Gcaud8486.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

You are viewing an mRNA, more information available on the corresponding polypeptide page

Overview
NameGcaud8486.t1
Unique NameGcaud8486.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length187
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
NODE_1141_length_13362_cov_4.300354contigNODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog946362.XP_004998546.1
Preferred nameKARS
PFAMstRNA-synt_2,tRNA_anti-codon
Max annot lvl33154|Opisthokonta
KEGG rclassRC00055,RC00523
KEGG koko:K04567
KEGG ReactionR03658
KEGG Pathwayko00970,map00970
KEGG ModuleM00359,M00360
GOsGO:0000003,GO:0000049,GO:0000165,GO:0000166,GO:0000187,GO:0001775,GO:0001817,GO:0001819,GO:0001932,GO:0001934,GO:0002181,GO:0002252,GO:0002263,GO:0002274,GO:0002275,GO:0002276,GO:0002366,GO:0002376,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002685,GO:0002687,GO:0002688,GO:0002690,GO:0002694,GO:0002696,GO:0002697,GO:0002699,GO:0002700,GO:0002702,GO:0002718,GO:0002720,GO:0002739,GO:0002741,GO:0002791,GO:0002793,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003723,GO:0003729,GO:0003824,GO:0003877,GO:0004812,GO:0004824,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005575,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005829,GO:0006082,GO:0006139,GO:0006355,GO:0006396,GO:0006399,GO:0006412,GO:0006418,GO:0006430,GO:0006464,GO:0006468,GO:0006518,GO:0006520,GO:0006725,GO:0006753,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006955,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007275,GO:0007568,GO:0008033,GO:0008144,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008285,GO:0008340,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009117,GO:0009165,GO:0009314,GO:0009628,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010165,GO:0010212,GO:0010259,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010562,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010758,GO:0010759,GO:0010952,GO:0015959,GO:0015960,GO:0015965,GO:0015966,GO:0016070,GO:0016310,GO:0016597,GO:0016740,GO:0016772,GO:0016779,GO:0016874,GO:0016875,GO:0017076,GO:0017101,GO:0018130,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019221,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019637,GO:0019752,GO:0022414,GO:0023014,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0030162,GO:0030334,GO:0030335,GO:0030554,GO:0031323,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031347,GO:0031349,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031406,GO:0031974,GO:0032101,GO:0032103,GO:0032147,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032553,GO:0032555,GO:0032559,GO:0032872,GO:0032874,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032991,GO:0033209,GO:0033674,GO:0034097,GO:0034470,GO:0034612,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0034660,GO:0035556,GO:0035639,GO:0036094,GO:0036211,GO:0036230,GO:0040012,GO:0040017,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042327,GO:0042802,GO:0042803,GO:0043030,GO:0043032,GO:0043038,GO:0043039,GO:0043043,GO:0043085,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043170,GO:0043177,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043233,GO:0043405,GO:0043406,GO:0043408,GO:0043410,GO:0043412,GO:0043436,GO:0043549,GO:0043603,GO:0043604,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044281,GO:0044421,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044429,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044706,GO:0045321,GO:0045575,GO:0045859,GO:0045860,GO:0045862,GO:0045893,GO:0045935,GO:0045937,GO:0046483,GO:0046983,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048580,GO:0048582,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048609,GO:0048856,GO:0050707,GO:0050708,GO:0050714,GO:0050715,GO:0050727,GO:0050729,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050865,GO:0050867,GO:0050896,GO:0050920,GO:0050921,GO:0051046,GO:0051047,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051094,GO:0051171,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051222,GO:0051223,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051270,GO:0051272,GO:0051336,GO:0051338,GO:0051345,GO:0051347,GO:0051704,GO:0051716,GO:0052547,GO:0055086,GO:0060255,GO:0060378,GO:0061062,GO:0061063,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070201,GO:0070302,GO:0070304,GO:0070371,GO:0070372,GO:0070374,GO:0070566,GO:0070887,GO:0071310,GO:0071345,GO:0071356,GO:0071622,GO:0071675,GO:0071704,GO:0071900,GO:0071902,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090087,GO:0090304,GO:0090407,GO:0097110,GO:0097159,GO:0097367,GO:0140098,GO:0140101,GO:1900015,GO:1900017,GO:1900744,GO:1900745,GO:1901265,GO:1901293,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1902531,GO:1902533,GO:1902680,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903530,GO:1903532,GO:1904951,GO:1905048,GO:1905050,GO:1905521,GO:1905523,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000145,GO:2000147,GO:2001141
Evalue3.95e-42
EggNOG OGsCOG1190@1|root,KOG1885@2759|Eukaryota,38C95@33154|Opisthokonta
EC6.1.1.6
Descriptionlysyl-tRNA aminoacylation
COG categoryJ
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01007,ko03016
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486Gcaud8486Gracilaria caudata M_176_S67 malegeneNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7398..7958 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486.t1.start1Gcaud8486.t1.start1Gracilaria caudata M_176_S67 malestart_codonNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7398..7400 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486.t1.CDS1Gcaud8486.t1.CDS1Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7398..7958 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486.t1.exon1Gcaud8486.t1.exon1Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7398..7958 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486.t1.stop1Gcaud8486.t1.stop1Gracilaria caudata M_176_S67 malestop_codonNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7956..7958 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8486.t1Gcaud8486.t1Gracilaria caudata M_176_S67 malepolypeptideNODE_1141_length_13362_cov_4.300354 7398..7958 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gcaud8486.t1 ID=Gcaud8486.t1|Name=Gcaud8486.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=187bp
MAPTEKQMKASIKEGGKKGQDLAGMSDMGGVKFFSVALESPGGQWELMDA
VLEGMNKEVDANADDRKGGAGHIGKCLLFADEKMLLLLCHVPDVVKDLID
QNEWFTNVIESIDAKKIGEAINIEGPGAGIVLKAEMKANPDAGKFPLKER
DVAIGKSFDYLVSKGLVRPEESDDDANYAEMADIEW*
back to top

