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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 31033.ENSTRUP00000034503 |
| Preferred name | IHH |
| PFAMs | HH_signal,Hint |
| Max annot lvl | 33208|Metazoa |
| KEGG ko | ko:K06224,ko:K11988,ko:K11989 |
| KEGG Pathway | ko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226 |
| KEGG Module | M00678 |
| GOs | GO:0000003,GO:0000578,GO:0000902,GO:0000904,GO:0001501,GO:0001503,GO:0001525,GO:0001558,GO:0001568,GO:0001569,GO:0001649,GO:0001654,GO:0001664,GO:0001667,GO:0001701,GO:0001708,GO:0001745,GO:0001746,GO:0001751,GO:0001752,GO:0001754,GO:0001763,GO:0001894,GO:0001944,GO:0001947,GO:0002009,GO:0002053,GO:0002062,GO:0002064,GO:0002065,GO:0002066,GO:0002164,GO:0002165,GO:0002168,GO:0002251,GO:0002376,GO:0002385,GO:0002682,GO:0002683,GO:0002684,GO:0002694,GO:0002695,GO:0002696,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003007,GO:0003143,GO:0003382,GO:0003399,GO:0003406,GO:0003407,GO:0003413,GO:0003420,GO:0003674,GO:0005102,GO:0005113,GO:0005119,GO:0005488,GO:0005509,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005886,GO:0006029,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006508,GO:0006807,GO:0006928,GO:0006935,GO:0006955,GO:0007154,GO:0007155,GO:0007162,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007224,GO:0007227,GO:0007228,GO:0007267,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007280,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007346,GO:0007350,GO:0007351,GO:0007365,GO:0007367,GO:0007368,GO:0007386,GO:0007389,GO:0007398,GO:0007399,GO:0007409,GO:0007417,GO:0007418,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007424,GO:0007427,GO:0007440,GO:0007442,GO:0007444,GO:0007446,GO:0007447,GO:0007448,GO:0007449,GO:0007458,GO:0007460,GO:0007472,GO:0007473,GO:0007474,GO:0007476,GO:0007478,GO:0007487,GO:0007498,GO:0007506,GO:0007507,GO:0007548,GO:0007552,GO:0007560,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008285,GO:0008347,GO:0008354,GO:0008406,GO:0008544,GO:0008589,GO:0008595,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009100,GO:0009101,GO:0009605,GO:0009653,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009798,GO:0009799,GO:0009855,GO:0009880,GO:0009886,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009948,GO:0009952,GO:0009954,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009987,GO:0010171,GO:0010464,GO:0010467,GO:0010468,GO:0010469,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010562,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010631,GO:0010632,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010692,GO:0010694,GO:0010712,GO:0010714,GO:0010720,GO:0010721,GO:0010769,GO:0010770,GO:0010921,GO:0010922,GO:0010927,GO:0010941,GO:0012505,GO:0016015,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016335,GO:0016477,GO:0016485,GO:0016540,GO:0017145,