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Alignments
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Analyses
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Properties
| Property Name | Value |
|---|
| Seed ortholog | 130081.XP_005703938.1 |
| Preferred name | SMARCA4 |
| PFAMs | BRK,Bromodomain,HSA,Helicase_C,QLQ,SNF2_N,SnAC |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| KEGG ko | ko:K11647,ko:K11786 |
| KEGG Pathway | ko04714,ko05225,map04714,map05225 |
| GOs | 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| Evalue | 1.57e-298 |
| EggNOG OGs | COG0553@1|root,KOG0386@2759|Eukaryota |
| Description | aortic smooth muscle cell differentiation |
| COG category | KL |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko01000,ko03021,ko03036 |
Relationships
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mRNA sequence >Gchil7305.t1 ID=Gchil7305.t1|Name=Gchil7305.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1479bp
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TKQDVLRNNEQHISENQLHLRVALATAHHQRLYARFCQSHTTTPPSPTPH
LPQLDARLAQQRLEIMHAANAITPAPLEKPCETSNPPKPLNERKSPRRRH
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QEINEIKSYAPEQLQQLLKIEEKQLKLTRLQRSVREKVMYSMKAVLDRRG
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RRQGFMHSLLHHAHQFRTWLSTRQTLKKRLLRDLERYFRDRSREEERRKK
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LVKVVYKGDPATRKSIQLYEMQGGNYNVVLTTYEFVVKDKNVLGRIRWKY
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KLKKCGHRVLIFSQMTAALDFLEYFLQSIGMTYLRLDGTTKADDRQEMLE
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HRIGQTKEVRVYRLICSGSIEEKILKRANRKLQMDAQVIQAGQFNNKSSD
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ELESQYREGSRLLTSESDLPSWVLLPEVEEKHKEHQSDFSLEHGRGRRKR
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AYEAPPSRRRSSARDSADIVSRKQSSEDLTMENGRMNGNSSPGQKDVRVN
GEMSGGAAVREAPKPRRKRGRPRKNARR* back to topspliced messenger RNA >Gchil7305.t1 ID=Gchil7305.t1|Name=Gchil7305.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=4437bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004441_pilon:1004137..1008573+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
atgagcagcccgccgtcgttgcgcgcgcgcgcgccgccaccatcccaacc
gcagccgcagccgcagccgccgccgccgccgTTGGCGGAAGCGCTACGCG
CCGCGCGCGCCGCGCTGGCAGAGCTGTTGGACAACGGCGTCTCTCTGTGC
GACGCGCGTGTCGAGACGCTTGTAACGCTCATCGTGCGCGCCGCGCGCGC
GCAGGCCGCCAGTCCAGCGTCGAATGCGTGTGTGGCGTCGCGCTCAGCGG
CGCATGCCACGCCTGCGTTGCGTCGTCGACTTCGTCGCGTCGCCGCGAAC