spliced messenger RNA

>Gcaud8486.t1 ID=Gcaud8486.t1|Name=Gcaud8486.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=561bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGCTCCCACTGAGAAGCAGATGAAGGCCTCCATCAAGGAAGGCGGTAA
GAAGGGTCAGGATCTCGCCGGCATGTCCGATATGGGTGGCGTCAAGTTCT
TCTCCGTCGCCTTGGAAAGCCCCGGTGGTCAATGGGAGCTCATGGACGCT
GTTCTGGAGGGTATGAACAAAGAAGTCGACGCAAATGCTGACGATCGCAA
AGGCGGAGCTGGTCACATCGGCAAGTGCTTGCTCTTCGCCGACGAGAAGA
TGCTGCTCCTCTTATGCCACGTTCCGGATGTCGTCAAGGATCTCATCGAT
CAGAACGAATGGTTTACTAACGTTATTGAAAGCATCGACGCCAAAAAGAT
CGGCGAGGCCATCAACATCGAAGGTCCAGGGGCAGGCATCGTTCTCAAAG
CCGAAATGAAAGCCAATCCCGACGCAGGCAAATTCCCTCTCAAGGAGCGC
GACGTCGCCATCGGAAAGAGCTTCGACTACTTGGTCAGCAAGGGACTCGT
GAGGCCTGAAGAGAGTGACGACGACGCCAATTACGCAGAGATGGCAGACA
TCGAATGGTAA
back to top

protein sequence of Gcaud8486.t1

>Gcaud8486.t1 ID=Gcaud8486.t1|Name=Gcaud8486.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=187bp
MAPTEKQMKASIKEGGKKGQDLAGMSDMGGVKFFSVALESPGGQWELMDA
VLEGMNKEVDANADDRKGGAGHIGKCLLFADEKMLLLLCHVPDVVKDLID
QNEWFTNVIESIDAKKIGEAINIEGPGAGIVLKAEMKANPDAGKFPLKER
DVAIGKSFDYLVSKGLVRPEESDDDANYAEMADIEW*
back to top

mRNA from alignment at NODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958+

Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gcaud8486.t1 ID=Gcaud8486.t1|Name=Gcaud8486.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=561bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGCTCCCACTGAGAAGCAGATGAAGGCCTCCATCAAGGAAGGCGGTAA
GAAGGGTCAGGATCTCGCCGGCATGTCCGATATGGGTGGCGTCAAGTTCT
TCTCCGTCGCCTTGGAAAGCCCCGGTGGTCAATGGGAGCTCATGGACGCT
GTTCTGGAGGGTATGAACAAAGAAGTCGACGCAAATGCTGACGATCGCAA
AGGCGGAGCTGGTCACATCGGCAAGTGCTTGCTCTTCGCCGACGAGAAGA
TGCTGCTCCTCTTATGCCACGTTCCGGATGTCGTCAAGGATCTCATCGAT
CAGAACGAATGGTTTACTAACGTTATTGAAAGCATCGACGCCAAAAAGAT
CGGCGAGGCCATCAACATCGAAGGTCCAGGGGCAGGCATCGTTCTCAAAG
CCGAAATGAAAGCCAATCCCGACGCAGGCAAATTCCCTCTCAAGGAGCGC
GACGTCGCCATCGGAAAGAGCTTCGACTACTTGGTCAGCAAGGGACTCGT
GAGGCCTGAAGAGAGTGACGACGACGCCAATTACGCAGAGATGGCAGACA
TCGAATGGTAA
back to top

Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958+

>Gcaud8486.t1 ID=Gcaud8486.t1|Name=Gcaud8486.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=561bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_1141_length_13362_cov_4.300354:7398..7958+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGCTCCCACTGAGAAGCAGATGAAGGCCTCCATCAAGGAAGGCGGTAA
GAAGGGTCAGGATCTCGCCGGCATGTCCGATATGGGTGGCGTCAAGTTCT
TCTCCGTCGCCTTGGAAAGCCCCGGTGGTCAATGGGAGCTCATGGACGCT
GTTCTGGAGGGTATGAACAAAGAAGTCGACGCAAATGCTGACGATCGCAA
AGGCGGAGCTGGTCACATCGGCAAGTGCTTGCTCTTCGCCGACGAGAAGA
TGCTGCTCCTCTTATGCCACGTTCCGGATGTCGTCAAGGATCTCATCGAT
CAGAACGAATGGTTTACTAACGTTATTGAAAGCATCGACGCCAAAAAGAT
CGGCGAGGCCATCAACATCGAAGGTCCAGGGGCAGGCATCGTTCTCAAAG
CCGAAATGAAAGCCAATCCCGACGCAGGCAAATTCCCTCTCAAGGAGCGC
GACGTCGCCATCGGAAAGAGCTTCGACTACTTGGTCAGCAAGGGACTCGT
GAGGCCTGAAGAGAGTGACGACGACGCCAATTACGCAGAGATGGCAGACA
TCGAATGGTAA
back to top