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019538,GO:0019953,GO:0021537,GO:0021700,GO:0021952,GO:0021953,GO:0021954,GO:0021955,GO:0021960,GO:0022008,GO:0022407,GO:0022408,GO:0022409,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022603,GO:0022604,GO:0022607,GO:0022610,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0030030,GO:0030031,GO:0030139,GO:0030154,GO:0030155,GO:0030162,GO:0030166,GO:0030182,GO:0030198,GO:0030278,GO:0030308,GO:0030326,GO:0030334,GO:0030545,GO:0030704,GO:0030707,GO:0030713,GO:0030855,GO:0030900,GO:0031012,GO:0031016,GO:0031076,GO:0031175,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031328,GO:0031396,GO:0031397,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031410,GO:0031982,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032330,GO:0032331,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032944,GO:0032945,GO:0032965,GO:0032967,GO:0032989,GO:0032990,GO:0033081,GO:0033083,GO:0033084,GO:0033085,GO:0033087,GO:0033088,GO:0033089,GO:0034645,GO:0035050,GO:0035107,GO:0035108,GO:0035113,GO:0035114,GO:0035120,GO:0035161,GO:0035215,GO:0035217,GO:0035218,GO:0035220,GO:0035221,GO:0035222,GO:0035224,GO:0035231,GO:0035232,GO:0035239,GO:0035264,GO:0035265,GO:0035277,GO:0035282,GO:0035287,GO:0035288,GO:0035289,GO:0035290,GO:0035295,GO:0035303,GO:0035306,GO:0035556,GO:0035803,GO:0035988,GO:0040007,GO:0040008,GO:0040011,GO:0040012,GO:0040036,GO:0042063,GO:0042078,GO:0042127,GO:0042129,GO:0042130,GO:0042221,GO:0042330,GO:0042592,GO:0042706,GO:0042733,GO:0042981,GO:0043009,GO:0043010,GO:0043062,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043085,GO:0043167,GO:0043169,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043473,GO:0043704,GO:0044085,GO:0044093,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044421,GO:0044424,GO:0044444,GO:0044464,GO:0044703,GO:0045137,GO:0045165,GO:0045168,GO:0045453,GO:0045464,GO:0045465,GO:0045580,GO:0045581,GO:0045582,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045597,GO:0045619,GO:0045620,GO:0045621,GO:0045667,GO:0045669,GO:0045743,GO:0045778,GO:0045785,GO:0045861,GO:0045880,GO:0045893,GO:0045926,GO:0045935,GO:0045937,GO:0045944,GO:0046530,GO:0046552,GO:0046620,GO:0046634,GO:0046635,GO:0046636,GO:0046637,GO:0046638,GO:0046639,GO:0046849,GO:0046872,GO:0048018,GO:0048048,GO:0048066,GO:0048070,GO:0048073,GO:0048074,GO:0048086,GO:0048099,GO:0048100,GO:0048103,GO:0048468,GO:0048469,GO:0048477,GO:0048513,GO:0048514,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048546,GO:0048557,GO:0048562,GO:0048563,GO:0048565,GO:0048566,GO:0048568,GO:0048569,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048589,GO:0048592,GO:0048593,GO:0048596,GO:0048598,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048638,GO:0048640,GO:0048645,GO:0048646,GO:0048663,GO:0048665,GO:0048666,GO:0048667,GO:0048699,GO:0048705,GO:0048706,GO:0048707,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