EsuBft1002_5a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview
NameEsuBft1002_5a-0001
Unique NameEsuBft1002_5a-0001
TypemRNA
OrganismEctocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Scaffold_228contigScaffold_228:44605..48007 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b2020-06-19
Properties
Property NameValue
ProteomeIdEsuBft1002_5
Ownerapollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon1
Length340
Date last modified2016-06-14
Date creation2016-06-14
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1002_5aEsuBft1002_5aEctocarpus subulatus male Bft15bgeneScaffold_228 44605..48007 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1002_5a-0001-exonEsuBft1002_5a-0001-exonEctocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_228 44605..48007 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1002_5a-0001-cdsEsuBft1002_5a-0001-cdsEctocarpus subulatus male Bft15bCDSScaffold_228 44605..44754 +


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1002_5a-0001-exonagat-three_prime_utr-16Ectocarpus subulatus male Bft15bthree_prime_UTRScaffold_228 44755..48007 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1002_5a-0001EsuBft1002_5Ectocarpus subulatus male Bft15bpolypeptideScaffold_228 44605..44754 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>EsuBft1002_5a-0001 ID=EsuBft1002_5a-0001|Name=EsuBft1002_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3403bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_228:44605..48007+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGTGCCGGAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGAGACCC
GTCAGAGATGGCGTGGCTAACCCGGGTGCATCGGTTTTGTGCCTGATCGT
GGAAGACCCCTTCAATGTGGAACGATTCTTAGCTAGTGTCGATATTTTTC
ACTGCAGTGCCTACACAGACGATCGGGAGAGATTCGGGTGATTGTCAATT
GCTGCTATGATGGCTTTGGTTGGTTGTTCTTTTTCACTGTACGGCCGCAG
ACGCATTCTGACAGCACTTCAGACAACAGCTTTGTGCCCCGCCAGCTGCT
TGTTCCATGCCTACCATCGTGTTTTTGTACAGACAGCACTTCAGACAGCA
GTATGCTGTAGTCGGCGATCTTCCGTTTTGGTATAGAGTGGGACAGGGAG
GGGGTGATGCTACTGTAGTCGAACGGTGGGACGGACGTGCAGTTCAGTTT
TTGGGCACGCATATGGTGCTGCAGGGATTTTTAGGTGTAGATTACCTCTT
CGGGCTCTTGGATACCTTTTTCTCGTTATATGTGTGCGTGTTCATTAGAT
CCT
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protein sequence of EsuBft1002_5a-0001

>EsuBft1002_5 ID=EsuBft1002_5|Name=EsuBft1002_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=50bp
MVPEKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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mRNA from alignment at Scaffold_228:44605..48007+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EsuBft1002_5a-0001 ID=EsuBft1002_5a-0001|Name=EsuBft1002_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3403bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_228:44605..48007+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTGCCGGAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGAGACCC GTCAGAGATGGCGTGGCTAACCCGGGTGCATCGGTTTTGTGCCTGATCGT GGAAGACCCCTTCAATGTGGAACGATTCTTAGCTAGTGTCGATATTTTTC ACTGCAGTGCCTACACAGACGATCGGGAGAGATTCGGGTGATTGTCAATT GCTGCTATGATGGCTTTGGTTGGTTGTTCTTTTTCACTGTACGGCCGCAG ACGCATTCTGACAGCACTTCAGACAACAGCTTTGTGCCCCGCCAGCTGCT TGTTCCATGCCTACCATCGTGTTTTTGTACAGACAGCACTTCAGACAGCA GTATGCTGTAGTCGGCGATCTTCCGTTTTGGTATAGAGTGGGACAGGGAG GGGGTGATGCTACTGTAGTCGAACGGTGGGACGGACGTGCAGTTCAGTTT TTGGGCACGCATATGGTGCTGCAGGGATTTTTAGGTGTAGATTACCTCTT CGGGCTCTTGGATACCTTTTTCTCGTTATATGTGTGCGTGTTCATTAGAT CCT
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_228:44605..48007+

>EsuBft1002_5a-0001 ID=EsuBft1002_5a-0001|Name=EsuBft1002_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=150bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_228:44605..48007+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTGCCGGAAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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