mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 (mRNA) Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m

You are viewing an mRNA, more information available on the corresponding polypeptide page

Overview
NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1
Unique NamemRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1
TypemRNA
OrganismEctocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: D8LTV7_ECTSI (Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LTV7_ECTSI)

HSP 1 Score: 151 bits (381), Expect = 2.530e-41
Identity = 75/83 (90.36%), Postives = 77/83 (92.77%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +AL   L +AAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYM MSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDA TYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK
Sbjct:  128 NALIIVLVLAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMAMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDAFTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 210
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A6H5KLU3_9PHAE (Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 TaxID=867726 RepID=A0A6H5KLU3_9PHAE)

HSP 1 Score: 151 bits (381), Expect = 3.030e-41
Identity = 75/83 (90.36%), Postives = 77/83 (92.77%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +AL   L +AAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYM MSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDA TYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK
Sbjct:  128 NALIIVLVLAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMAMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDAFTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 210
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: W7TKB5_9STRA (Presenilin-like protein n=2 Tax=Monodopsidaceae TaxID=425072 RepID=W7TKB5_9STRA)

HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 1.770e-20
Identity = 48/83 (57.83%), Postives = 60/83 (72.29%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +ALT    +  ATFV+V +Y  RCM+CL GYM +SS +LLG+MGG +W  AL  + LPCD  T+  VL+NFA VGVVAIFYQK
Sbjct:  114 NALTIVGVICGATFVVVLLYKFRCMKCLFGYMALSSTMLLGLMGGLLWYTALIRWDLPCDYFTFVIVLYNFAFVGVVAIFYQK 196
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A7S2XWZ8_9STRA (Hypothetical protein n=1 Tax=Fibrocapsa japonica TaxID=94617 RepID=A0A7S2XWZ8_9STRA)

HSP 1 Score: 89.4 bits (220), Expect = 4.730e-19
Identity = 45/83 (54.22%), Postives = 61/83 (73.49%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +ALT  L +A ATF IV +Y  RCM+CL+GYM  SS +LLG+MGG V   AL+ + +  D  TYY +L+NF++VGV+AIFYQ+
Sbjct:   79 NALTIVLVLAGATFAIVLLYKFRCMKCLIGYMMFSSVMLLGIMGGMVLWTALDKWNVVMDEYTYYFILYNFSMVGVIAIFYQQ 161
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A7S2F2R2_9STRA (Hypothetical protein n=1 Tax=Dictyocha speculum TaxID=35687 RepID=A0A7S2F2R2_9STRA)

HSP 1 Score: 87.8 bits (216), Expect = 1.020e-18
Identity = 44/83 (53.01%), Postives = 64/83 (77.11%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +AL     +AAATF IV +Y  RCM+ L+GYM +SS +LLG+MG  +   ALE++Q+PCDA+T+Y + +NFAVVGV++IF++K
Sbjct:   46 NALIIVCVLAAATFGIVCLYKYRCMKLLIGYMMLSSMMLLGLMGSLMLWTALELWQVPCDAITFYFIAYNFAVVGVISIFWKK 128
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A7S2A8L3_TRICV (Presenilin (Fragment) n=1 Tax=Trieres chinensis TaxID=1514140 RepID=A0A7S2A8L3_TRICV)

HSP 1 Score: 85.9 bits (211), Expect = 4.290e-18
Identity = 44/83 (53.01%), Postives = 58/83 (69.88%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            +AL     + A TFVIV +Y  RCM+CL+GYM  SS  LLG++GG V   A++ Y++P D LT+   LWNFA VGV+AIFYQ+
Sbjct:  129 NALVMVTVIGAMTFVIVLLYKYRCMKCLIGYMIFSSGSLLGLLGGVVAQVAVDKYRIPVDWLTFALGLWNFAAVGVLAIFYQR 211
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A7S4S6U3_9STRA (Presenilin n=1 Tax=Ditylum brightwellii TaxID=49249 RepID=A0A7S4S6U3_9STRA)

