Gcaud7982.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

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Overview
NameGcaud7982.t1
Unique NameGcaud7982.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length335
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
NODE_3383_length_3539_cov_5.778422contigNODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog130081.XP_005708205.1
Preferred nameHDAC3
PFAMsHist_deacetyl
Max annot lvl2759|Eukaryota
KEGG koko:K06067,ko:K11404,ko:K11483
KEGG Pathwayko04110,ko04213,ko04330,ko04919,ko05016,ko05034,ko05165,ko05169,ko05200,ko05202,ko05203,ko05220,map04110,map04213,map04330,map04919,map05016,map05034,map05165,map05169,map05200,map05202,map05203,map05220
GOsGO:0000003,GO:0000118,GO:0000122,GO:0000226,GO:0000228,GO:0000785,GO:0000790,GO:0000819,GO:0001525,GO:0001558,GO:0001568,GO:0001817,GO:0001818,GO:0001889,GO:0001932,GO:0001933,GO:0001934,GO:0001944,GO:0003002,GO:0003006,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003682,GO:0003712,GO:0003714,GO:0003824,GO:0004407,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005794,GO:0005819,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005874,GO:0005876,GO:0005886,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006323,GO:0006325,GO:0006333,GO:0006338,GO:0006342,GO:0006355,GO:0006357,GO:0006464,GO:0006476,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006950,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007049,GO:0007051,GO:0007059,GO:0007062,GO:0007063,GO:0007154,GO:0007275,GO:0007346,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007406,GO:0007548,GO:0007623,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008285,GO:0009410,GO:0009605,GO:0009612,GO:0009628,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009888,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009891,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009953,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009968,GO:0009987,GO:0009991,GO:0010029,GO:0010033,GO:0010187,GO:0010468,GO:0010556,GO:0010557,GO:0010558,GO:0010562,GO:0010563,GO:0010564,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010628,GO:0010629,GO:0010639,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010648,GO:0010721,GO:0010941,GO:0010942,GO:0010948,GO:0012505,GO:0014070,GO:0015630,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016202,GO:0016458,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016575,GO:0016787,GO:0016810,GO:0016811,GO:0017053,GO:0017136,GO:0019213,GO:0019216,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019538,GO:0019899,GO:0019904,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022414,GO:0022607,GO:0023051,GO:0023056,GO:0023057,GO:0030154,GO:0030307,GO:0030332,GO:0030544,GO:0031072,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031328,GO:0031396,GO:0031397,GO:0031399,GO:0031400,GO:0031401,GO:0031490,GO:0031497,GO:0031507,GO:0031647,GO:0031667,GO:0031668,GO:0031960,GO:0031974,GO:0031981,GO:0032006,GO:0032008,GO:0032204,GO:0032268,GO:0032269,GO:0032270,GO:0032386,GO:0032387,GO:0032388,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032507,GO:0032652,GO:0032680,GO:0032692,GO:0032720,GO:0032870,GO:0032872,GO:0032873,GO:0032874,GO:0032879,GO:0032880,GO:0032922,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033044,GO:0033045,GO:0033157,GO:0033365,GO:0033554,GO:0033558,GO:0033993,GO:0034399,GO:0034401,GO:0034405,GO:0034504,GO:0034613,GO:0034641,GO:0034728,GO:0034739,GO:0034967,GO:0034979,GO:0035239,GO:0035295,GO:0035601,GO:0036211,GO:0040008,GO:0040014,GO:0040020,GO:0040029,GO:0042127,GO:0042221,GO:0042262,GO:0042306,GO:0042307,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042327,GO:0042493,GO:0042826,GO:0042981,GO:0043065,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043069,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043408,GO:0043409,GO:0043410,GO:0043412,GO:0043433,GO:0043523,GO:0043525,GO:0043565,GO:0043696,GO:0043697,GO:0043933,GO:0044085,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044260,GO:0044267,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044451,GO:0044454,GO:0044464,GO:0045129,GO:0045138,GO:0045185,GO:0045595,GO:0045596,GO:0045786,GO:0045814,GO:0045835,GO:0045843,GO:0045892,GO:0045893,GO:0045927,GO:0045934,GO:0045935,GO:0045936,GO:0045937,GO:0045944,GO:0046328,GO:0046329,GO:0046483,GO:0046661,GO:0046822,GO:0046823,GO:0046824,GO:0046825,GO:0046826,GO:0048511,GO:0048513,GO:0048514,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048545,GO:0048580,GO:0048581,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0048634,GO:0048635,GO:0048638,GO:0048646,GO:0048699,GO:0048731,GO:0048732,GO:0048831,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048880,GO:0048881,GO:0048882,GO:0048915,GO:0048916,GO:0048925,GO:0050767,GO:0050768,GO:0050789,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051020,GO:0051049,GO:0051050,GO:0051051,GO:0051052,GO:0051059,GO:0051090,GO:0051093,GO:0051098,GO:0051101,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051147,GO:0051148,GO:0051153,GO:0051154,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051179,GO:0051222,GO:0051223,GO:0051224,GO:0051225,GO:0051235,GO:0051239,GO:0051241,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051248,GO:0051252,GO:0051253,GO:0051254,GO:0051276,GO:0051384,GO:0051445,GO:0051447,GO:0051457,GO:0051641,GO:0051651,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051783,GO:0051784,GO:0051879,GO:0051960,GO:0051961,GO:0051983,GO:0055024,GO:0055026,GO:0060255,GO:0060284,GO:0060303,GO:0060341,GO:0060548,GO:0061008,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070201,GO:0070210,GO:0070302,GO:0070303,GO:0070304,GO:0070491,GO:0070727,GO:0070828,GO:0070868,GO:0070869,GO:0070887,GO:0070925,GO:0070932,GO:0070933,GO:0071103,GO:0071107,GO:0071214,GO:0071260,GO:0071310,GO:0071374,GO:0071495,GO:0071496,GO:0071498,GO:0071548,GO:0071704,GO:0071824,GO:0071840,GO:0071922,GO:0071944,GO:0072091,GO:0072358,GO:0072359,GO:0072595,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090087,GO:0090304,GO:0090316,GO:0090317,GO:0090598,GO:0097159,GO:0097327,GO:0097549,GO:0098732,GO:0098813,GO:0099080,GO:0099081,GO:0099512,GO:0099513,GO:0104004,GO:0140096,GO:0140110,GO:1900055,GO:1900140,GO:1900180,GO:1900182,GO:1901214,GO:1901216,GO:1901360,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901654,GO:1901700,GO:1901861,GO:1901862,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902533,GO:1902679,GO:1902680,GO:1902692,GO:1903320,GO:1903321,GO:1903506,GO:1903507,GO:1903508,GO:1903555,GO:1903556,GO:1903827,GO:1903828,GO:1903829,GO:1904035,GO:1904037,GO:1904589,GO:1904591,GO:1904950,GO:1904951,GO:1905207,GO:1905208,GO:1905634,GO:1990619,GO:1990679,GO:2000024,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000241,GO:2000242,GO:2000647,GO:2000674,GO:2000676,GO:2000725,GO:2000726,GO:2001141
Evalue5.77e-181
EggNOG OGsCOG0123@1|root,KOG1342@2759|Eukaryota
EC3.5.1.98
DescriptionNAD-dependent histone deacetylase activity (H3-K14 specific)
COG categoryBQ
BRITEko00000,ko00001,ko01000,ko03036
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982Gcaud7982Gracilaria caudata M_176_S67 malegeneNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2312..3539 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982.t1Gcaud7982.t1Gracilaria caudata M_176_S67 malepolypeptideNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2312..3539 +


