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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 130081.XP_005708205.1 |
| Preferred name | HDAC3 |
| PFAMs | Hist_deacetyl |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| KEGG ko | ko:K06067,ko:K11404,ko:K11483 |
| KEGG Pathway | ko04110,ko04213,ko04330,ko04919,ko05016,ko05034,ko05165,ko05169,ko05200,ko05202,ko05203,ko05220,map04110,map04213,map04330,map04919,map05016,map05034,map05165,map05169,map05200,map05202,map05203,map05220 |
| GOs | 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0180,GO:1900182,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901654,GO:1901700,GO:1901861,GO:1901862,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902692,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903555,GO:1903556,GO:1903827,GO:1903828,GO:1903829,GO:1904035,GO:1904037,GO:1904589,GO:1904591,GO:1904950,GO:1904951,GO:1905207,GO:1905208,GO:1905634,GO:1990619,GO:1990679,GO:2000024,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000241,GO:2000242,GO:2000647,GO:2000674,GO:2000676,GO:2000725,GO:2000726,GO:2001141 |
| Evalue | 8.8e-221 |
| EggNOG OGs | COG0123@1|root,KOG1342@2759|Eukaryota |
| EC | 3.5.1.98 |
| Description | NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) |
| COG category | BQ |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko01000,ko03036 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
| Ggra1425.t1.start1 | Ggra1425.t1.start1 | Gracilaria gracilis GNS1m male | start_codon | tig00000844_pilon 49227..49229 + |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following intron feature(s) are a part of this mRNA:
The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >Ggra1425.t1 ID=Ggra1425.t1|Name=Ggra1425.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=427bp MTKKRISYFMDNDIGGFYYGQHHPMKPHRLSMTHNLTLAYGLYRKMDVYR PRLATPDEFRQFHAADYIDFLQRVTPDNCQEFTKQLTKFNVGRSGGDCPL FDGLFEFCQLYTGGSIDGARKLMSGTSDISINWAGGLHHAKKSEASGFCY TNDIVLAILELLKFFPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYVTDRVMTVSFHKFG DMFFPGTGDVWDKGSGAGEYYAVNFPLKDGIDDDNYERVFEPIIQKVVEM FRPSAVVLQCGADSLARDRLGCFNLTIKGHGNCVQFVKSFNLPTLVLGGG GYNIRSVARCWAYETALLLDTAVDDQIPFNDYWQYFEPDHRLHFSKNSEM VDQNNRAYIEQLKVKVMENLRCLSAAPSVQMQEVPPTYFVSEDEEEQNPD VRPRVDRRQADGEFYDDERDHIMDVS* back to topspliced messenger RNA >Ggra1425.t1 ID=Ggra1425.t1|Name=Ggra1425.