEDAVNRFDTDPWD
FDVFRSLVELIPSVKSVLDTQKDITVFLPNDLGCGQTANDVIALSDNASF
ATSNVNTEQHAFFSLQANWLDRFENSTQALELLLNYHIIPRAFSFQEVLE
LGSFKFRTLADQNLDLIVTRLIHNDPRFPNAEIAFAPPSQPRVQPHNGFV
VVVDRMLFPSFSSLPLKPGAKQAFPSASSSFSAAPSRAISPTPSPIPSRP
KTPSPSATPIPTPELEAACFPLSSTINMHDGTFLPLSRLEAGHKVLVSEN
KSSKVFLFSHRDVHGEHMFVQITSEHNHTIELTPGHYIYANKRRVAAYTL
KEGDLLKTVDGPSRVRTVRLVTRRGLVAPHTLHGDIVINGIVASTYTTAL
TPMLAHSALSPLRCLVNVRLALEPLGGLLYFGAPYIASWLPPAGGPVLVA
KSKGERSGDFLVQ*

mRNA from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonstop_codon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>Gcaud193.t1 ID=Gcaud193.t1|Name=Gcaud193.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1392bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGCCGCTGTTTTTCATAGTGCTCCTTGCTTTGCAGCTGAAGTACATCGC
ATGCAGTGGAGTACAAAGCGACTTGGATAGTTCCGTATGGGATCTTATTC
GCGGACATGGTGAAGACGCTGTGAATCGATTTGACACCGACCCGTGGGAT
TTCGACGTCTTTCGTTCACTAGTTGAACTCATACCTTCCGTGAAGTCCGT
TCTTGACACGCAAAAAGATATCACGGTCTTCTTACCAAACGATTTGGGAT
GCGGGCAGACCGCCAACGACGTCATTGCACTTTCAGATAATGCGTCTTTC
GCGACTAGCAACGTTAACACCGAGCAACATGCGTTCTTCTCATTGCAAGC
CAATTGGCTCGATCGCTTTGAAAACTCTACACAAGCACTTGAACTTTTGT
TGAACTATCATATTATACCCAGAGCCTTCTCATTTCAAGAGGTTCTCGAG
CTTGGTTCATTCAAGTTTCGCACTTTGGCAGACCAAAATCTGGATCTCAT
AGTTACGCGTCTTATTCACAATGATCCTCGATTTCCTAACGCGGAGATTG
CCTTTGCACCGCCAAGCCAACCAAGGGTCCAGCCGCACAACGGCTTCGTT
GTCGTTGTTGACCGGATGCTGTTTCCATCCTTTTCTTCCCTTCCGCTTAA
ACCAGGTGCAAAACAAGCGTTCCCCTCCGCTTCGTCCTCGTTTTCTGCGG
CGCCAAGTCGCGCGATATCACCTACACCATCTCCCATTCCGTCGAGGCCC
AAGACGCCCAGTCCCTCGGCAACCCCAATACCAACACCTGAATTGGAAGC
TGCTTGCTTTCCGTTGTCTTCCACAATTAACATGCATGATGGAACTTTTC
TGCCGTTGTCAAGACTTGAAGCAGGACATAAAGTACTGGTTTCCGAGAAC
AAAAGCAGCAAGGTGTTCCTATTTTCTCATAGAGATGTTCACGGTGAGCA
CATGTTCGTTCAGATCACGTCTGAACATAATCACACAATCGAGCTAACAC
CAGGCCACTACATTTATGCGAACAAACGGAGAGTGGCAGCTTATACCCTG
AAAGAGGGAGACCTTTTAAAGACAGTGGACGGTCCCTCTCGCGTTCGAAC
AGTGCGATTAGTGACACGAAGAGGCCTTGTAGCGCCACACACTCTTCACG
GGGACATTGTCATCAATGGGATTGTAGCATCAACGTATACTACGGCTCTT
ACGCCTATGCTAGCGCATTCTGCTCTTTCGCCTCTACGATGCCTAGTGAA
TGTAAGACTTGCTCTTGAACCGCTCGGGGGTTTGCTGTATTTCGGAGCAC
CATATATCGCGTCGTGGCTGCCACCTGCAGGAGGGCCAGTCTTAGTTGCG
AAGTCAAAAGGTGAACGAAGTGGAGATTTTCTCGTACAGTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479-

>Gcaud193.t1 ID=Gcaud193.t1|Name=Gcaud193.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=1392bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_4158_length_2519_cov_10.345552:1088..2479- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGCCGCTGTTTTTCATAGTGCTCCTTGCTTTGCAGCTGAAGTACATCGC
ATGCAGTGGAGTACAAAGCGACTTGGATAGTTCCGTATGGGATCTTATTC
GCGGACATGGTGAAGACGCTGTGAATCGATTTGACACCGACCCGTGGGAT
TTCGACGTCTTTCGTTCACTAGTTGAACTCATACCTTCCGTGAAGTCCGT
TCTTGACACGCAAAAAGATATCACGGTCTTCTTACCAAACGATTTGGGAT
GCGGGCAGACCGCCAACGACGTCATTGCACTTTCAGATAATGCGTCTTTC
GCGACTAGCAACGTTAACACCGAGCAACATGCGTTCTTCTCATTGCAAGC
CAATTGGCTCGATCGCTTTGAAAACTCTACACAAGCACTTGAACTTTTGT
TGAACTATCATATTATACCCAGAGCCTTCTCATTTCAAGAGGTTCTCGAG
CTTGGTTCATTCAAGTTTCGCACTTTGGCAGACCAAAATCTGGATCTCAT
AGTTACGCGTCTTATTCACAATGATCCTCGATTTCCTAACGCGGAGATTG
CCTTTGCACCGCCAAGCCAACCAAGGGTCCAGCCGCACAACGGCTTCGTT
GTCGTTGTTGACCGGATGCTGTTTCCATCCTTTTCTTCCCTTCCGCTTAA
ACCAGGTGCAAAACAAGCGTTCCCCTCCGCTTCGTCCTCGTTTTCTGCGG
CGCCAAGTCGCGCGATATCACCTACACCATCTCCCATTCCGTCGAGGCCC
AAGACGCCCAGTCCCTCGGCAACCCCAATACCAACACCTGAATTGGAAGC
TGCTTGCTTTCCGTTGTCTTCCACAATTAACATGCATGATGGAACTTTTC
TGCCGTTGTCAAGACTTGAAGCAGGACATAAAGTACTGGTTTCCGAGAAC
AAAAGCAGCAAGGTGTTCCTATTTTCTCATAGAGATGTTCACGGTGAGCA
CATGTTCGTTCAGATCACGTCTGAACATAATCACACAATCGAGCTAACAC
CAGGCCACTACATTTATGCGAACAAACGGAGAGTGGCAGCTTATACCCTG
AAAGAGGGAGACCTTTTAAAGACAGTGGACGGTCCCTCTCGCGTTCGAAC
AGTGCGATTAGTGACACGAAGAGGCCTTGTAGCGCCACACACTCTTCACG
GGGACATTGTCATCAATGGGATTGTAGCATCAACGTATACTACGGCTCTT
ACGCCTATGCTAGCGCATTCTGCTCTTTCGCCTCTACGATGCCTAGTGAA
TGTAAGACTTGCTCTTGAACCGCTCGGGGGTTTGCTGTATTTCGGAGCAC
CATATATCGCGTCGTGGCTGCCACCTGCAGGAGGGCCAGTCTTAGTTGCG
AAGTCAAAAGGTGAACGAAGTGGAGATTTTCTCGTACAGTAA