GTGCCGCTTAATGACGCTGACCGACGTCCGTGCGCGCTTGCCCCCGTCGC
TCCCGCCCTCCCGCCCGATGATCGCTTCTCCTTCCAGCATGCTAACCAGC
TCACCGTTGTTGCCGCCGCCGCCGCCCTGTACCGCTTTGGCGCGCCTCAC
TCGTCTCTTTCCCCCGCCGCCGCGCCCTCCGCTCCTCCCGCCGTTCCGCC
CTTTTCGCTGTTGCGCGCAGCCCCGTcacccacgcccacaccctcgccca
cacccacgccTGcgtccctgtccccgtcgccgccgtcgccgcccgcctcc
gtcTTCCAGGCTGCGCGCCAGCTGCACGCCGAGTCCTTCTCGCGTCGCCC
GCCCTCCAAGCGCAAGGACTTCTTGTTCAGGTCCGCCTCGCGCACAACCT
CCCCGCGCGCCCCTCATTCGCCGCGCCTGCGTCGCGCGCAGCAGCAAGCT
CCCACCTTCGAAGCCCAAACCTGTGCTGATGTATCTGCCTCACACCTCTT
TCAGCTCAAGGCCCAGCTTGATGCCTTTCGCCGCCTCATTCGCGACGCCG
ACATCCCGGCAGAGGTCCATCTTGCCGCCAGAGCTCGCCCCCCGACCCAA
GTATCACCTGCGTCTGGATACCTCATTGAACGTGGAGTCCCGGACCCGCA
TCACCACACCCTTGTGTCCGATAAACCTTCGTTGCACCCAAATGGTATAT
CTCATTTTGACGTCAGGAAGCTCCCGCGTTTTCCAATCCACCATACCTTC
ACCAAGCAAGACGTCTTGCGCAACAACGAGCAGCATATATCAGAGAACCA
ACTGCACCTTCGCGTCGCGCTTGCTACCGCACATCATCAGCGTCTGTACG
CACGATTTTGTCAGTCGCACACcaccacacccccctcacccacaccacac
cTTCCGCAACTAGATGCACGACTCGCTCAGCAACGCCTTGAAATCATGCA
CGCCGCCAACGCCATCACACCCGCCCCGCTCGAAAAGCCCTGCGAAACTT
CCAACCCGCCCAAACCTCTGAACGAGCGCAAAAGCCCCCGTCGAAGGCAC
CGCGCCCTTCCGTCCATTCACCCGTCTGTTGTGCGCAATGCCGCCGCAGT
TCCAATCTGTGTTGTCTCAAAAGGCCGCCATCGTCCCTCCTACCCCCAAC
TTCTCAAGGAGCGCGAGGAAAGATTGAACCGACGTATGAAGTTCAGACTG
CAGGAAATCAATGAGATCAAGAGTTATGCCCCCGAACAGCTTCAACAACT
GCTCAAAATTGAAGAAAAGCAGCTCAAGCTTACCAGGCTCCAACGATCCG
TTCGCGAAAAGGTAATGTACTCAATGAAGGCCGTGCTGGACCGTCGCGGT
ATTTCGGACCTGCGACCAAGCGCCACCGCGAGGTGGAGAAGGCGCACCGT
GGGCTATGCCTACGGGAACTCAATTCGTCATGGCAGCTATCTCGGCACCC
CTCGTATTGAAGAGAGCTACAGAGTGCAGCAAGCCATGCAGCGAAGAGCC
AGGCGTCAGGGATTCATGCACAGCTTGCTGCACCATGCCCACCAATTTCG
AACGTGGTTGAGCACGCGCCAGACGCTTAAGAAACGTCTGCTCAGGGACC
TCGAGCGCTATTTCCGCGATCGCTCTCGAGAAGAGGAGCGAAGAAAGAAA
AAGGAGCAAATGGACCGCCTTCGCGCTTTGCGAGATAACAACCAGGACGA
GTATCTGGAGCTGCTAAAGACAACCAAAAACCGGAGGCTGATTCAGCTTC
TCAAGCAGACTGACGAGTATCTTATGCAAATCGGTGCCCAGGTGGAGCGA
CAGAAACGAACTGCGAGAGAGGAGGACGAACGAATGGGCGGCACACATCT
GGAGACCGATCGCGACGGAATTCTGGGTTCAGAAGAGCAGGACCCCAATG
CGCCTTTTCCACAAGAGGCCGACGATGAACTTATGCAATTCAGAAAGCGA
AGAAATGACTACTACACAATCTCTCACACTATATCAGAAAAAGTTCGACA
ACCCAACTCCCTTTTGGGTGGAACTTTAAAGCATTATCAGCTAGAAGGTC
TGGAGTGGTTGGTATCTCTCTACAACAACAATCTCAACGGAATTCTCGCC
GATGAAATGGGTTTGGGGAAAACGATTCAAACATTATCATTGATTACGTA
CCTGTGTGAGGTGAAGAAAATGTATGGCCCGTTTTTAATAATCGTTCCCC
TCAGCGTCATCAGCAACTGGGTTCGTGAGATGGACAAGTGGGCACCGTCA
CTCGTCAAGGTTGTGTACAAGGGAGACCCTGCGACTCGAAAGAGTATTCA
GCTTTATGAGATGCAAGGAGGGAATTACAATGTTGTATTGACTACTTATG
AGTTTGTTGTGAAAGATAAAAATGTTCTTGGGCGTATTCGATGGAAATAC
