EsuBft108_21a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft108_21a-0001
Unique Name	EsuBft108_21a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_345	contig	Scaffold_345:205932..215342 -

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft108_21
Protein domains	NON_CYTOPLASMIC_DOMAIN
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_N_REGION
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_H_REGION
Protein domains	SIGNAL_PEPTIDE_C_REGION
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	1
Length	874
Hectar predicted targeting category	signal peptide
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a	EsuBft108_21a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_345 205932..215342 -

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a-0001	EsuBft108_21	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_345 215073..215243 -

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a-0001-exon	EsuBft108_21a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_345 205932..205976 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-exon-105052	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_345 206128..206212 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-exon-105053	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_345 206432..208690 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-exon-105051	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_345 208986..215342 -

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-three_prime_utr-851	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_345 205932..205976 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-three_prime_utr-852	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_345 206128..206212 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-three_prime_utr-853	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_345 206432..208690 -
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-three_prime_utr-854	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_345 208986..215072 -

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a-0001-cds	EsuBft108_21a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_345 215073..215243 -

The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft108_21a-0001-exon	agat-five_prime_utr-537	Ectocarpus subulatus male Bft15b	five_prime_UTR	Scaffold_345 215244..215342 -

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_345:205932..215342-
coding sequence from alignment at Scaffold_345:205932..215342-

