Gcaud3186.t1 (mRNA) Gracilaria caudata M_176_S67 male

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Overview
NameGcaud3186.t1
Unique NameGcaud3186.t1
TypemRNA
OrganismGracilaria caudata M_176_S67 male (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
Sequence length491
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
NODE_80_length_55642_cov_4.475869contigNODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
Gracilaria caudata M_176_S67 male OGS1.02022-05-09
Properties
Property NameValue
Seed ortholog126957.SMAR000462-PA
Preferred nameSHH
PFAMsHH_signal,Hint
Max annot lvl33208|Metazoa
KEGG koko:K06224,ko:K11988,ko:K11989,ko:K11990
KEGG Pathwayko04340,ko04341,ko04360,ko05200,ko05205,ko05217,ko05226,map04340,map04341,map04360,map05200,map05205,map05217,map05226
KEGG ModuleM00678
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DescriptionIntercellular signal essential for a variety of patterning events during development. Establishes the anterior- posterior axis of the embryonic segments and patterns the larval imaginal disks. Binds to the patched (ptc) receptor, which functions in association with smoothened (smo), to activate the transcription of target genes wingless (wg), decapentaplegic (dpp) and ptc. In the absence of hh, ptc represses the constitutive signaling activity of smo through fused (fu)
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Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

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The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud3186.t1.stop1Gcaud3186.t1.stop1Gracilaria caudata M_176_S67 malestop_codonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 17597..17599 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud3186.t1.CDS1Gcaud3186.t1.CDS1Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_80_length_55642_cov_4.475869 17597..18202 -
Gcaud3186.t1.CDS2Gcaud3186.t1.CDS2Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19124..19386 -
Gcaud3186.t1.CDS3Gcaud3186.t1.CDS3Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19534..19570 -
Gcaud3186.t1.CDS4Gcaud3186.t1.CDS4Gracilaria caudata M_176_S67 maleCDSNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19656..20222 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud3186.t1.exon1Gcaud3186.t1.exon1Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 17597..18202 -
Gcaud3186.t1.exon2Gcaud3186.t1.exon2Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19124..19386 -
Gcaud3186.t1.exon3Gcaud3186.t1.exon3Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19534..19570 -
Gcaud3186.t1.exon4Gcaud3186.t1.exon4Gracilaria caudata M_176_S67 maleexonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19656..20222 -


The following intron feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud3186.t1.intron1Gcaud3186.t1.intron1Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_80_length_55642_cov_4.475869 18203..19123 -
Gcaud3186.t1.intron2Gcaud3186.t1.intron2Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19387..19533 -
Gcaud3186.t1.intron3Gcaud3186.t1.intron3Gracilaria caudata M_176_S67 maleintronNODE_80_length_55642_cov_4.475869 19571..19655 -


The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
Gcaud3186.t1.start1Gcaud3186.t1.start1Gracilaria caudata M_176_S67 malestart_codonNODE_80_length_55642_cov_4.475869 20220..20222 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

mRNA sequence

>Gcaud3186.t1 ID=Gcaud3186.t1|Name=Gcaud3186.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=491bp
MVQYRHGSVPSCPHRIQYTGTPSEEGSQLLLRHNDMKISESDTLTPIDCT
DSGVQRLVLSTRLRDQILSDFLEDVDKSIDKSVLYQSVAQQLAGAKYYVS
VQDSVRVCGQGWFSSAETYFFFDESRLVQLRVVKKVVQGEPVVITLPLIG
NIRYMVVVREGTTCIYRVESDVQSIIKNSPRPSDTPSVTPSVSPSASLIP
PISTVSSPSASVTPSTSAAPSPSISMTPTSSSIPEVSPSASISSSARPSL
SASASMSPAVIASPSASASMSPAISATASASASASLSPSGTEDPNNINDG
ADRDENTLDGSSTCFPASETVTTSRGKKRMDEIQIGDVVLSDSGMEPIIL
FTHENKWVRAEFVRLHAGNESLTATGGHMIYVQNGLKRARDVEIGDMLRG
MHGYSTIWKKEWVVDRGLFNPHTEGGNIVVNGFVTSCYTETIETITAHAL
LSVVRLMGRWRSTERVLRAIGNGVEMIAATATSSTWAPRH*
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spliced messenger RNA

