Ggra5073.t1 (mRNA) Gracilaria gracilis GNS1m male

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Overview
NameGgra5073.t1
Unique NameGgra5073.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria gracilis GNS1m male (Gracilaria gracilis GNS1m male (Slender Wart Weed))
Sequence length280
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00000069_piloncontigtig00000069_pilon:392248..393164 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria gracilis GNS1m male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005708756.1
Preferred namePHB
PFAMsBand_7
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K09228,ko:K17080
GOsGO:0000001,GO:0000003,GO:0000122,GO:0000302,GO:0000981,GO:0001067,GO:0001302,GO:0001541,GO:0001552,GO:0001558,GO:0001664,GO:0001666,GO:0001846,GO:0001848,GO:0001850,GO:0001851,GO:0001932,GO:0001933,GO:0001934,GO:0002082,GO:0002673,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002697,GO:0002699,GO:0002920,GO:0002922,GO:0003006,GO:0003008,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003700,GO:0005102,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005618,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005739,GO:0005740,GO:0005741,GO:0005743,GO:0005746,GO:0005747,GO:0005768,GO:0005769,GO:0005773,GO:0005774,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006139,GO:0006140,GO:0006259,GO:0006325,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006457,GO:0006464,GO:0006476,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006811,GO:0006812,GO:0006816,GO:0006851,GO:0006950,GO:0006970,GO:0006979,GO:0006996,GO:0007005,GO:0007006,GO:0007007,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007292,GO:0007548,GO:0007568,GO:0007569,GO:0007588,GO:0008022,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008277,GO:0008285,GO:0008406,GO:0008585,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009505,GO:0009507,GO:0009536,GO:0009628,GO:0009636,GO:0009651,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009723,GO:0009725,GO:0009733,GO:0009755,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009894,GO:0009895,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009986,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010035,GO:0010243,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010562,GO:0010563,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010944,GO:0010954,GO:0012505,GO:0014070,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016043,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016575,GO:0018130,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019866,GO:0019867,GO:0019898,GO:0019899,GO:0019953,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022622,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030001,GO:0030061,GO:0030154,GO:0030162,GO:0030308,GO:0030312,GO:0030421,GO:0030449,GO:0030518,GO:0030522,GO:0030964,GO:0031090,GO:0031099,GO:0031100,GO:0031224,GO:0031226,GO:0031312,GO:0031315,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031347,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031401,GO:0031410,GO:0031647,GO:0031871,GO:0031966,GO:0031967,GO:0031968,GO:0031974,GO:0031975,GO:0031981,GO:0031982,GO:0032101,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032270,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032870,GO:0032989,GO:0032990,GO:0032991,GO:0033143,GO:0033144,GO:0033554,GO:0033993,GO:0034097,GO:0034220,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0035601,GO:0035632,GO:0035902,GO:0036211,GO:0036293,GO:0036294,GO:0040008,GO:0040014,GO:0040018,GO:0042127,GO:0042176,GO:0042177,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042327,GO:0042493,GO:0042826,GO:0042981,GO:0043051,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043170,GO:0043209,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043401,GO:0043408,GO:0043409,GO:0043410,GO:0043412,GO:0043434,GO:0043467,GO:0044212,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