ATCATCATGGATGAAGGACACAGAATGAAAAACGCAGACTGCAAATTGGC
TCTTACGCTTGGCGCAAAGTACACATCTCGGAACCGTCTCTTGCTAACTG
GGACTCCTCTTCAGAACAACATGACAGAACTCTGGGCTCTTTTGAATTTT
CTCCTGCCGACGATATTCTCCAGCGCAGAAACTTTTGAAACATGGTTCAA
TGCCCCTTTTCAAGACTCTTCTTTGGGCGAATCAGCTGAACTTGATGAGG
AAGAAAATCTTCTGATTATTAGCAGATTACATCAAGTGCTCCGACCTTTC
ATGCTTCGGAGACTCAAGACAGATGTCGAGTCTCAGCTTCCAGATAAGGT
CGAACTTGTGTTCAAATGTGACATGTCAATCTGGCAAAAGGTACTCTATC
GCCAGCTGCAGAGACGGCTTGGTGTCTCTGGAGGGGCTGGGAATGTGGGT
ATTCGATCGTTTAACAACATGGTAATGCAGCTTAAAAAAGTTTGCAACCA
TCCATACTTGTTCTATCAAGATGATGAACTCATGTCTCTGCCTTCCGAGT
TTTTGATGCGGGTGTCTGGCAAGTTTGAACTGCTTGATCACTGCCTGCGA
AAACTAAAGAAATGTGGTCATCGTGTTCTCATATTCTCGCAGATGACCGC
GGCGTTAGACTTTCTTGAGTATTTCTTGCAGTCCATTGGTATGACGTATT
TACGACTGGACGGTACGACAAAAGCGGACGATAGACAAGAGATGTTGGAA
ATGTTCAACGCCGAAAACTCTGAATACTTTTGTTTCCTTCTTTCTACTCG
GGCCGGTGGTCTGGGGCTGAACTTACAAACTGCTGACACAGTAATAATTT
TTGATTCCGATTGGAACCCCATGATGGATTTGCAGGCGCAAGACAGAGCC
CATCGAATTGGACAAACAAAAGAAGTGCGCGTTTACCGCCTTATCTGCTC
AGGAAGCATAGAGGAAAAGATCTTAAAACGCGCCAATCGCAAGTTACAGA
TGGATGCGCAGGTCATTCAAGCCGGTCAGTTTAATAACAAGAGTAGCGAC
AACGATCGGCAGGAAATGTTGAAAGATCTCTTGCGGCAGCAAACTGGTGA
CGATATATCGAGGAAGGAGGATGTGACATCATTAAGCGAAATAAATCGCA
AGCTTGCGCGCTCCGATGAAGAATTAGAAGTGTTTGAGGAAATTGATACA
GAGCTTGAGTCTCAATATAGAGAAGGGTCGCGACTATTAACGAGTGAGAG
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AAGGAAATTACCTATGATGATAATCTAACGGAGCGTGAGTGGGCGATAGC
GATGGAAGAAGAGGGTGATGTCGCTGAAGCTGTTAGAAGAAAACGAAGGC
GGTTGACCAATAACTCCCGTAGAACTCCTGAACTCTCAAACGGAGACAGT
GCATACGAGGCTCCCCCTTCAAGAAGACGGAGTTCTGCTAGAGATTCCGC
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GGAGAAATGTCTGGTGGGGCTGCTGTTCGTGAAGCTCCCAAGCCCCGAAG
AAAACGAGGGCGACCAAGGAAGAATGCCCGACGATGA back to topprotein sequence of Gchil7305.t1 >Gchil7305.t1 ID=Gchil7305.t1|Name=Gchil7305.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=1479bp
MSSPPSLRARAPPPSQPQPQPQPPPPPLAEALRAARAALAELLDNGVSLC
DARVETLVTLIVRAARAQAASPASNACVASRSAAHATPALRRRLRRVAAN
VPLNDADRRPCALAPVAPALPPDDRFSFQHANQLTVVAAAAALYRFGAPH
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PTFEAQTCADVSASHLFQLKAQLDAFRRLIRDADIPAEVHLAARARPPTQ
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TKQDVLRNNEQHISENQLHLRVALATAHHQRLYARFCQSHTTTPPSPTPH
LPQLDARLAQQRLEIMHAANAITPAPLEKPCETSNPPKPLNERKSPRRRH
RALPSIHPSVVRNAAAVPICVVSKGRHRPSYPQLLKEREERLNRRMKFRL
QEINEIKSYAPEQLQQLLKIEEKQLKLTRLQRSVREKVMYSMKAVLDRRG
ISDLRPSATARWRRRTVGYAYGNSIRHGSYLGTPRIEESYRVQQAMQRRA
RRQGFMHSLLHHAHQFRTWLSTRQTLKKRLLRDLERYFRDRSREEERRKK
