Gchil4275.t1 (mRNA) Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male

You are viewing an mRNA, more information available on the corresponding polypeptide page

Overview
NameGchil4275.t1
Unique NameGchil4275.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria chilensis NLEC103_M9 male (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
Sequence length258
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
tig00004373_piloncontigtig00004373_pilon:1792160..1793286 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005705535.1
Preferred nameBMH1
PFAMs14-3-3
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K06630
KEGG Pathwayko04011,ko04110,ko04114,ko04151,ko04390,ko04391,ko04722,ko05169,ko05203,map04011,map04110,map04114,map04151,map04390,map04391,map04722,map05169,map05203
GOsGO:0000003,GO:0000075,GO:0000076,GO:0000077,GO:0000122,GO:0000271,GO:0000278,GO:0000910,GO:0001085,GO:0001100,GO:0001102,GO:0001402,GO:0001410,GO:0001932,GO:0001933,GO:0002831,GO:0002833,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003688,GO:0003690,GO:0004857,GO:0004860,GO:0004864,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005618,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005819,GO:0005826,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005938,GO:0005975,GO:0005976,GO:0005977,GO:0006022,GO:0006023,GO:0006030,GO:0006031,GO:0006037,GO:0006038,GO:0006040,GO:0006073,GO:0006091,GO:0006109,GO:0006112,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006267,GO:0006270,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006469,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006950,GO:0006974,GO:0007049,GO:0007088,GO:0007093,GO:0007095,GO:0007096,GO:0007124,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007264,GO:0007265,GO:0007346,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009266,GO:0009268,GO:0009272,GO:0009277,GO:0009405,GO:0009408,GO:0009607,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009892,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009986,GO:0009987,GO:0010383,GO:0010389,GO:0010468,GO:0010494,GO:0010515,GO:0010556,GO:0010558,GO:0010563,GO:0010564,GO:0010570,GO:0010605,GO:0010629,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010921,GO:0010923,GO:0010941,GO:0010948,GO:0010965,GO:0010972,GO:0010973,GO:0015629,GO:0015630,GO:0015980,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016049,GO:0016051,GO:0017144,GO:0019207,GO:0019208,GO:0019210,GO:0019212,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019887,GO:0019888,GO:0019953,GO:0019954,GO:0022402,GO:0022413,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0030071,GO:0030154,GO:0030234,GO:0030312,GO:0030435,GO:0030436,GO:0030437,GO:0030445,GO:0030447,GO:0030863,GO:0030864,GO:0031029,GO:0031031,GO:0031135,GO:0031137,GO:0031138,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031410,GO:0031570,GO:0031572,GO:0031577,GO:0031578,GO:0031982,GO:0031991,GO:0032153,GO:0032155,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032386,GO:0032387,GO:0032465,GO:0032467,GO:0032502,GO:0032505,GO:0032506,GO:0032507,GO:0032515,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032954,GO:0032955,GO:0032956,GO:0032970,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033046,GO:0033047,GO:0033048,GO:0033157,GO:0033260,GO:0033314,GO:0033365,GO:0033554,GO:0033613,GO:0033673,GO:0033692,GO:0034221,GO:0034293,GO:0034504,GO:0034605,GO:0034613,GO:0034622,GO:0034637,GO:0034641,GO:0034645,GO:0035303,GO:0035304,GO:0035305,GO:0035308,GO:0035556,GO:0035770,GO:0036168,GO:0036176,GO:0036177,GO:0036178,GO:0036180,GO:0036244,GO:0036388,GO:0036464,GO:0040007,GO:0040008,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042470,GO:0042546,GO:0042981,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043086,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043433,GO:0043549,GO:0043565,GO:0043666,GO:0043900,GO:0043901,GO:0043933,GO:0043934,GO:0043935,GO:0043936,GO:0044036,GO:0044038,GO:0044042,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044092,GO:0044182,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044262,GO:0044264,GO:0044419,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044430,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044448,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044773,GO:0044774,GO:0044786,GO:0044818,GO:0044878,GO:0045185,GO:0045309,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045839,GO:0045841,GO:0045859,GO:0045892,GO:0045927,GO:0045930,GO:0045931,GO:0045934,GO:0045936,GO:0046349,GO:0046483,GO:0046578,GO:0046579,GO:0046822,GO:0046823,GO:0046825,GO:0046826,GO:0046999,GO:0048468,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048646,GO:0048770,GO:0048856,GO:0048869,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050794,GO:0050815,GO:0050896,GO:0051049,GO:0051051,GO:0051056,GO:0051057,GO:0051090,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051219,GO:0051220,GO:0051223,GO:0051224,GO:0051233,GO:0051235,GO:0051246,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051278,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051321,GO:0051336,GO:0051338,GO:0051346,GO:0051348,GO:0051457,GO:0051493,GO:0051641,GO:0051651,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051781,GO:0051783,GO:0051784,GO:0051983,GO:0051985,GO:0055114,GO:0060255,GO:0060341,GO:0060548,GO:0065003,GO:0065004,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070201,GO:0070589,GO:0070592,GO:0070727,GO:0070783,GO:0070841,GO:0070842,GO:0070938,GO:0071174,GO:0071214,GO:0071467,GO:0071554,GO:0071704,GO:0071824,GO:0071840,GO:0071852,GO:0071944,GO:0071966,GO:0072595,GO:0072686,GO:0080090,GO:0090033,GO:0090068,GO:0090087,GO:0090304,GO:0090317,GO:0097159,GO:0097708,GO:0098772,GO:0099568,GO:0104004,GO:0110020,GO:0120106,GO:1900428,GO:1900430,GO:1900440,GO:1900442,GO:1900443,GO:1900445,GO:1900741,GO:1900743,GO:1901071,GO:1901073,GO:1901135,GO:1901137,GO:1901360,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901566,GO:1901576,GO:1901891,GO:1901893,GO:1901987,GO:1901988,GO:1901990,GO:1901991,GO:1902099,GO:1902100,GO:1902299,GO:1902412,GO:1902531,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902749,GO:1902750,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903436,GO:1903438,GO:1903490,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903827,GO:1903828,GO:1904950,GO:1905481,GO:1905482,GO:1905507,GO:1905818,GO:1905819,GO:1990023,GO:1990837,GO:1990904,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000241,GO:2000242,GO:2000816,GO:2001141,GO:2001251
Evalue1.34e-125
EggNOG OGsCOG5040@1|root,KOG0841@2759|Eukaryota
Descriptionprotein domain specific binding
COG categoryT
BRITEko00000,ko00001,ko03400,ko04147
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275Gchil4275Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malegenetig00004373_pilon 1792160..1793286 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1Gchil4275.t1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malepolypeptidetig00004373_pilon 1792160..1793286 -


