EsuBft1072_12a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft1072_12a-0001
Unique Name	EsuBft1072_12a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_98	contig	Scaffold_98:271477..275036 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	5297.GMQ_13794T0
ProteomeId	EsuBft1072_12
Protein domains	Coil
Protein domains	PTHR11439
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Note	copia protein os:drosophila melanogaster gn:gip pe:1 sv:3 [Automatic annotation]
Nb exon	1
Max annot lvl	4751\|Fungi
Length	3560
Evalue	5.25e-14
EggNOG OGs	COG2801@1\|root,KOG0017@2759\|Eukaryota,38DPC@33154\|Opisthokonta,3NUZ7@4751\|Fungi,3UY7N@5204\|Basidiomycota
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Description	Encoded by
COG category	L

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GO	0043170
GO	0003824
GO	0044238

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a	EsuBft1072_12a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_98 271477..275036 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a-0001-exon	EsuBft1072_12a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_98 271477..275036 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a-0001-exon	agat-five_prime_utr-421	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_98 271477..271608 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a-0001-cds	EsuBft1072_12a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_98 271609..274581 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a-0001-exon	agat-three_prime_utr-682	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_98 274582..275036 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft1072_12a-0001	EsuBft1072_12	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_98 271609..274581 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_98:271477..275036+
coding sequence from alignment at Scaffold_98:271477..275036+

spliced messenger RNA

>EsuBft1072_12a-0001 ID=EsuBft1072_12a-0001|Name=EsuBft1072_12a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3560bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_98:271477..275036+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
CCGGAAGGATACTCGAGCCCGGCTTCGCAGGTAGTGCAGTCGTTTGGGCC
TGTCGGGGACGAGGAGTTCGGTGACGGTCGAAGTGCTTTTGTAGCGCTCG
AGCAAAAGTACCGTGTCGATGGGACTTTCAGAATGCAGCAGCTACACGAT
GAGTTGGCCGCCGTCGCGGTCACCGCTGCTGACAAGTACGATCCGGCTCG
CGCAATCCAACAATTGCGCCGCATCTTTCACGAACTCGGCAAACTCGGAG
ACACAGTCGTGAAACAACGGCAAGCACATGCCATCCTAAAGGCCCTGCCC
GACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAAGCAGACGGTCACTGCCACGTCGTCGGCTGAGGCAGAATACGTCGCAA
TGTCCAAGGCGTGCAAAATGATCCTACACTGGCGTCATCTTCTCAAGACC
ATCAATCGAGAGCAGACGGAGGCTACGGTGTTGTTTGAGGATAGCACTGC
TGCCATATCGACTAGTGAATCGAACAAAGTAACGCAGAAAACGAAGCACA
TCGATGTCAAGTATCACCACGTAAGGTCGCTGATCGTTAACAAGGTAGTG
GAGGTAAAGAAAATCGACACCAACCTCCAGAAGGCTGACATGTTGACCAA
GAACCTAGGAACGGTTAAGTTTCTTAACAACCGTCGCCAGCTTCTAGGAA
TGTAGTCACCTCCCCTCTCCGTAATCTTAAGGGTTGAATGTTGAAGAAAA
CTCGGGAGATCTGTGTAAGAGGAATGTTTTCGCTGCTTGTTGAAATGGCA
GGTAATGACTATTTAATTTTGAGTTGAGATCGCAAGTACTCGTGAGTTGT
TTTCGAGAGGACATAATTTTGAGAGGACATCGAGAGAAGATTCGAGTCTC
ATGTATCAGAATGACGTACGTTCTTGAGAGGACATGTTGGGGTGTTTGCT
GTGCAAGACCGACTCTATTCTGCTGTATGTGTTTGATACGGTATTGTGAA
GGCGTTCTGTTTTACTGTAACCGTCAGGTGCAGACAGTCCAGGCGTCTGT
GTGTGGATAATAAATCACTCTTTTTTTTTTCTCTACCAAGCCTCTACCAC
ATACGCCAACCAGCGTACTGCAGCTGTGGTACCGCCCAACAAACTCCACC
AACAAATCCT

protein sequence of EsuBft1072_12a-0001

>EsuBft1072_12 ID=EsuBft1072_12|Name=EsuBft1072_12a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=990bp
MQQLHDELAAVAVTAADKYDPARAIQQLRRIFHELGKLGDTVVKQRQAHA
ILKALPDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKQTVTATSSAEAEYVAMSKACKMILHW
RHLLKTINREQTEATVLFEDSTAAISTSESNKVTQKTKHIDVKYHHVRSL
IVNKVVEVKKIDTNLQKADMLTKNLGTVKFLNNRRQLLGM