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982.t1.start1Gcaud7982.t1.start1Gracilaria caudata M_176_S67 malestart_codonNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2312..2314 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982.t1.CDS1Gcaud7982.t1.CDS1Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2312..2429 +
Gcaud7982.t1.CDS2Gcaud7982.t1.CDS2Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2554..2570 +
Gcaud7982.t1.CDS3Gcaud7982.t1.CDS3Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2671..3539 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982.t1.exon1Gcaud7982.t1.exon1Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2312..2429 +
Gcaud7982.t1.exon2Gcaud7982.t1.exon2Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2554..2570 +
Gcaud7982.t1.exon3Gcaud7982.t1.exon3Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2671..3539 +


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud7982.t1.intron1Gcaud7982.t1.intron1Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2430..2553 +
Gcaud7982.t1.intron2Gcaud7982.t1.intron2Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_3383_length_3539_cov_5.778422 2571..2670 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gcaud7982.t1 ID=Gcaud7982.t1|Name=Gcaud7982.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=335bp
MEKRVAYFMDNDMGGFYFGEGHVMEPHRLSMTHNLVLAYGLYRKMQVYRP
RRATEQELRQFHSPEYINFLSRVTPDNRRQFKKQLSLFNVGKNEDCPLFD
GLFEFCQLYTGGSIDGARKLISASSDIVINWPGGLHHAKKSEASGFCYTN
DIVLAILELLKYFPRVLYIDIDLHHGDGVEEAFYVTDRVMTVSFHKYGDN
FFPGTGSVWDKGFGKGEYYAVNFPLKDGMNDQSYENAFRPVVRKVIEMFR
PSAIVLQCGVDGLAKDSLGSFNMTIKGHANCVQFVKQFNIPMLVLGGGGY
NMCNVARCWVYETGILLNAVPDENIPYNDYWEYFA
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spliced messenger RNA

