Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Seed ortholog | 6500.XP_005092035.1 |
| ProteomeId | EsuBft1311_7 |
| Protein domains | SSF56672 |
| Protein domains | PTHR19446 |
| Protein domains | SignalP-noTM |
| Protein domains | IPR000477 |
| Owner | apollo_admin@sb-roscoff.fr |
| Note | line-1 retrotransposable element orf2 protein os:homo sapiens pe:1 sv:1 [Automatic annotation] |
| Nb exon | 2 |
| Max annot lvl | 33208|Metazoa |
| Length | 11710 |
| Evalue | 1.44e-55 |
| EggNOG OGs | KOG1075@1|root,KOG1075@2759|Eukaryota,39TZY@33154|Opisthokonta,3BI15@33208|Metazoa,3D94V@33213|Bilateria |
| Date last modified | 2016-06-14 |
| Date creation | 2016-06-14 |
| Description | Ribonuclease H protein |
| COG category | S |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
|---|
| GO | 0016779 |
| GO | 0006278 |
| GO | 0004519 |
| GO | 0032197 |
| GO | 0090305 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
spliced messenger RNA >EsuBft1311_7a-0001 ID=EsuBft1311_7a-0001|Name=EsuBft1311_7a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=11710bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_589:140721..153647+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
GGTCTATGCTTATCGATCACTCCAGTCTCCGAGCGCTGGTCCATTTGGTC
AACTCTACGGGGGGTCAACTTGTCGTCAAAGTTCGCCAAACAGAGCGGCG
GAACAACGGTGCGTAAAACAGGCCGCCAGACGGCTTCAGGCCAACGACTC
GGTTTTCTCCCACCCAAGGACAATATTGCCAAATCAAAAGAGTCACGCAT
GTACTATGTGACGTTCCTGAACCTGTTGCCGAGTTTCACTTCCGTCCTCC
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CGTGCCATCTTCGTCGAAGTGTGGAATGGGGGAGAGATGCCGCAGGAGTG
GAAGGATGCCATCATCAAGGTGTTGTACAAGAAGGGTGACCGGCCGAACT
GCAACAACTTCAGGGGCATCTCGCTGCTCTCGCATGTAGGCAAAATACTC
GCCAAGACCATCACCAACCGCTTGAGCGCATTCTGCGAAGCCAACGAAAT
CCTCCCGGAGGAACAGTGCGGGTTCCGGCCTGGCCGATCCACGGTATGCA
TGCTGTTCGTTGTGCGCCGACTCCAGGAGCTGGGGCGGAGGAGGAGAATC
CCGCTCTACATGTGCTTCATCGATCTGCAGAAGGCATATGACTCGGTGGA
CCGGGAGCTACTGTGGAAGGTGCTGGCCCGGGCCGGGATCCCCGGGGAGA
TGATCGCCGTCATCCGCAAGTTCCACGTCGGAATGCGGGCCCGGGTCCGC
ACGGACGATGGGGAGCTATCGGACTGGTTCCCGGTCACGCAGGGATTACG
ACAAGGGTGCTCAATGTCCCCACTGCTGTTCAACGTCTTCTTCGCAGCGC
CTCTCGAGATCATTGTCACACGGTTCAGCCAAGATGAGGTTATCGTGCGG
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GTTGAATTTCAGCGACTAGTTTTTCTGTTGCCCTCTCCCCCGTTTGCTGT
CGCGTTCAGACTGTCTCTACGGATATCCCTGTCTCTGTGCGAGTTTGTTT
ATGTCCTCGTCTGTCTTTGGTTTATTTCGTTTCATTTTGTTTTGTTTTTT
ACTGGCACGTACTGCTGACCCTTGGGGTCCTTCCGGAAGGCTACCCCCCA