044428,GO:0044429,GO:0044437,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044455,GO:0044459,GO:0044464,GO:0044703,GO:0045137,GO:0045271,GO:0045471,GO:0045745,GO:0045861,GO:0045862,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045917,GO:0045926,GO:0045927,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045937,GO:0046483,GO:0046545,GO:0046660,GO:0046677,GO:0048232,GO:0048308,GO:0048311,GO:0048364,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048527,GO:0048528,GO:0048545,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048638,GO:0048639,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0050727,GO:0050776,GO:0050778,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050795,GO:0050821,GO:0050847,GO:0050896,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051646,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051782,GO:0055085,GO:0060255,GO:0060259,GO:0060548,GO:0060765,GO:0060766,GO:0061024,GO:0061458,GO:0062012,GO:0065007,GO:0065008,GO:0070013,GO:0070372,GO:0070373,GO:0070374,GO:0070469,GO:0070482,GO:0070584,GO:0070588,GO:0070613,GO:0070741,GO:0070838,GO:0070887,GO:0071310,GO:0071345,GO:0071354,GO:0071383,GO:0071396,GO:0071407,GO:0071453,GO:0071456,GO:0071495,GO:0071704,GO:0071731,GO:0071840,GO:0071897,GO:0071944,GO:0072511,GO:0080090,GO:0080134,GO:0090304,GO:0090696,GO:0097159,GO:0097305,GO:0097366,GO:0097708,GO:0098588,GO:0098655,GO:0098660,GO:0098662,GO:0098732,GO:0098796,GO:0098798,GO:0098800,GO:0098803,GO:0098805,GO:0099402,GO:0140110,GO:1900542,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901576,GO:1901652,GO:1901698,GO:1901700,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1903317,GO:1903319,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903578,GO:1903998,GO:1990204,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000257,GO:2000259,GO:2000322,GO:2000323,GO:2001141
Evalue4.43e-137
EggNOG OGsCOG0330@1|root,KOG3083@2759|Eukaryota
Descriptionprohibitin
COG categoryO
BRITEko00000,ko03000,ko03029,ko04147
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073Ggra5073Gracilaria gracilis GNS1m malegenetig00000069_pilon 392248..393164 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1Ggra5073.t1Gracilaria gracilis GNS1m malepolypeptidetig00000069_pilon 392248..393164 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1.stop1Ggra5073.t1.stop1Gracilaria gracilis GNS1m malestop_codontig00000069_pilon 392248..392250 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1.CDS1Ggra5073.t1.CDS1Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000069_pilon 392248..392907 -
Ggra5073.t1.CDS2Ggra5073.t1.CDS2Gracilaria gracilis GNS1m maleCDStig00000069_pilon 392985..393164 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1.exon1Ggra5073.t1.exon1Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000069_pilon 392248..392907 -
Ggra5073.t1.exon2Ggra5073.t1.exon2Gracilaria gracilis GNS1m maleexontig00000069_pilon 392985..393164 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1.intron1Ggra5073.t1.intron1Gracilaria gracilis GNS1m maleintrontig00000069_pilon 392908..392984 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Ggra5073.t1.start1Ggra5073.t1.start1Gracilaria gracilis GNS1m malestart_codontig00000069_pilon 393162..393164 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Ggra5073.t1 ID=Ggra5073.t1|Name=Ggra5073.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=280bp
MSGGGSTQVLANALGRLARYSVAMGVIGGVAQSSLYVVKGGERAVIFNRF
TGVEEHVRGEGMHFNIPWVQKPVIFDVRTRPRAISSVTGTNDLQMVNLTL
RVLSKPTKDKLPTIYSRLGPDWDERVLPSIANEVLKAIVAQYNAEQLLTQ
REKVSRQIRETLTARAKQFHIELDDVSMTHLTFGREYASAIEAKQVTQQE
AERSKYIVQVAEQEKIAAVVRAEGESTAAQMISDAMAKSGDGLLQLRRIE
AAKEIASTLSRSRNIVYLPKGSNVLLNMG*
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spliced messenger RNA

>Ggra5073.t1 ID=Ggra5073.t1|Name=Ggra5073.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=840bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000069_pilon:392248..393164- (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGTCAGGCGGTGGCTCAACTCAGGTGCTCGCTAACGCGCTGGGTCGTCT
