EsuBft759_10a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft759_10a-0001
Unique Name	EsuBft759_10a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_561	contig	Scaffold_561:323712..328461 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	164328.Phyra85923
ProteomeId	EsuBft759_10
Protein domains	Coil
Protein domains	PTHR11439
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Note	copia protein os:drosophila melanogaster gn:gip pe:1 sv:3 [Automatic annotation]
Nb exon	2
Max annot lvl	4776\|Peronosporales
Length	4654
Evalue	2.34e-21
EggNOG OGs	COG2801@1\|root,KOG0017@2759\|Eukaryota,3QGIS@4776\|Peronosporales
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Description	transposition, RNA-mediated
COG category	L

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a	EsuBft759_10a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_561 323712..328461 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a-0001-exon	EsuBft759_10a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_561 323712..327323 +
EsuBft759_10a-0001-exon	agat-exon-103683	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_561 327420..328461 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a-0001-exon	agat-five_prime_utr-13592	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_561 323712..323744 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a-0001-cds	EsuBft759_10a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_561 323745..327323 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a-0001-exon	agat-three_prime_utr-21124	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_561 327726..328461 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft759_10a-0001	EsuBft759_10	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_561 323745..327725 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_561:323712..328461+
coding sequence from alignment at Scaffold_561:323712..328461+

spliced messenger RNA

>EsuBft759_10a-0001 ID=EsuBft759_10a-0001|Name=EsuBft759_10a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4654bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_561:323712..328461+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
GCCGCTGCTCACAACCAAGATTATAGTTGTGCCATGGGAGATGGTGGTGC
TGCTGTTGGCTTTGGGTACGGAGCCACAACCCCAGCGACTGGGTACCAAA
GTGTGCGGTACACTTCTCCTCCGTTCAGCGGGAAATCGAAAGATTTCAGC
GAATGGCTGAATGATTTCCGCATGGCAGCTAATGGCGCAAACCTGTTGGA
ACAATTTGAAGAGAGCGGGAGCTTGGAGATCCCCGTCAACAGCGGAAAGA
GCAAGTTTTCGCTGTCACAGCAGTACCGGAGCGAGCAAGTAGAGCTGGCA
TTTCACGTGTGGAACTTCCTGTCTCACGCGTTGAATGAGAAATATCGGAA
AATCATGAAGAGGGCAGAGACGCCCCAGGGAGCTCTTCGTGAGCTCAAGA
CCATACACGACCCTGAATCATCTGTACAGCCGTCAGAGGACCTCAAGTCC
CTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCTGCAGAAGATCGCCCACTCACCCACC
GGGAGGATATGGAACGCGCTTGTGCGGATCATGTCCTACCTGAACTTCAC
GAAGGACTTCGGCATCACCTACGTACGGGGGTCAGGACTAGACCTAAGCA
TGTTTGTCGACGCCAGCTACGCTGACAACGAAGTAGACACGCGTTCTACG
ACCGGGCTAGCTGGCGTGAAGGAGGCGTCGTTTGTGCGTGGCGTTCTGTG
GTTCATAGCGCCCGAGACGAGTGGGGCGACGATCAAGGTCCTTGAGGACA
ACAAGGGGGCTCTCGCCTTAATCGAGAACCCGTTCAGCTCAGCGAGGAGC
AAGCACATCGACGTGCGGTTCCATTTCATTCGCGAGCTATTCAAGTCGGG
CAAGATCACTGCAGAGTACGTTCCGACTGGAGAGCAGCACGCCGACATGC
TGACCAAGTTCCTTGGCAGAGAGCAGTTAGAGTACCACCGGAAGGCTCTG
ATGAACCTACCGATGTAGTGTTCTCTTGTTCTGTTTGGTTAATGTGGTGA
TTTTAGCACTTGGCATATATGACCATGGTACGTCACGCAGGAAGCGTTGT
GCCGGCGCGCCACCCGCGGCTGGAGCCTAGAAACGCCGAGAGCGTTGCTT
CGGGTGTGCATAAACGAAACGATACATTTTTGGAAAGCTCTCGACGAGGC
GGTTTCAACGCCGTCGTTGTCGGCGCCGTGACTCTTTCTGTTGCTGAGAA
ATCAAGATTTGAAAATCGGTCCAGGGGGTGTGTTATCTTGTGTCATATAC
GGTAAATGCTTCTAACAAGTTGTTGTGTCGGGCACTCAGCAGAAAGTTTT
GTGACCATGACGGGTATGCAACGTCCGATCCGTCGAACACAGGAGCTTTG
GGAATTTTCAAAGGGCTCCTACCCAAGCTTTCTCCTGGTTCTGTGATGTC
GGCCCCAGGAATCAATGTGGTTCCATTGGCGACATTTTCCCACCACCTAC
TCGAAGCAGTAGGTGCGGGTGGAATAGAAGACTGGCTACTGAAAGCCCCA
CTACCTATTCCTGGAACGAAAGACTGACTACCAAAAGCCCTACTTCCCAT
CCCAACCGAACCAAAGCTTGTGACACCAGCAGAGGAACGGTTAACAGCAG
TATCGTGAGGGTTCAAGCCTGTGTTTGCAAAACTACTACTCCCAACTCTC
ACGCTGGACATGCCAAGGCCTTGGGCATTACAGTCCGTACCTCCCGCAGT
CCTG