mRNA from alignment at Scaffold_98:271477..275036+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft1072_12a-0001 ID=EsuBft1072_12a-0001|Name=EsuBft1072_12a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3560bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_98:271477..275036+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
CCGGAAGGATACTCGAGCCCGGCTTCGCAGGTAGTGCAGTCGTTTGGGCC
TGTCGGGGACGAGGAGTTCGGTGACGGTCGAAGTGCTTTTGTAGCGCTCG
AGCAAAAGTACCGTGTCGATGGGACTTTCAGAATGCAGCAGCTACACGAT
GAGTTGGCCGCCGTCGCGGTCACCGCTGCTGACAAGTACGATCCGGCTCG
CGCAATCCAACAATTGCGCCGCATCTTTCACGAACTCGGCAAACTCGGAG
ACACAGTCGTGAAACAACGGCAAGCACATGCCATCCTAAAGGCCCTGCCC
GACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAAGCAGACGGTCACTGCCACGTCGTCGGCTGAGGCAGAATACGTCGCAA
TGTCCAAGGCGTGCAAAATGATCCTACACTGGCGTCATCTTCTCAAGACC
ATCAATCGAGAGCAGACGGAGGCTACGGTGTTGTTTGAGGATAGCACTGC
TGCCATATCGACTAGTGAATCGAACAAAGTAACGCAGAAAACGAAGCACA
TCGATGTCAAGTATCACCACGTAAGGTCGCTGATCGTTAACAAGGTAGTG
GAGGTAAAGAAAATCGACACCAACCTCCAGAAGGCTGACATGTTGACCAA
GAACCTAGGAACGGTTAAGTTTCTTAACAACCGTCGCCAGCTTCTAGGAA
TGTAGTCACCTCCCCTCTCCGTAATCTTAAGGGTTGAATGTTGAAGAAAA
CTCGGGAGATCTGTGTAAGAGGAATGTTTTCGCTGCTTGTTGAAATGGCA
GGTAATGACTATTTAATTTTGAGTTGAGATCGCAAGTACTCGTGAGTTGT
TTTCGAGAGGACATAATTTTGAGAGGACATCGAGAGAAGATTCGAGTCTC
ATGTATCAGAATGACGTACGTTCTTGAGAGGACATGTTGGGGTGTTTGCT
GTGCAAGACCGACTCTATTCTGCTGTATGTGTTTGATACGGTATTGTGAA
GGCGTTCTGTTTTACTGTAACCGTCAGGTGCAGACAGTCCAGGCGTCTGT
GTGTGGATAATAAATCACTCTTTTTTTTTTCTCTACCAAGCCTCTACCAC
ATACGCCAACCAGCGTACTGCAGCTGTGGTACCGCCCAACAAACTCCACC
AACAAATCCT

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_98:271477..275036+

>EsuBft1072_12a-0001 ID=EsuBft1072_12a-0001|Name=EsuBft1072_12a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=2973bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_98:271477..275036+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCAGCAGCTACACGATGAGTTGGCCGCCGTCGCGGTCACCGCTGCTGA
CAAGTACGATCCGGCTCGCGCAATCCAACAATTGCGCCGCATCTTTCACG
AACTCGGCAAACTCGGAGACACAGTCGTGAAACAACGGCAAGCACATGCC
ATCCTAAAGGCCCTGCCCGACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAGCAGACGGTCACTGCCACGTCGTCGGCTG
AGGCAGAATACGTCGCAATGTCCAAGGCGTGCAAAATGATCCTACACTGG
CGTCATCTTCTCAAGACCATCAATCGAGAGCAGACGGAGGCTACGGTGTT
GTTTGAGGATAGCACTGCTGCCATATCGACTAGTGAATCGAACAAAGTAA
CGCAGAAAACGAAGCACATCGATGTCAAGTATCACCACGTAAGGTCGCTG
ATCGTTAACAAGGTAGTGGAGGTAAAGAAAATCGACACCAACCTCCAGAA
GGCTGACATGTTGACCAAGAACCTAGGAACGGTTAAGTTTCTTAACAACC
GTCGCCAGCTTCTAGGAATGTAG