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1.stop1Gchil4275.t1.stop1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestop_codontig00004373_pilon 1792160..1792162 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1.CDS1Gchil4275.t1.CDS1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleCDStig00004373_pilon 1792160..1792217 -
Gchil4275.t1.CDS2Gchil4275.t1.CDS2Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleCDStig00004373_pilon 1792306..1792951 -
Gchil4275.t1.CDS3Gchil4275.t1.CDS3Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleCDStig00004373_pilon 1793217..1793286 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1.exon1Gchil4275.t1.exon1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00004373_pilon 1792160..1792217 -
Gchil4275.t1.exon2Gchil4275.t1.exon2Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00004373_pilon 1792306..1792951 -
Gchil4275.t1.exon3Gchil4275.t1.exon3Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleexontig00004373_pilon 1793217..1793286 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1.intron1Gchil4275.t1.intron1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleintrontig00004373_pilon 1792218..1792305 -
Gchil4275.t1.intron2Gchil4275.t1.intron2Gracilaria chilensis NLEC103_M9 maleintrontig00004373_pilon 1792952..1793216 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gchil4275.t1.start1Gchil4275.t1.start1Gracilaria chilensis NLEC103_M9 malestart_codontig00004373_pilon 1793284..1793286 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gchil4275.t1 ID=Gchil4275.t1|Name=Gchil4275.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=258bp
MDPATREKHVYIAKLAEQAERYDEMVAEMSKVALQTDSETPELSVEERNL
LSVAYKNVIGSRRASWRIISSIEQKEESMGHEKNASVNQEYRVSIEKELN
QICDDILNLLDKNLIPSAQSGESKVFYYKMKGDYHRYVAEFSGGDARHKS
AQSSLDAYKAATDTAMTDLPPTHPIRLGLALNFSVFYYEILDAPDAACSL
AKQAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDLPEERNDQSQ
PSDELEK*
back to top

