EsuBft1029_4a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft1029_4a-0001
Unique Name	EsuBft1029_4a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	2880.D7FL61
ProteomeId	EsuBft1029_4
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	2
Max annot lvl	2759\|Eukaryota
Length	93
Hectar predicted targeting category	other localisation
Evalue	4.85e-63
EggNOG OGs	KOG2434@1\|root,KOG2434@2759\|Eukaryota
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Preferred name	RRN3
KEGG ko	ko:K15216
GOs	GO:0000120,GO:0000182,GO:0000976,GO:0001013,GO:0001042,GO:0001046,GO:0001047,GO:0001067,GO:0001163,GO:0001164,GO:0001167,GO:0001169,GO:0001179,GO:0001181,GO:0001188,GO:0001701,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003690,GO:0003700,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005667,GO:0005730,GO:0006139,GO:0006351,GO:0006352,GO:0006355,GO:0006356,GO:0006360,GO:0006361,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006996,GO:0006997,GO:0007000,GO:0007028,GO:0007275,GO:0007399,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008283,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009303,GO:0009790,GO:0009792,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009968,GO:0009987,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010604,GO:0010628,GO:0010646,GO:0010648,GO:0010720,GO:0010941,GO:0010975,GO:0010976,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016072,GO:0018130,GO:0019219,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019827,GO:0019899,GO:0022008,GO:0022607,GO:0022613,GO:0023051,GO:0023057,GO:0030154,GO:0030718,GO:0031323,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031344,GO:0031346,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032774,GO:0032991,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0034660,GO:0036099,GO:0042254,GO:0042592,GO:0042790,GO:0042981,GO:0043009,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043170,GO:0043175,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043565,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044212,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044271,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044428,GO:0044446,GO:0044452,GO:0044464,GO:0044798,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045664,GO:0045666,GO:0045893,GO:0045935,GO:0046483,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048585,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048872,GO:0050767,GO:0050769,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051173,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051960,GO:0051962,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060548,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070013,GO:0070063,GO:0070897,GO:0071704,GO:0071824,GO:0071840,GO:0080090,GO:0090304,GO:0097159,GO:0097659,GO:0098727,GO:0098781,GO:0120035,GO:0140110,GO:0140223,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901576,GO:1901796,GO:1901797,GO:1902253,GO:1902254,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902680,GO:1903506,GO:1903508,GO:1990837,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000142,GO:2001141,GO:2001233,GO:2001234,GO:2001242,GO:2001243
Description	rna polymerase i-specific transcription initiation factor
COG category	O
BRITE	ko00000,ko03021

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_70:312591..317018-
coding sequence from alignment at Scaffold_70:312591..317018-

spliced messenger RNA

>EsuBft1029_4a-0001 ID=EsuBft1029_4a-0001|Name=EsuBft1029_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=931bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_70:312591..317018- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGACGGTCATGCAGATTTGTTCCGCGACCGGCTGTGATGTGATAGGACT
TCAGGAGACCCGACGAGCGGGGCAAGGTTCAATTGCACACGACGGGTACG
TGATCATTTGGAGTGGCGCCCGTGCTGGCACCAAGGACAAGAGGGGCGTA
CACGGTGTGGGCATAGCGATCAAGGAGACCATGTGGGAGAGTGTGGGCGA
GGAAGGTAGGACGGTGGAGTGCATTAGCACGAGGCTGATGAAGGCTCAAG
ACGATGGCAGCCGACATCAAAGAAGCACCAAATTCTCGGGCGCCAGGACG
CCCGCCGGCGCCGGGGACTCGGACTCCTCTGTCACCAGCGACAGCAGCGA
TGACGAATCTGTTTCGTCCGAAGAAGACGACGACGACGATCGAAATATCA
ACGACATGGACGCGAGCTCCATGAGTTTCCGGTACGGGGCCAGCGGCCTC
CGTGCCCGGTCTCTTGGCGAACGAAAAGAAGCCACCACAAAGAACAGCAA
GGCCAAGGGCAGGCTTGCCAAGAAGCGTAACGACGCGGGTGAGAGTTCCG
AAGGTGCTTCTTCTTCGTCGGAGGAAGAGGGGGATGATGAGGCAGGCCGC
ATGTCGAGAAAAATGGCCGACACGTACATCACGGAGAGCATGTCCGTCAC
CCCTGCGAGCTCCGTCGCCGTGGGGAGCCTCATGGGCAGGAGCCTGGGTC
AGGCCATGTCCTCGTCGTTTGCCGACGATGGTCTCGTGTGGGGGACGGGC
GCCGGGGGCGCGGCCGGAACTCCCGACGATGCGTTTTTCCACGAGAACGT
GTCGCCATGCCCGTCGCCCCCGTTGGCGGAGGCGGCTATCAGCGGCCGCT
CTAGACCGTTAGACATCGGCGTGCCTTCAAAGAGGACTTTGTTTTGAATG
GCTTGTGGCGGCGATGGGTGTCCCCTTGGAT

