Gcaud8475.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

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Overview
NameGcaud8475.t1
Unique NameGcaud8475.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length287
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
NODE_412_length_26355_cov_4.423431contigNODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog5911.EAS06339
Preferred nameCCNE1
PFAMsCyclin_C,Cyclin_N
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K06626,ko:K21777
KEGG Pathwayko04110,ko04114,ko04115,ko04151,ko04218,ko04391,ko04934,ko05161,ko05162,ko05165,ko05200,ko05203,ko05206,ko05215,ko05222,ko05226,map04110,map04114,map04115,map04151,map04218,map04391,map04934,map05161,map05162,map05165,map05200,map05203,map05206,map05215,map05222,map05226
KEGG ModuleM00692
GOsGO:0000003,GO:0000079,GO:0000082,GO:0000083,GO:0000122,GO:0000278,GO:0000280,GO:0000307,GO:0000723,GO:0000785,GO:0001541,GO:0001547,GO:0001654,GO:0001708,GO:0001709,GO:0001745,GO:0001889,GO:0001932,GO:0002009,GO:0002064,GO:0002065,GO:0002066,GO:0002165,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003712,GO:0003713,GO:0003824,GO:0004672,GO:0004674,GO:0004693,GO:0005102,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005813,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005856,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006270,GO:0006275,GO:0006277,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006464,GO:0006468,GO:0006725,GO:0006793,GO:0006796,GO:0006807,GO:0006996,GO:0007049,GO:0007050,GO:0007059,GO:0007088,GO:0007096,GO:0007127,GO:0007129,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007267,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007277,GO:0007281,GO:0007292,GO:0007304,GO:0007306,GO:0007307,GO:0007346,GO:0007399,GO:0007400,GO:0007422,GO:0007423,GO:0007444,GO:0007472,GO:0007476,GO:0007548,GO:0007552,GO:0007560,GO:0007584,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008283,GO:0008284,GO:0008356,GO:0008406,GO:0008585,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009605,GO:0009636,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009755,GO:0009790,GO:0009791,GO:0009792,GO:0009886,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009987,GO:0009991,GO:0010033,GO:0010243,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010608,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010927,GO:0010941,GO:0010942,GO:0014016,GO:0014017,GO:0014070,GO:0014074,GO:0015630,GO:0016043,GO:0016055,GO:0016301,GO:0016310,GO:0016538,GO:0016740,GO:0016772,GO:0016773,GO:0018130,GO:0019207,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019438,GO:0019538,GO:0019827,GO:0019887,GO:0019899,GO:0019900,GO:0019901,GO:0019953,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022602,GO:0022607,GO:0023051,GO:0023052,GO:0023056,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030234,GO:0030518,GO:0030521,GO:0030522,GO:0030703,GO:0030707,GO:0030855,GO:0031099,GO:0031100,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031396,GO:0031397,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031667,GO:0031668,GO:0031669,GO:0031670,GO:0031960,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032200,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032355,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032570,GO:0032870,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032989,GO:0032991,GO:0033043,GO:0033197,GO:0033273,GO:0033993,GO:0034097,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034654,GO:0035019,GO:0035107,GO:0035112,GO:0035114,GO:0035120,GO:0035220,GO:0035239,GO:0035257,GO:0035258,GO:0035262,GO:0035295,GO:0035736,GO:0036211,GO:0040007,GO:0040026,GO:0040028,GO:0040035,GO:0042023,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042325,GO:0042493,GO:0042592,GO:0042698,GO:0042981,GO:0043065,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043086,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