protein sequence of EsuBft759_10a-0001

>EsuBft759_10 ID=EsuBft759_10|Name=EsuBft759_10a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=1294bp
MGDGGAAVGFGYGATTPATGYQSVRYTSPPFSGKSKDFSEWLNDFRMAAN
GANLLEQFEESGSLEIPVNSGKSKFSLSQQYRSEQVELAFHVWNFLSHAL
NEKYRKIMKRAETPQGALRELKTIHDPESSVQPSEDLKSLXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXKLQKIAHSPTGRIWNALVRIM
SYLNFTKDFGITYVRGSGLDLSMFVDASYADNEVDTRSTTGLAGVKEASF
VRGVLWFIAPETSGATIKVLEDNKGALALIENPFSSARSKHIDVRFHFIR
ELFKSGKITAEYVPTGEQHADMLTKFLGREQLEYHRKALMNLPM

mRNA from alignment at Scaffold_561:323712..328461+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft759_10a-0001 ID=EsuBft759_10a-0001|Name=EsuBft759_10a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4750bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_561:323712..328461+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
GCCGCTGCTCACAACCAAGATTATAGTTGTGCCATGGGAGATGGTGGTGC
TGCTGTTGGCTTTGGGTACGGAGCCACAACCCCAGCGACTGGGTACCAAA
GTGTGCGGTACACTTCTCCTCCGTTCAGCGGGAAATCGAAAGATTTCAGC
GAATGGCTGAATGATTTCCGCATGGCAGCTAATGGCGCAAACCTGTTGGA
ACAATTTGAAGAGAGCGGGAGCTTGGAGATCCCCGTCAACAGCGGAAAGA
GCAAGTTTTCGCTGTCACAGCAGTACCGGAGCGAGCAAGTAGAGCTGGCA
TTTCACGTGTGGAACTTCCTGTCTCACGCGTTGAATGAGAAATATCGGAA
AATCATGAAGAGGGCAGAGACGCCCCAGGGAGCTCTTCGTGAGCTCAAGA
CCATACACGACCCTGAATCATCTGTACAGCCGTCAGAGGACCTCAAGTCC
CTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCTGCAGAAGATCGCCCACTCACCCACC
GGGAGGATATGGAACGCGCTTGTGCGGATCATGTCCTACCTGAACTTCAC
GAAGGACTTCGGCATCACCTACGTACGGGGGTCAGGACTAGACCTAAGCA
TGTTTGTCGACGCCAGCTACGCTGACAACGAAGTAGACACGCGTTCTACG
ACCGGGCTAGCTGTGACCGTAGGTGGTACCGTAGTGTGTACATCCACCAA
GATGCAGCCAGTGACGGCTCAGTCGACCTCGGAAGCAGGGTATATGGCAG
CCGGGGAGGGCGTGAAGGAGGCGTCGTTTGTGCGTGGCGTTCTGTGGTTC
ATAGCGCCCGAGACGAGTGGGGCGACGATCAAGGTCCTTGAGGACAACAA
GGGGGCTCTCGCCTTAATCGAGAACCCGTTCAGCTCAGCGAGGAGCAAGC
ACATCGACGTGCGGTTCCATTTCATTCGCGAGCTATTCAAGTCGGGCAAG
ATCACTGCAGAGTACGTTCCGACTGGAGAGCAGCACGCCGACATGCTGAC
CAAGTTCCTTGGCAGAGAGCAGTTAGAGTACCACCGGAAGGCTCTGATGA
ACCTACCGATGTAGTGTTCTCTTGTTCTGTTTGGTTAATGTGGTGATTTT
AGCACTTGGCATATATGACCATGGTACGTCACGCAGGAAGCGTTGTGCCG
GCGCGCCACCCGCGGCTGGAGCCTAGAAACGCCGAGAGCGTTGCTTCGGG
TGTGCATAAACGAAACGATACATTTTTGGAAAGCTCTCGACGAGGCGGTT
TCAACGCCGTCGTTGTCGGCGCCGTGACTCTTTCTGTTGCTGAGAAATCA
AGATTTGAAAATCGGTCCAGGGGGTGTGTTATCTTGTGTCATATACGGTA
AATGCTTCTAACAAGTTGTTGTGTCGGGCACTCAGCAGAAAGTTTTGTGA
CCATGACGGGTATGCAACGTCCGATCCGTCGAACACAGGAGCTTTGGGAA
TTTTCAAAGGGCTCCTACCCAAGCTTTCTCCTGGTTCTGTGATGTCGGCC
CCAGGAATCAATGTGGTTCCATTGGCGACATTTTCCCACCACCTACTCGA
AGCAGTAGGTGCGGGTGGAATAGAAGACTGGCTACTGAAAGCCCCACTAC
CTATTCCTGGAACGAAAGACTGACTACCAAAAGCCCTACTTCCCATCCCA
ACCGAACCAAAGCTTGTGACACCAGCAGAGGAACGGTTAACAGCAGTATC
GTGAGGGTTCAAGCCTGTGTTTGCAAAACTACTACTCCCAACTCTCACGC
TGGACATGCCAAGGCCTTGGGCATTACAGTCCGTACCTCCCGCAGTCCTG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_561:323712..328461+

