EsuBft981_6a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft981_6a-0001
Unique Name	EsuBft981_6a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_347	contig	Scaffold_347:335277..347075 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	2880.D8LHX6
ProteomeId	EsuBft981_6
Protein domains	IPR005052
Protein domains	PTHR12223
Protein domains	IPR001220
Protein domains	IPR013320
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	5
Max annot lvl	2759\|Eukaryota
Length	98
Hectar predicted targeting category	other localisation
Evalue	1.8e-149
EggNOG OGs	2CMVS@1\|root,2QS8X@2759\|Eukaryota
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Description	Legume lectin domain
COG category	S

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GO	0030246
GO	0003333

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft981_6a	EsuBft981_6a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_347 335277..347075 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft981_6a-0001	EsuBft981_6	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_347 335748..347075 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-exon-78766	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 335277..335292 +
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-exon-78764	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 335485..335780 +
EsuBft981_6a-0001-exon	EsuBft981_6a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 344513..344680 +
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-exon-78767	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 345146..345334 +
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-exon-78765	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 345857..346027 +
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-exon-78768	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_347 346935..347075 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-five_prime_utr-15475	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_347 335277..335292 +
EsuBft981_6a-0001-exon	agat-five_prime_utr-15476	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_347 335485..335747 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft981_6a-0001-cds	EsuBft981_6a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_347 335748..335780 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_347:335277..347075+
coding sequence from alignment at Scaffold_347:335277..347075+

spliced messenger RNA

>EsuBft981_6a-0001 ID=EsuBft981_6a-0001|Name=EsuBft981_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=981bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_347:335277..347075+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
TGCTGCCGCTGCTGCTTCCTGTGCTGCCGCTGCTGCTGTACTACAAATAT
ATGTAGCTGCTACGCTATTATACCATGTTGGCTGCTGGCAGTGCGTGGGT
CCTTCAAGTTCCATGCTAGAGGTGACGTAGGAAGCGTCTGTGGTGGATGA
CACCAAGTAGTAATAGCCATGCAGGTGAGCAGGCTGGTGCCTATTGGCTG
TTTGTGTGTTCGTGCTGCTGCTGTATTGCTTGCTGCTGCTGCTTGCTGCT
TGCTGCTGTTGAAGTGTTGTAAAGGCGTTATGGTTCCCGGGGACGCACCT
CCCGCAGCCCAGGCGGGCTTTGGCAATCGTGAGGCCGTGCAGCAATCCCC
GGACGCGAGGGGAAGCCGCTGCCGCGTAAGGTCTCGCCTCACGCCGTCCT
TGCCGTCCAAGGCAGGGGCGATGTGGTACTCGCTGCCCGTGCCCGTAACG
CGAGGCTTCGAGACTCTCTTCACCTTTCAGATCACCGATCACAGCCGGAT
GTGCACGGAGCACACCGACCCGCTCTTCAGCCGGCGGCTGCACTCGACCT
GCAGCGTTCGAGGAGGGGATGGCCTCGCGTTTGTGCTGCACCGCGACCCC
GCGGAGGCCGAGGCGGTAGGGGGGGCAGGGGCCGACATGGGGTACGGAGG
GCTGAGGGACTCCCTGGCGGTGGAACTCGATCACCGCTACAACCCGGGGG
CCGACAGTGGCGACCTGGTCTACGACCACGTCGGGGTGCACTCGGGCGGA
CCAGGCGGCGACAACTCCGCGCTGGCGTCGACAGAGCTAGCGCCGCCCGT
GGCGTGGGATCTAGCCGACGGCGAGCACCACTTGGTCAAGGACAACGGAG
AGGGGCGGCGGCTAGGTACCCTGGTGGTGTGGCTGGACGACGGCATCGCG
AGCGACGAGCCGCTCCTAGCGGTGCCGCTGAACCTCAGCGTCCTGCTGGA
TCTACCGCAAGATGAGGCGAGCTACAGCTAG

protein sequence of EsuBft981_6a-0001

>EsuBft981_6 ID=EsuBft981_6|Name=EsuBft981_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=233bp
MVPGDAPPAAQAGFGNREAVQQSPDARGSRCRVRSRLTPSLPSKAGAMWY
SLPVPVTRGFETLFTFQITDHSRMCTEHTDPLFSRRLHSTCSVRGGDGLA
FVLHRDPAEAEAVGGAGADMGYGGLRDSLAVELDHRYNPGADSGDLVYDH
VGVHSGGPGGDNSALASTELAPPVAWDLADGEHHLVKDNGEGRRLGTLVV
WLDDGIASDEPLLAVPLNLSVLLDLPQDEASYS