TGCGCGATACTCCGTGGCGATGGGCGTAATCGGCGGCGTAGCACAAAGCT
CGCTGTACGTGGTGAAGGGAGGTGAACGAGCAGTGATATTCAACAGATTC
ACTGGAGTTGAAGAGCATGTTCGCGGCGAGGGAATGCATTTTAACATCCC
GTGGGTGCAAAAACCGGTGATATTTGACGTGAGAACTCGTCCTCGTGCGA
TCAGTTCCGTAACAGGAACGAACGATTTGCAGATGGTGAACTTGACACTT
CGCGTTCTATCCAAACCGACGAAGGATAAACTACCTACGATTTACTCCAG
ATTGGGTCCGGACTGGGATGAGCGTGTGTTGCCGTCGATTGCAAACGAAG
TATTAAAAGCGATCGTTGCACAATACAATGCGGAACAATTGTTGACTCAA
CGTGAAAAGGTGTCCAGGCAAATCAGAGAAACGTTAACTGCACGCGCGAA
ACAATTTCATATCGAACTGGACGATGTTTCTATGACGCATCTGACATTTG
GACGGGAGTATGCGTCGGCAATTGAGGCGAAGCAGGTGACGCAACAAGAA
GCTGAACGTTCCAAGTACATTGTACAAGTCGCCGAACAAGAGAAGATCGC
AGCCGTTGTGCGAGCGGAGGGAGAAAGTACGGCAGCGCAAATGATCTCCG
ATGCTATGGCGAAGAGTGGGGATGGTTTGCTACAACTGCGAAGGATTGAG
GCGGCGAAGGAAATCGCATCTACACTGTCTAGGTCGAGAAATATTGTGTA
CTTGCCCAAGGGCTCAAACGTTCTGCTGAATATGGGATAG
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protein sequence of Ggra5073.t1

>Ggra5073.t1 ID=Ggra5073.t1|Name=Ggra5073.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=280bp
MSGGGSTQVLANALGRLARYSVAMGVIGGVAQSSLYVVKGGERAVIFNRF
TGVEEHVRGEGMHFNIPWVQKPVIFDVRTRPRAISSVTGTNDLQMVNLTL
RVLSKPTKDKLPTIYSRLGPDWDERVLPSIANEVLKAIVAQYNAEQLLTQ
REKVSRQIRETLTARAKQFHIELDDVSMTHLTFGREYASAIEAKQVTQQE
AERSKYIVQVAEQEKIAAVVRAEGESTAAQMISDAMAKSGDGLLQLRRIE
AAKEIASTLSRSRNIVYLPKGSNVLLNMG*
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mRNA from alignment at tig00000069_pilon:392248..393164-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Ggra5073.t1 ID=Ggra5073.t1|Name=Ggra5073.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=917bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000069_pilon:392248..393164- (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGTCAGGCGGTGGCTCAACTCAGGTGCTCGCTAACGCGCTGGGTCGTCT
TGCGCGATACTCCGTGGCGATGGGCGTAATCGGCGGCGTAGCACAAAGCT
CGCTGTACGTGGTGAAGGGAGGTGAACGAGCAGTGATATTCAACAGATTC
ACTGGAGTTGAAGAGCATGTTCGCGGCGAGGTATGTTTCTGCTGTGTTAA
GCATGAGTATGTATTGCGTTTGAATGAGATTCTAACTTGATGTGAAACGA
TGTGTAGGGAATGCATTTTAACATCCCGTGGGTGCAAAAACCGGTGATAT
TTGACGTGAGAACTCGTCCTCGTGCGATCAGTTCCGTAACAGGAACGAAC
GATTTGCAGATGGTGAACTTGACACTTCGCGTTCTATCCAAACCGACGAA
GGATAAACTACCTACGATTTACTCCAGATTGGGTCCGGACTGGGATGAGC
GTGTGTTGCCGTCGATTGCAAACGAAGTATTAAAAGCGATCGTTGCACAA
TACAATGCGGAACAATTGTTGACTCAACGTGAAAAGGTGTCCAGGCAAAT
CAGAGAAACGTTAACTGCACGCGCGAAACAATTTCATATCGAACTGGACG
ATGTTTCTATGACGCATCTGACATTTGGACGGGAGTATGCGTCGGCAATT
GAGGCGAAGCAGGTGACGCAACAAGAAGCTGAACGTTCCAAGTACATTGT
ACAAGTCGCCGAACAAGAGAAGATCGCAGCCGTTGTGCGAGCGGAGGGAG
AAAGTACGGCAGCGCAAATGATCTCCGATGCTATGGCGAAGAGTGGGGAT
GGTTTGCTACAACTGCGAAGGATTGAGGCGGCGAAGGAAATCGCATCTAC
ACTGTCTAGGTCGAGAAATATTGTGTACTTGCCCAAGGGCTCAAACGTTC
TGCTGAATATGGGATAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00000069_pilon:392248..393164-

>Ggra5073.t1 ID=Ggra5073.t1|Name=Ggra5073.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=840bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000069_pilon:392248..393164- (Gracilaria gracilis GNS1m male)
ATGTCAGGCGGTGGCTCAACTCAGGTGCTCGCTAACGCGCTGGGTCGTCT
TGCGCGATACTCCGTGGCGATGGGCGTAATCGGCGGCGTAGCACAAAGCT
CGCTGTACGTGGTGAAGGGAGGTGAACGAGCAGTGATATTCAACAGATTC
ACTGGAGTTGAAGAGCATGTTCGCGGCGAGGGAATGCATTTTAACATCCC
GTGGGTGCAAAAACCGGTGATATTTGACGTGAGAACTCGTCCTCGTGCGA
TCAGTTCCGTAACAGGAACGAACGATTTGCAGATGGTGAACTTGACACTT
CGCGTTCTATCCAAACCGACGAAGGATAAACTACCTACGATTTACTCCAG
ATTGGGTCCGGACTGGGATGAGCGTGTGTTGCCGTCGATTGCAAACGAAG
TATTAAAAGCGATCGTTGCACAATACAATGCGGAACAATTGTTGACTCAA
CGTGAAAAGGTGTCCAGGCAAATCAGAGAAACGTTAACTGCACGCGCGAA
ACAATTTCATATCGAACTGGACGATGTTTCTATGACGCATCTGACATTTG
GACGGGAGTATGCGTCGGCAATTGAGGCGAAGCAGGTGACGCAACAAGAA
GCTGAACGTTCCAAGTACATTGTACAAGTCGCCGAACAAGAGAAGATCGC
AGCCGTTGTGCGAGCGGAGGGAGAAAGTACGGCAGCGCAAATGATCTCCG
ATGCTATGGCGAAGAGTGGGGATGGTTTGCTACAACTGCGAAGGATTGAG
GCGGCGAAGGAAATCGCATCTACACTGTCTAGGTCGAGAAATATTGTGTA
CTTGCCCAAGGGCTCAAACGTTCTGCTGAATATGGGATAG
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