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Alignments
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Analyses
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Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 130081.XP_005708205.1 |
| Preferred name | HDAC3 |
| PFAMs | Hist_deacetyl |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| KEGG ko | ko:K06067,ko:K11404,ko:K11483 |
| KEGG Pathway | ko04110,ko04213,ko04330,ko04919,ko05016,ko05034,ko05165,ko05169,ko05200,ko05202,ko05203,ko05220,map04110,map04213,map04330,map04919,map05016,map05034,map05165,map05169,map05200,map05202,map05203,map05220 |
| GOs | 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0180,GO:1900182,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901654,GO:1901700,GO:1901861,GO:1901862,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902692,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903555,GO:1903556,GO:1903827,GO:1903828,GO:1903829,GO:1904035,GO:1904037,GO:1904589,GO:1904591,GO:1904950,GO:1904951,GO:1905207,GO:1905208,GO:1905634,GO:1990619,GO:1990679,GO:2000024,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000241,GO:2000242,GO:2000647,GO:2000674,GO:2000676,GO:2000725,GO:2000726,GO:2001141 |
| Evalue | 4.29e-195 |
| EggNOG OGs | COG0123@1|root,KOG1342@2759|Eukaryota |
| EC | 3.5.1.98 |
| Description | NAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific) |
| COG category | BQ |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko01000,ko03036 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
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Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >Gchil4135.t1 ID=Gchil4135.t1|Name=Gchil4135.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=417bp MDNNMGGFYFGEGHVMEPHRLSMTHNLVLAYGLYRKMEVYRPRRASEQEL KQFHSVEYVNFLSRITPDNRRYFKNELSRFNVGMNTDCPLFDGLFEFCQL YTGGSIDGARKLLSGSSDIVINWPGGLHHAKKSEASGFCYTNDIVLAILE LLKYFPRVLYIDIDLHHGDGVEEAFYVTDRVLTVSFHKYGDNFFPGTGSV WDKGFGNGEYYAVNFPLKDGMDDQSYENAFQPVVRKAIEMFRPSAIVLQC GVDGLANDSLGSFNMTIEGHASCVQFVKGFNIPMLVLGGGGYNMCNVARC WAFETGILLNLIPENNIPYNDYWEYFAPQHKLLFSANKSVKNHNTPSYIG KVTEKIMENLRCLSAAPSVQMQEIPPIFYCSDDEDELDTDQRFLPHGKQA DGEFYDDCNDQGMECH* back to topspliced messenger RNA >Gchil4135.t1 ID=Gchil4135.t1|Name=Gchil4135.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1251bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:933069..934534+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGGATAATAATATGGGAGGCTTCTATTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGA ACCTCATCGCCTAAGTATGACCCATAATCTTGTGTTAGCATATGGACTGT ATCGGAAAATGGAAGTTTATCGGCCAAGACGTGCTTCAGAACAAGAGCTC AAACAGTTTCATTCTGTGGAATACGTGAACTTTCTTTCACGGATAACACC