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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
Property Name | Value |
Seed ortholog | 7425.NV16513-PA |
Preferred name | BLM |
PFAMs | BDHCT,BDHCT_assoc,BLM_N,DEAD,HRDC,Helicase_C,RQC,RecQ_Zn_bind |
Max annot lvl | 33208|Metazoa |
KEGG ko | ko:K10901 |
KEGG Pathway | ko03440,ko03460,map03440,map03460 |
KEGG Module | M00295,M00414 |
GOs | GO:0000003,GO:0000018,GO:0000019,GO:0000075,GO:0000077,GO:0000079,GO:0000166,GO:0000217,GO:0000228,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000400,GO:0000403,GO:0000405,GO:0000723,GO:0000724,GO:0000725,GO:0000726,GO:0000729,GO:0000731,GO:0000732,GO:0000733,GO:0000781,GO:0000793,GO:0000794,GO:0000795,GO:0000800,GO:0001325,GO:0001673,GO:0001775,GO:0001932,GO:0002039,GO:0002376,GO:0002520,GO:0002521,GO:0002682,GO:0002684,GO:0002694,GO:0002696,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003678,GO:0003684,GO:0003697,GO:0003824,GO:0004003,GO:0004386,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005657,GO:0005694,GO:0005730,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006275,GO:0006281,GO:0006282,GO:0006302,GO:0006303,GO:0006310,GO:0006355,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006950,GO:0006974,GO:0006996,GO:0007049,GO:0007093,GO:0007095,GO:0007127,GO:0007131,GO:0007275,GO:0007346,GO:0008026,GO:0008094,GO:0008144,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008156,GO:0008270,GO:0008284,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009314,GO:0009378,GO:0009628,GO:0009719,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009987,GO:0010033,GO:0010035,GO:0010165,GO:0010212,GO:0010243,GO:0010389,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010564,GO:0010569,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010941,GO:0010948,GO:0010972,GO:0014070,GO:0016043,GO:0016363,GO:0016462,GO:0016604,GO:0016605,GO:0016787,GO:0016817,GO:0016818,GO:0016887,GO:0017076,GO:0017111,GO:0018130,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019438,GO:0022402,GO:0022407,GO:0022409,GO:0022414,GO:0022607,GO:0030097,GO:0030098,GO:0030154,GO:0030155,GO:0030217,GO:0030554,GO:0031297,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031399,GO:0031570,GO:0031572,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032200,GO:0032268,GO:0032356,GO:0032357,GO:0032392,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032508,GO:0032553,GO:0032555,GO:0032559,GO:0032944,GO:0032946,GO:0033554,GO:0034399,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0035639,GO:0035690,GO:0035825,GO:0036094,GO:0036310,GO:0042102,GO:0042110,GO:0042127,GO:0042129,GO:0042162,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