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1281bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000844_pilon:49227..50709+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGACAAAGAAACGTATTTCGTATTTCATGGACAACGATATAGGAGGTTT TTACTATGGGCAACACcaccctatgaaaccacatcgactaagcatgactc acaatctaactctcgcatatgGACTCTATCGAAAAATGGATGTGTATCGG CCTAGACTTGCTACACCTGATGAATTCAGGCAGTTTCATGCTGCAGACTA TATTGATTTCTTGCAAAGGGTCACACCTGATAACTGCCAAGAGTTTACGA AGCAACTCACCAAGTTCAACGTTGGAAGATCAGGCGGCGATTGTCCCCTA TTTGACGGCTTGTTTGAATTCTGTCAGTTATACACAGGAGGGAGTATTGA TGGAGCGCGAAAGCTAATGTCTGGCACCTCTGATATTTCTATTAACTGGG CTGGGGGCCTTCACCACGCCAAGAAATCAGAAGCATCTGGTTTTTGCTAC ACGAATGACATTGTTCTGGCTATATTGGAGTTGCTGAAGTTCTTTCCGAG AGTGCTGTACATCGACATAGACGTCCATCATGGAGATGGTGTCGAAGAAG CTTTCTATGTAACGGATCGTGTCATGACTGTGTCTTTTCATAAGTTTGGA GACATGTTCTTTCCTGGGACCGGTGATGTCTGGGACAAAGGTTCCGGCGC TGGAGAATACTATGCTGTCAACTTTCCGCTCAAAGATGGGATTGACGACG ATAACTATGAAAGGGTCTTCGAACCGATTATTCAGAAGGTTGTGGAAATG TTTCGACCTTCAGCTGTTGTGCTACAATGTGGTGCAGATTCTCTCGCTCG TGATCGGTTAGGATGTTTCAACCTAACGATAAAGGGGCATGGGAATTGTG TGCAATTTGTGAAGAGTTTCAATTTACCCACTTTGGTACTAGGGGGTGGC GGATATAACATTCGCAGCGTAGCGCGATGCTGGGCTTATGAGACGGCATT GCTTTTAGACACAGCAGTGGATGACCAAATTCCATTCAATGATTACTGGC AGTATTTCGAACCAGATCACAGACTTCACTTTTCCAAGAACTCCGAGATG GTTGACCAAAATAACCGTGCATACATTGAGCAGCTAAAGGTGAAAGTAAT GGAAAATTTACGCTGCTTGAGTGCCGCACCTTCAGTTCAAATGCAGGAAG TACCGCCAACTTATTTTGTTTCGGAAGATGAAGAGGAGCAGAACCCCGAC GTTCGACCCAGGGTTGATAGACGGCAAGCGGATGGAGAGTTTTACGACGA TGAAAGAGATCACATAATGGATGTCAGCTAG back to topprotein sequence of Ggra1425.t1 >Ggra1425.t1 ID=Ggra1425.t1|Name=Ggra1425.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=427bp
MTKKRISYFMDNDIGGFYYGQHHPMKPHRLSMTHNLTLAYGLYRKMDVYR PRLATPDEFRQFHAADYIDFLQRVTPDNCQEFTKQLTKFNVGRSGGDCPL FDGLFEFCQLYTGGSIDGARKLMSGTSDISINWAGGLHHAKKSEASGFCY TNDIVLAILELLKFFPRVLYIDIDVHHGDGVEEAFYVTDRVMTVSFHKFG DMFFPGTGDVWDKGSGAGEYYAVNFPLKDGIDDDNYERVFEPIIQKVVEM FRPSAVVLQCGADSLARDRLGCFNLTIKGHGNCVQFVKSFNLPTLVLGGG GYNIRSVARCWAYETALLLDTAVDDQIPFNDYWQYFEPDHRLHFSKNSEM VDQNNRAYIEQLKVKVMENLRCLSAAPSVQMQEVPPTYFVSEDEEEQNPD VRPRVDRRQADGEFYDDERDHIMDVS* back to topmRNA from alignment at tig00000844_pilon:49227..50709+ Legend: polypeptidestart_codonCDSexonintronstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Ggra1425.t1 ID=Ggra1425.t1|Name=Ggra1425.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1483bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000844_pilon:49227..50709+ (Gracilaria gracilis GNS1m male) ATGACAAAGAAACGTATTTCGTATTTCATGGACAACGATATAGGAGGTTT
TTACTATGGGCAACACcaccctatgaaaccacatcgactaagcatgactc
acaatctaactctcgcatatggtaagtttctttATAGCATGCAAACACTT
CTTTCCTGAATCTGTCGAGCTTTTCTGACAAACAGATATGAAATTCCTAT
ACGTGTACTCAACAATATCTGTTCTCCCTAAGTAGGACTCTATCGAAAAA
TGGTAAGATCAAGTTCCCACACAACTCCTACCTGGTAAATGCTGAAAATA
TTGCCCTCTGACTATTTTGACGTATATCCGTTGCCAACAGGATGTGTATC
GGCCTAGACTTGCTACACCTGATGAATTCAGGCAGTTTCATGCTGCAGAC
TATATTGATTTCTTGCAAAGGGTCACACCTGATAACTGCCAAGAGTTTAC
GAAGCAACTCACCAAGTTCAACGTTGGAAGATCAGGCGGCGATTGTCCCC