protein sequence of EsuBft1029_4a-0001

>EsuBft1029_4 ID=EsuBft1029_4|Name=EsuBft1029_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=298bp
MTVMQICSATGCDVIGLQETRRAGQGSIAHDGYVIIWSGARAGTKDKRGV
HGVGIAIKETMWESVGEEGRTVECISTRLMKAQDDGSRHQRSTKFSGART
PAGAGDSDSSVTSDSSDDESVSSEEDDDDDRNINDMDASSMSFRYGASGL
RARSLGERKEATTKNSKAKGRLAKKRNDAGESSEGASSSSEEEGDDEAGR
MSRKMADTYITESMSVTPASSVAVGSLMGRSLGQAMSSSFADDGLVWGTG
AGGAAGTPDDAFFHENVSPCPSPPLAEAAISGRSRPLDIGVPSKRTLF

mRNA from alignment at Scaffold_70:312591..317018-

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft1029_4a-0001 ID=EsuBft1029_4a-0001|Name=EsuBft1029_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4428bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_70:312591..317018- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACGGTCATGCAGATTTGTTCCGCGACCGGCTGTGATGTGATAGGACT
TCAGGAGACCCGACGAGCGGGGCAAGGTTCAATTGCACACGACGGGTACG
TGATCATTTGGAGTGGCGCCCGTGCTGGCACCAAGGACAAGAGGGGCGTA
CACGGTGTGGGCATAGCGATCAAGGAGACCATGTGGGAGAGTGTGGGCGA
GGAAGGTAGGACGGTGGAGTGCATTAGCACGAGGCTGATGAAGGTTCGTC
TACAAATTGGCCGGCGAGTAACTTTCGTGGTGGGGTACGCCCCCACGGAA
ACTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGGGCACTGCT
GTAGAAGCGAGTAGGGCGGCCGAGGCAGCGCTTGTGGCGAACTATGTACC
CGGCTGATGTTGTTGCGCCCTGTTTCCCTCCCTGCCGTATGCTATACTCC
TTTGTGTGTATCCTTTGTATTGCCTTCGGCCTCTGTGCTGTGTTTCCTTT
TTCATGACCTCCCTGCCTACTCTGCTGTGTTGGGTACCTTGAGCTCGCTT
TGCTGTTGCCTTTGTTTTTGTACGTCTGGCTGTCTGCCCATCNNNNNNNN
NNNNNNTTTTTTCGGCGGGTGTGGGAAGCGTCCTCCTTTATTTTTCTGTT
ATTTTTGTTTTGTTTTATTTTGATCGGTGTCCGAGGGCTCTTTTCTGGAA
CGGTCGGTGCGATACCTGTTCTTTTCTTTCTATCATTTTGTTTTCTTTTT
CCGAGTGGTTTGTACCCTTTTTTTTTTTTCTCGCGGCGTCGTATGTGCCG
GGTTTTGAGACCACGGGCTCCCCATTTTTGTGGACTTAAGAGCTAATGTG
AGAAACAACAACAACAACAACAACAACAACGTTACCACAGAGAATATTCA
ACTCAGAAACGCTTCTGTCGACCGCGCTTGCGCCACAACCCAACACAACC
GGCACGTTCAACACCCAAGCGCATAAAGCCCGTTTCCAACTTACAATGAA
CAGACACCCAACGCCCCAAACATGATGTTAATGGCGACAGGCTCAAGACG
ATGGCAGCCGACATCAAAGAAGCACCAAATTCTCGGGCGCCAGGACGCCC
GCCGGCGCCGGGGACTCGGACTCCTCTGTCACCAGCGACAGCAGCGATGA
CGAATCTGTTTCGTCCGAAGAAGACGACGACGACGATCGAAATATCAACG
ACATGGACGCGAGCTCCATGAGTTTCCGGTACGGGGCCAGCGGCCTCCGT
GCCCGGTCTCTTGGCGAACGAAAAGAAGCCACCACAAAGAACAGCAAGGC
CAAGGGCAGGCTTGCCAAGAAGCGTAACGACGCGGGTGAGAGTTCCGAAG
GTGCTTCTTCTTCGTCGGAGGAAGAGGGGGATGATGAGGCAGGCCGCATG
TCGAGAAAAATGGCCGACACGTACATCACGGAGAGCATGTCCGTCACCCC
TGCGAGCTCCGTCGCCGTGGGGAGCCTCATGGGCAGGAGCCTGGGTCAGG
CCATGTCCTCGTCGTTTGCCGACGATGGTCTCGTGTGGGGGACGGGCGCC
GGGGGCGCGGCCGGAACTCCCGACGATGCGTTTTTCCACGAGAACGTGTC
GCCATGCCCGTCGCCCCCGTTGGCGGAGGCGGCTATCAGCGGCCGCTCTA
GACCGTTAGACATCGGCGTGCCTTCAAAGAGGACTTTGTTTTGAATGGCT
TGTGGCGGCGATGGGTGTCCCCTTGGAT