042493,GO:0042592,GO:0042623,GO:0042802,GO:0042803,GO:0042981,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043073,GO:0043138,GO:0043140,GO:0043167,GO:0043168,GO:0043169,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043279,GO:0043549,GO:0043565,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044271,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044451,GO:0044454,GO:0044464,GO:0044773,GO:0044774,GO:0044806,GO:0044818,GO:0045003,GO:0045005,GO:0045120,GO:0045321,GO:0045738,GO:0045739,GO:0045785,GO:0045786,GO:0045859,GO:0045893,GO:0045910,GO:0045911,GO:0045930,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045950,GO:0046483,GO:0046631,GO:0046632,GO:0046634,GO:0046635,GO:0046640,GO:0046641,GO:0046649,GO:0046872,GO:0046914,GO:0046983,GO:0048285,GO:0048478,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048534,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048731,GO:0048856,GO:0048869,GO:0050670,GO:0050671,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050794,GO:0050863,GO:0050865,GO:0050867,GO:0050870,GO:0050896,GO:0051052,GO:0051053,GO:0051054,GO:0051098,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051246,GO:0051249,GO:0051251,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051259,GO:0051260,GO:0051276,GO:0051302,GO:0051321,GO:0051338,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051782,GO:0051880,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060548,GO:0061749,GO:0061820,GO:0061821,GO:0061849,GO:0061982,GO:0062037,GO:0065003,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070035,GO:0070228,GO:0070229,GO:0070232,GO:0070233,GO:0070243,GO:0070244,GO:0070663,GO:0070665,GO:0070887,GO:0071103,GO:0071214,GO:0071241,GO:0071310,GO:0071312,GO:0071407,GO:0071417,GO:0071478,GO:0071479,GO:0071495,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071897,GO:0071900,GO:0072710,GO:0072711,GO:0072757,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090304,GO:0090329,GO:0090656,GO:0090657,GO:0090737,GO:0097159,GO:0097305,GO:0097306,GO:0097327,GO:0097329,GO:0097367,GO:0097617,GO:0098687,GO:0099086,GO:0104004,GO:0140013,GO:0140097,GO:1901265,GO:1901291,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901363,GO:1901563,GO:1901576,GO:1901698,GO:1901699,GO:1901700,GO:1901701,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902680,GO:1902749,GO:1902750,GO:1903037,GO:1903039,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903506,GO:1903508,GO:1904029,GO:1905168,GO:1905773,GO:1990414,GO:1990918,GO:2000104,GO:2000106,GO:2000107,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000779,GO:2000780,GO:2000781,GO:2001020,GO:2001021,GO:2001022,GO:2001141 |