HSP 1 Score: 84.0 bits (206), Expect = 9.150e-18
Identity = 44/82 (53.66%), Postives = 59/82 (71.95%), Query Frame = 1 
Query:    1 HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQ 246
            +AL     + A TFVIV +Y  R MRCL+ YM  SSA+LLGV+GG ++  A+E Y+LP DA ++   L+NFA+VGV+AIFYQ
Sbjct:   50 NALVMVCFICALTFVIVILYKFRFMRCLIAYMVYSSAMLLGVLGGVLFDVAIEKYRLPVDAFSFLFALYNFALVGVIAIFYQ 131
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: B7FQB3_PHATC (Presenilin n=3 Tax=Phaeodactylum tricornutum TaxID=2850 RepID=B7FQB3_PHATC)

HSP 1 Score: 84.3 bits (207), Expect = 1.020e-17
Identity = 39/75 (52.00%), Postives = 57/75 (76.00%), Query Frame = 1 
Query:   25 VAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            + A TFVIV +Y +R M+CL+GYM +SS  LLGV+GG +   A+ +Y++P D LT+YG ++NF VVGV+AIF+ +
Sbjct:   11 ICALTFVIVLLYHLRFMKCLIGYMIISSGTLLGVLGGNMMQVAVAIYEIPVDKLTFYGFIYNFCVVGVLAIFFGR 85
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A1E7FFK3_9STRA (Presenilin-domain-containing protein n=1 Tax=Fragilariopsis cylindrus CCMP1102 TaxID=635003 RepID=A0A1E7FFK3_9STRA)

HSP 1 Score: 82.4 bits (202), Expect = 2.750e-17
Identity = 38/71 (53.52%), Postives = 51/71 (71.83%), Query Frame = 1 
Query:   37 TFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK 249
            TFVIV +Y   CM  L+GYM  +S  LLG +GG +W  A+++Y LP D +TY+ VLWNFA VG+++IFY K
Sbjct:    9 TFVIVLLYKYNCMWLLIGYMMFASTSLLGFLGGHIWYVAIQIYSLPVDKMTYFLVLWNFAAVGILSIFYGK 79
[Close]
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Match: A0A7S2UN25_9STRA (Hypothetical protein (Fragment) n=1 Tax=Attheya septentrionalis TaxID=420275 RepID=A0A7S2UN25_9STRA)

HSP 1 Score: 82.0 bits (201), Expect = 3.990e-17
Identity = 40/72 (55.56%), Postives = 54/72 (75.00%), Query Frame = 1 
Query:   31 AATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAAALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQ 246
            A TFVIV +Y  RCM+ L+GYM +SSA LLG++G A+    +E Y+ P D +T+Y  ++NFAVVGVVAIF+Q
Sbjct:  135 AMTFVIVGLYKFRCMKVLIGYMVLSSATLLGILGAAMLEVGIERYRFPVDVVTFYSGMYNFAVVGVVAIFWQ 206
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 25
Match NameE-valueIdentityDescription
D8LTV7_ECTSI2.530e-4190.36Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=28... [more]
A0A6H5KLU3_9PHAE3.030e-4190.36Presenilin n=1 Tax=Ectocarpus sp. CCAP 1310/34 Tax... [more]
W7TKB5_9STRA1.770e-2057.83Presenilin-like protein n=2 Tax=Monodopsidaceae Ta... [more]
A0A7S2XWZ8_9STRA4.730e-1954.22Hypothetical protein n=1 Tax=Fibrocapsa japonica T... [more]
A0A7S2F2R2_9STRA1.020e-1853.01Hypothetical protein n=1 Tax=Dictyocha speculum Ta... [more]
A0A7S2A8L3_TRICV4.290e-1853.01Presenilin (Fragment) n=1 Tax=Trieres chinensis Ta... [more]
A0A7S4S6U3_9STRA9.150e-1853.66Presenilin n=1 Tax=Ditylum brightwellii TaxID=4924... [more]
B7FQB3_PHATC1.020e-1752.00Presenilin n=3 Tax=Phaeodactylum tricornutum TaxID... [more]
A0A1E7FFK3_9STRA2.750e-1753.52Presenilin-domain-containing protein n=1 Tax=Fragi... [more]
A0A7S2UN25_9STRA3.990e-1755.56Hypothetical protein (Fragment) n=1 Tax=Attheya se... [more]

