Gvermi6925.t1 (mRNA) Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male

You are viewing an mRNA, more information available on the corresponding polypeptide page

Overview
NameGvermi6925.t1
Unique NameGvermi6925.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
Sequence length164
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
ScGOVlb_24229contigScGOVlb_24229:589389..590100 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005706266.1
Preferred nameSKP1
PFAMsSkp1,Skp1_POZ
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K03094,ko:K04257,ko:K08826
KEGG Pathwayko04110,ko04111,ko04114,ko04120,ko04141,ko04218,ko04310,ko04341,ko04350,ko04710,ko04740,ko05168,ko05200,map04110,map04111,map04114,map04120,map04141,map04218,map04310,map04341,map04350,map04710,map04740,map05168,map05200
KEGG ModuleM00379,M00380,M00381,M00382,M00387,M00407,M00411
GOsGO:0000003,GO:0000018,GO:0000082,GO:0000086,GO:0000132,GO:0000151,GO:0000152,GO:0000165,GO:0000209,GO:0000226,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000775,GO:0000776,GO:0000921,GO:0001932,GO:0001933,GO:0002376,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003688,GO:0003690,GO:0003824,GO:0004842,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005938,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006323,GO:0006325,GO:0006417,GO:0006464,GO:0006468,GO:0006508,GO:0006511,GO:0006513,GO:0006725,GO:0006790,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006873,GO:0006875,GO:0006879,GO:0006885,GO:0006950,GO:0006952,GO:0006955,GO:0006996,GO:0006997,GO:0006998,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007035,GO:0007049,GO:0007088,GO:0007096,GO:0007098,GO:0007154,GO:0007163,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007267,GO:0007275,GO:0007346,GO:0007399,GO:0007548,GO:0008013,GO:0008104,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008285,GO:0008582,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009605,GO:0009607,GO:0009617,GO:0009790,GO:0009792,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009894,GO:0009896,GO:0009966,GO:0009968,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010256,GO:0010265,GO:0010389,GO:0010390,GO:0010458,GO:0010468,GO:0010498,GO:0010556,GO:0010558,GO:0010563,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010608,GO:0010629,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010648,GO:0010824,GO:0010826,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010948,GO:0010965,GO:0010972,GO:0015630,GO:0016043,GO:0016055,GO:0016310,GO:0016322,GO:0016567,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016574,GO:0016740,GO:0017117,GO:0017148,GO:0019005,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019221,GO:0019222,GO:0019538,GO:0019725,GO:0019787,GO:0019904,GO:0019941,GO:0021700,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023014,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023057,GO:0030003,GO:0030004,GO:0030010,GO:0030071,GO:0030111,GO:0030154,GO:0030162,GO:0030163,GO:0030178,GO:0030182,GO:0030261,GO:0030587,GO:0030641,GO:0031023,GO:0031098,GO:0031106,GO:0031146,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031329,GO:0031331,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031461,GO:0031467,GO:0031518,GO:0031647,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032185,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032270,GO:0032434,GO:0032436,GO:0032446,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032507,GO:0032872,GO:0032873,GO:0032886,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033046,GO:0033047,GO:0033048,GO:0033202,GO:0033218,GO:0033365,GO:0033522,GO:0033554,GO:0034097,GO:0034248,GO:0034249,GO:0034504,GO:0034508,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034641,GO:0034645,GO:0035518,GO:0035556,GO:0036211,GO:0038061,GO:0040001,GO:0040008,GO:0042023,GO:0042127,GO:0042176,GO:0042221,GO:0042277,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042551,GO:0042592,GO:0042742,GO:0042981,GO:0043065,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043069,GO:0043161,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043170,GO:0043207,GO:0043224,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043291,GO:0043295,GO:0043408,GO:0043409,GO:0043412,GO:0043516,GO:0043518,GO:0043565,GO:0043632,GO:0043687,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044091,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044257,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044464,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044786,GO:0044839,GO:0044843,GO:0045087,GO:0045116,GO:0045185,GO:0045732,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045839,GO:0045841,GO:0045851,GO:0045862,GO:0045886,GO:0045926,GO:0045930,GO:0045931,GO:0045936,GO:0046328,GO:0046329,GO:0046483,GO:0046605,GO:0046606,GO:0046626,GO:0046627,GO:0046660,GO:0046916,GO:0048037,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048469,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048585,GO:0048638,GO:0048640,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048878,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050801,GO:0050803,GO:0050807,GO:0050829,GO:0050896,GO:0051052,GO:0051093,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051235,GO:0051239,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051276,GO:0051293,GO:0051294,GO:0051298,GO:0051382,GO:0051383,GO:0051403,GO:0051445,GO:0051452,GO:0051453,GO:0051457,GO:0051493,GO:0051494,GO:0051603,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051649,GO:0051651,GO:0051653,GO:0051656,GO:0051703,GO:0051704,GO:0051707,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051783,GO:0051784,GO:0051960,GO:0051961,GO:0051963,GO:0051964,GO:0051983,GO:0051985,GO:0055065,GO:0055067,GO:0055072,GO:0055076,GO:0055080,GO:0055082,GO:0060255,GO:0060542,GO:0060548,GO:0060828,GO:0061024,GO:0061136,GO:0061630,GO:0061659,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070013,GO:0070302,GO:0070303,GO:0070498,GO:0070507,GO:0070555,GO:0070647,GO:0070727,GO:0070887,GO:0070925,GO:0071103,GO:0071310,GO:0071345,GO:0071347,GO:0071695,GO:0071704,GO:0071763,GO:0071824,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072341,GO:0072595,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090090,GO:0090304,GO:0090702,GO:0097159,GO:0097602,GO:0098542,GO:0098687,GO:0098771,GO:0099120,GO:0099568,GO:0101025,GO:0101026,GO:0140014,GO:0140096,GO:0198738,GO:1900076,GO:1900077,GO:1900750,GO:1901360,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901565,GO:1901575,GO:1901576,GO:1901681,GO:1901796,GO:1901797,GO:1901800,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902099,GO:1902100,GO:1902229,GO:1902230,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902749,GO:1902750,GO:1902850,GO:1903047,GO:1903050,GO:1903052,GO:1903362,GO:1903364,GO:1904396,GO:1904397,GO:1904949,GO:1905114,GO:1905809,GO:1905818,GO:1905819,GO:1990234,GO:1990837,GO:2000026,GO:2000058,GO:2000060,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000241,GO:2000765,GO:2000766,GO:2000816,GO:2001020,GO:2001021,GO:2001233,GO:2001234,GO:2001242,GO:2001243,GO:2001251
Evalue6.49e-54
EggNOG OGsCOG5201@1|root,KOG1724@2759|Eukaryota
EC2.7.11.1
Descriptionmodification-dependent protein catabolic process
COG categoryO
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko01001,ko03036,ko04030,ko04121
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925Gvermi6925Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malegeneScGOVlb_24229 589389..590100 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1Gvermi6925.t1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malepolypeptideScGOVlb_24229 589389..590100 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1.stop1Gvermi6925.t1.stop1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestop_codonScGOVlb_24229 589389..589391 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1.CDS1Gvermi6925.t1.CDS1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleCDSScGOVlb_24229 589389..589518 -
Gvermi6925.t1.CDS2Gvermi6925.t1.CDS2Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleCDSScGOVlb_24229 589622..589671 -
Gvermi6925.t1.CDS3Gvermi6925.t1.CDS3Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleCDSScGOVlb_24229 589789..590100 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1.exon1Gvermi6925.t1.exon1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_24229 589389..589518 -
Gvermi6925.t1.exon2Gvermi6925.t1.exon2Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_24229 589622..589671 -
Gvermi6925.t1.exon3Gvermi6925.t1.exon3Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleexonScGOVlb_24229 589789..590100 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1.intron1Gvermi6925.t1.intron1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleintronScGOVlb_24229 589519..589621 -
Gvermi6925.t1.intron2Gvermi6925.t1.intron2Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 maleintronScGOVlb_24229 589672..589788 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gvermi6925.t1.start1Gvermi6925.t1.start1Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 malestart_codonScGOVlb_24229 590098..590100 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gvermi6925.t1 ID=Gvermi6925.t1|Name=Gvermi6925.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=164bp
MAETPNQANSITLKLRSKDGEIFEVEKAVAMQINFVKGMLEDVDEVDGME
IPMGEVEAAILAKVVEYCRFHYQQELNQTSADEVDRWERSFVQVDKSTLF
QLILAANFLDVQSLLDLTCKTVADMIKGKTPEQIRAEFDIHNDFTPEQLE
EVRRDNAWCAEDR*
back to top