TATTTGACGGCTTGTTTGAATTCTGTCAGTTATACACAGGAGGGAGTATT
GATGGAGCGCGAAAGCTAATGTCTGGCACCTCTGATATTTCTATTAACTG
GGCTGGGGGCCTTCACCACGCCAAGAAATCAGAAGCATCTGGTTTTTGCT
ACACGAATGACATTGTTCTGGCTATATTGGAGTTGCTGAAGTTCTTTCCG
AGAGTGCTGTACATCGACATAGACGTCCATCATGGAGATGGTGTCGAAGA
AGCTTTCTATGTAACGGATCGTGTCATGACTGTGTCTTTTCATAAGTTTG
GAGACATGTTCTTTCCTGGGACCGGTGATGTCTGGGACAAAGGTTCCGGC
GCTGGAGAATACTATGCTGTCAACTTTCCGCTCAAAGATGGGATTGACGA
CGATAACTATGAAAGGGTCTTCGAACCGATTATTCAGAAGGTTGTGGAAA
TGTTTCGACCTTCAGCTGTTGTGCTACAATGTGGTGCAGATTCTCTCGCT
CGTGATCGGTTAGGATGTTTCAACCTAACGATAAAGGGGCATGGGAATTG
TGTGCAATTTGTGAAGAGTTTCAATTTACCCACTTTGGTACTAGGGGGTG
GCGGATATAACATTCGCAGCGTAGCGCGATGCTGGGCTTATGAGACGGCA
TTGCTTTTAGACACAGCAGTGGATGACCAAATTCCATTCAATGATTACTG
GCAGTATTTCGAACCAGATCACAGACTTCACTTTTCCAAGAACTCCGAGA
TGGTTGACCAAAATAACCGTGCATACATTGAGCAGCTAAAGGTGAAAGTA
ATGGAAAATTTACGCTGCTTGAGTGCCGCACCTTCAGTTCAAATGCAGGA
AGTACCGCCAACTTATTTTGTTTCGGAAGATGAAGAGGAGCAGAACCCCG
ACGTTCGACCCAGGGTTGATAGACGGCAAGCGGATGGAGAGTTTTACGAC
GATGAAAGAGATCACATAATGGATGTCAGCTAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at tig00000844_pilon:49227..50709+ >Ggra1425.t1 ID=Ggra1425.t1|Name=Ggra1425.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=1281bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000844_pilon:49227..50709+ (Gracilaria gracilis GNS1m male) ATGACAAAGAAACGTATTTCGTATTTCATGGACAACGATATAGGAGGTTT TTACTATGGGCAACACcaccctatgaaaccacatcgactaagcatgactc acaatctaactctcgcatatgGACTCTATCGAAAAATGGATGTGTATCGG CCTAGACTTGCTACACCTGATGAATTCAGGCAGTTTCATGCTGCAGACTA TATTGATTTCTTGCAAAGGGTCACACCTGATAACTGCCAAGAGTTTACGA AGCAACTCACCAAGTTCAACGTTGGAAGATCAGGCGGCGATTGTCCCCTA TTTGACGGCTTGTTTGAATTCTGTCAGTTATACACAGGAGGGAGTATTGA TGGAGCGCGAAAGCTAATGTCTGGCACCTCTGATATTTCTATTAACTGGG CTGGGGGCCTTCACCACGCCAAGAAATCAGAAGCATCTGGTTTTTGCTAC ACGAATGACATTGTTCTGGCTATATTGGAGTTGCTGAAGTTCTTTCCGAG AGTGCTGTACATCGACATAGACGTCCATCATGGAGATGGTGTCGAAGAAG CTTTCTATGTAACGGATCGTGTCATGACTGTGTCTTTTCATAAGTTTGGA GACATGTTCTTTCCTGGGACCGGTGATGTCTGGGACAAAGGTTCCGGCGC TGGAGAATACTATGCTGTCAACTTTCCGCTCAAAGATGGGATTGACGACG ATAACTATGAAAGGGTCTTCGAACCGATTATTCAGAAGGTTGTGGAAATG TTTCGACCTTCAGCTGTTGTGCTACAATGTGGTGCAGATTCTCTCGCTCG TGATCGGTTAGGATGTTTCAACCTAACGATAAAGGGGCATGGGAATTGTG TGCAATTTGTGAAGAGTTTCAATTTACCCACTTTGGTACTAGGGGGTGGC GGATATAACATTCGCAGCGTAGCGCGATGCTGGGCTTATGAGACGGCATT GCTTTTAGACACAGCAGTGGATGACCAAATTCCATTCAATGATTACTGGC AGTATTTCGAACCAGATCACAGACTTCACTTTTCCAAGAACTCCGAGATG GTTGACCAAAATAACCGTGCATACATTGAGCAGCTAAAGGTGAAAGTAAT GGAAAATTTACGCTGCTTGAGTGCCGCACCTTCAGTTCAAATGCAGGAAG TACCGCCAACTTATTTTGTTTCGGAAGATGAAGAGGAGCAGAACCCCGAC GTTCGACCCAGGGTTGATAGACGGCAAGCGGATGGAGAGTTTTACGACGA TGAAAGAGATCACATAATGGATGTCAGCTAG back to top
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