>EsuBft759_10a-0001 ID=EsuBft759_10a-0001|Name=EsuBft759_10a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=3885bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_561:323712..328461+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGGAGATGGTGGTGCTGCTGTTGGCTTTGGGTACGGAGCCACAACCCC
AGCGACTGGGTACCAAAGTGTGCGGTACACTTCTCCTCCGTTCAGCGGGA
AATCGAAAGATTTCAGCGAATGGCTGAATGATTTCCGCATGGCAGCTAAT
GGCGCAAACCTGTTGGAACAATTTGAAGAGAGCGGGAGCTTGGAGATCCC
CGTCAACAGCGGAAAGAGCAAGTTTTCGCTGTCACAGCAGTACCGGAGCG
AGCAAGTAGAGCTGGCATTTCACGTGTGGAACTTCCTGTCTCACGCGTTG
AATGAGAAATATCGGAAAATCATGAAGAGGGCAGAGACGCCCCAGGGAGC
TCTTCGTGAGCTCAAGACCATACACGACCCTGAATCATCTGTACAGCCGT
CAGAGGACCTCAAGTCCCTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAGCTGCAGAAGA
TCGCCCACTCACCCACCGGGAGGATATGGAACGCGCTTGTGCGGATCATG
TCCTACCTGAACTTCACGAAGGACTTCGGCATCACCTACGTACGGGGGTC
AGGACTAGACCTAAGCATGTTTGTCGACGCCAGCTACGCTGACAACGAAG
TAGACACGCGTTCTACGACCGGGCTAGCTGGCGTGAAGGAGGCGTCGTTT
GTGCGTGGCGTTCTGTGGTTCATAGCGCCCGAGACGAGTGGGGCGACGAT
CAAGGTCCTTGAGGACAACAAGGGGGCTCTCGCCTTAATCGAGAACCCGT
TCAGCTCAGCGAGGAGCAAGCACATCGACGTGCGGTTCCATTTCATTCGC
GAGCTATTCAAGTCGGGCAAGATCACTGCAGAGTACGTTCCGACTGGAGA
GCAGCACGCCGACATGCTGACCAAGTTCCTTGGCAGAGAGCAGTTAGAGT
ACCACCGGAAGGCTCTGATGAACCTACCGATGTAG