spliced messenger RNA

>Gchil4275.t1 ID=Gchil4275.t1|Name=Gchil4275.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=774bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:1792160..1793286- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGACCCCGCAACGCGTGAGAAGCATGTCTACATCGCAAAGCTTGCAGA
GCAGGCTGAACGTTATGACGAGATGGTGGCGGAGATGAGTAAAGTTGCGC
TGCAAACCGATAGCGAGACCCCAGAGCTTAGCGTGGAAGAGAGAAATTTG
TTGTCTGTCGCGTACAAGAATGTCATTGGCTCACGACGTGCCTCCTGGAG
AATCATATCTTCTATCGAGCAAAAGGAAGAATCAATGGGCCATGAAAAGA
ATGCCTCTGTGAATCAGGAATACAGAGTGTCTATTGAAAAGGAGCTCAAT
CAAATTTGTGATGATATCCTAAATTTGCTCGACAAGAATCTCATTCCGTC
TGCACAGTCTGGCGAATCGAAAGTATTTTATTACAAGATGAAGGGTGACT
ATCACCGTTATGTGGCAGAGTTCTCGGGAGGTGATGCTCGTCACAAGTCT
GCCCAGAGTTCTCTTGATGCGTACAAGGCCGCCACGGACACCGCCATGAC
TGATCTTCCACCCACGCATCCGATCCGTCTGGGACTGGCTCTTAACTTCT
CTGTGTTCTATTATGAGATTCTTGATGCGCCAGATGCCGCCTGCAGTCTT
GCCAAGCAAGCTTTTGATGATGCCATAGCCGAGCTGGATACCCTCAATGA
GGATTCGTATAAGGACTCCACACTCATCATGCAACTGTTACGGGACAACC
TCACCCTTTGGACAAGCGACCTTCCGGAGGAACGCAATGACCAATCGCAG
CCGTCTGATGAATTAGAAAAATAA
back to top

protein sequence of Gchil4275.t1

>Gchil4275.t1 ID=Gchil4275.t1|Name=Gchil4275.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=258bp
MDPATREKHVYIAKLAEQAERYDEMVAEMSKVALQTDSETPELSVEERNL
LSVAYKNVIGSRRASWRIISSIEQKEESMGHEKNASVNQEYRVSIEKELN
QICDDILNLLDKNLIPSAQSGESKVFYYKMKGDYHRYVAEFSGGDARHKS
AQSSLDAYKAATDTAMTDLPPTHPIRLGLALNFSVFYYEILDAPDAACSL
AKQAFDDAIAELDTLNEDSYKDSTLIMQLLRDNLTLWTSDLPEERNDQSQ
PSDELEK*
back to top