>Gcaud7982.t1 ID=Gcaud7982.t1|Name=Gcaud7982.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1004bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGAGAAGAGAGTCGCTTACTTCATGGATAATGATATGGGAGGCTTCTA
TTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGAACCGCATCGTCTAAGCATGACCCATA
ATCTCGTCTTGGCATATGGACTTTATCGTAAAATGCAAGTTTATCGACCG
CGGCGTGCAACTGAACAAGAGCTGAGACAGTTTCATTCACCTGAATATAT
AAACTTTCTCTCACGTGTAACACCTGACAACCGTCGCCAGTTCAAAAAAC
AGCTCTCCCTCTTCAACGTGGGCAAAAACGAGGACTGCCCCCTGTTCGAC
GGTCTCTTCGAGTTTTGTCAGTTGTACACCGGTGGAAGCATTGACGGCGC
TCGAAAACTTATTAGCGCTTCATCTGATATCGTTATCAATTGGCCTGGCG
GTCTTCATCATGCGAAAAAGTCGGAAGCCTCTGGGTTTTGTTACACTAAT
GACATCGTCTTGGCCATTTTAGAGCTCCTCAAGTACTTTCCTCGAGTACT
GTACATCGATATTGATCTTCATCATGGGGACGGGGTTGAGGAGGCGTTCT
ACGTCACTGATCGGGTTATGACTGTTTCCTTTCACAAATATGGCGACAAT
TTCTTCCCTGGGACGGGCTCAGTTTGGGACAAAGGATTTGGGAAAGGAGA
GTACTACGCAGTGAACTTTCCGCTCAAAGATGGCATGAATGATCAGAGTT
ATGAGAATGCTTTCAGGCCAGTTGTTCGGAAAGTAATTGAAATGTTTCGC
CCCTCAGCAATTGTCTTGCAGTGCGGAGTGGATGGTTTGGCAAAAGATTC
TCTAGGGTCTTTCAATATGACCATCAAAGGACATGCGAACTGCGTGCAGT
TTGTGAAGCAGTTCAATATTCCAATGCTGGTCTTGGGTGGAGGGGGCTAT
AACATGTGTAACGTTGCTCGTTGCTGGGTATACGAAACCGGTATTCTTCT
CAATGCAGTTCCGGATGAAAACATTCCTTACAACGACTATTGGGAGTATT
TCGC
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protein sequence of Gcaud7982.t1

>Gcaud7982.t1 ID=Gcaud7982.t1|Name=Gcaud7982.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=335bp
MEKRVAYFMDNDMGGFYFGEGHVMEPHRLSMTHNLVLAYGLYRKMQVYRP
RRATEQELRQFHSPEYINFLSRVTPDNRRQFKKQLSLFNVGKNEDCPLFD
GLFEFCQLYTGGSIDGARKLISASSDIVINWPGGLHHAKKSEASGFCYTN
DIVLAILELLKYFPRVLYIDIDLHHGDGVEEAFYVTDRVMTVSFHKYGDN
FFPGTGSVWDKGFGKGEYYAVNFPLKDGMNDQSYENAFRPVVRKVIEMFR
PSAIVLQCGVDGLAKDSLGSFNMTIKGHANCVQFVKQFNIPMLVLGGGGY
NMCNVARCWVYETGILLNAVPDENIPYNDYWEYFA
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mRNA from alignment at NODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539+