Pages

back to top
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Ecto-sp13_S_contig98593contigEcto-sp13_S_contig98593:267..515 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m OGS1.02022-07-08
Properties
Property NameValue
Taxonomic scopeEukaryota
Stop0
Start0
Seed ortholog score147.5
Seed ortholog evalue2.7e-33
Seed eggNOG ortholog2880.D8LTV7
Preferred namePSEN1
Model size249
KEGG koko:K04505,ko:K04522,ko:K06060
KEGG Pathwayko04310,ko04330,ko04722,ko05010,ko05165,map04310,map04330,map04722,map05010,map05165
KEGG ModuleM00682
Hectar predicted targeting categorysignal peptide
GOsGO:0000003,GO:0000041,GO:0000045,GO:0000122,GO:0000186,GO:0000323,GO:0000775,GO:0000776,GO:0001501,GO:0001505,GO:0001568,GO:0001654,GO:0001666,GO:0001708,GO:0001754,GO:0001756,GO:0001764,GO:0001773,GO:0001775,GO:0001919,GO:0001921,GO:0001932,GO:0001933,GO:0001934,GO:0001942,GO:0001944,GO:0001945,GO:0001946,GO:0001947,GO:0002009,GO:0002027,GO:0002036,GO:0002038,GO:0002119,GO:0002164,GO:0002244,GO:0002252,GO:0002253,GO:0002263,GO:0002265,GO:0002274,GO:0002275,GO:0002283,GO:0002285,GO:0002286,GO:0002366,GO:0002376,GO:0002429,GO:0002443,GO:0002444,GO:0002446,GO:0002520,GO:0002521,GO:0002573,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002757,GO:0002764,GO:0002768,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003007,GO:0003008,GO:0003012,GO:0003013,GO:0003015,GO:0003143,GO:0003407,GO:0003674,GO:0003824,GO:0004175,GO:0004190,GO:0005215,GO:0005216,GO:0005261,GO:0005262,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005637,GO:0005640,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005740,GO:0005743,GO:0005764,GO:0005765,GO:0005766,GO:0005768,GO:0005770,GO:0005773,GO:0005774,GO:0005783,GO:0005790,GO:0005791,GO:0005794,GO:0005798,GO:0005813,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005929,GO:0005938,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006464,GO:0006469,GO:0006486,GO:0006508,GO:0006509,GO:0006518,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006811,GO:0006812,GO:0006816,GO:0006825,GO:0006836,GO:0006839,GO:0006873,GO:0006874,GO:0006875,GO:0006887,GO:0006897,GO:0006903,GO:0006909,GO:0006914,GO:0006915,GO:0006928,GO:0006936,GO:0006941,GO:0006950,GO:0006955,GO:0006974,GO:0006979,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007033,GO:0007154,GO:0007155,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007175,GO:0007176,GO:0007219,GO:0007220,GO:0007267,GO:0007268,GO:0007269,GO:0007275,GO:0007368,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007447,GO:0007450,GO:0007507,GO:0007548,GO:0007568,GO:0007610,GO:0007611,GO:0007612,GO:0007613,GO:0007614,GO:0007626,GO:0008013,GO:0008015,GO:0008016,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008219,GO:0008233,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008306,GO:0008324,GO:0008406,GO:0008544,GO:0008593,GO:0009056,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009100,GO:0009101,GO:0009266,GO:0009581,GO:0009582,GO:0009605,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009799,GO:0009855,GO:0009886,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009894,GO:0009895,GO:0009896,GO:0009952,GO:0009953,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009986,GO:0009987,GO:0010001,GO:0010033,GO:0010243,GO:0010453,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010469,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010562,GO:0010563,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010720,GO:0010721,GO:0010769,GO:0010771,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010958,GO:0010975,GO:0010976,GO:0010977,GO:0012501,GO:0012505,GO:0012506,GO:0014002,GO:0015031,GO:0015075,GO:0015085,GO:0015267,GO:0015318,GO:0015630,GO:0015677,GO:0015695,GO:0015696,GO:0015833,GO:0015871,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016043,GO:0016048,GO:0016055,GO:0016079,GO:0016