spliced messenger RNA

>EsuBft108_21a-0001 ID=EsuBft108_21a-0001|Name=EsuBft108_21a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=8746bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_345:205932..215342- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
AAAAAAAAAAAATGAGAACATCTGGAGTCGGCCCCGCGAGGTAGCCCAGA
TGCCCCTGAAAACCGGTGGCATGCTAGCGGTGCTGAACTGACTTGGGTGA
TGCGCTACCTTCGGGTGGCTCGCTGTCTGGGGACGATATTTTTCCTGGCA
CCAGGAATCAAAAAGGCTACGTTAGTACACGTCGATCAAGTTTGGTGGTT
TGCCCCCACAAGGCTAATCACTTCTCGAGGTCTGACCCACCAGGGTGATA
TCATGATAGCACTAACTTAGCTAGTTAATTTACTTGTGCTCTTATACATA
TATTGACAACCTTCGTCGGTGTCCGACAAGGAATATCCTCATGTGATAAC
TTACTACTATGCCCAAATAATACCAACTCCGTACGAGACACACACCATTT
AAACAAGCTACACCATATCAACCTTTTTATCAACCCCCCCACCCCCCCGG
TGTTAACCATCGGGGTTGGGTTTTCGTCGCTTGGCAACGACGTTGTAAAA
CAAGCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CCCCTCGGTGTTTGCCATCAGGGTTGGGTTTTCGTCGCTTGGCAACGACG
TTGTAAAACAAGCCAATTCGCTTCGTGAAATCGGCAACCAGGTTGCCGGG
TTTTTTTGCCTCTGTTTTTTTTTTTGGCGGTAACCATAATGGTGGTCGAG
TAGATCATGTTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AAGTTGGGTATTTGGAATCGAGTAGATACGAATGAATTTTTGGTAGATTA
GCCTGCGTGCGATTATCTTTTCCTTTATTGGGTAGTGTCCCGTTTCTTTG
TTGAGCAATTCCTGGAGTAGTGTTGTTGTGTTATGTTCAAATATCGTTAC
ATGTCTATGTGCAAAATAAGAACGCCTGTATATAAATAATGACATAAAAA
TCATGTTCAAATTGCTTCTAGCGCTACCAAAATTGTACACGCATACTTTT
GTAGGAGCCTGATAGCTTATAGCGATGCGAAAATCTGTGGGTAACCGCAT
ATTTAACCGTCGAAACCGCAAGGGGGAACACTGAAAACGAAACGTGTCCC
TTGCGATTAGGATAATCAATTTATGTACACCTTTCTAAAAAGTTCCCATA
CACCCAGGTACGAGCAAACTTTTTTGTGTGTGGTCGAAGATGGACTGCGC
CTCTGCACAAGCCCAACATGCTACCATGCACAACATACTACTGCTGCCGT
TCACCTGTCGCCGTCCTTCCACGTCTACCTGTCCATGACACATGCTGCCA
CTTGATGCGGCAACATCTGGGAACAACACGGACACAGGGAGTACCCCCGT
ACCCATACGCACAACCTCTCATTCCTCCCTTGTCAAACACAAATGATGTA
ACATGCATGAAATGATGAACTCTGTCTATATTTACAAGTATGGTCCACGC
TGCCTACAAATGGGAGAGGTAGCCATACCTCCTGCCTACACACGGACGAG
AGAGGTGAACACACCCACTGCATTTAACACACACCCACATGTCGGTTATG
AAACCTCATCAACCACACGCCTCTATCGGCGACCACGTCATCAGGAGGCA
ATGATGAGAAATGTTCTCCCGTGCCCTTCTCACATTTAACGACATGAAAT
TCCACAACATAACATATATGAGACACACAAGACAGCTACCAAACTGATCT
TTTGAGCCTGTCACCCGAGAGTTGTCCCTATATGCTGTCTAGGAAATCGT
AGACATACAGGTAGTTTTCTCTGACCCTATGATTCCATTTTTAATCTGTC
TCTGACTCTTTTCTATGATAGAGATGGCACATCAGCCGCACATACTCCCC
ACATATGCATACCAAACTGAGAAAATATTTGTTAACTGATGGAGATTGCA
TGTACTACAACTAATAGGGTGCGACACACAAAACGCCCGACTACCCAACA
GTACCCAACACCTTTCGTCTGCACCTTCCCAACATAACATATATGAGACA
CACAAGACAGCTACCAAACTGATTTGTTGAGCCTGTTACCCACAGGGGAG
ATGTCCCTATATGCTGTCTGGGAAATCGTAGACACACAGGTAGTTTTCTC
TGACGCTATGATTCCATTGTTAATCTGTCTCTGACTCTTTTCTATGATAG
AGATGGACTCGTTGTGTCATATCAAGAAAAAAAAAAAAAATGATATGATG
AGCGTTCGGATAGTTCTCGACGATACGGTTCCAACAACACCGCCATTCGG
CAACGCCTGCTGAGGAAGTTTCGCACTTCTACAATCACCACAGGGAGTGT
GATATTTTTTGTCACCACATGCTGGTTGCTGCGTGGTTTCCGGTTGCTCG
AGGGGAACGTGTCACCTGCCCTGACCAATTGACGGAAGAAGCTGCCATTC
ACCTGGAGGTCATCTACCGGAGTTCCTCCCCAGTGCACACACACCCTTCG
GTGCTAACGCAAAAACAGGATCCATGAACCCTTCGAATAACACATAGTCG
TGATTTTTTGTCATCATGACAGCAAACTCTCGACTTTGGACCAAGCACAT
GCTTCGAGGCCACCGATGAAAAGGCAACAGTATAAGGCAAAAAGAAAAAC
TTAGGGGAAACACCCGCTACACAGGAAGAGGCAACATTTGGGGCCGAAAA
CAAAGCTTGTTACCTCCATTTCAATTTTTCCTTCTTTCTGTGTGCCCCTG
TCTGATACACCAAGCATTACTCCCGAAAGGTGCTGGCTGGCGCCATAACA
CATGGGACGAAACACACACAATCACCACACACACACACGTTTGTTAGCCG
ATTGGCGCGGTCGATGCTAGGAATAGAGACACGCACAGCACACACACACG
AAAAAAAGACACAGCAGCTATTTTGCAACGCGTCCTCCACCTCAGATGCG
ACAAGTTACAGGCCGTTGGGTGAGGCAGACCCCAGATTTTCTCAAACAGC
GGACGAGTCCCGTGTCTCTACATACATGCATCTTCGTCTGAAATGTGATG
CGTGACCATTGGTGGAAGGGCTACAGCAATCGACAACCGAGTACTCCCCT
CCTCCTCTTCTCGACATAAGTGAGTTAGCGCTGTTGGCAAAGTGCTGTAA
AGCACACAACCCCAAATATAGCCCCCATAGTATGCGCTACCGAAGACGCG
TGACGCATGGACGAGTGGAGTGAGGATAGCTGTTTACGGCAACCTCACAG
TTTGAGTAATGTATGAGATTGCCAGACACATGGACGTGTTGAGTGATTAT
AGCTGTACACTGAAACCTCAAGGGTTAAGTGAGGTTTGAGATTGCCAGAA
ACATGGACGGGTTGAGTGGGGATAGCTGCATACTGAAACCCCACGGGTTG
AGTGATGTTGGATTGCCGGACACATAGACGCTTTGAGTGAGGATAGACAC
ATACTGAACCTCACAGGTTGATTTCTATCGGCGATTGCCGGACACATAGA
CGTGTTGAGTGAGGATAGCTGCATACTGAAACCTCACGGATGGATTGGTT
TATTGCCGGACACATAGACGTGTTGAGTGAGGATAGCTGCATACTC