Legend: polypeptidestart_codonCDSexonintron
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gcaud7982.t1 ID=Gcaud7982.t1|Name=Gcaud7982.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1228bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGAGAAGAGAGTCGCTTACTTCATGGATAATGATATGGGAGGCTTCTA
TTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGAACCGCATCGTCTAAGCATGACCCATA
ATCTCGTCTTGGCATATGGTTCGTTTCATTCATCTTCTTGGCAAAAAAGA
GCAGTCCAAACAATCTCACTCATTGTTCATTCCCTTTGCTGACATTTAAT
GTCTATCCCAACATTTCCATATCTCACTGGAGTACGTGAAAGGACTTTAT
CGTAAAATGGTACGATCTCAATGCCCCATAAACAGCCCCACAGCACCAGC
ACGGACACGACAAAACTTCCTTCTAACTTCTTCGTTTCATATCAATCAAA
CCTCCAAAGCAAGTTTATCGACCGCGGCGTGCAACTGAACAAGAGCTGAG
ACAGTTTCATTCACCTGAATATATAAACTTTCTCTCACGTGTAACACCTG
ACAACCGTCGCCAGTTCAAAAAACAGCTCTCCCTCTTCAACGTGGGCAAA
AACGAGGACTGCCCCCTGTTCGACGGTCTCTTCGAGTTTTGTCAGTTGTA
CACCGGTGGAAGCATTGACGGCGCTCGAAAACTTATTAGCGCTTCATCTG
ATATCGTTATCAATTGGCCTGGCGGTCTTCATCATGCGAAAAAGTCGGAA
GCCTCTGGGTTTTGTTACACTAATGACATCGTCTTGGCCATTTTAGAGCT
CCTCAAGTACTTTCCTCGAGTACTGTACATCGATATTGATCTTCATCATG
GGGACGGGGTTGAGGAGGCGTTCTACGTCACTGATCGGGTTATGACTGTT
TCCTTTCACAAATATGGCGACAATTTCTTCCCTGGGACGGGCTCAGTTTG
GGACAAAGGATTTGGGAAAGGAGAGTACTACGCAGTGAACTTTCCGCTCA
AAGATGGCATGAATGATCAGAGTTATGAGAATGCTTTCAGGCCAGTTGTT
CGGAAAGTAATTGAAATGTTTCGCCCCTCAGCAATTGTCTTGCAGTGCGG
AGTGGATGGTTTGGCAAAAGATTCTCTAGGGTCTTTCAATATGACCATCA
AAGGACATGCGAACTGCGTGCAGTTTGTGAAGCAGTTCAATATTCCAATG
CTGGTCTTGGGTGGAGGGGGCTATAACATGTGTAACGTTGCTCGTTGCTG
GGTATACGAAACCGGTATTCTTCTCAATGCAGTTCCGGATGAAAACATTC
CTTACAACGACTATTGGGAGTATTTCGC
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Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539+

>Gcaud7982.t1 ID=Gcaud7982.t1|Name=Gcaud7982.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=1004bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_3383_length_3539_cov_5.778422:2312..3539+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGAGAAGAGAGTCGCTTACTTCATGGATAATGATATGGGAGGCTTCTA
TTTCGGTGAAGGTCACGTTATGGAACCGCATCGTCTAAGCATGACCCATA
ATCTCGTCTTGGCATATGGACTTTATCGTAAAATGCAAGTTTATCGACCG
CGGCGTGCAACTGAACAAGAGCTGAGACAGTTTCATTCACCTGAATATAT
AAACTTTCTCTCACGTGTAACACCTGACAACCGTCGCCAGTTCAAAAAAC
AGCTCTCCCTCTTCAACGTGGGCAAAAACGAGGACTGCCCCCTGTTCGAC
GGTCTCTTCGAGTTTTGTCAGTTGTACACCGGTGGAAGCATTGACGGCGC
TCGAAAACTTATTAGCGCTTCATCTGATATCGTTATCAATTGGCCTGGCG
GTCTTCATCATGCGAAAAAGTCGGAAGCCTCTGGGTTTTGTTACACTAAT
GACATCGTCTTGGCCATTTTAGAGCTCCTCAAGTACTTTCCTCGAGTACT
GTACATCGATATTGATCTTCATCATGGGGACGGGGTTGAGGAGGCGTTCT
ACGTCACTGATCGGGTTATGACTGTTTCCTTTCACAAATATGGCGACAAT
TTCTTCCCTGGGACGGGCTCAGTTTGGGACAAAGGATTTGGGAAAGGAGA
GTACTACGCAGTGAACTTTCCGCTCAAAGATGGCATGAATGATCAGAGTT
ATGAGAATGCTTTCAGGCCAGTTGTTCGGAAAGTAATTGAAATGTTTCGC
CCCTCAGCAATTGTCTTGCAGTGCGGAGTGGATGGTTTGGCAAAAGATTC
TCTAGGGTCTTTCAATATGACCATCAAAGGACATGCGAACTGCGTGCAGT
TTGTGAAGCAGTTCAATATTCCAATGCTGGTCTTGGGTGGAGGGGGCTAT
AACATGTGTAACGTTGCTCGTTGCTGGGTATACGAAACCGGTATTCTTCT
CAATGCAGTTCCGGATGAAAACATTCCTTACAACGACTATTGGGAGTATT
TCGC
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