TGATAACCGTCGATATTTTAAAAATGAGCTATCTCGCTTCAATGTAGGAA TGAATACAGATTGTCCATTGTTCGACGGTCTCTTCGAATTCTGTCAACTA TACACCGGTGGAAGCATTGACGGTGCCCGAAAACTTCTTAGCGGCTCATC AGATATCGTCATTAACTGGCCCGGAGGTCTTCACCATGCGAAAAAATCGG AAGCTTCTGGGTTCTGCTATACAAATGACATTGTCCTGGCCATCCTGGAG CTCCTGAAGTACTTTCCACGGGTTCTTTACATTGATATTGATCTCCATCA CGGGGACGGTGTTGAGGAGGCTTTCTACGTCACTGATCGAGTGTTGACTG TTTCCTTTCACAAATATGGGGACAATTTCTTTCCTGGCACTGGCTCAGTC TGGGACAAAGGGTTTGGGAACGGGGAGTACTACGCCGTGAACTTTCCGCT CAAAGACGGAATGGACGATCAAAGTTATGAGAATGCTTTCCAACCTGTTG TTCGCAAAGCAATCGAAATGTTTCGCCCTTCCGCAATTGTTTTGCAGTGC GGGGTGGATGGTTTGGCAAATGATTCGTTGGGATCTTTCAACATGACCAT AGAGGGTCACGCGAGCTGCGTGCAATTTGTGAAAGGGTTCAATATTCCAA TGTTGGTATTGGGTGGCGGAGGTTACAACATGTGCAATGTTGCTCGTTGC TGGGCATTTGAAACCGGTATTCTTCTCAATTTGATTCCGGAGAACAACAT TCCGTACAATGACTATTGGGAATACTTTGCTCCTCAACATAAACTGCTGT TCTCGGCAAACAAATCTGTCAAGAATCACAACACTCCGAGTTATATTGGA AAAGTCACCGAGAAAATCATGGAAAATTTGCGGTGCTTGAGCGCGGCTCC CTCTGTTCAAATGCAAGAAATCCCGCCTATCTTCTACTGCTCAGATGACG AGGACGAGCTTGACACAGATCAGCGGTTCCTACCACACGGAAAGCAAGCA GACGGAGAATTCTACGACGACTGCAATGATCAAGGAATGGAATGCCACTA G back to topprotein sequence of Gchil4135.t1 >Gchil4135.t1 ID=Gchil4135.t1|Name=Gchil4135.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=polypeptide|length=417bp
MDNNMGGFYFGEGHVMEPHRLSMTHNLVLAYGLYRKMEVYRPRRASEQEL KQFHSVEYVNFLSRITPDNRRYFKNELSRFNVGMNTDCPLFDGLFEFCQL YTGGSIDGARKLLSGSSDIVINWPGGLHHAKKSEASGFCYTNDIVLAILE LLKYFPRVLYIDIDLHHGDGVEEAFYVTDRVLTVSFHKYGDNFFPGTGSV WDKGFGNGEYYAVNFPLKDGMDDQSYENAFQPVVRKAIEMFRPSAIVLQC GVDGLANDSLGSFNMTIEGHASCVQFVKGFNIPMLVLGGGGYNMCNVARC WAFETGILLNLIPENNIPYNDYWEYFAPQHKLLFSANKSVKNHNTPSYIG KVTEKIMENLRCLSAAPSVQMQEIPPIFYCSDDEDELDTDQRFLPHGKQA DGEFYDDCNDQGMECH* back to topmRNA from alignment at tig00004373_pilon:933069..934534+ Legend: polypeptidestart_codonCDSexonintronstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Gchil4135.t1 ID=Gchil4135.t1|Name=Gchil4135.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=mRNA|length=1466bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:933069..934534+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male) ATGGATAATAATATGGGAGGCTTCTATTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGA
ACCTCATCGCCTAAGTATGACCCATAATCTTGTGTTAGCATATGGTTCGT
TTTATTCATGTTGGAAATCACAATAGTTCCACGAGTACCACGAGGCTTCC
TTCCTAACATTCAATTCGTTCTCCTTCTCCCCACGTTCCTCTTGCAATAC
AAAGGACTGTATCGGAAAATGGTCCGTGCACATATTTTCTCAAAAATAAA
AAGACGGAATCCGAAACGAAAACAAGACTTGAAGTATTTTGCTAACATCA
CCGTTTATCTAATCCACGTTCTACAGGAAGTTTATCGGCCAAGACGTGCT
TCAGAACAAGAGCTCAAACAGTTTCATTCTGTGGAATACGTGAACTTTCT
TTCACGGATAACACCTGATAACCGTCGATATTTTAAAAATGAGCTATCTC
GCTTCAATGTAGGAATGAATACAGATTGTCCATTGTTCGACGGTCTCTTC
GAATTCTGTCAACTATACACCGGTGGAAGCATTGACGGTGCCCGAAAACT