protein sequence of EsuBft108_21a-0001

>EsuBft108_21 ID=EsuBft108_21|Name=EsuBft108_21a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=56bp
MRYLRVARCLGTIFFLAPGIKKATLVHVDQVWWFAPTRLITSRGLTHQGD
IMIALT

mRNA from alignment at Scaffold_345:205932..215342-

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft108_21a-0001 ID=EsuBft108_21a-0001|Name=EsuBft108_21a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=9411bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_345:205932..215342- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
AAAAAAAAAAAATGAGAACATCTGGAGTCGGCCCCGCGAGGTAGCCCAGA
TGCCCCTGAAAACCGGTGGCATGCTAGCGGTGCTGAACTGACTTGGGTGA
TGCGCTACCTTCGGGTGGCTCGCTGTCTGGGGACGATATTTTTCCTGGCA
CCAGGAATCAAAAAGGCTACGTTAGTACACGTCGATCAAGTTTGGTGGTT
TGCCCCCACAAGGCTAATCACTTCTCGAGGTCTGACCCACCAGGGTGATA
TCATGATAGCACTAACTTAGCTAGTTAATTTACTTGTGCTCTTATACATA
TATTGACAACCTTCGTCGGTGTCCGACAAGGAATATCCTCATGTGATAAC
TTACTACTATGCCCAAATAATACCAACTCCGTACGAGACACACACCATTT
AAACAAGCTACACCATATCAACCTTTTTATCAACCCCCCCACCCCCCCGG
TGTTAACCATCGGGGTTGGGTTTTCGTCGCTTGGCAACGACGTTGTAAAA
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CCCCTCGGTGTTTGCCATCAGGGTTGGGTTTTCGTCGCTTGGCAACGACG
TTGTAAAACAAGCCAATTCGCTTCGTGAAATCGGCAACCAGGTTGCCGGG
TTTTTTTGCCTCTGTTTTTTTTTTTGGCGGTAACCATAATGGTGGTCGAG
TAGATCATGTTGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCATACTGGAAGAAAGTG
AAGTTGGGTATTTGGAATCGAGTAGATACGAATGAATTTTTGGTAGATTA
GCCTGCGTGCGATTATCTTTTCCTTTATTGGGTAGTGTCCCGTTTCTTTG
TTGAGCAATTCCTGGAGTAGTGTTGTTGTGTTATGTTCAAATATCGTTAC
ATGTCTATGTGCAAAATAAGAACGCCTGTATATAAATAATGACATAAAAA
TCATGTTCAAATTGCTTCTAGCGCTACCAAAATTGTACACGCATACTTTT
GTAGGAGCCTGATAGCTTATAGCGATGCGAAAATCTGTGGGTAACCGCAT
ATTTAACCGTCGAAACCGCAAGGGGGAACACTGAAAACGAAACGTGTCCC
TTGCGATTAGGATAATCAATTTATGTACACCTTTCTAAAAAGTTCCCATA
CACCCAGGTGACAACGAAGAATTGGGAATCAAATTCCGCTGAACCAGAAA
TCTGCACTTCAAAGAGCCAGCCAGCGATGTCGCTGAGAGGAGCACGCATG
CAGTCATTCCGGTTTTAGCTCAGCCACCCACCTCTCTTGGATTGCGGAGC
TAGCCGGCATTTCGGATCCAGCCGTTGTGCGATACTAATCATCTCCGATA
GGACTTGAGGAGGACGGACTGTAAAGCTGTAGAGTATACTGCACTGCGTT
TGCTCCTTGCTGCTGCTCTTGGCTGACCCAGGACTTCGAAAAATCCCCAC
AGGTACGAGCAAACTTTTTTGTGTGTGGTCGAAGATGGACTGCGCCTCTG
CACAAGCCCAACATGCTACCATGCACAACATACTACTGCTGCCGTTCACC
TGTCGCCGTCCTTCCACGTCTACCTGTCCATGACACATGCTGCCACTTGA
TGCGGCAACATCTGGGAACAACACGGACACAGGGAGTACCCCCGTACCCA
TACGCACAACCTCTCATTCCTCCCTTGTCAAACACAAATGATGTAACATG
CATGAAATGATGAACTCTGTCTATATTTACAAGTATGGTCCACGCTGCCT