048736,GO:0048737,GO:0048745,GO:0048749,GO:0048754,GO:0048771,GO:0048812,GO:0048856,GO:0048858,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048871,GO:0050670,GO:0050672,GO:0050678,GO:0050679,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050863,GO:0050865,GO:0050866,GO:0050867,GO:0050868,GO:0050870,GO:0050896,GO:0050918,GO:0051090,GO:0051091,GO:0051093,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051216,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051248,GO:0051249,GO:0051250,GO:0051251,GO:0051252,GO:0051254,GO:0051270,GO:0051301,GO:0051336,GO:0051345,GO:0051604,GO:0051674,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0055034,GO:0055123,GO:0060041,GO:0060042,GO:0060173,GO:0060219,GO:0060220,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060322,GO:0060323,GO:0060326,GO:0060341,GO:0060348,GO:0060349,GO:0060350,GO:0060351,GO:0060429,GO:0060485,GO:0060537,GO:0060541,GO:0060548,GO:0060562,GO:0060591,GO:0060914,GO:0061035,GO:0061037,GO:0061053,GO:0061138,GO:0061181,GO:0061182,GO:0061371,GO:0061448,GO:0061458,GO:0061525,GO:0061564,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070663,GO:0070664,GO:0070887,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072358,GO:0072359,GO:0072498,GO:0080090,GO:0085029,GO:0090130,GO:0090132,GO:0090136,GO:0090287,GO:0090596,GO:0097065,GO:0097708,GO:0098609,GO:0098772,GO:0120031,GO:0120036,GO:0120039,GO:1901135,GO:1901137,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1902105,GO:1902106,GO:1902107,GO:1902680,GO:1902733,GO:1902738,GO:1903010,GO:1903037,GO:1903038,GO:1903039,GO:1903041,GO:1903042,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903706,GO:1903707,GO:1903708,GO:1903827,GO:1903829,GO:2000008,GO:2000010,GO:2000026,GO:2000027,GO:2000112,GO:2000145,GO:2000274,GO:2001141 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| Evalue | 2.65e-17 |
| EggNOG OGs | KOG3638@1|root,KOG3638@2759|Eukaryota,38EJM@33154|Opisthokonta,3BA86@33208|Metazoa,3CRIQ@33213|Bilateria,47YYB@7711|Chordata,48WJP@7742|Vertebrata,4A5IR@7898|Actinopterygii |
| Description | Intercellular signal essential for a variety of patterning events during development |
| COG category | T |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko00002,ko00536,ko01002 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:
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The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >Gchil6522.t1 ID=Gchil6522.t1|Name=Gchil6522.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=448bp MSIMRLYSSLCVLGMVCQLANSNPHERLATPSDIEANWNLIELSGPDSTA CPTTITHTSWMRLSPSVASLPHNTILVDQVRCDGQDKQPSFRMYLSTKYF KNLSAKDNADPLPGRMKQIIMTTGPNIAARTALLATGEPFLMGYESHQRW CKGTVFFANGTTSYLVRPFAPFRIPNVTTELIPGTKYLLMIPLFKATTCV YSARLRVAVEVPTTILPPETPEPEEETPGPVPPTEDSATDVTDQDENGEA DGVANGSNGDDSGTEDDDNDVCFPASANVSLQDGSVLRISDLQLGDQVLV SRNTYSEVFAFSHRDKHVYTTFHTLQTMSGNAISATKGHFVYADHQLVPI ETIKVGQMLHTISGFSPVTTISTERMTGLYNPQTEHGDIVVNGVIASTYT KSLEPSFAHAALTPLRAFSKISRWDILAALIDSGVKKLPGRSWMRVG* back to topspliced messenger RNA >Gchil6522.t1 ID=Gchil6522.t1|Name=Gchil6522.