Evalue | 4.86e-13 |
EggNOG OGs | COG0514@1|root,KOG0351@2759|Eukaryota,38DX0@33154|Opisthokonta,3BCRK@33208|Metazoa,3CU2E@33213|Bilateria,41WA0@6656|Arthropoda,3SGI0@50557|Insecta,46DPE@7399|Hymenoptera |
EC | 3.6.4.12 |
Description | RQC |
COG category | A |
BRITE | ko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko03032,ko03400 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
Ggra10896.t1.start1 | Ggra10896.t1.start1 | Gracilaria gracilis GNS1m male | start_codon | tig00000098_pilon 49278..49280 + |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following intron feature(s) are a part of this mRNA:
The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:
Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
Ggra10896.t1.stop1 | Ggra10896.t1.stop1 | Gracilaria gracilis GNS1m male | stop_codon | tig00000098_pilon 52081..52083 + |
Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >Ggra10896.t1 ID=Ggra10896.t1|Name=Ggra10896.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=355bp MFGTLCYTFPDTYRLSLTATLPPSERSSIIALHGKRLALVFPMPTKTVSV LNQEVTDVEYISDVPRSVYDSALASYGQSRSSNMRTNVQVIHYHAGMSQS RRTDVHNQWMGCFSDSDSNKERKSFSIIVMVCTCASGAELDVPNVRLVIH VGGSGSLVDYTQEAGRAGRDGQIGRCLVVCSKAFADNHERLLDLEERDTK TAGSFRKLEDWVQMRQWLENNVLFRKNWLYGAMDEAQPEDTRDSTNLDFR CERWNEAKVLIEEVQKKLSDEDLIVVSATGNTSYVVKGNHDRIRAVDLVK SKLQKEYRNDAPFDLAQLIQEQCVQVEEENRRKEGLVVEGSLLDKSMRLL PPQI* back to topspliced messenger RNA >Ggra10896.t1 ID=Ggra10896.t1|Name=Ggra10896.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=1065bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000098_pilon:49278..52083+ (Gracilaria gracilis GNS1m male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGTTCGGCACGCTCTGTTACACATTCCCCGATACATACCGCCTATCTTT GACTGCGACGCTACCTCCATCTGAAAGGTCAAGTATTATCGCTCTTCATG GTAAGCGCTTAGCGTTAGTGTTTCCCATGCCAACGAAAACAGTTTCAGTT CTAAATCAGGAGGTCACTGACGTCGAATACATTTCTGATGTTCCCCGGAG TGTTTATGATTCTGCTCTTGCGTCCTATGGCCAATCTAGATCGTCCAACA TGAGAACAAACGTGCAAGTCATACACTACCATGCTGGTATGAGCCAATCA AGGAGAACCGATGTGCACAATCAATGGATGGGTTGCTTCAGTGACTCCGA CAGTAACAAGGAACGAAAATCTTTTTCGATCATTGTCATGGTATGCACAT GCGCCTCTGGAGCAGAGCTTGATGTGCCAAACGTAAGACTCGTAATACAC GTCGGAGGTTCCGGATCATTAGTGGATTATACACAAGAGGCGGGTAGAGC AGGAAGAGATGGTCAGATCGGAAGATGTCTGGTCGTATGTTCAAAAGCCT TTGCAGATAATCATGAGAGACTTCTAGACCTCGAAGAAAGAGATACAAAG ACGGCTGGAAGTTTCCGAAAACTAGAAGATTGGGTTCAGATGCGACAGTG GTTGGAGAACAATGTTCTTTTTCGGAAGAACTGGTTATATGGTGCTATGG ATGAAGCTCAGCCAGAGGATACAAGGGACAGTACTAACCTGGATTTTAGA TGCGAAAGGTGGAACGAAGCTAAGGTGCTCATTGAAGAAGTGCAAAAGAA GTTATCAGACGAGGATTTAATCGTTGTTAGTGCTACAGGAAACACGTCTT ACGTCGTTAAAGGAAATCACGACAGGATTCGTGCCGTAGATCTCGTCAAA TCAAAGTTGCAGAAGGAGTACAGAAACGACGCCCCTTTCGATCTTGCACA ACTGATTCAAGAGCAATGCGTTCAAGTTGAGGAAGAGAACCGTAGGAAAG AAGGCTTGGTCGTGGAGGGCAGCTTGTTGGACAAGTCAATGCGTTTGCTT CCACCGCAGATTTAG back to topprotein sequence of Ggra10896.t1 >Ggra10896.t1 ID=Ggra10896.t1|Name=Ggra10896.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=polypeptide|length=355bp