mRNA from alignment at Scaffold_347:335277..347075+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft981_6a-0001 ID=EsuBft981_6a-0001|Name=EsuBft981_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=11799bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_347:335277..347075+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
TGCTGCCGCTGCTGCTGTACNGCATGATGACACAGCATGATGACACGAAT
TCGAGGAGAAAGAGAGACACAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGCTATACACAT
ACACACAGAGCGAAACGCACGTGCAGCAACTGCACTTGCCGTAGGTTATA
TGTGCGCCTATCTATGACGCTTGGAGGAGAGGGTTGACATTTGGACAGGT
AGTAGTAGTCCTGTGCTGCCGCTGCTGCTGTACTACAAATATATGTAGCT
GCTACGCTATTATACCATGTTGGCTGCTGGCAGTGCGTGGGTCCTTCAAG
TTCCATGCTAGAGGTGACGTAGGAAGCGTCTGTGGTGGATGACACCAAGT
AGTAATAGCCATGCAGGTGAGCAGGCTGGTGCCTATTGGCTGTTTGTGTG
TTCGTGCTGCTGCTGTATTGCTTGCTGCTGCTGCTTGCTGCTTGCTGCTG
TTGAAGTGTTGTAAAGGCGTTATGGTTCCCGGGGACGCACCTCCCGCAGC
CCAGGTCACAAAGAAGCGACATATATGTCCGTAGGTGTTGCCCCCACCCC
CCGCCCCCCCTGTTTGAAGTTTTTCATACGTCCGGGGAATGCAGTTGTGC
CGTGCCCCAGCAGCAGCAGCAGTTTGAATCTCGAGCAAGTCCGAGTGGAG
TGGAGAGACACAGCGTGAATTCGAGCAGAAATAGAGATAGAGACAGAGAG
AGGGAGATACGTGCAGGAAGTGCTGTGATGACAACACCGTATGCTGTGTG
TGCGTCTGTGATGGGTGGTTGTACCTGTCCATGTACACGCAACGAGGAGA
GGGTACATCCACGCTGCTCTGTGGTTCCTAAACCGAGGCACAGAGCTAAC
ATCACACAGAGAGAGGTGCTGCTACAAACCTACACTGCTTGGTGTCTGAC
AATCCGTTCCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCCCTGCCTTGCGATGATTGGTCCACC
TCCGTGTGGTTTGCTTGGTCCTAACATATATTTACTTATTTTTAATAACC
CATCCCTGATGGTTCCTGTTGGGAGGCGGTCATATTCATCTAGAAACTCT
ACTTCCCAGGGAGCGACCCCGTTTGCATATTGTCCGTTCACGCACCTCCT
AGTATCTCTAACTAGTCGCAGTCGCCCTCCGACTGCTGCAACACCTGCCC
GCTCCCTTTGTACGTGTCGCTTTTCACGTCGTGCAGGCGGGCTTTGGCAA
TCGTGAGGCCGTGCAGCAATCCCCGGACGCGAGGGGAAGCCGCTGCCGCG
TAAGGTCTCGCCTCACGCCGTCCTTGCCGTCCAAGGCAGGGGCGATGTGG
TACTCGCTGCCCGTGCCCGTAACGCGAGGCTTCGAGACTCTCTTCACCTT
TCAGGTCCTGTGTACTTTCTATTGTCACCCCTTGCGGTCGGTCCTGTGGG
AACAACGCTCCGTCCTCTCGAAGTGATAAATCCTCTAAACGCGAAGGCAT
GCATCGAGTACGCCTCCCGCCCCCCGCCCCCTCGACCCCCTGTCTGTTTG
CGGCAAACAACATCTACCCAGTCTGTAACGCGGTAGAAGTCGATAGGGAT
AACTCCTGTGACTTGGCGACCACCCCTAGAACTGCTCAGGATTTTGCAGC
TGACCTATTGTGGGAAACATGGGGTTGCTGCGTGAGCGAAGACGGGGAAT
ACAGATCCGCTCTATCCACATGTCTTCACCAAACCCCCTTGCCCCCACGC
TCACCCCCCTCGCCTCACGGGGACTAAGTTCTGGCAAGACATGAACATGC
CCAAAACTGAACAACCTTCAACAACGTGTAGCATTTTTTACCGAAAACAC
TCCGCCTCCTGCTTCACAGATCACCGATCACAGCCGGATGTGCACGGAGC
ACACCGACCCGCTCTTCAGCCGGCGGCTGCACTCGACCTGCAGCGTTCGA
GGAGGGGATGGCCTCGCGTTTGTGCTGCACCGCGACCCCGCGGAGGCCGA
GGCGGTAGGGGGGGCAGGGGCCGACATGGGGTACGGAGGGCTGAGGGACT
CCCTGGCGGTGAGCATCGCTCAGCTTGTGTTGCACGGGGCTAGATCCGAG
CAAAAAGAAGTTGTTGATCATTCGAGGGAGGAAGTGTTTTGTTTGGTTGT
TATTAGCAGTATTTTGGTTTTGGAGTACCCGGCACCCTGTTCTGGTCTGC
TGGGACCCTGGGGGGGACGTACGTGGGTATGTGGTATGGAAGACGGGGCT
CCCCTAAGGGCAATACGTCCCCTCTTCTTATCTCTATCTACCTAGTTTTG
CCAAGATCCTGGGTTCAACACTTTTCTCTGCACTTTTCTGTCATAACGTT
TCAGAGGAAAATATGGGAAACAAACAGATTAACATGCTGACGAATGCGTT
CTCCAAAGTGGTGTCGCCAGCTATCTCTGTGTTACACGTAGCGCGGGAAC
GTGGTGCACATTACTCTGTTATTCTGTCTCGAGAGGAAATCGTCGCCATC
AGTGCCCGAACTCCTCCTAGGGCAAGCAAGGGCTAAGAACCACGACACAC
CTCTCCGCCCCCGCGTCGCCGACTTTTCAGGTGGAACTCGATCACCGCTA
CAACCCGGGGGCCGACAGTGGCGACCTGGTCTACGACCACGTCGGGGTGC
ACTCGGGCGGACCAGGCGGCGACAACTCCGCGCTGGCGTCGACAGAGCTA
GCGCCGCCCGTGGCGTGGGATCTAGCCGACGGCGAGCACCACTTGGTCAA
GGTAGTATGTGTATCTCGGTAGACTTGCCAGGGTATCCCCGTAGGCTTTT
TCGAGGCATTTCCGTAGTTTTGCATACCTAGGGGAGAGAAGTCTAGCGCC
GGCTTCATCGCACGCATGCAGACGTGTGTTCAGGCCGTCGACTTCACTAT
ATCTCGGCGGGGCCTGCTTTCCCGTCGCCATCCGAAGCATCGACGAAAGC
AATGCTTGACTTCAGCACTCCTGCAAAGCACAATCTTTATCCCCACTACT
TCTCCATTTATCTGGTGTCTGGCCCACGAAATAATTATACTATCATCCAG
CATTTTGTTTCCCCGCCCCGTCTTCGAGAGAGAGCGAAATAACGGGAGAG
CGCACCATATGCATGCGTGTGCCACACACAACCCCAATGACCATACGCTT
ATCACTCATACACCCTTGACCAACATTGACGCCAGCGCAGGGGTGTGCCA
TGGTTTTTCCGCACGAAGGGTCCCTAGCAACCGAAACACTCACGCACGGC
TGCATCACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
CCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCCCCCCCCCCCCCCTG
TGCATGTTTCACCTTGCCCGCTGCTGCTGCTTGAAATGACACCGGTGTCG
AGAAAGGTCAAGTACTTCCCACGGGTGGCCACCGAGTACCTTAAGCACTT
CGCCGCAACGCCAAACCTGGTTCCTTTTCTCAAGGTGCGAGCTAGATGCC
ATCGCGGTAGCTGAAACGCACTCAAGCGGGAACAAACACCAACGGCAGGG
CGCTTTTCTTTTTTCTGTTTCGCACAATCCACTGGGTATCGAGTTGTTGT
TTTTTCCAGCCTGACTTCAAAGGGGAGATGCCTTTTTGATACGGATGGCT
TGGTGCAGGACAACGGAGAGGGGCGGCGGCTAGGTACCCTGGTGGTGTGG
CTGGACGACGGCATCGCGAGCGACGAGCCGCTCCTAGCGGTGCCGCTGAA
CCTCAGCGTCCTGCTGGATCTACCGCAAGATGAGGCGAGCTACAGCTAG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_347:335277..347075+