ACAAATGGGAGAGGTAGCCATACCTCCTGCCTACACACGGACGAGAGAGG
TGAACACACCCACTGCATTTAACACACACCCACATGTCGGTTATGAAACC
TCATCAACCACACGCCTCTATCGGCGACCACGTCATCAGGAGGCAATGAT
GAGAAATGTTCTCCCGTGCCCTTCTCACATTTAACGACATGAAATTCCAC
AACATAACATATATGAGACACACAAGACAGCTACCAAACTGATCTTTTGA
GCCTGTCACCCGAGAGTTGTCCCTATATGCTGTCTAGGAAATCGTAGACA
TACAGGTAGTTTTCTCTGACCCTATGATTCCATTTTTAATCTGTCTCTGA
CTCTTTTCTATGATAGAGATGGCACATCAGCCGCACATACTCCCCACATA
TGCATACCAAACTGAGAAAATATTTGTTAACTGATGGAGATTGCATGTAC
TACAACTAATAGGGTGCGACACACAAAACGCCCGACTACCCAACAGTACC
CAACACCTTTCGTCTGCACCTTCCCAACATAACATATATGAGACACACAA
GACAGCTACCAAACTGATTTGTTGAGCCTGTTACCCACAGGGGAGATGTC
CCTATATGCTGTCTGGGAAATCGTAGACACACAGGTAGTTTTCTCTGACG
CTATGATTCCATTGTTAATCTGTCTCTGACTCTTTTCTATGATAGAGATG
GACTCGTTGTGTCATATCAAGAAAAAAAAAAAAAATGATATGATGAGCGT
TCGGATAGTTCTCGACGATACGGTTCCAACAACACCGCCATTCGGCAACG
CCTGCTGAGGAAGTTTCGCACTTCTACAATCACCACAGGGAGTGTGATAT
TTTTTGTCACCACATGCTGGTTGCTGCGTGGTTTCCGGTTGCTCGAGGGG
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AACGCAAAAACAGGATCCATGAACCCTTCGAATAACACATAGTCGTGATT
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GAGGCCACCGATGAAAAGGCAACAGTATAAGGCAAAAAGAAAAACTTAGG
GGAAACACCCGCTACACAGGAAGAGGCAACATTTGGGGCCGAAAACAAAG
CTTGTTACCTCCATTTCAATTTTTCCTTCTTTCTGTGTGCCCCTGTCTGA
TACACCAAGCATTACTCCCGAAAGGTGCTGGCTGGCGCCATAACACATGG
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GAACCTCACAGGTGATTTTGTAATGGAGATCACCGAACACATAGACGTGT
TGAGTGAGGATAGCTGCATACTCAAACCTCACATATAGATTGGTTTGTGA
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CCCACCGGTTGAGTGATGTCGGATAGTGCCAGACACATCGACGCTTTGAG
TGAGGAGAGCTGCGTACTGAAACCTCACAGGTTGATTTCTATCGGCGATT
GCCGGACACATAGACGTGTTGAGTGAGGATAGCTGCATACTGAAACCTCA
CGGATGGATTGGTTTGTGAGTTTGCCAGACACATAGTCGCGTTGAGTGGG
GATAGCTACATACTGAAACCTCACGAGTTGAGTGATGTTGGATAGTACCG
GACACATTGACGCTTTGAGTCAGGAAAGACACATACTGAAACCTCACAGG
GTGATTTGTATTGGAGATTGCCGGACACATAGACGTGTTGAGTGAGGATA
GCTGCATACTC

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_345:205932..215342-

>EsuBft108_21a-0001 ID=EsuBft108_21a-0001|Name=EsuBft108_21a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=171bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_345:205932..215342- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCGCTACCTTCGGGTGGCTCGCTGTCTGGGGACGATATTTTTCCTGGC
ACCAGGAATCAAAAAGGCTACGTTAGTACACGTCGATCAAGTTTGGTGGT
TTGCCCCCACAAGGCTAATCACTTCTCGAGGTCTGACCCACCAGGGTGAT
ATCATGATAGCACTAACTTAG