mRNA from alignment at tig00004373_pilon:1792160..1793286-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gchil4275.t1 ID=Gchil4275.t1|Name=Gchil4275.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1127bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:1792160..1793286- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGACCCCGCAACGCGTGAGAAGCATGTCTACATCGCAAAGCTTGCAGA
GCAGGCTGAACGTTATGACGGTATGTGGTCTGCCCCGCACATCTCTTTCT
CGACTTGATCTACGTGTCTGCCCCGAATCCAATCGAGCGTTCAGGCTTAC
TTCAAAAACTGCTTGGCGCTCGCTGCGTAAAATGCAACGCACCGTCTTTG
ACGCTCACTTCGCATTCAAACCGTGGCATTTTACCTCGTGGTGTTTCTGA
TTCTGACTTTTGTCCTTGTTTTTACTGCGATTGATCCACATCTCTCTTCG
TTTCCCATCATGGTTACCTTATTGGATTTGGGCAGAGATGGTGGCGGAGA
TGAGTAAAGTTGCGCTGCAAACCGATAGCGAGACCCCAGAGCTTAGCGTG
GAAGAGAGAAATTTGTTGTCTGTCGCGTACAAGAATGTCATTGGCTCACG
ACGTGCCTCCTGGAGAATCATATCTTCTATCGAGCAAAAGGAAGAATCAA
TGGGCCATGAAAAGAATGCCTCTGTGAATCAGGAATACAGAGTGTCTATT
GAAAAGGAGCTCAATCAAATTTGTGATGATATCCTAAATTTGCTCGACAA
GAATCTCATTCCGTCTGCACAGTCTGGCGAATCGAAAGTATTTTATTACA
AGATGAAGGGTGACTATCACCGTTATGTGGCAGAGTTCTCGGGAGGTGAT
GCTCGTCACAAGTCTGCCCAGAGTTCTCTTGATGCGTACAAGGCCGCCAC
GGACACCGCCATGACTGATCTTCCACCCACGCATCCGATCCGTCTGGGAC
TGGCTCTTAACTTCTCTGTGTTCTATTATGAGATTCTTGATGCGCCAGAT
GCCGCCTGCAGTCTTGCCAAGCAAGCTTTTGATGATGCCATAGCCGAGCT
GGATACCCTCAATGAGGATTCGTATAAGGACTCCACACTCATCATGCAAC
TGTTACGGGACAACCTCACCCTTTGGACAAGGTGCGTCATCCTCTTTTTT
CATTCGTTTGGCAAATCTTTGTTTCGACTAACCAATTGCTGTTTGTGTCC
TCGTTTTTTCCAACTTCAGCGACCTTCCGGAGGAACGCAATGACCAATCG
CAGCCGTCTGATGAATTAGAAAAATAA
back to top

Coding sequence (CDS) from alignment at tig00004373_pilon:1792160..1793286-

>Gchil4275.t1 ID=Gchil4275.t1|Name=Gchil4275.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=774bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:1792160..1793286- (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)
ATGGACCCCGCAACGCGTGAGAAGCATGTCTACATCGCAAAGCTTGCAGA
GCAGGCTGAACGTTATGACGAGATGGTGGCGGAGATGAGTAAAGTTGCGC
TGCAAACCGATAGCGAGACCCCAGAGCTTAGCGTGGAAGAGAGAAATTTG
TTGTCTGTCGCGTACAAGAATGTCATTGGCTCACGACGTGCCTCCTGGAG
AATCATATCTTCTATCGAGCAAAAGGAAGAATCAATGGGCCATGAAAAGA
ATGCCTCTGTGAATCAGGAATACAGAGTGTCTATTGAAAAGGAGCTCAAT
CAAATTTGTGATGATATCCTAAATTTGCTCGACAAGAATCTCATTCCGTC
TGCACAGTCTGGCGAATCGAAAGTATTTTATTACAAGATGAAGGGTGACT
ATCACCGTTATGTGGCAGAGTTCTCGGGAGGTGATGCTCGTCACAAGTCT
GCCCAGAGTTCTCTTGATGCGTACAAGGCCGCCACGGACACCGCCATGAC
TGATCTTCCACCCACGCATCCGATCCGTCTGGGACTGGCTCTTAACTTCT
CTGTGTTCTATTATGAGATTCTTGATGCGCCAGATGCCGCCTGCAGTCTT
GCCAAGCAAGCTTTTGATGATGCCATAGCCGAGCTGGATACCCTCAATGA
GGATTCGTATAAGGACTCCACACTCATCATGCAACTGTTACGGGACAACC
TCACCCTTTGGACAAGCGACCTTCCGGAGGAACGCAATGACCAATCGCAG
CCGTCTGATGAATTAGAAAAATAA
back to top