MFGTLCYTFPDTYRLSLTATLPPSERSSIIALHGKRLALVFPMPTKTVSV LNQEVTDVEYISDVPRSVYDSALASYGQSRSSNMRTNVQVIHYHAGMSQS RRTDVHNQWMGCFSDSDSNKERKSFSIIVMVCTCASGAELDVPNVRLVIH VGGSGSLVDYTQEAGRAGRDGQIGRCLVVCSKAFADNHERLLDLEERDTK TAGSFRKLEDWVQMRQWLENNVLFRKNWLYGAMDEAQPEDTRDSTNLDFR CERWNEAKVLIEEVQKKLSDEDLIVVSATGNTSYVVKGNHDRIRAVDLVK SKLQKEYRNDAPFDLAQLIQEQCVQVEEENRRKEGLVVEGSLLDKSMRLL PPQI* back to topmRNA from alignment at tig00000098_pilon:49278..52083+ Legend: polypeptidestart_codonCDSexonintronstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Ggra10896.t1 ID=Ggra10896.t1|Name=Ggra10896.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=mRNA|length=2806bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000098_pilon:49278..52083+ (Gracilaria gracilis GNS1m male) ATGTTCGGCACGCTCTGTTACACATTCCCCGATACATACCGCCTATCTTT
GACTGCGACGCTACCTCCATCTGAAAGGTCAAGTATTATCGCTCTTCATG
GTAAGCGCTTAGCGTTAGTGTTTCCCATGCCAACGGTAAGTAGTAACCTC
GAAATCAAAGTATTTACAGTTTCATTTCTTCAATCTGGAAGGACCAGAGC
CGTATCCGGCGCGTTCAATTCCGTTCGTCACGCCCTTTTGCAGAAAACAG
TTTCAGTTCTAAATCAGGAGGTCACTGGTATATGTCAAAAACTGTTGAGA
TCCCCGCAGCCACAGGAAGATTTTTTTCGGGTTTTGGTTTATGCTATGTG
TTGACAAGACGTCGAATACATTTCTGATGTTCCCCGGAGTGTTTATGATT
CTGCTCTTGCGTCCTATGGCCAATCTAGATCGTCCAACATGAGAACAAAC
GTGCAAGTCATACACTACCATGCTGGTATGAGCCAATCAAGGAGAACCGA
TGTGCACAATCAATGGATGGGTTGCTTCAGTGACTCCGACAGTAACAAGG
AACGAAAATCTTTTTCGATCATTGTCATGGTATGCACATGCGCCTCTGGA
GCAGAGCTTGATGTGCCAAACGTAAGACTCGTAATACACGTCGGAGGTTC
CGGATCATTAGTGGATTATACACAAGAGGCGGGTAGAGCAGGAAGAGATG
GTCAGATCGGAAGATGTCTGGTCGTATGTTCAAAAGCCTTTGCAGATAAT
CATGAGAGACTTCTAGACCTCGAAGAAAGAGATACAAAGACGGCTGGAAG
TTTCCGAAAACTAGAAGATTGGGTTCAGATGCGACAGTGGTTGGAGAACA
ATGTTCTTTTTCGGAAGAACTGGTTATATGGTGCTATGGATGAAGCTCAG
CCAGGTTGCTGCATTTCAACTTCGATTCAGTTAATTGCGATATATGCAAC
CGGTGGTTTACTCCGATATCTGTCATTGATGGCAGGGACATTTCCAAAAG
GTCACCCGCACTGTCTGATAACCCCAAGATATCGTTAGAGAGTGAATTCG
TAACCGAGGAATTTGACATCCCTCAACTTATTAGTACTACAATGGGGGTT
GAAACCCCATTCTCAATCTCAAATTAATCCTTTCTATACCCTTCAATCAC
AACTCACACCCTATACATCTACCTTGAGAGAATATATAGAAACATGTGAG
TCCGCGGTCAAGGAGTTTCGACACGACTGTATGGTGTGCGTTGTGTTGTA
CGGGAGAGTTCAGATGGTTGAGTGCCACTTTTGTCATTGGAAGCAACGGA
GATGTTATCGATGCCACTCGCTGAGTCACAATGTGTCAAACTGTGGAAAA
AGCACCAAGTTCGCGAGAAAACTGTGCTTCAAATTTGGAATGGCATACAT
CGAAGGCCAGAAGGTGCACACTGAAGAGATTGGATACGGTCCTACTTGTA
CATTGGTTTCGCTTTGAGATTTGGGATGGTTTCTGTGGCGAAGAAGCGCA
AACGCTCGAAAGAGTATAGTGTCGGAGCTCTTCGATGACGAGTTTTCCCA
GAAGTTTCATAGCTTGGATGGAAGCTCTGGTGTGTCTGGTAGAGAAATAC