043401,GO:0043412,GO:0043549,GO:0044085,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044249,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044271,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044464,GO:0044703,GO:0044719,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044786,GO:0044843,GO:0044877,GO:0045035,GO:0045132,GO:0045137,GO:0045143,GO:0045165,GO:0045471,GO:0045595,GO:0045597,GO:0045786,GO:0045787,GO:0045859,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045930,GO:0045931,GO:0045934,GO:0045935,GO:0046425,GO:0046427,GO:0046483,GO:0046545,GO:0046660,GO:0046677,GO:0048285,GO:0048468,GO:0048477,GO:0048511,GO:0048513,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048545,GO:0048563,GO:0048569,GO:0048580,GO:0048582,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048589,GO:0048592,GO:0048608,GO:0048609,GO:0048646,GO:0048663,GO:0048665,GO:0048699,GO:0048707,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048736,GO:0048737,GO:0048749,GO:0048806,GO:0048815,GO:0048856,GO:0048863,GO:0048865,GO:0048867,GO:0048869,GO:0050681,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051052,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051246,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051321,GO:0051338,GO:0051348,GO:0051384,GO:0051385,GO:0051412,GO:0051427,GO:0051438,GO:0051444,GO:0051445,GO:0051446,GO:0051597,GO:0051704,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051728,GO:0051729,GO:0051782,GO:0051783,GO:0060184,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060341,GO:0060429,GO:0060562,GO:0061008,GO:0061062,GO:0061063,GO:0061458,GO:0061695,GO:0061982,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070192,GO:0070887,GO:0071310,GO:0071383,GO:0071396,GO:0071407,GO:0071495,GO:0071496,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071850,GO:0071897,GO:0071900,GO:0080090,GO:0090066,GO:0090068,GO:0090304,GO:0090596,GO:0097134,GO:0097135,GO:0097305,GO:0097472,GO:0098727,GO:0098772,GO:0098813,GO:0140013,GO:0140096,GO:0140110,GO:0198738,GO:1900087,GO:1901360,GO:1901362,GO:1901564,GO:1901576,GO:1901654,GO:1901698,GO:1901700,GO:1901987,GO:1901989,GO:1901990,GO:1901992,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902533,GO:1902554,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902806,GO:1902808,GO:1902911,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903827,GO:1903829,GO:1904029,GO:1904375,GO:1904666,GO:1904667,GO:1904776,GO:1904779,GO:1904781,GO:1904892,GO:1904894,GO:1905114,GO:1990234,GO:2000026,GO:2000045,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000241,GO:2000243,GO:2001141
Evalue3.15e-08
EggNOG OGsCOG5024@1|root,KOG0655@2759|Eukaryota,3ZDYE@5878|Ciliophora
Descriptiondomain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma
COG categoryD
BRITEko00000,ko00001,ko00002,ko03032,ko03036
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475Gcaud8475Gracilaria caudata M_176_S67 malegeneNODE_412_length_26355_cov_4.423431 20847..21767 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1Gcaud8475.t1Gracilaria caudata M_176_S67 malepolypeptideNODE_412_length_26355_cov_4.423431 20847..21767 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1.start1Gcaud8475.t1.start1Gracilaria caudata M_176_S67 malestart_codonNODE_412_length_26355_cov_4.423431 20847..20849 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1.CDS1Gcaud8475.t1.CDS1Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_412_length_26355_cov_4.423431 20847..21411 +
Gcaud8475.t1.CDS2Gcaud8475.t1.CDS2Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_412_length_26355_cov_4.423431 21472..21767 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1.exon1Gcaud8475.t1.exon1Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_412_length_26355_cov_4.423431 20847..21411 +
Gcaud8475.t1.exon2Gcaud8475.t1.exon2Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_412_length_26355_cov_4.423431 21472..21767 +