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1344bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004390_pilon:345765..347108- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGTCTATCATGCGTTTATACTCAAGTTTGTGTGTTTTGGGGATGGTGTG TCAACTGGCAAATTCCAATCCACATGAGAGATTGGCAACTCCTTCTGACA TCGAGGCCAATTGGAATCTTATCGAGCTGTCTGGGCCTGATTCCACTGCC TGTCCGACAACCATCACGCATACCTCGTGGATGAGGCTTTCTCCCAGTGT TGCCTCTCTACCTCACAACACCATTCTAGTCGATCAGGTTCGCTGCGATG GGCAGGATAAACAGCCTAGCTTCCGCATGTATCTCAGCACAAAGTATTTC AAAAACCTTTCCGCCAAAGACAATGCCGATCCGCTACCAGGGCGAATGAA GCAAATCATCATGACAACCGGTCCCAACATCGCCGCAAGAACAGCACTTC TGGCTACTGGCGAACCGTTTCTCATGGGTTACGAATCTCATCAGAGATGG TGCAAAGGTACTGTCTTCTTCGCCAACGGTACAACATCCTATTTAGTTCG CCCATTTGCACCGTTTAGAATTCCAAACGTTACCACCGAACTTATTCCTG GCACTAAGTACTTGCTCATGATTCCTCTTTTCAAAGCCACGACGTGCGTG TACTCCGCTAGGTTGAGAGTTGCAGTTGAAGTGCCTACTACTATTCTACC CCCTGAAACTCCAGAACCGGAAGAAGAAACTCCTGGCCCTGTGCCGCCAA CTGAGGACAGTGCCACCGACGTCACTGATCAAGATGAGAATGGCGAAGCG GATGGAGTTGCAAATGGGTCTAATGGCGATGACTCGGGCACAGAAGACGA TGACAATGATGTATGCTTTCCGGCCTCAGCAAACGTTTCGCTTCAAGATG GTTCTGTGTTAAGAATTTCCGATTTGCAACTTGGGGATCAAGTACTGGTG TCCAGGAACACTTACTCCGAAGTCTTCGCGTTTTCCCATCGTGACAAGCA CGTCTATACAACCTTTCACACACTCCAAACAATGTCTGGAAATGCAATCT CCGCCACGAAGGGGCATTTTGTTTATGCAGACCATCAGCTAGTACCGATT GAAACTATAAAGGTCGGTCAAATGCTTCACACAATCAGCGGCTTCAGCCC TGTGACAACCATTTCGACAGAAAGGATGACAGGTCTCTACAACCCACAAA CAGAGCATGGCGACATTGTGGTGAATGGTGTCATCGCCAGCACATACACA AAATCGCTGGAACCGTCGTTTGCACACGCAGCGTTGACACCCCTTCGCGC CTTTTCCAAGATTAGTCGTTGGGATATTCTCGCTGCTTTGATCGACTCCG GTGTGAAGAAATTGCCCGGACGAAGTTGGATGCGAGTAGGGTAG back to topprotein sequence of Gchil6522.t1 >Gchil6522.t1 ID=Gchil6522.t1|Name=Gchil6522.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=448bp
MSIMRLYSSLCVLGMVCQLANSNPHERLATPSDIEANWNLIELSGPDSTA CPTTITHTSWMRLSPSVASLPHNTILVDQVRCDGQDKQPSFRMYLSTKYF KNLSAKDNADPLPGRMKQIIMTTGPNIAARTALLATGEPFLMGYESHQRW CKGTVFFANGTTSYLVRPFAPFRIPNVTTELIPGTKYLLMIPLFKATTCV YSARLRVAVEVPTTILPPETPEPEEETPGPVPPTEDSATDVTDQDENGEA DGVANGSNGDDSGTEDDDNDVCFPASANVSLQDGSVLRISDLQLGDQVLV SRNTYSEVFAFSHRDKHVYTTFHTLQTMSGNAISATKGHFVYADHQLVPI ETIKVGQMLHTISGFSPVTTISTERMTGLYNPQTEHGDIVVNGVIASTYT KSLEPSFAHAALTPLRAFSKISRWDILAALIDSGVKKLPGRSWMRVG* back to topmRNA from alignment at tig00004390_pilon:345765..347108- Legend: polypeptideCDSexonstart_codonstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Gchil6522.t1 ID=Gchil6522.t1|Name=Gchil6522.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1344bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004390_pilon:345765..347108- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male) ATGTCTATCATGCGTTTATACTCAAGTTTGTGTGTTTTGGGGATGGTGTG
TCAACTGGCAAATTCCAATCCACATGAGAGATTGGCAACTCCTTCTGACA