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_70:312591..317018-

>EsuBft1029_4a-0001 ID=EsuBft1029_4a-0001|Name=EsuBft1029_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=897bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_70:312591..317018- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACGGTCATGCAGATTTGTTCCGCGACCGGCTGTGATGTGATAGGACT
TCAGGAGACCCGACGAGCGGGGCAAGGTTCAATTGCACACGACGGGTACG
TGATCATTTGGAGTGGCGCCCGTGCTGGCACCAAGGACAAGAGGGGCGTA
CACGGTGTGGGCATAGCGATCAAGGAGACCATGTGGGAGAGTGTGGGCGA
GGAAGGTAGGACGGTGGAGTGCATTAGCACGAGGCTGATGAAGGCTCAAG
ACGATGGCAGCCGACATCAAAGAAGCACCAAATTCTCGGGCGCCAGGACG
CCCGCCGGCGCCGGGGACTCGGACTCCTCTGTCACCAGCGACAGCAGCGA
TGACGAATCTGTTTCGTCCGAAGAAGACGACGACGACGATCGAAATATCA
ACGACATGGACGCGAGCTCCATGAGTTTCCGGTACGGGGCCAGCGGCCTC
CGTGCCCGGTCTCTTGGCGAACGAAAAGAAGCCACCACAAAGAACAGCAA
GGCCAAGGGCAGGCTTGCCAAGAAGCGTAACGACGCGGGTGAGAGTTCCG
AAGGTGCTTCTTCTTCGTCGGAGGAAGAGGGGGATGATGAGGCAGGCCGC
ATGTCGAGAAAAATGGCCGACACGTACATCACGGAGAGCATGTCCGTCAC
CCCTGCGAGCTCCGTCGCCGTGGGGAGCCTCATGGGCAGGAGCCTGGGTC
AGGCCATGTCCTCGTCGTTTGCCGACGATGGTCTCGTGTGGGGGACGGGC
GCCGGGGGCGCGGCCGGAACTCCCGACGATGCGTTTTTCCACGAGAACGT
GTCGCCATGCCCGTCGCCCCCGTTGGCGGAGGCGGCTATCAGCGGCCGCT
CTAGACCGTTAGACATCGGCGTGCCTTCAAAGAGGACTTTGTTTTGA