spliced messenger RNA

>Gvermi6925.t1 ID=Gvermi6925.t1|Name=Gvermi6925.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=492bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24229:589389..590100- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGCTGAAACACCGAATCAAGCAAATAGCATCACCCTGAAGCTCCGGAG
CAAAGACGGGGAAATCTTCGAGGTGGAGAAAGCCGTCGCGATGCAGATTA
ACTTCGTCAAGGGCATGCTCGAAGACGTCGACGAAGTGGACGGCATGGAA
ATACCCATGGGAGAGGTGGAAGCCGCAATCCTGGCTAAGGTCGTGGAGTA
CTGCAGGTTCCATTACCAACAAGAACTCAATCAAACGAGCGCCGATGAAG
TCGATCGCTGGGAACGATCTTTTGTCCAAGTGGACAAGTCCACCTTGTTT
CAATTGATTCTGGCGGCAAACTTTCTGGACGTTCAGTCGCTTCTGGACTT
GACGTGTAAAACAGTCGCAGACATGATCAAAGGCAAAACTCCGGAACAGA
TCCGCGCCGAATTCGACATCCATAATGATTTCACCCCTGAACAGCTCGAG
GAAGTGCGTCGGGATAACGCCTGGTGCGCCGAAGATCGCTAA
back to top

protein sequence of Gvermi6925.t1

>Gvermi6925.t1 ID=Gvermi6925.t1|Name=Gvermi6925.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=polypeptide|length=164bp
MAETPNQANSITLKLRSKDGEIFEVEKAVAMQINFVKGMLEDVDEVDGME
IPMGEVEAAILAKVVEYCRFHYQQELNQTSADEVDRWERSFVQVDKSTLF
QLILAANFLDVQSLLDLTCKTVADMIKGKTPEQIRAEFDIHNDFTPEQLE
EVRRDNAWCAEDR*
back to top

mRNA from alignment at ScGOVlb_24229:589389..590100-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gvermi6925.t1 ID=Gvermi6925.t1|Name=Gvermi6925.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=mRNA|length=712bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24229:589389..590100- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGGCTGAAACACCGAATCAAGCAAATAGCATCACCCTGAAGCTCCGGAG
CAAAGACGGGGAAATCTTCGAGGTGGAGAAAGCCGTCGCGATGCAGATTA
ACTTCGTCAAGGGCATGCTCGAAGACGTCGACGAAGTGGACGGCATGGAA
ATACCCATGGGAGAGGTGGAAGCCGCAATCCTGGCTAAGGTCGTGGAGTA
CTGCAGGTTCCATTACCAACAAGAACTCAATCAAACGAGCGCCGATGAAG
TCGATCGCTGGGAACGATCTTTTGTCCAAGTGGACAAGTCCACCTTGTTT
CAATTGATTCTGGTACGTGCGCTGATTTTAAAGCACCTTGGAAGCGAAGA
CGTTTCGCGGTATTGCTAACGTGACGAATGCGTCTCTACTTTTGGTGTTC
AATCCCCCCCAACTCTGGGAAACGAACAGGCGGCAAACTTTCTGGACGTT
CAGTCGCTTCTGGACTTGACGTGTAAAACGTAAGTGCATTGCCGCGGTAC
AAACCATCGACATTTGTCTCGCTGCAATCGAAAATGGAGTTCAACTGACT
CAATCTCTGCTACTTCTTGCCCAAAACTTCAGAGTCGCAGACATGATCAA
AGGCAAAACTCCGGAACAGATCCGCGCCGAATTCGACATCCATAATGATT
TCACCCCTGAACAGCTCGAGGAAGTGCGTCGGGATAACGCCTGGTGCGCC
GAAGATCGCTAA
back to top

Coding sequence (CDS) from alignment at ScGOVlb_24229:589389..590100-

>Gvermi6925.t1 ID=Gvermi6925.t1|Name=Gvermi6925.t1|organism=Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male|type=CDS|length=492bp|location=Sequence derived from alignment at ScGOVlb_24229:589389..590100- (Gracilaria vermiculophylla HapMaleFtJ_2017 male)
ATGGCTGAAACACCGAATCAAGCAAATAGCATCACCCTGAAGCTCCGGAG
CAAAGACGGGGAAATCTTCGAGGTGGAGAAAGCCGTCGCGATGCAGATTA
ACTTCGTCAAGGGCATGCTCGAAGACGTCGACGAAGTGGACGGCATGGAA
ATACCCATGGGAGAGGTGGAAGCCGCAATCCTGGCTAAGGTCGTGGAGTA
CTGCAGGTTCCATTACCAACAAGAACTCAATCAAACGAGCGCCGATGAAG
TCGATCGCTGGGAACGATCTTTTGTCCAAGTGGACAAGTCCACCTTGTTT
CAATTGATTCTGGCGGCAAACTTTCTGGACGTTCAGTCGCTTCTGGACTT
GACGTGTAAAACAGTCGCAGACATGATCAAAGGCAAAACTCCGGAACAGA
TCCGCGCCGAATTCGACATCCATAATGATTTCACCCCTGAACAGCTCGAG
GAAGTGCGTCGGGATAACGCCTGGTGCGCCGAAGATCGCTAA
back to top