Gchil8314.t1 (mRNA) Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male

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Overview
NameGchil8314.t1
Unique NameGchil8314.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria chilensis NLEC103_M9 male (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
Sequence length392
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00004384_piloncontigtig00004384_pilon:1490671..1491846 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog136037.KDR14772
Preferred nameSHH
PFAMsHH_signal,Hint
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K06224,ko:K11988,ko:K11989,ko:K11990
KEGG Pathwayko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226
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Evalue3.01e-15
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DescriptionIntercellular signal essential for a variety of patterning events during development. Establishes the anterior- posterior axis of the embryonic segments and patterns the larval imaginal disks. Binds to the patched (ptc) receptor, which functions in association with smoothened (smo), to activate the transcription of target genes wingless (wg), decapentaplegic (dpp) and ptc. In the absence of hh, ptc represses the constitutive signaling activity of smo through fused (fu)
COG categoryT
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Relationships

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The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

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Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil8314.t1.CDS1Gchil8314.t1.CDS1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleCDStig00004384_pilon 1490671..1491846 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil8314.t1.exon1Gchil8314.t1.exon1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00004384_pilon 1490671..1491846 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil8314.t1.start1Gchil8314.t1.start1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestart_codontig00004384_pilon 1491844..1491846 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil8314.t1Gchil8314.t1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malepolypeptidetig00004384_pilon 1490671..1491846 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gchil8314.t1 ID=Gchil8314.t1|Name=Gchil8314.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=392bp
MEPRKGSHRAFTVTSALFILLLVTVANGEKFTMKSLVTDFKLASGRPSAC
PSQVSYEQVSLNKRIMPAASMTADKVQCKGPGGKRLEEGTEILPKGLPLP
SHVSHKDIFFFAGVETAPRVCGPWAFNASSISWFFVNARDTKITDDQLGL
NIHPGFLYLTYSHFTDFCVFQKKLDEPFEYSNKQTEAQEEAHKEKEMNES
SNQKKAVCFPRDATVSTVGGGLVRMKDLNIGARVLTSSNRTYSEVFLFTH
QDESVVAPFVKISTASGRHIVLSGSHYLYLNKNIRAADTAKISDFVTLAS
GVNDHIVNIESVWARGLYHPQTMDGNIIVNGIAATTWTRAVPPSTACSLL
APIRGVYKLLPSPLFSIIRLTVDTLVENVRQLCTSASSLAS*
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spliced messenger RNA

>Gchil8314.t1 ID=Gchil8314.t1|Name=Gchil8314.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1176bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004384_pilon:1490671..1491846- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGAGCCGCGAAAAGGAAGTCATCGCGCCTTTACAGTTACTTCAGCCTT
GTTCATTCTGCTGCTCGTCACGGTAGCAAATGGTGAGAAGTTCACTATGA
AGTCGCTGGTAACGGACTTCAAGCTGGCGTCAGGTCGTCCTTCTGCGTGC
CCCTCGCAAGTGTCATATGAACAGGTTTCTTTGAACAAGCGCATCATGCC
CGCGGCTTCAATGACCGCGGACAAGGTGCAGTGCAAAGGACCCGGTGGAA
AGCGCCTCGAGGAAGGAACGGAAATTCTACCCAAGGGTTTGCCACTGCCG
TCGCATGTGTCTCACAAGGACATCTTCTTCTTTGCTGGCGTGGAAACTGC
GCCTCGAGTCTGCGGACCCTGGGCCTTCAATGCCAGTTCTATCAGTTGGT
TCTTTGTGAACGCCCGGGATACTAAGATTACAGATGACCAGCTTGGTCTT
AACATTCATCCGGGCTTCCTGTACCTCACATACTCCCATTTCACTGACTT
TTGCGTTTTTCAAAAGAAGTTGGACGAGCCTTTTGAATATTCCAACAAGC
AAACGGAAGCACAAGAGGAGGCACACAAAGAGAAAGAAATGAATGAAAGC
AGCAACCAGAAGAAAGCAGTATGTTTCCCACGCGATGCCACCGTCTCAAC
TGTAGGCGGCGGCCTTGTACGCATGAAAGATCTCAACATTGGAGCCAGAG
TACTTACATCCTCTAATCGTACATATTCTGAGGTTTTCTTATTTACGCAC
CAAGATGAATCCGTGGTTGCTCCATTTGTGAAGATTTCAACTGCCTCTGG
GAGACACATTGTACTATCCGGGAGCCATTACCTCTACCTCAACAAGAACA
TTCGAGCCGCGGACACAGCCAAAATCAGTGACTTTGTCACACTGGCGTCT
GGAGTCAATGACCATATCGTGAACATTGAAAGCGTTTGGGCGCGAGGACT
ATACCACCCACAGACAATGGACGGAAACATCATTGTAAATGGGATTGCCG
CGACAACGTGGACTAGAGCCGTACCTCCAAGCACTGCATGTTCTCTCCTT
GCGCCGATTCGAGGAGTTTATAAACTCCTGCCTTCACCCCTTTTCTCGAT
CATAAGACTCACAGTGGACACGTTGGTTGAAAATGTTAGACAATTATGCA
CCTCAGCCAGTTCACTGGCCTCCTAA
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protein sequence of Gchil8314.t1