TCTTAGCGGCTCATCAGATATCGTCATTAACTGGCCCGGAGGTCTTCACC
ATGCGAAAAAATCGGAAGCTTCTGGGTTCTGCTATACAAATGACATTGTC
CTGGCCATCCTGGAGCTCCTGAAGTACTTTCCACGGGTTCTTTACATTGA
TATTGATCTCCATCACGGGGACGGTGTTGAGGAGGCTTTCTACGTCACTG
ATCGAGTGTTGACTGTTTCCTTTCACAAATATGGGGACAATTTCTTTCCT
GGCACTGGCTCAGTCTGGGACAAAGGGTTTGGGAACGGGGAGTACTACGC
CGTGAACTTTCCGCTCAAAGACGGAATGGACGATCAAAGTTATGAGAATG
CTTTCCAACCTGTTGTTCGCAAAGCAATCGAAATGTTTCGCCCTTCCGCA
ATTGTTTTGCAGTGCGGGGTGGATGGTTTGGCAAATGATTCGTTGGGATC
TTTCAACATGACCATAGAGGGTCACGCGAGCTGCGTGCAATTTGTGAAAG
GGTTCAATATTCCAATGTTGGTATTGGGTGGCGGAGGTTACAACATGTGC
AATGTTGCTCGTTGCTGGGCATTTGAAACCGGTATTCTTCTCAATTTGAT
TCCGGAGAACAACATTCCGTACAATGACTATTGGGAATACTTTGCTCCTC
AACATAAACTGCTGTTCTCGGCAAACAAATCTGTCAAGAATCACAACACT
CCGAGTTATATTGGAAAAGTCACCGAGAAAATCATGGAAAATTTGCGGTG
CTTGAGCGCGGCTCCCTCTGTTCAAATGCAAGAAATCCCGCCTATCTTCT
ACTGCTCAGATGACGAGGACGAGCTTGACACAGATCAGCGGTTCCTACCA
CACGGAAAGCAAGCAGACGGAGAATTCTACGACGACTGCAATGATCAAGG
AATGGAATGCCACTAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at tig00004373_pilon:933069..934534+ >Gchil4135.t1 ID=Gchil4135.t1|Name=Gchil4135.t1|organism=Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male|type=CDS|length=1251bp|location=Sequence derived from alignment at tig00004373_pilon:933069..934534+ (Gracilaria chilensis NLEC103_M9 male) ATGGATAATAATATGGGAGGCTTCTATTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGA ACCTCATCGCCTAAGTATGACCCATAATCTTGTGTTAGCATATGGACTGT ATCGGAAAATGGAAGTTTATCGGCCAAGACGTGCTTCAGAACAAGAGCTC AAACAGTTTCATTCTGTGGAATACGTGAACTTTCTTTCACGGATAACACC TGATAACCGTCGATATTTTAAAAATGAGCTATCTCGCTTCAATGTAGGAA TGAATACAGATTGTCCATTGTTCGACGGTCTCTTCGAATTCTGTCAACTA TACACCGGTGGAAGCATTGACGGTGCCCGAAAACTTCTTAGCGGCTCATC AGATATCGTCATTAACTGGCCCGGAGGTCTTCACCATGCGAAAAAATCGG AAGCTTCTGGGTTCTGCTATACAAATGACATTGTCCTGGCCATCCTGGAG CTCCTGAAGTACTTTCCACGGGTTCTTTACATTGATATTGATCTCCATCA CGGGGACGGTGTTGAGGAGGCTTTCTACGTCACTGATCGAGTGTTGACTG TTTCCTTTCACAAATATGGGGACAATTTCTTTCCTGGCACTGGCTCAGTC TGGGACAAAGGGTTTGGGAACGGGGAGTACTACGCCGTGAACTTTCCGCT CAAAGACGGAATGGACGATCAAAGTTATGAGAATGCTTTCCAACCTGTTG TTCGCAAAGCAATCGAAATGTTTCGCCCTTCCGCAATTGTTTTGCAGTGC GGGGTGGATGGTTTGGCAAATGATTCGTTGGGATCTTTCAACATGACCAT AGAGGGTCACGCGAGCTGCGTGCAATTTGTGAAAGGGTTCAATATTCCAA TGTTGGTATTGGGTGGCGGAGGTTACAACATGTGCAATGTTGCTCGTTGC TGGGCATTTGAAACCGGTATTCTTCTCAATTTGATTCCGGAGAACAACAT TCCGTACAATGACTATTGGGAATACTTTGCTCCTCAACATAAACTGCTGT TCTCGGCAAACAAATCTGTCAAGAATCACAACACTCCGAGTTATATTGGA AAAGTCACCGAGAAAATCATGGAAAATTTGCGGTGCTTGAGCGCGGCTCC CTCTGTTCAAATGCAAGAAATCCCGCCTATCTTCTACTGCTCAGATGACG AGGACGAGCTTGACACAGATCAGCGGTTCCTACCACACGGAAAGCAAGCA GACGGAGAATTCTACGACGACTGCAATGATCAAGGAATGGAATGCCACTA G back to top
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