080,GO:0016192,GO:0016234,GO:0016235,GO:0016236,GO:0016324,GO:0016477,GO:0016485,GO:0016787,GO:0017015,GO:0017156,GO:0018991,GO:0019098,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019538,GO:0019725,GO:0019866,GO:0019867,GO:0019904,GO:0021532,GO:0021537,GO:0021543,GO:0021782,GO:0021795,GO:0021870,GO:0021885,GO:0021895,GO:0021904,GO:0021915,GO:0021953,GO:0021987,GO:0022008,GO:0022029,GO:0022404,GO:0022405,GO:0022414,GO:0022603,GO:0022604,GO:0022607,GO:0022610,GO:0022803,GO:0022838,GO:0022857,GO:0022890,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0023057,GO:0023061,GO:0030001,GO:0030003,GO:0030016,GO:0030017,GO:0030018,GO:0030030,GO:0030054,GO:0030097,GO:0030099,GO:0030111,GO:0030141,GO:0030154,GO:0030162,GO:0030165,GO:0030182,GO:0030318,GO:0030323,GO:0030324,GO:0030326,GO:0030424,GO:0030425,GO:0030426,GO:0030427,GO:0030587,GO:0030659,GO:0030667,GO:0030900,GO:0031090,GO:0031149,GO:0031150,GO:0031154,GO:0031224,GO:0031226,GO:0031293,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031329,GO:0031330,GO:0031331,GO:0031333,GO:0031344,GO:0031345,GO:0031346,GO:0031396,GO:0031397,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031401,GO:0031410,GO:0031594,GO:0031674,GO:0031965,GO:0031966,GO:0031967,GO:0031968,GO:0031975,GO:0031982,GO:0032091,GO:0032092,GO:0032147,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032270,GO:0032386,GO:0032388,GO:0032434,GO:0032436,GO:0032469,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032890,GO:0032892,GO:0032940,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033157,GO:0033158,GO:0033160,GO:0033267,GO:0033554,GO:0033619,GO:0033673,GO:0033674,GO:0034205,GO:0034220,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034762,GO:0034764,GO:0034765,GO:0034767,GO:0035050,GO:0035107,GO:0035108,GO:0035113,GO:0035220,GO:0035222,GO:0035239,GO:0035253,GO:0035282,GO:0035295,GO:0035333,GO:0035577,GO:0036064,GO:0036211,GO:0036230,GO:0036269,GO:0036293,GO:0036303,GO:0036477,GO:0040011,GO:0040028,GO:0042058,GO:0042059,GO:0042063,GO:0042110,GO:0042119,GO:0042127,GO:0042175,GO:0042176,GO:0042177,GO:0042221,GO:0042303,GO:0042306,GO:0042307,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042327,GO:0042391,GO:0042461,GO:0042462,GO:0042500,GO:0042582,GO:0042592,GO:0042633,GO:0042659,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042886,GO:0042981,GO:0042982,GO:0042987,GO:0042995,GO:0043005,GO:0043009,GO:0043010,GO:0043011,GO:0043025,GO:0043065,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043069,GO:0043085,GO:0043086,GO:0043170,GO:0043198,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043254,GO:0043269,GO:0043270,GO:0043292,GO:0043299,GO:0043312,GO:0043392,GO:0043393,GO:0043405,GO:0043406,GO:0043408,GO:0043410,GO:0043412,GO:0043413,GO:0043473,GO:0043523,GO:0043524,GO:0043549,GO:0043588,GO:0043589,GO:0043603,GO:0043949,GO:0044057,GO:0044070,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044092,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044297,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044429,GO:0044430,GO:0044433,GO:0044437,GO:0044441,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044449,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044671,GO:0045055,GO:0045121,GO:0045137,GO:0045165,GO:0045176,GO:0045177,GO:0045184,GO:0045202,GO:0045296,GO:0045321,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045597,GO:0045664,GO:0045665,GO:0045666,GO:0045732,GO:0045747,GO:0045859,GO:0045860,GO:0045861,GO:0045862,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045937,GO:0046530,GO:0046649,GO:0046822,GO:0046824,GO:0046873,GO:0046903,GO:0046907,GO:0046983,GO:0048066,GO:0048143,GO:0048167,GO:0048190,GO:0048286,GO:0048468,GO:0048471,GO:0048489,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048538,GO:0048562,GO:0048563,GO:0048568,GO:0048569,GO:0048580,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