mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 (mRNA) Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15

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Overview
NamemRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1
Unique NamemRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1
TypemRNA
OrganismLaminarionema elsbetiae ELsaHSoW15 (Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15)
Homology
[Close]
BLAST of mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 vs. uniprot
Match: D8LHU3_ECTSI (Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus siliculosus TaxID=2880 RepID=D8LHU3_ECTSI)

HSP 1 Score: 226 bits (576), Expect = 3.070e-65
Identity = 106/118 (89.83%), Postives = 114/118 (96.61%), Query Frame = 1 
Query:   22 RYDEDGSVEWMNLPKEPAIVARQVVWVKMRSHPWWPAQVYQPSGPKAMQDGMIEVKERHAFVVFFKTDESGFVPIGQNVIQSFGSRQDLLNPVKKPSKGLEKAIVAAKVELGNMAEAS 375
            RYDEDGSVEW+NLP++PAIVARQVVWVKMRSHPWWPAQVYQP+GPKAMQDGMIEVKERHAFVVFFKTDESGFVP+GQNVIQSF SRQDL NP KKPSKGLEKAI+AAK E+GNMAEA+
Sbjct:  305 RYDEDGSVEWLNLPEQPAIVARQVVWVKMRSHPWWPAQVYQPTGPKAMQDGMIEVKERHAFVVFFKTDESGFVPVGQNVIQSFASRQDLANPAKKPSKGLEKAIIAAKSEIGNMAEAA 422
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 vs. uniprot
Analysis Date: 2022-09-19 (Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef90)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
D8LHU3_ECTSI3.070e-6589.83Uncharacterized protein n=1 Tax=Ectocarpus silicul... [more]
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Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
L-elsbetiae_contig6340contigL-elsbetiae_contig6340:7820..9866 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Diamond blastx: OGS1.0 vs UniRef902022-09-19
OGS1.0 of Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW152021-02-24
Properties
Property NameValue
Taxonomic scopeEukaryota
Seed ortholog score227.3
Seed ortholog evalue5.9e-57
Seed eggNOG ortholog2880.D8LHU3
Preferred namePHF6
KEGG rclassRC00003,RC00060,RC00181,RC00496
KEGG koko:K09186,ko:K09188,ko:K11422,ko:K14959,ko:K18494,ko:K22371
KEGG ReactionR03875,R03938,R04866,R04867
KEGG Pathwayko00310,ko04934,ko05202,map00310,map04934,map05202
Hectar predicted targeting categoryother localisation
GOsGO:0000003,GO:0000122,GO:0000123,GO:0000902,GO:0000904,GO:0000976,GO:0000977,GO:0000980,GO:0000981,GO:0001012,GO:0001067,GO:0001158,GO:0001227,GO:0001541,GO:0001654,GO:0001894,GO:0002376,GO:0002520,GO:0002682,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003008,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003680,GO:0003682,GO:0003690,GO:0003700,GO:0003824,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005700,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005829,GO:0005886,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006304,GO:0006305,GO:0006306,GO:0006325,GO:0006338,GO:0006351,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006366,GO:0006464,GO:0006473,GO:0006475,GO:0006479,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006928,GO:0006935,GO:0006996,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007409,GO:0007411,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007482,GO:0007548,GO:0007610,GO:0007611,GO:0007612,GO:0007613,GO:0007623,GO:0007632,GO:0008023,GO:0008092,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008157,GO:0008168,GO:0008170,GO:0008213,GO:0008270,GO:0008276,GO:0008285,GO:0008306,GO:0008354,GO:0008406,GO:0008542,GO:0008585,GO:0008757,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009314,GO:0009416,GO:0009605,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009952,GO:0009987,GO:0009994,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010638,GO:0010646,GO:0012505,GO:0015631,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016278,GO:0016279,GO:0016458,GO:0016477,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016571,GO:0016573,GO:0016604,GO:0016607,GO:0016740,GO:0016741,GO:0018022,GO:0018023,GO:0018024,GO:0018026,GO:0018027,GO:0018130,GO:0018193,GO:0018205,GO:0018393,GO:0018394,GO:0019219,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019899,GO:0019902,GO:0019903,GO:0019953,GO:0022008,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023051,GO:0030030,GO:0030097,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030728,GO:0031056,GO:0031058,GO:0031060,GO:0031062,GO:0031090,GO:0031175,GO:0031248,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031965,GO:0031967,GO:0031974,GO:0031975,GO:0031981,GO:0032259,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032409,GO:0032411,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032774,GO:0032784,GO:0032786,GO:0032879,GO:0032922,GO:0032968,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033043,GO:0033044,GO:0034243,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0034708,GO:0034968,GO:0035065,GO:0035097,GO:0035162,GO:0035216,GO:0035295,GO:0035326,GO:0035640,GO:0036211,GO:0040011,GO:0040029,GO:0042054,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042330,GO:0042393,GO:0042592,GO:0042800,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042826,GO:0043021,GO:0043167,GO:0043169,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043412,GO:0043414,GO:0043543,GO:0043565,GO:0043933,GO:0043966,GO:0043967,GO:0043984,GO:0044030,GO:0044085,GO:0044093,GO:0044212,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044428,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044451,GO:0044464,GO:0044648,GO:0044665,GO:0044703,GO:0044728,GO:0044877,GO:0045137,GO:0045322,GO:0045595,GO:0045637,GO:0045652,GO:0045815,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045944,GO:0046483,GO:0046545,GO:0046660,GO:0046872,GO:0046914,GO:0046983,GO:0048096,GO:0048167,GO:0048168,GO:0048172,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048511,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048536,GO:0048568,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048666,GO:0048667,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048736,GO:0048737,GO:0048812,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048871,GO:0048872,GO:0048873,GO:0050776,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050804,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050896,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051052,GO:0051053,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051179,GO:0051219,GO:0051239,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051276,GO:0051568,GO:0051569,GO:0051571,GO:0051674,GO:0051704,GO:0060216,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060429,GO:0061458,GO:0061564,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070577,GO:0071339,GO:0071440,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071944,GO:0080090,GO:0080182,GO:0090304,GO:0097110,GO:0097159,GO:0097485,GO:0097659,GO:0099177,GO:0120036,GO:0120039,GO:0140030,GO:0140033,GO:0140096,GO:0140110,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901532,GO:1901564,GO:1901576,GO:1901674,GO:1901983,GO:1902036,GO:1902275,GO:1902493,GO:1902494,GO:1902679,GO:1902680,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903706,GO:1905269,GO:1905642,GO:1990234,GO:1990837,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000615,GO:2000736,GO:2000756,GO:2001023,GO:2001025,GO:2001038,GO:2001040,GO:2001141,GO:2001252
EggNOG free text desc.SET domain
EggNOG OGsCOG2940@1,KOG1080@2759,KOG1084@2759,KOG4443@2759
EC2.1.1.43,2.3.2.26
COG Functional cat.K
Best tax levelEukaryota
Best eggNOG OGNA|NA|NA
BRITEko00000,ko00001,ko01000,ko03000,ko03036,ko04121
Exons4
Model size538
Cds size537
Stop0
Start1
Relationships