>Gchil8314.t1 ID=Gchil8314.t1|Name=Gchil8314.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=392bp
MEPRKGSHRAFTVTSALFILLLVTVANGEKFTMKSLVTDFKLASGRPSAC
PSQVSYEQVSLNKRIMPAASMTADKVQCKGPGGKRLEEGTEILPKGLPLP
SHVSHKDIFFFAGVETAPRVCGPWAFNASSISWFFVNARDTKITDDQLGL
NIHPGFLYLTYSHFTDFCVFQKKLDEPFEYSNKQTEAQEEAHKEKEMNES
SNQKKAVCFPRDATVSTVGGGLVRMKDLNIGARVLTSSNRTYSEVFLFTH
QDESVVAPFVKISTASGRHIVLSGSHYLYLNKNIRAADTAKISDFVTLAS
GVNDHIVNIESVWARGLYHPQTMDGNIIVNGIAATTWTRAVPPSTACSLL
APIRGVYKLLPSPLFSIIRLTVDTLVENVRQLCTSASSLAS*
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mRNA from alignment at tig00004384_pilon:1490671..1491846-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gchil8314.t1 ID=Gchil8314.t1|Name=Gchil8314.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1176bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004384_pilon:1490671..1491846- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGAGCCGCGAAAAGGAAGTCATCGCGCCTTTACAGTTACTTCAGCCTT
GTTCATTCTGCTGCTCGTCACGGTAGCAAATGGTGAGAAGTTCACTATGA
AGTCGCTGGTAACGGACTTCAAGCTGGCGTCAGGTCGTCCTTCTGCGTGC
CCCTCGCAAGTGTCATATGAACAGGTTTCTTTGAACAAGCGCATCATGCC
CGCGGCTTCAATGACCGCGGACAAGGTGCAGTGCAAAGGACCCGGTGGAA
AGCGCCTCGAGGAAGGAACGGAAATTCTACCCAAGGGTTTGCCACTGCCG
TCGCATGTGTCTCACAAGGACATCTTCTTCTTTGCTGGCGTGGAAACTGC
GCCTCGAGTCTGCGGACCCTGGGCCTTCAATGCCAGTTCTATCAGTTGGT
TCTTTGTGAACGCCCGGGATACTAAGATTACAGATGACCAGCTTGGTCTT
AACATTCATCCGGGCTTCCTGTACCTCACATACTCCCATTTCACTGACTT
TTGCGTTTTTCAAAAGAAGTTGGACGAGCCTTTTGAATATTCCAACAAGC
AAACGGAAGCACAAGAGGAGGCACACAAAGAGAAAGAAATGAATGAAAGC
AGCAACCAGAAGAAAGCAGTATGTTTCCCACGCGATGCCACCGTCTCAAC
TGTAGGCGGCGGCCTTGTACGCATGAAAGATCTCAACATTGGAGCCAGAG
TACTTACATCCTCTAATCGTACATATTCTGAGGTTTTCTTATTTACGCAC
CAAGATGAATCCGTGGTTGCTCCATTTGTGAAGATTTCAACTGCCTCTGG
GAGACACATTGTACTATCCGGGAGCCATTACCTCTACCTCAACAAGAACA
TTCGAGCCGCGGACACAGCCAAAATCAGTGACTTTGTCACACTGGCGTCT
GGAGTCAATGACCATATCGTGAACATTGAAAGCGTTTGGGCGCGAGGACT
ATACCACCCACAGACAATGGACGGAAACATCATTGTAAATGGGATTGCCG
CGACAACGTGGACTAGAGCCGTACCTCCAAGCACTGCATGTTCTCTCCTT
GCGCCGATTCGAGGAGTTTATAAACTCCTGCCTTCACCCCTTTTCTCGAT
CATAAGACTCACAGTGGACACGTTGGTTGAAAATGTTAGACAATTATGCA
CCTCAGCCAGTTCACTGGCCTCCTAA
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Coding sequence (CDS) from alignment at tig00004384_pilon:1490671..1491846-