048592,GO:0048598,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048705,GO:0048708,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048736,GO:0048837,GO:0048854,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048878,GO:0050435,GO:0050673,GO:0050730,GO:0050732,GO:0050767,GO:0050768,GO:0050769,GO:0050770,GO:0050771,GO:0050773,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050801,GO:0050804,GO:0050806,GO:0050808,GO:0050818,GO:0050820,GO:0050839,GO:0050851,GO:0050852,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050896,GO:0050931,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051098,GO:0051099,GO:0051100,GO:0051101,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051222,GO:0051223,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051336,GO:0051338,GO:0051340,GO:0051347,GO:0051348,GO:0051352,GO:0051402,GO:0051438,GO:0051444,GO:0051563,GO:0051580,GO:0051582,GO:0051588,GO:0051590,GO:0051604,GO:0051606,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051648,GO:0051649,GO:0051650,GO:0051656,GO:0051674,GO:0051703,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051952,GO:0051954,GO:0051955,GO:0051957,GO:0051960,GO:0051961,GO:0051962,GO:0051966,GO:0052547,GO:0052548,GO:0055037,GO:0055065,GO:0055074,GO:0055080,GO:0055082,GO:0055085,GO:0060041,GO:0060047,GO:0060048,GO:0060070,GO:0060075,GO:0060173,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060291,GO:0060322,GO:0060341,GO:0060429,GO:0060541,GO:0060548,GO:0060562,GO:0060828,GO:0060998,GO:0060999,GO:0061053,GO:0061062,GO:0061097,GO:0061099,GO:0061136,GO:0061371,GO:0061458,GO:0061900,GO:0061919,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070001,GO:0070011,GO:0070050,GO:0070085,GO:0070201,GO:0070482,GO:0070588,GO:0070765,GO:0070838,GO:0070887,GO:0070925,GO:0070997,GO:0071310,GO:0071417,GO:0071495,GO:0071702,GO:0071704,GO:0071705,GO:0071840,GO:0071900,GO:0071902,GO:0071944,GO:0072358,GO:0072359,GO:0072503,GO:0072507,GO:0072511,GO:0080090,GO:0090087,GO:0090092,GO:0090287,GO:0090316,GO:0090596,GO:0090647,GO:0090702,GO:0097028,GO:0097447,GO:0097458,GO:0097479,GO:0097480,GO:0097708,GO:0098588,GO:0098589,GO:0098590,GO:0098609,GO:0098655,GO:0098657,GO:0098660,GO:0098662,GO:0098687,GO:0098771,GO:0098773,GO:0098796,GO:0098797,GO:0098805,GO:0098852,GO:0098857,GO:0098916,GO:0099003,GO:0099080,GO:0099081,GO:0099120,GO:0099177,GO:0099503,GO:0099504,GO:0099512,GO:0099536,GO:0099537,GO:0099568,GO:0099643,GO:0106027,GO:0120025,GO:0120035,GO:0120036,GO:0120038,GO:0140029,GO:0140096,GO:0150034,GO:0198738,GO:1900006,GO:1900180,GO:1900182,GO:1901135,GO:1901137,GO:1901184,GO:1901185,GO:1901214,GO:1901215,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1901652,GO:1901653,GO:1901698,GO:1901699,GO:1901700,GO:1901701,GO:1901800,GO:1902041,GO:1902042,GO:1902043,GO:1902531,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902903,GO:1902905,GO:1903050,GO:1903051,GO:1903052,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903362,GO:1903363,GO:1903364,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903522,GO:1903789,GO:1903793,GO:1903827,GO:1903829,GO:1903844,GO:1903959,GO:1903961,GO:1904589,GO:1904591,GO:1904645,GO:1904646,GO:1904796,GO:1904797,GO:1904951,GO:1905037,GO:1905114,GO:1905906,GO:1905908,GO:1990535,GO:2000026,GO:2000058,GO:2000059,GO:2000060,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000272,GO:2000677,GO:2000678,GO:2001023,GO:2001025,GO:2001141,GO:2001233,GO:2001234,GO:2001235,GO:2001236,GO:2001237,GO:2001238
Exons1
EggNOG free text desc.subunit of the gamma-secretase complex, an endoprotease complex that catalyzes the intramembrane cleavage of integral membrane proteins such as Notch receptors
EggNOG OGsKOG2736@1,KOG2736@2759
Cds size249
COG Functional cat.O
Best tax levelEukaryota
Best eggNOG OGNA|NA|NA
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01002
Relationships