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1prot_L-elsbetiae_contig6340.14997.1Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15polypeptideL-elsbetiae_contig6340 7820..9866 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
1622816700.0958593-CDS-L-elsbetiae_contig6340:7819..79871622816700.0958593-CDS-L-elsbetiae_contig6340:7819..7987Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 7820..7987 -
1691683749.7360637-CDS-L-elsbetiae_contig6340:7819..79871691683749.7360637-CDS-L-elsbetiae_contig6340:7819..7987Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 7820..7987 -
1622816700.1066725-CDS-L-elsbetiae_contig6340:8587..87041622816700.1066725-CDS-L-elsbetiae_contig6340:8587..8704Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 8588..8704 -
1691683749.7519264-CDS-L-elsbetiae_contig6340:8587..87041691683749.7519264-CDS-L-elsbetiae_contig6340:8587..8704Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 8588..8704 -
1622816700.1172073-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9345..94621622816700.1172073-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9345..9462Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 9346..9462 -
1691683749.760988-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9345..94621691683749.760988-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9345..9462Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 9346..9462 -
1622816700.1385996-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9731..98661622816700.1385996-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9731..9866Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 9732..9866 -
1691683749.7705417-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9731..98661691683749.7705417-CDS-L-elsbetiae_contig6340:9731..9866Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15CDSL-elsbetiae_contig6340 9732..9866 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