GGCTGGTGGTGCGCACGTTCCACTATGTATTTATTTGTTTGTTTCTGATT
CTTTTGTTTTCTTGTATTTTATCGCTCTGCTAACCCTTGGGGTCCATTTT
ATTTTGGTATACCTTTTCTAGATGTACAGTAGTAACTTTTGGGATGGAGC
ACACAGCAGCAAGTCTAAATTATTGTTGTTTCTTTAGGCTCATGTGTGTA
CATCTCTGTACGTCATTGCACAGCACGTATATTCTACAGAAGTTGCCGTG
GCATTTTCCGTGGAGTTAACCCATTCACCCCACTGCAGCTGCCACACCAT
CTACTACTGCTGCGTTACCGACAGCGAAACAACGTGTGCATGTTACCTCC
TGTTGCGTCTTGCGGTAAACCCATCTCATGGATATCAACGACAGAGTCTA
TGCTGCTTGCTGTGCATACTAGTCTAATCCTTGAGGTTACACGTAGCACA
ACATATTCCAGGGCGACACACCAACTAACTGTTTGTCGGCCGTACTCCGC
GTACTTATCGGGACTTGTTTGTGTAGTGTATTAACTTCAGACGGTGAGAC
AACGCCCGTACCCAGGACGCTGTCGTGCTCGGAAAGCAGGAGGAGAAAGA
GAGAGTGGCAGCGCGGCTGCTGCACTCAACAAAGGGGGTCCCGGTGCATC
ATCACCGTACCCCTACCTAAAAGGTTCTACACCATCTGCGTCACACTTGT
ACGTATGGCTAATGTATCCAAACCATGTCCGTAGACCCACGAACACNNNN
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NATGGGCAGCGCTGGTGGAACGCCTCCTCCGGGCGCCCCGGCAGGAGGCA
AATGGGTTCAAGAGAAATACTGCGGATGTTGTGAAAGCTGTGCGAAGCTG
ATATGTTGCTGCCTGTTTTGCCACACGCCCTTCGACTCTAGAATGGTGTA
CATGGTAGAAGGGAAGAAATACAAGGCGGCGGCGTAGTTGAAGGCATCTC
TTACGCATGATGTGATGGTGGCCCCGACATGAATTTTGCTGTGTCGTTCG
AGATTTGGCGCAAGTGCGTAACGGTGCCATCCCCGCGTAATACGTGAAAC
ACGTCAGCTGGTTCTCGTGCCGTCGTTGTCGTATCCCGGCATGGAAGGCT
GATAAGCACGATGGACGGCTAGTGGTGCGTCTTCGAAACCAAACGGCAAA
GCATGTTCTTACCGAGATTGCGCGCCGTGTCGACAGTCCGAAACACCCAG
CGGACGAAGTTTCGGCAGCTGCTTAGATTGTTGGGTTCATGAAGCCGTAT
GCATTCGTGAGAGGAGGACGTCGATGGTTTCGTACCGAAATGACGCACCA
TTTCCGGGTGTTTCGCGAAAAGACGGCTTCCGACACAGCGAATACACGCT
GGCACTGGTGGCCCGAAAGTGTTCGCCTCCGTTTGTAACGTTTTTGGTAA
CTTTCCCCAGATATTTCGCTTCGTGGTTTCTCGTTTTTTGGGACCAAGCT
TGTTGGTAGTTGCGATATCACCACCCCAGTGTGCGATATCACCTGTAATT
TGGCTTTGCGACCTCGCGTCCGGGTCGTCGTTTGGCTTCCTTTTCGATGG
CTCAATTTTCACCCGCGCTGCTATCGCATGCAACGGCAGAGAGAGGTGTT
CAATCCTGATACAGTTTTGTTTTGTCATTTTGCAATAGACCCCCTAAAAG
TAAATTCTTTTTCGATATTTTTCGAATGCGCATTGCTGTATATGCATGCC
CGTTTTCTCGTGACACACGAGTGTTTCAATGGCGTTCGATCAATATTTTT
CGTCAGTTGGCAATTATTGCGCCGTTTCCACCGGAAACCACTTCTTTCAG
CGCAATGGTTCGATTATTGGTCGACCCTTAGAGGATTTCATATTTACTCC
ATGCCGATTTAGGACAGGTTTTCGATTAGTCTCTTGGACTTGAAGTGCCC
GTTTGGTAGCCCTCCTTTCCGGGACGGTTGACCATGTATTCGATCGCGAT
TCGTTCGTGCGGGGTTGTTTGCGGTTATTCCCTTTGTGATATCGTTGTAT
CATGGTCGTTTCGGTTCGGATGTTTGGCAATGTTCCCAACCCCACCGGAT
ATATCCGCCGATGCTGCCATCCCAGGTCGTTCTACCGCTTCCTTGGTTGT
AACATCGTTATCGTCGTGTGGGTGAGGGTTTTGGGTCGCCGCATTTAACC
ACCCCCTCCACTTCCTGATTGACCAGAACCCTCCCAGATTTGTTTTTTAC
TTGCAACTACGACCGCTCAGGGTGGGCTCGTGTTCTTGTGAGGTAGGCGC
ATGACGGAACAATACCATGTTCGCTTTGGGCATTATCAGACGTATTCGCT