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1681464248.018721-CDS-Ecto-sp13_S_contig98593:266..5151681464248.018721-CDS-Ecto-sp13_S_contig98593:266..515Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19mCDSEcto-sp13_S_contig98593 267..515 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1prot_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19mpolypeptideEcto-sp13_S_contig98593 267..515 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1

>prot_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=prot_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=polypeptide|length=83bp
HALTPPLAVAAATFVIVWMYWMRCMRCLVGYMTMSSAVLLGVMGGAVWAA
ALEVYQLPCDALTYYGVLWNFAVVGVVAIFYQK
back to top

mRNA from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515-

Legend: CDSpolypeptide
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=mRNA|length=249bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CACGCCTTGACCCCCCCCCTTGCGGTTGCAGCTGCTACCTTCGTGATCGT
GTGGATGTACTGGATGAGGTGCATGCGCTGCCTTGTCGGGTACATGACGA
TGAGCTCGGCCGTCCTGTTGGGAGTAATGGGAGGCGCGGTGTGGGCGGCG
GCCCTGGAAGTGTATCAGCTCCCCTGCGACGCGTTGACGTACTACGGGGT
GCTGTGGAATTTCGCGGTGGTCGGGGTCGTGGCTATTTTCTACCAAAAG
back to top

Coding sequence (CDS) from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515-

>mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1 ID=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|Name=mRNA_Ecto-sp13_S_contig98593.21502.1|organism=Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m|type=CDS|length=249bp|location=Sequence derived from alignment at Ecto-sp13_S_contig98593:267..515- (Ectocarpus species13 EcNAP12_S_4_19m)
CACGCCTTGACCCCCCCCCTTGCGGTTGCAGCTGCTACCTTCGTGATCGT
GTGGATGTACTGGATGAGGTGCATGCGCTGCCTTGTCGGGTACATGACGA
TGAGCTCGGCCGTCCTGTTGGGAGTAATGGGAGGCGCGGTGTGGGCGGCG
GCCCTGGAAGTGTATCAGCTCCCCTGCGACGCGTTGACGTACTACGGGGT
GCTGTGGAATTTCGCGGTGGTCGGGGTCGTGGCTATTTTCTACCAAAAG
back to top