TTTCGCAGCAAGATCTATTGTTTGGAAATTGAATGATAAAGACCTCAGGT
GAAATACCTAATCTCATTGCACTTGGGTCTTGATAGTGTCAGAAACATGC
ACCTCATTTGGAGAGGACTACATAGCCGCGCCACTGATGCCGCCTTTCCT
TCATATCTCATTTCCTGCAACAAATGCGGATTAAACTTTTTTCTCAACGG
GAAGCACCCCATTCTAGAGAGAGAACCCTTTGAATCCTTCTTGACAGCAG
TAGTCTTCTTTTAATAATTAGAAAGTTCGATGTATGCTGGATTACGTGGT
TCTGGATTCCTGGAAGGCAGACACTTGAATCCAGCCGTTTTAGCCACCAC
CCCATCGTCCACACACGTGACACCAAAAAATTGGAATAAACTTTGGATTC
AACGGTTGTCCACAGGCTGGGCCAATTTCGTACACACTTCCTTTACGTGC
TTGATTCAATGATGCCGCCAGTGCGCAGGAAGCACTGCAGTGGCCCTCAC
GTACACGTAGCACTTCATTCCGTGTAGAAGATATATGTAAAACGCAGTAA
GCTTTCTGGACTCTAGGATCACTGATAAATCGAGAAGGCAGTACATGTCT
GGAGCAGACCGTCTCCTTGAAGCCGGTGTTGTGGACAAGCTGTGCTGCTT
GGAGACAATTAAACCCGTTTCGTTTCGCATTAGTTCTCTAAGTGCAGCTC
GACTGTGGTGTATACAGAGGATACAAGGGACAGTACTAACCTGGATTTTA
GATGCGAAAGGTGGAACGAAGCTAAGGTGTAAGTTTTCGAACATTTCGAA
GAAGAAGGAGGTTTTCCACAAATCGCAAGTTCAGAAGCAAACAGAGAAGA
AAGATTGAGTCCCTCCTCCATCGAACTGGGAGCACTACATTGATTGGAGC
TGCCAGGGTTCGATCAGGCTCATTGAAGAAGTGCAAAAGAAGTTATCAGA
CGAGGATTTAATCGTTGTTAGTGCTACAGGAAACACGTCTTACGTCGTTA
AAGGAAATCACGACAGGATTCGTGCCGTAGATCTCGTCAAATCAAAGTTG
CAGAAGGAGTACAGAAACGACGCCCCTTTCGATCTTGCACAACTGATTCA
AGAGCAATGCGTTCAAGTTGAGGAAGAGAACCGTAGGAAAGAAGGCTTGG
TCGTGGAGGGCAGCTTGTTGGACAAGTCAATGCGTTTGCTTCCACCGCAG
ATTTAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at tig00000098_pilon:49278..52083+ >Ggra10896.t1 ID=Ggra10896.t1|Name=Ggra10896.t1|organism=Gracilaria gracilis GNS1m male|type=CDS|length=1065bp|location=Sequence derived from alignment at tig00000098_pilon:49278..52083+ (Gracilaria gracilis GNS1m male) ATGTTCGGCACGCTCTGTTACACATTCCCCGATACATACCGCCTATCTTT GACTGCGACGCTACCTCCATCTGAAAGGTCAAGTATTATCGCTCTTCATG GTAAGCGCTTAGCGTTAGTGTTTCCCATGCCAACGAAAACAGTTTCAGTT CTAAATCAGGAGGTCACTGACGTCGAATACATTTCTGATGTTCCCCGGAG TGTTTATGATTCTGCTCTTGCGTCCTATGGCCAATCTAGATCGTCCAACA TGAGAACAAACGTGCAAGTCATACACTACCATGCTGGTATGAGCCAATCA AGGAGAACCGATGTGCACAATCAATGGATGGGTTGCTTCAGTGACTCCGA CAGTAACAAGGAACGAAAATCTTTTTCGATCATTGTCATGGTATGCACAT GCGCCTCTGGAGCAGAGCTTGATGTGCCAAACGTAAGACTCGTAATACAC GTCGGAGGTTCCGGATCATTAGTGGATTATACACAAGAGGCGGGTAGAGC AGGAAGAGATGGTCAGATCGGAAGATGTCTGGTCGTATGTTCAAAAGCCT TTGCAGATAATCATGAGAGACTTCTAGACCTCGAAGAAAGAGATACAAAG ACGGCTGGAAGTTTCCGAAAACTAGAAGATTGGGTTCAGATGCGACAGTG GTTGGAGAACAATGTTCTTTTTCGGAAGAACTGGTTATATGGTGCTATGG ATGAAGCTCAGCCAGAGGATACAAGGGACAGTACTAACCTGGATTTTAGA TGCGAAAGGTGGAACGAAGCTAAGGTGCTCATTGAAGAAGTGCAAAAGAA GTTATCAGACGAGGATTTAATCGTTGTTAGTGCTACAGGAAACACGTCTT ACGTCGTTAAAGGAAATCACGACAGGATTCGTGCCGTAGATCTCGTCAAA TCAAAGTTGCAGAAGGAGTACAGAAACGACGCCCCTTTCGATCTTGCACA ACTGATTCAAGAGCAATGCGTTCAAGTTGAGGAAGAGAACCGTAGGAAAG AAGGCTTGGTCGTGGAGGGCAGCTTGTTGGACAAGTCAATGCGTTTGCTT CCACCGCAGATTTAG back to top
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