EsuBft499_4a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft499_4a-0001
Unique Name	EsuBft499_4a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_30	contig	Scaffold_30:358719..363116 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft499_4
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	2
Length	424
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a	EsuBft499_4a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_30 358719..363116 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a-0001-exon	EsuBft499_4a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_30 358719..358853 +
EsuBft499_4a-0001-exon	agat-exon-76054	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_30 359005..363116 +

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a-0001-exon	agat-five_prime_utr-10928	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_30 358719..358742 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a-0001-cds	EsuBft499_4a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_30 358743..358853 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a-0001-exon	agat-three_prime_utr-17185	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_30 359092..363116 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft499_4a-0001	EsuBft499_4	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_30 358743..359091 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_30:358719..363116+
coding sequence from alignment at Scaffold_30:358719..363116+

spliced messenger RNA

>EsuBft499_4a-0001 ID=EsuBft499_4a-0001|Name=EsuBft499_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4247bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:358719..363116+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
GGTGGATAAGCGCACTTCGAAATCATGGACGACCTGCGCCGGGCGGCGGC
AGCGGGGGGCGGTGATGGTTCTGGCGAGGATGATGACGGCTGCGCTGTGC
CCATGCATCGCCTTCATTCTTTGCCTGTGGAGGAGGAAGCAGTTACTGGA
GGGCAACAAGAGGGAAAGGGCCACAGCCATCCCGAGCAACATGGGAGCGA
CGACGAATACTCGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AGGACGACCATCGACTTCAAACGGCGCATATCAAACCAAACAGAGTGCCG
TCAACCTCGTACGGCCTCAGTACTGCCCAAAACAAATAGGTCGATTGGCG
CACCTTCGTGGAGTCGTGTGTGGCCTGCTGAGCGTCTGTGCCGACCGCGC
GCGGTCCGGAGGTTCGGCGCTTACGCCTCTCGTCTTCATCCTTCTTGGCC
GATTGTGTCGGTGTCACCGCAGGACGAGTCCCCAAGCTTTGGCGCGCCGG
TGTCGAGACAGTGGCGGTGTCCATATCCATACCTGGCGGGCACACGGGAA
CCGAGAAACCGAATAAAAGTCAGGGCGTAGGCGCAAATGCAAAGTGACAC
ATGGACGCAGACAACACAGCAGTAAAGTGAAACTACGTTGCCACCAGCGC
CTCCGCAAAAGAGCGCGGACATGATTTTTTAACAGCCTCCAAGGCTGTGT
GCGACAACGACGGTATCCAACCCATCTTTGCAAAATTGTGCTTTTGTGGA
CTGTACGTTGCCCCCGGTTGCTGGGGTCATGATGGGGAAATACACCACCA
TCCTTCAGCAACTTCATTGATACTTCGACAGGTTAAGTGCACAAGGTTTC
TAGGGGGTCTGCTCACGAAATAGAGTACAACAGCCGTGCCACAACAGCCG
TGCCAATTCGTCAGGTAAAGGGGGTGTGAGATGTCGGCTCCGCGGGT

protein sequence of EsuBft499_4a-0001

>EsuBft499_4 ID=EsuBft499_4|Name=EsuBft499_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=66bp
MDDLRRAAAAGGGDGSGEDDDGCAVPMHRLHSLPVEEEAVTGGQQEGKGH
SHPEQHGSDDEYSGXX

mRNA from alignment at Scaffold_30:358719..363116+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft499_4a-0001 ID=EsuBft499_4a-0001|Name=EsuBft499_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4398bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:358719..363116+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
GGTGGATAAGCGCACTTCGAAATCATGGACGACCTGCGCCGGGCGGCGGC
AGCGGGGGGCGGTGATGGTTCTGGCGAGGATGATGACGGCTGCGCTGTGC
CCATGCATCGCCTTCATTCTTTGCCTGTGGAGGAGGTATGCCAAGTTACG
GGGGAGGGTTTGCACGGGGACAACTTTGGCAGCGCACGGTGTGTTTTGTG
TGCGCCGTTGCCGTAGAGCAGTGTCATGTGGTAGCGCTTGGTGTTGATCT
ACCCTCCGTTGATGCCCCATCGATGCCGTCGCTCAGGAAGCAGTTACTGG
AGGGCAACAAGAGGGAAAGGGCCACAGCCATCCCGAGCAACATGGGAGCG
ACGACGAATACTCGGGTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GAGGACGACCATCGACTTCAAACGGCGCATATCAAACCAAACAGAGTGCC
GTCAACCTCGTACGGCCTCAGTACTGCCCAAAACAAATAGGTCGATTGGC
GCACCTTCGTGGAGTCGTGTGTGGCCTGCTGAGCGTCTGTGCCGACCGCG
CGCGGTCCGGAGGTTCGGCGCTTACGCCTCTCGTCTTCATCCTTCTTGGC
CGATTGTGTCGGTGTCACCGCAGGACGAGTCCCCAAGCTTTGGCGCGCCG
GTGTCGAGACAGTGGCGGTGTCCATATCCATACCTGGCGGGCACACGGGA
ACCGAGAAACCGAATAAAAGTCAGGGCGTAGGCGCAAATGCAAAGTGACA
CATGGACGCAGACAACACAGCAGTAAAGTGAAACTACGTTGCCACCAGCG
CCTCCGCAAAAGAGCGCGGACATGATTTTTTAACAGCCTCCAAGGCTGTG
TGCGACAACGACGGTATCCAACCCATCTTTGCAAAATTGTGCTTTTGTGG
ACTGTACGTTGCCCCCGGTTGCTGGGGTCATGATGGGGAAATACACCACC
ATCCTTCAGCAACTTCATTGATACTTCGACAGGTTAAGTGCACAAGGTTT
CTAGGGGGTCTGCTCACGAAATAGAGTACAACAGCCGTGCCACAACAGCC
GTGCCAATTCGTCAGGTAAAGGGGGTGTGAGATGTCGGCTCCGCGGGT

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_30:358719..363116+

>EsuBft499_4a-0001 ID=EsuBft499_4a-0001|Name=EsuBft499_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=198bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:358719..363116+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGACGACCTGCGCCGGGCGGCGGCAGCGGGGGGCGGTGATGGTTCTGG
CGAGGATGATGACGGCTGCGCTGTGCCCATGCATCGCCTTCATTCTTTGC
CTGTGGAGGAGGAAGCAGTTACTGGAGGGCAACAAGAGGGAAAGGGCCAC
AGCCATCCCGAGCAACATGGGAGCGACGACGAATACTCGGGTANNNNN