GCGTCATGACGTCATCGCAAGATTCAGGAGTTTATTCGAGTCATTACAGA
AGGGCATGTTGTGTCTGTGGTTTGGTTACATTCCGGCCGCATGGTGTACA
TGTACAGCGATAGGAAGCCATTAGAGTCAAGGATATCAGCAACAAGCCGC
ATCTGCTGCAGTTCCTCCCAGCCCCAAGGTGATTGGAGTGAAGAGGAGCA
ACGAACAGTGCATCGATCATTCGCGTCCTATTCGTTGCGAGGTTGGTGTG
TGCAGATTGTTGTTCACAACGTTTGTGGCCCAAGTTTTCCTAGCAACATG
TTGGAGGAGATTTTAGTGGGTGTTGATTTGCCTGTGGTAGTATGGTGTGC
AGTAGACCGTTTCTCACGGGGAGGTACAGAAGAGAGGCAATCATAGTGAC
TATTTTGCGC back to topprotein sequence of EsuBft1311_7a-0001 >EsuBft1311_7 ID=EsuBft1311_7|Name=EsuBft1311_7a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=294bp
MYYVTFLNLLPSFTSVLHLSVEKYFXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVDFFFIPGYLERLRAIFVEVWNGGEMPQE
WKDAIIKVLYKKGDRPNCNNFRGISLLSHVGKILAKTITNRLSAFCEANE
ILPEEQCGFRPGRSTVCMLFVVRRLQELGRRRRIPLYMCFIDLQKAYDSV
DRELLWKVLARAGIPGEMIAVIRKFHVGMRARVRTDDGELSDWFPVTQGL
RQGCSMSPLLFNVFFAAPLEIIVTRFSQDEVIVRDLVYLKEEXX back to topmRNA from alignment at Scaffold_589:140721..153647+ Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EsuBft1311_7a-0001 ID=EsuBft1311_7a-0001|Name=EsuBft1311_7a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=12927bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_589:140721..153647+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
GGTCTATGCTTATCGATCACTCCAGTCTCCGAGCGCTGGTCCATTTGGTC
AACTCTACGGGGGGTCAACTTGTCGTCAAAGTTCGCCAAACAGAGCGGCG
GAACAACGGTGCGTAAAACAGGCCGCCAGACGGCTTCAGGCCAACGACTC
GGTTTTCTCCCACCCAAGGACAATATTGCCAAATCAAAAGAGTCACGCAT
GTACTATGTGACGTTCCTGAACCTGTTGCCGAGTTTCACTTCCGTCCTCC
ACCTGAGCGTCGAGTACTGCTGGTGCTGAAAAGCAGTGTCTGACAAGCAC
ACCCGGCGCACGCAGAGGGGCTACGCAGAAAGTATTTTTTNNNNNNNNNN
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TACCTGGAGCGCCTCCGTGCCATCTTCGTCGAAGTGTGGAATGGGGGAGA
GATGCCGCAGGAGTGGAAGGATGCCATCATCAAGGTGTTGTACAAGAAGG
GTGACCGGCCGAACTGCAACAACTTCAGGGGCATCTCGCTGCTCTCGCAT
GTAGGCAAAATACTCGCCAAGACCATCACCAACCGCTTGAGCGCATTCTG
CGAAGCCAACGAAATCCTCCCGGAGGAACAGTGCGGGTTCCGGCCTGGCC
GATCCACGGTATGCATGCTGTTCGTTGTGCGCCGACTCCAGGAGCTGGGG
CGGAGGAGGAGAATCCCGCTCTACATGTGCTTCATCGATCTGCAGAAGGC
ATATGACTCGGTGGACCGGGAGCTACTGTGGAAGGTGCTGGCCCGGGCCG
GGATCCCCGGGGAGATGATCGCCGTCATCCGCAAGTTCCACGTCGGAATG
CGGGCCCGGGTCCGCACGGACGATGGGGAGCTATCGGACTGGTTCCCGGT
CACGCAGGGATTACGACAAGGGTGCTCAATGTCCCCACTGCTGTTCAACG
TCTTCTTCGCAGCGCCTCTCGAGATCATTGTCACACGGTTCAGCCAAGAT
GAGGTTATCGTGCGGGACCTAGTGTACTTGAAGGAGGAGGANNNNNNNNN