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1.intron1Gcaud8475.t1.intron1Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_412_length_26355_cov_4.423431 21412..21471 +


The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud8475.t1.stop1Gcaud8475.t1.stop1Gracilaria caudata M_176_S67 malestop_codonNODE_412_length_26355_cov_4.423431 21765..21767 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gcaud8475.t1 ID=Gcaud8475.t1|Name=Gcaud8475.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=287bp
MDISASPSSLWQLIDQRRIQARNRQARLNRSIVDSKLRQEQLKRWKAQPN
HEAFKSIGGQIGRTMLFSWLFDECSSRNLRHSTTFLAVNYLDRMLSKGCD
SPATAQTTASICIRLAVKMDEVGGDNMHVPLFKHNPAPLHSELYVLNSLD
WQMNVPTIYLFLTMFTEIVWLPTCSRDRAVEYAKHISLYVDSQEFYPSSL
AMVCILLLEQDSLLPLPCKALAFGLVGEGKVNLTEISDAFKRFRHVCFSS
NCEDHDDDHYQRNGTDSSATTAYPDSSSTQTSTGTT*
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spliced messenger RNA

>Gcaud8475.t1 ID=Gcaud8475.t1|Name=Gcaud8475.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=861bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGATATCAGTGCGTCTCCATCAAGCTTGTGGCAGCTCATCGACCAGCG
TCGCATCCAAGCCCGCAACAGGCAAGCCCGTCTAAACCGGTCTATAGTAG
ATTCCAAACTGCGTCAGGAGCAATTGAAGCGCTGGAAGGCCCAACCGAAT
CATGAAGCTTTCAAGTCAATAGGCGGCCAGATAGGACGCACTATGCTCTT
TTCCTGGTTGTTCGATGAATGCAGCTCGCGCAATTTGCGACATTCAACCA
CTTTTCTTGCCGTCAACTATCTGGACCGAATGCTCTCAAAAGGCTGCGAT
TCTCCTGCGACTGCGCAAACTACCGCTTCTATATGTATTCGCCTTGCAGT
AAAGATGGATGAAGTAGGAGGAGACAACATGCATGTTCCGTTGTTCAAGC
ACAATCCTGCACCACTGCATTCCGAGTTGTATGTCTTGAACTCATTGGAC
TGGCAGATGAACGTTCCAACCATCTACTTGTTCTTAACTATGTTTACCGA
AATAGTTTGGTTACCGACGTGTTCACGAGATAGAGCAGTGGAATATGCAA
AGCACATATCACTCTATGTAGATTCCCAAGAGTTTTACCCATCGTCTCTC
GCAATGGTGTGCATTCTCTTGCTCGAACAGGACAGTCTATTGCCTCTTCC
TTGTAAGGCGCTTGCTTTCGGCCTTGTAGGCGAGGGAAAGGTAAATTTGA
CGGAGATATCTGATGCTTTCAAGAGGTTTCGGCACGTATGTTTCTCTTCC
AATTGTGAAGACCATGACGATGACCATTATCAACGAAATGGAACGGATAG
TTCAGCTACCACAGCTTATCCAGATTCAAGCTCAACGCAAACTTCTACGG
GTACAACCTGA
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protein sequence of Gcaud8475.t1

>Gcaud8475.t1 ID=Gcaud8475.t1|Name=Gcaud8475.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=287bp
MDISASPSSLWQLIDQRRIQARNRQARLNRSIVDSKLRQEQLKRWKAQPN
HEAFKSIGGQIGRTMLFSWLFDECSSRNLRHSTTFLAVNYLDRMLSKGCD
SPATAQTTASICIRLAVKMDEVGGDNMHVPLFKHNPAPLHSELYVLNSLD
WQMNVPTIYLFLTMFTEIVWLPTCSRDRAVEYAKHISLYVDSQEFYPSSL
AMVCILLLEQDSLLPLPCKALAFGLVGEGKVNLTEISDAFKRFRHVCFSS
NCEDHDDDHYQRNGTDSSATTAYPDSSSTQTSTGTT*
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mRNA from alignment at NODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767+