KEQMDRLRALRDNNQDEYLELLKTTKNRRLIQLLKQTDEYLMQIGAQVER
QKRTAREEDERMGGTHLETDRDGILGSEEQDPNAPFPQEADDELMQFRKR
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GEMSGGAAVREAPKPRRKRGRPRKNARR* back to topmRNA from alignment at tig00004441_pilon:1004137..1008573+ Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Gchil7305.t1 ID=Gchil7305.t1|Name=Gchil7305.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=4437bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004441_pilon:1004137..1008573+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
atgagcagcccgccgtcgttgcgcgcgcgcgcgccgccaccatcccaacc
gcagccgcagccgcagccgccgccgccgccgTTGGCGGAAGCGCTACGCG
CCGCGCGCGCCGCGCTGGCAGAGCTGTTGGACAACGGCGTCTCTCTGTGC
GACGCGCGTGTCGAGACGCTTGTAACGCTCATCGTGCGCGCCGCGCGCGC
GCAGGCCGCCAGTCCAGCGTCGAATGCGTGTGTGGCGTCGCGCTCAGCGG
CGCATGCCACGCCTGCGTTGCGTCGTCGACTTCGTCGCGTCGCCGCGAAC
GTGCCGCTTAATGACGCTGACCGACGTCCGTGCGCGCTTGCCCCCGTCGC
TCCCGCCCTCCCGCCCGATGATCGCTTCTCCTTCCAGCATGCTAACCAGC
TCACCGTTGTTGCCGCCGCCGCCGCCCTGTACCGCTTTGGCGCGCCTCAC
TCGTCTCTTTCCCCCGCCGCCGCGCCCTCCGCTCCTCCCGCCGTTCCGCC
CTTTTCGCTGTTGCGCGCAGCCCCGTcacccacgcccacaccctcgccca
cacccacgccTGcgtccctgtccccgtcgccgccgtcgccgcccgcctcc
gtcTTCCAGGCTGCGCGCCAGCTGCACGCCGAGTCCTTCTCGCGTCGCCC
GCCCTCCAAGCGCAAGGACTTCTTGTTCAGGTCCGCCTCGCGCACAACCT
CCCCGCGCGCCCCTCATTCGCCGCGCCTGCGTCGCGCGCAGCAGCAAGCT
CCCACCTTCGAAGCCCAAACCTGTGCTGATGTATCTGCCTCACACCTCTT
TCAGCTCAAGGCCCAGCTTGATGCCTTTCGCCGCCTCATTCGCGACGCCG
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TCACCACACCCTTGTGTCCGATAAACCTTCGTTGCACCCAAATGGTATAT
CTCATTTTGACGTCAGGAAGCTCCCGCGTTTTCCAATCCACCATACCTTC
ACCAAGCAAGACGTCTTGCGCAACAACGAGCAGCATATATCAGAGAACCA
ACTGCACCTTCGCGTCGCGCTTGCTACCGCACATCATCAGCGTCTGTACG
CACGATTTTGTCAGTCGCACACcaccacacccccctcacccacaccacac
cTTCCGCAACTAGATGCACGACTCGCTCAGCAACGCCTTGAAATCATGCA
CGCCGCCAACGCCATCACACCCGCCCCGCTCGAAAAGCCCTGCGAAACTT
CCAACCCGCCCAAACCTCTGAACGAGCGCAAAAGCCCCCGTCGAAGGCAC
CGCGCCCTTCCGTCCATTCACCCGTCTGTTGTGCGCAATGCCGCCGCAGT
TCCAATCTGTGTTGTCTCAAAAGGCCGCCATCGTCCCTCCTACCCCCAAC
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CAGGAAATCAATGAGATCAAGAGTTATGCCCCCGAACAGCTTCAACAACT
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TTCGCGAAAAGGTAATGTACTCAATGAAGGCCGTGCTGGACCGTCGCGGT
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CTCGTATTGAAGAGAGCTACAGAGTGCAGCAAGCCATGCAGCGAAGAGCC
AGGCGTCAGGGATTCATGCACAGCTTGCTGCACCATGCCCACCAATTTCG
AACGTGGTTGAGCACGCGCCAGACGCTTAAGAAACGTCTGCTCAGGGACC
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AAGGAGCAAATGGACCGCCTTCGCGCTTTGCGAGATAACAACCAGGACGA