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ACGTGACATGTTGCGGTTGAATTTCAGCGACTAGTTTTTCTGTTGCCCTC
TCCCCCGTTTGCTGTCGCGTTCAGACTGTCTCTACGGATATCCCTGTCTC
TGTGCGAGTTTGTTTATGTCCTCGTCTGTCTTTGGTTTATTTCGTTTCAT
TTTGTTTTGTTTTTTACTGGCACGTACTGCTGACCCTTGGGGTCCTTCCG
GAAGGCTACCCCCCAGGCTGGTGGTGCGCACGTTCCACTATGTATTTATT
TGTTTGTTTCTGATTCTTTTGTTTTCTTGTATTTTATCGCTCTGCTAACC
CTTGGGGTCCATTTTATTTTGGTATACCTTTTCTAGGTACGTTAGTCTGT
GACCACGGAAATCGACCGAGTCAAGTGATGGATTAGTACGGAGAGATTGA
GACAGAAGGAGGTACTGGATAGAGAGACCGGGATGGTTTTTAATGTGAAG
ACAACAACAACAACAACCTGGTCTCCTTTCAGGCCTACTTTTTTTTAATT
TTTCTATGGCAGCAACACGTGTGCGATGTGAGCACAGTTCGAGATGAGCG
GCCCCGCGTAATCGAGAAAAGGGAACCTCATCCTACCACACGCACCATCC
ACTTGTAAGTACATTTACATGTATGTCTGCACTGCTGAGGACTGCACGGA
TCAACCAACGAGATCAGCAGTCGAGCCTCGGGGAGCACCGAGAGTGCCTA
AGAATGGTGAGAAGCCAAACAGCGCTGCAGATGTACAGTAGTAACTTTTG
GGATGGAGCACACAGCAGCAAGTCTAAATTATTGTTGTTTCTTTAGGCTC
ATGTGTGTACATCTCTGTACGTCATTGCACAGCACGTATATTCTACAGAA
GTTGCCGTGGCATTTTCCGTGGAGTTAACCCATTCACCCCACTGCAGCTG
CCACACCATCTACTACTGCTGCGTTACCGACAGCGAAACAACGTGTGCAT
GTTACCTCCTGTTGCGTCTTGCGGTAAACCCATCTCATGGATATCAACGA
CAGAGTCTATGCTGCTTGCTGTGCATACTAGTCTAATCCTTGAGGTTACA
CGTAGCACAACATATTCCAGGGCGACACACCAACTAACTGTTTGTCGGCC
GTACTCCGCGTACTTATCGGGACTTGTTTGTGTAGTGTATTAACTTCAGA
CGGTGAGACAACGCCCGTACCCAGGACGCTGTCGTGCTCGGAAAGCAGGA
GGAGAAAGAGAGAGTGGCAGCGCGGCTGCTGCACTCAACAAAGGGGGTCC
CGGTGCATCATCACCGTACCCCTACCTAAAAGGTTCTACACCATCTGCGT
CACACTTGTACGTATGGCTAATGTATCCAAACCATGTCCGTAGACCCACG
AACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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ATTCGAGTCATTACAGAAGGGCATGTTGTGTCTGTGGTTTGGTTACATTC
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GTGGTAGTATGGTGTGCAGTAGACCGTTTCTCACGGGGAGGTACAGAAGA
GAGGCAATCATAGTGACTATTTTGCGC back to topCoding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_589:140721..153647+ >EsuBft1311_7a-0001 ID=EsuBft1311_7a-0001|Name=EsuBft1311_7a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=882bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_589:140721..153647+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTACTATGTGACGTTCCTGAACCTGTTGCCGAGTTTCACTTCCGTCCT
CCACCTGAGCGTCGAAAAGTATTTTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GCACGGACGATGGGGAGCTATCGGACTGGTTCCCGGTCACGCAGGGATTA
CGACAAGGGTGCTCAATGTCCCCACTGCTGTTCAACGTCTTCTTCGCAGC
GCCTCTCGAGATCATTGTCACACGGTTCAGCCAAGATGAGGTTATCGTGC
GGGACCTAGTGTACTTGAAGGAGGAGGANNNN back to top
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