Legend: polypeptidestart_codonCDSexonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gcaud8475.t1 ID=Gcaud8475.t1|Name=Gcaud8475.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=921bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGATATCAGTGCGTCTCCATCAAGCTTGTGGCAGCTCATCGACCAGCG
TCGCATCCAAGCCCGCAACAGGCAAGCCCGTCTAAACCGGTCTATAGTAG
ATTCCAAACTGCGTCAGGAGCAATTGAAGCGCTGGAAGGCCCAACCGAAT
CATGAAGCTTTCAAGTCAATAGGCGGCCAGATAGGACGCACTATGCTCTT
TTCCTGGTTGTTCGATGAATGCAGCTCGCGCAATTTGCGACATTCAACCA
CTTTTCTTGCCGTCAACTATCTGGACCGAATGCTCTCAAAAGGCTGCGAT
TCTCCTGCGACTGCGCAAACTACCGCTTCTATATGTATTCGCCTTGCAGT
AAAGATGGATGAAGTAGGAGGAGACAACATGCATGTTCCGTTGTTCAAGC
ACAATCCTGCACCACTGCATTCCGAGTTGTATGTCTTGAACTCATTGGAC
TGGCAGATGAACGTTCCAACCATCTACTTGTTCTTAACTATGTTTACCGA
AATAGTTTGGTTACCGACGTGTTCACGAGATAGAGCAGTGGAATATGCAA
AGCACATATCACTCTGTGAGTTTTTCCTCCACAAGTATCGGTAATATTAT
GAATGATTTCTGACTCACAACGCAGATGTAGATTCCCAAGAGTTTTACCC
ATCGTCTCTCGCAATGGTGTGCATTCTCTTGCTCGAACAGGACAGTCTAT
TGCCTCTTCCTTGTAAGGCGCTTGCTTTCGGCCTTGTAGGCGAGGGAAAG
GTAAATTTGACGGAGATATCTGATGCTTTCAAGAGGTTTCGGCACGTATG
TTTCTCTTCCAATTGTGAAGACCATGACGATGACCATTATCAACGAAATG
GAACGGATAGTTCAGCTACCACAGCTTATCCAGATTCAAGCTCAACGCAA
ACTTCTACGGGTACAACCTGA
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Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767+

>Gcaud8475.t1 ID=Gcaud8475.t1|Name=Gcaud8475.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=861bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_412_length_26355_cov_4.423431:20847..21767+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGATATCAGTGCGTCTCCATCAAGCTTGTGGCAGCTCATCGACCAGCG
TCGCATCCAAGCCCGCAACAGGCAAGCCCGTCTAAACCGGTCTATAGTAG
ATTCCAAACTGCGTCAGGAGCAATTGAAGCGCTGGAAGGCCCAACCGAAT
CATGAAGCTTTCAAGTCAATAGGCGGCCAGATAGGACGCACTATGCTCTT
TTCCTGGTTGTTCGATGAATGCAGCTCGCGCAATTTGCGACATTCAACCA
CTTTTCTTGCCGTCAACTATCTGGACCGAATGCTCTCAAAAGGCTGCGAT
TCTCCTGCGACTGCGCAAACTACCGCTTCTATATGTATTCGCCTTGCAGT
AAAGATGGATGAAGTAGGAGGAGACAACATGCATGTTCCGTTGTTCAAGC
ACAATCCTGCACCACTGCATTCCGAGTTGTATGTCTTGAACTCATTGGAC
TGGCAGATGAACGTTCCAACCATCTACTTGTTCTTAACTATGTTTACCGA
AATAGTTTGGTTACCGACGTGTTCACGAGATAGAGCAGTGGAATATGCAA
AGCACATATCACTCTATGTAGATTCCCAAGAGTTTTACCCATCGTCTCTC
GCAATGGTGTGCATTCTCTTGCTCGAACAGGACAGTCTATTGCCTCTTCC
TTGTAAGGCGCTTGCTTTCGGCCTTGTAGGCGAGGGAAAGGTAAATTTGA
CGGAGATATCTGATGCTTTCAAGAGGTTTCGGCACGTATGTTTCTCTTCC
AATTGTGAAGACCATGACGATGACCATTATCAACGAAATGGAACGGATAG
TTCAGCTACCACAGCTTATCCAGATTCAAGCTCAACGCAAACTTCTACGG
GTACAACCTGA
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