TCGAGGCCAATTGGAATCTTATCGAGCTGTCTGGGCCTGATTCCACTGCC
TGTCCGACAACCATCACGCATACCTCGTGGATGAGGCTTTCTCCCAGTGT
TGCCTCTCTACCTCACAACACCATTCTAGTCGATCAGGTTCGCTGCGATG
GGCAGGATAAACAGCCTAGCTTCCGCATGTATCTCAGCACAAAGTATTTC
AAAAACCTTTCCGCCAAAGACAATGCCGATCCGCTACCAGGGCGAATGAA
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GCACTAAGTACTTGCTCATGATTCCTCTTTTCAAAGCCACGACGTGCGTG
TACTCCGCTAGGTTGAGAGTTGCAGTTGAAGTGCCTACTACTATTCTACC
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CTGAGGACAGTGCCACCGACGTCACTGATCAAGATGAGAATGGCGAAGCG
GATGGAGTTGCAAATGGGTCTAATGGCGATGACTCGGGCACAGAAGACGA
TGACAATGATGTATGCTTTCCGGCCTCAGCAAACGTTTCGCTTCAAGATG
GTTCTGTGTTAAGAATTTCCGATTTGCAACTTGGGGATCAAGTACTGGTG
TCCAGGAACACTTACTCCGAAGTCTTCGCGTTTTCCCATCGTGACAAGCA
CGTCTATACAACCTTTCACACACTCCAAACAATGTCTGGAAATGCAATCT
CCGCCACGAAGGGGCATTTTGTTTATGCAGACCATCAGCTAGTACCGATT
GAAACTATAAAGGTCGGTCAAATGCTTCACACAATCAGCGGCTTCAGCCC
TGTGACAACCATTTCGACAGAAAGGATGACAGGTCTCTACAACCCACAAA
CAGAGCATGGCGACATTGTGGTGAATGGTGTCATCGCCAGCACATACACA
AAATCGCTGGAACCGTCGTTTGCACACGCAGCGTTGACACCCCTTCGCGC
CTTTTCCAAGATTAGTCGTTGGGATATTCTCGCTGCTTTGATCGACTCCG
GTGTGAAGAAATTGCCCGGACGAAGTTGGATGCGAGTAGGGTAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at tig00004390_pilon:345765..347108- >Gchil6522.t1 ID=Gchil6522.t1|Name=Gchil6522.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=1344bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004390_pilon:345765..347108- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male) ATGTCTATCATGCGTTTATACTCAAGTTTGTGTGTTTTGGGGATGGTGTG TCAACTGGCAAATTCCAATCCACATGAGAGATTGGCAACTCCTTCTGACA TCGAGGCCAATTGGAATCTTATCGAGCTGTCTGGGCCTGATTCCACTGCC TGTCCGACAACCATCACGCATACCTCGTGGATGAGGCTTTCTCCCAGTGT TGCCTCTCTACCTCACAACACCATTCTAGTCGATCAGGTTCGCTGCGATG GGCAGGATAAACAGCCTAGCTTCCGCATGTATCTCAGCACAAAGTATTTC AAAAACCTTTCCGCCAAAGACAATGCCGATCCGCTACCAGGGCGAATGAA GCAAATCATCATGACAACCGGTCCCAACATCGCCGCAAGAACAGCACTTC TGGCTACTGGCGAACCGTTTCTCATGGGTTACGAATCTCATCAGAGATGG TGCAAAGGTACTGTCTTCTTCGCCAACGGTACAACATCCTATTTAGTTCG CCCATTTGCACCGTTTAGAATTCCAAACGTTACCACCGAACTTATTCCTG GCACTAAGTACTTGCTCATGATTCCTCTTTTCAAAGCCACGACGTGCGTG TACTCCGCTAGGTTGAGAGTTGCAGTTGAAGTGCCTACTACTATTCTACC CCCTGAAACTCCAGAACCGGAAGAAGAAACTCCTGGCCCTGTGCCGCCAA CTGAGGACAGTGCCACCGACGTCACTGATCAAGATGAGAATGGCGAAGCG GATGGAGTTGCAAATGGGTCTAATGGCGATGACTCGGGCACAGAAGACGA TGACAATGATGTATGCTTTCCGGCCTCAGCAAACGTTTCGCTTCAAGATG GTTCTGTGTTAAGAATTTCCGATTTGCAACTTGGGGATCAAGTACTGGTG TCCAGGAACACTTACTCCGAAGTCTTCGCGTTTTCCCATCGTGACAAGCA CGTCTATACAACCTTTCACACACTCCAAACAATGTCTGGAAATGCAATCT CCGCCACGAAGGGGCATTTTGTTTATGCAGACCATCAGCTAGTACCGATT GAAACTATAAAGGTCGGTCAAATGCTTCACACAATCAGCGGCTTCAGCCC TGTGACAACCATTTCGACAGAAAGGATGACAGGTCTCTACAACCCACAAA CAGAGCATGGCGACATTGTGGTGAATGGTGTCATCGCCAGCACATACACA AAATCGCTGGAACCGTCGTTTGCACACGCAGCGTTGACACCCCTTCGCGC CTTTTCCAAGATTAGTCGTTGGGATATTCTCGCTGCTTTGATCGACTCCG GTGTGAAGAAATTGCCCGGACGAAGTTGGATGCGAGTAGGGTAG back to top
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