GTATCTGGAGCTGCTAAAGACAACCAAAAACCGGAGGCTGATTCAGCTTC
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GGAGACCGATCGCGACGGAATTCTGGGTTCAGAAGAGCAGGACCCCAATG
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AGAAATGACTACTACACAATCTCTCACACTATATCAGAAAAAGTTCGACA
ACCCAACTCCCTTTTGGGTGGAACTTTAAAGCATTATCAGCTAGAAGGTC
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GATGAAATGGGTTTGGGGAAAACGATTCAAACATTATCATTGATTACGTA
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TCAGCGTCATCAGCAACTGGGTTCGTGAGATGGACAAGTGGGCACCGTCA
CTCGTCAAGGTTGTGTACAAGGGAGACCCTGCGACTCGAAAGAGTATTCA
GCTTTATGAGATGCAAGGAGGGAATTACAATGTTGTATTGACTACTTATG
AGTTTGTTGTGAAAGATAAAAATGTTCTTGGGCGTATTCGATGGAAATAC
ATCATCATGGATGAAGGACACAGAATGAAAAACGCAGACTGCAAATTGGC
TCTTACGCTTGGCGCAAAGTACACATCTCGGAACCGTCTCTTGCTAACTG
GGACTCCTCTTCAGAACAACATGACAGAACTCTGGGCTCTTTTGAATTTT
CTCCTGCCGACGATATTCTCCAGCGCAGAAACTTTTGAAACATGGTTCAA
TGCCCCTTTTCAAGACTCTTCTTTGGGCGAATCAGCTGAACTTGATGAGG
AAGAAAATCTTCTGATTATTAGCAGATTACATCAAGTGCTCCGACCTTTC
ATGCTTCGGAGACTCAAGACAGATGTCGAGTCTCAGCTTCCAGATAAGGT
CGAACTTGTGTTCAAATGTGACATGTCAATCTGGCAAAAGGTACTCTATC
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TCCATACTTGTTCTATCAAGATGATGAACTCATGTCTCTGCCTTCCGAGT
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TACGACTGGACGGTACGACAAAAGCGGACGATAGACAAGAGATGTTGGAA
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AGGAAGCATAGAGGAAAAGATCTTAAAACGCGCCAATCGCAAGTTACAGA
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CGATATATCGAGGAAGGAGGATGTGACATCATTAAGCGAAATAAATCGCA
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AAGGAAATTACCTATGATGATAATCTAACGGAGCGTGAGTGGGCGATAGC
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GGAGAAATGTCTGGTGGGGCTGCTGTTCGTGAAGCTCCCAAGCCCCGAAG
AAAACGAGGGCGACCAAGGAAGAATGCCCGACGATGA back to topCoding sequence (CDS) from alignment at tig00004441_pilon:1004137..1008573+ >Gchil7305.t1 ID=Gchil7305.t1|Name=Gchil7305.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=4437bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004441_pilon:1004137..1008573+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
atgagcagcccgccgtcgttgcgcgcgcgcgcgccgccaccatcccaacc
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TGCCCCTTTTCAAGACTCTTCTTTGGGCGAATCAGCTGAACTTGATGAGG
AAGAAAATCTTCTGATTATTAGCAGATTACATCAAGTGCTCCGACCTTTC
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AAAACGAGGGCGACCAAGGAAGAATGCCCGACGATGA back to top
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