>Gchil8314.t1 ID=Gchil8314.t1|Name=Gchil8314.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=1176bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004384_pilon:1490671..1491846- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGAGCCGCGAAAAGGAAGTCATCGCGCCTTTACAGTTACTTCAGCCTT
GTTCATTCTGCTGCTCGTCACGGTAGCAAATGGTGAGAAGTTCACTATGA
AGTCGCTGGTAACGGACTTCAAGCTGGCGTCAGGTCGTCCTTCTGCGTGC
CCCTCGCAAGTGTCATATGAACAGGTTTCTTTGAACAAGCGCATCATGCC
CGCGGCTTCAATGACCGCGGACAAGGTGCAGTGCAAAGGACCCGGTGGAA
AGCGCCTCGAGGAAGGAACGGAAATTCTACCCAAGGGTTTGCCACTGCCG
TCGCATGTGTCTCACAAGGACATCTTCTTCTTTGCTGGCGTGGAAACTGC
GCCTCGAGTCTGCGGACCCTGGGCCTTCAATGCCAGTTCTATCAGTTGGT
TCTTTGTGAACGCCCGGGATACTAAGATTACAGATGACCAGCTTGGTCTT
AACATTCATCCGGGCTTCCTGTACCTCACATACTCCCATTTCACTGACTT
TTGCGTTTTTCAAAAGAAGTTGGACGAGCCTTTTGAATATTCCAACAAGC
AAACGGAAGCACAAGAGGAGGCACACAAAGAGAAAGAAATGAATGAAAGC
AGCAACCAGAAGAAAGCAGTATGTTTCCCACGCGATGCCACCGTCTCAAC
TGTAGGCGGCGGCCTTGTACGCATGAAAGATCTCAACATTGGAGCCAGAG
TACTTACATCCTCTAATCGTACATATTCTGAGGTTTTCTTATTTACGCAC
CAAGATGAATCCGTGGTTGCTCCATTTGTGAAGATTTCAACTGCCTCTGG
GAGACACATTGTACTATCCGGGAGCCATTACCTCTACCTCAACAAGAACA
TTCGAGCCGCGGACACAGCCAAAATCAGTGACTTTGTCACACTGGCGTCT
GGAGTCAATGACCATATCGTGAACATTGAAAGCGTTTGGGCGCGAGGACT
ATACCACCCACAGACAATGGACGGAAACATCATTGTAAATGGGATTGCCG
CGACAACGTGGACTAGAGCCGTACCTCCAAGCACTGCATGTTCTCTCCTT
GCGCCGATTCGAGGAGTTTATAAACTCCTGCCTTCACCCCTTTTCTCGAT
CATAAGACTCACAGTGGACACGTTGGTTGAAAATGTTAGACAATTATGCA
CCTCAGCCAGTTCACTGGCCTCCTAA
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