>EsuBft981_6a-0001 ID=EsuBft981_6a-0001|Name=EsuBft981_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=702bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_347:335277..347075+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTTCCCGGGGACGCACCTCCCGCAGCCCAGGCGGGCTTTGGCAATCG
TGAGGCCGTGCAGCAATCCCCGGACGCGAGGGGAAGCCGCTGCCGCGTAA
GGTCTCGCCTCACGCCGTCCTTGCCGTCCAAGGCAGGGGCGATGTGGTAC
TCGCTGCCCGTGCCCGTAACGCGAGGCTTCGAGACTCTCTTCACCTTTCA
GATCACCGATCACAGCCGGATGTGCACGGAGCACACCGACCCGCTCTTCA
GCCGGCGGCTGCACTCGACCTGCAGCGTTCGAGGAGGGGATGGCCTCGCG
TTTGTGCTGCACCGCGACCCCGCGGAGGCCGAGGCGGTAGGGGGGGCAGG
GGCCGACATGGGGTACGGAGGGCTGAGGGACTCCCTGGCGGTGGAACTCG
ATCACCGCTACAACCCGGGGGCCGACAGTGGCGACCTGGTCTACGACCAC
GTCGGGGTGCACTCGGGCGGACCAGGCGGCGACAACTCCGCGCTGGCGTC
GACAGAGCTAGCGCCGCCCGTGGCGTGGGATCTAGCCGACGGCGAGCACC
ACTTGGTCAAGGACAACGGAGAGGGGCGGCGGCTAGGTACCCTGGTGGTG
TGGCTGGACGACGGCATCGCGAGCGACGAGCCGCTCCTAGCGGTGCCGCT
GAACCTCAGCGTCCTGCTGGATCTACCGCAAGATGAGGCGAGCTACAGCT
AG