protein sequence of mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1

>prot_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 ID=prot_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|Name=mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|organism=Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15|type=polypeptide|length=179bp
MASCVKYRYDEDGSVEWMNLPKEPAIVARQVVWVKMRSHPWWPAQVYQPS
GPKAMQDGMIEVKERHAFVVFFKTDESGFVPIGQNVIQSFGSRQDLLNPV
KKPSKGLEKAIVAAKVELGNMAEASKPRTIESYAKEDRGKPPEPTPAPLG
KKARHKKEATPGRPKKGAGGGTGPRAKKG
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mRNA from alignment at L-elsbetiae_contig6340:7820..9866-

Legend: polypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 ID=mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|Name=mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|organism=Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15|type=mRNA|length=2047bp|location=Sequence derived from alignment at L-elsbetiae_contig6340:7820..9866- (Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15)
ATGGCATCATGCGTCAAATATAGGTACGACGAGGACGGTTCCGTGGAGTG
GATGAACCTCCCCAAAGAGCCGGCCATCGTTGCCAGGCAGGTTGTGTGGG
TCAAGATGCGCTCCCATCCCTGGTGGCCAGCCCAGGTTTGTGTGTGTGCA
TTTGTTTGATTGGTCGATCGGTGGTAGGTGGCGGTAGTGATTGGTCGTTA
GTCGGTGTTGATGTAGGAATGGTAGTGTTGGTGTTGGTGGCGGTGGCGGC
GGCGGCGATTGTGGATTGATATTGCACGTGCCGGGTGGGGCCGACCCTGT
TGTGTTCGTGCGATGGGTGGCTCGAGGCCCAGCTGTAATAACGCCCGTTC
GCGCCGCCTTGGCGGGGTTATGCCATACATACACATGTACATGCGACGGT
GCAGGTGTACCAGCCCAGCGGGCCGAAGGCGATGCAGGACGGGATGATCG
AGGTCAAAGAGCGGCACGCCTTCGTGGTCTTCTTCAAAACCGACGAGAGT
GGCTTCGTCCCCATCGGCCAGGTGAGATACACCACCAGGACACACCACGC
CTGTGCCTCACCCCTCACACACATAGTGTATGCCGTGTGTAGGTGACACA
AGATACCACACCCCCTGGACCGAATCTCAGAGCTCCATTACTCCGTAGCG
AAGAGGGTGCCAGCGCCAAGCAGAACATTTTCGGAGAGCCCTTGACTAGA
TGTTTCCAACGCCACCCCTTTCGGCGCTGGCACTCTTTCTTGCTGGGGAA
GAATCGAGCTTTGAGAGCTTGTCCAGAGGGTGCGGTATCTTGTGTCACCT
GTATACGGTGGTGCATGTATGCATGTACAGCAAGGCAGCTGTGTCGGGTG
AGGTCGGACATACCTTTCGTCCGTGTTTCCACAAGGCAAGCGCGACCTTC
GCCGACCACAACCCCAAAGACCACCGCTGGTCGTAGATCTACGTACGTAC
TACATACGCTCTTCTATAACACCTTTAAGGCGTGTGCCTCTGCGCAGAGT
TCGAGGGGGTCGTTGTTTTGTCTCGGCGGCGCTGTGTTTTTCGGTTTTCA
AGGTACGTAGCCCCCTCCCGCCTGTGCAATCCATCATTTCGGCGTCAAAA
CGCCGCCTCCGTTCCCACCCGCCCGCCCCGCGTACCTATACGGGGCCCCT
GGCATGATGCAGAACGTGATCCAGAGCTTCGGCTCTCGGCAGGACCTGCT
GAACCCGGTCAAGAAGCCCTCCAAGGGACTGGAGAAGGCGATCGTAGCGG
CGAAAGTGGAGCTTGGGAACATGGCCGAGGTATGCAGGCGGTTCGCGCGC
CGCGGTCGGAGTATGTAACTACTCGGCTCACCGATGCGACCGGGCCCTGC
TTAGGGAGGGTCAGCTGTTTCCCCTTCTTCCTTTGAGCGGAGGAATGGCC
AAAAACACCCCCCCCCCCACTCGAGGGGAAAAGTTAATAAAAGGCAATTT
CGTGAAAAAGTGGAATCCAAAAAGTGTAAGGTTGTACGGGATGTAGATGT
AGCATGAGTACAACCTGGTGTTTTGGTGGGAACGTTCCTCCGTGTTTTCT
CGGTGCCCCTCTCTGCTCTTGCGTGTGGACGGCGGTTGGCTCTTTGTTCG
GCGCTTTCCGGACCTACATAGCTAGGCAAAGCCGAAAAAAAGCAGCAAGT
TTCCCTTTCAGACGTTGCTCGTGAAAGGAACAAGTCGAGGGGTGAGAACA
GATGAACGTGGGAGTTAGAGAGATGCGTAGGATCGGTTTCAATTTCAACG
ATCGCAACAACCAGCAGTCTACTACCAACAAAGCACCCCCTCTCCACGCG
CGAACTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCGTCA
CCCCCAACCCCCACCCCCTATGACGGAAGGCCTCCAAGCCACGCACGATC
GAGAGCTATGCCAAGGAGGACCGGGGCAAGCCGCCGGAGCCCACCCCAGC
GCCGCTGGGCAAGAAGGCCAGGCACAAGAAGGAGGCGACCCCCGGCAGGC
CTAAGAAGGGGGCGGGCGGAGGGACAGGCCCGAGAGCAAAGAAAGGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at L-elsbetiae_contig6340:7820..9866-

>mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1 ID=mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|Name=mRNA_L-elsbetiae_contig6340.14997.1|organism=Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15|type=CDS|length=1074bp|location=Sequence derived from alignment at L-elsbetiae_contig6340:7820..9866- (Laminarionema elsbetiae ELsaHSoW15)
ATGGCATCATGCGTCAAATATAGGTACGACGAGGACGGTTCCGTGGAGTG
GATGAACCTCCCCAAAGAGCCGGCCATCGTTGCCAGGCAGGTTGTGTGGG
TCAAGATGCGCTCCCATCCCTGGTGGCCAGCCCAGATGGCATCATGCGTC
AAATATAGGTACGACGAGGACGGTTCCGTGGAGTGGATGAACCTCCCCAA
AGAGCCGGCCATCGTTGCCAGGCAGGTTGTGTGGGTCAAGATGCGCTCCC
ATCCCTGGTGGCCAGCCCAGGTGTACCAGCCCAGCGGGCCGAAGGCGATG
CAGGACGGGATGATCGAGGTCAAAGAGCGGCACGCCTTCGTGGTCTTCTT
CAAAACCGACGAGAGTGGCTTCGTCCCCATCGGCCAGGTGTACCAGCCCA
GCGGGCCGAAGGCGATGCAGGACGGGATGATCGAGGTCAAAGAGCGGCAC
GCCTTCGTGGTCTTCTTCAAAACCGACGAGAGTGGCTTCGTCCCCATCGG
CCAGAACGTGATCCAGAGCTTCGGCTCTCGGCAGGACCTGCTGAACCCGG
TCAAGAAGCCCTCCAAGGGACTGGAGAAGGCGATCGTAGCGGCGAAAGTG
GAGCTTGGGAACATGGCCGAGAACGTGATCCAGAGCTTCGGCTCTCGGCA
GGACCTGCTGAACCCGGTCAAGAAGCCCTCCAAGGGACTGGAGAAGGCGA
TCGTAGCGGCGAAAGTGGAGCTTGGGAACATGGCCGAGGCCTCCAAGCCA
CGCACGATCGAGAGCTATGCCAAGGAGGACCGGGGCAAGCCGCCGGAGCC
CACCCCAGCGCCGCTGGGCAAGAAGGCCAGGCACAAGAAGGAGGCGACCC
CCGGCAGGCCTAAGAAGGGGGCGGGCGGAGGGACAGGCCCGAGAGCAAAG
AAAGGAGCCTCCAAGCCACGCACGATCGAGAGCTATGCCAAGGAGGACCG
GGGCAAGCCGCCGGAGCCCACCCCAGCGCCGCTGGGCAAGAAGGCCAGGC
ACAAGAAGGAGGCGACCCCCGGCAGGCCTAAGAAGGGGGCGGGCGGAGGG
ACAGGCCCGAGAGCAAAGAAAGGA
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