>Gcaud3186.t1 ID=Gcaud3186.t1|Name=Gcaud3186.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1473bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGTTCAATACCGTCACGGATCAGTTCCATCTTGTCCGCACAGGATTCA
GTACACAGGAACTCCTTCTGAAGAAGGTTCTCAACTGCTCCTGCGACATA
ATGATATGAAAATATCTGAATCTGATACATTGACTCCAATCGACTGTACA
GACAGTGGAGTGCAAAGACTTGTGCTCTCTACCCGGCTTCGCGACCAAAT
TCTTTCTGACTTTCTTGAAGATGTGGACAAGAGTATTGACAAATCGGTCT
TGTATCAGAGCGTTGCTCAGCAACTTGCAGGGGCAAAATACTACGTGTCT
GTGCAAGATTCTGTGCGCGTTTGTGGTCAGGGTTGGTTTAGTTCAGCAGA
AACGTACTTCTTTTTCGATGAATCCAGGTTGGTGCAATTGCGCGTTGTGA
AGAAAGTGGTTCAAGGCGAACCGGTTGTAATTACGTTGCCATTGATTGGA
AATATTCGATACATGGTGGTGGTCAGAGAAGGAACCACTTGCATCTATCG
CGTGGAGTCCGATGTACAGAGCATCATCAAGAACTCGCCCAGACCTTCAG
ATACTCCTTCAGTAACGCCGTCAGTATCACCATCGGCATCTCTGATACCA
CCGATAAGTACTGTATCCTCTCCATCTGCTTCTGTTACTCCATCTACAAG
CGCGGCACCTTCTCCAAGTATTTCTATGACTCCGACATCCAGCTCCATTC
CAGAGGTTTCACCGTCTGCTTCTATTTCGAGCAGCGCCAGGCCTTCCTTA
TCTGCATCTGCAAGCATGTCTCCGGCAGTAATTGCAAGTCCTTCAGCCTC
TGCAAGCATGTCCCCAGCAATAAGTGCCACTGCTTCTGCTTCTGCCTCTG
CAAGCTTGTCTCCATCAGGAACTGAAGATCCGAACAACATCAACGATGGG
GCGGACCGCGATGAGAACACATTAGATGGTAGTAGTACGTGCTTCCCAGC
GTCAGAAACTGTGACCACAAGTAGAGGGAAGAAGAGAATGGACGAGATAC
AAATCGGGGACGTGGTTCTTTCAGACAGTGGTATGGAACCAATCATTCTC
TTCACTCACGAAAACAAGTGGGTTCGCGCAGAGTTTGTAAGGTTGCATGC
TGGAAATGAAAGTCTAACGGCCACTGGCGGTCATATGATATACGTGCAAA
ATGGCCTGAAACGCGCAAGAGATGTGGAGATTGGAGATATGTTGCGCGGC
ATGCATGGATACTCAACAATCTGGAAGAAGGAATGGGTAGTGGATCGCGG
TCTTTTCAACCCGCACACGGAAGGAGGTAATATCGTTGTGAACGGGTTCG
TGACCAGTTGCTACACTGAAACGATTGAGACGATCACGGCACATGCATTG
TTGAGCGTGGTGAGATTGATGGGACGGTGGAGAAGTACGGAACGTGTGCT
ACGTGCGATTGGAAACGGTGTTGAGATGATTGCGGCGACAGCCACGAGCA
GCACGTGGGCACCGCGACATTAG
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protein sequence of Gcaud3186.t1

>Gcaud3186.t1 ID=Gcaud3186.t1|Name=Gcaud3186.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=491bp
MVQYRHGSVPSCPHRIQYTGTPSEEGSQLLLRHNDMKISESDTLTPIDCT
DSGVQRLVLSTRLRDQILSDFLEDVDKSIDKSVLYQSVAQQLAGAKYYVS
VQDSVRVCGQGWFSSAETYFFFDESRLVQLRVVKKVVQGEPVVITLPLIG
NIRYMVVVREGTTCIYRVESDVQSIIKNSPRPSDTPSVTPSVSPSASLIP
PISTVSSPSASVTPSTSAAPSPSISMTPTSSSIPEVSPSASISSSARPSL
SASASMSPAVIASPSASASMSPAISATASASASASLSPSGTEDPNNINDG
ADRDENTLDGSSTCFPASETVTTSRGKKRMDEIQIGDVVLSDSGMEPIIL
FTHENKWVRAEFVRLHAGNESLTATGGHMIYVQNGLKRARDVEIGDMLRG
MHGYSTIWKKEWVVDRGLFNPHTEGGNIVVNGFVTSCYTETIETITAHAL
LSVVRLMGRWRSTERVLRAIGNGVEMIAATATSSTWAPRH*
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mRNA from alignment at NODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222-

Legend: polypeptideCDSexonstart_codonintronstop_codon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>Gcaud3186.t1 ID=Gcaud3186.t1|Name=Gcaud3186.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=2626bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGTTCAATACCGTCACGGATCAGTTCCATCTTGTCCGCACAGGATTCA
GTACACAGGAACTCCTTCTGAAGAAGGTTCTCAACTGCTCCTGCGACATA
ATGATATGAAAATATCTGAATCTGATACATTGACTCCAATCGACTGTACA
GACAGTGGAGTGCAAAGACTTGTGCTCTCTACCCGGCTTCGCGACCAAAT
TCTTTCTGACTTTCTTGAAGATGTGGACAAGAGTATTGACAAATCGGTCT
TGTATCAGAGCGTTGCTCAGCAACTTGCAGGGGCAAAATACTACGTGTCT
GTGCAAGATTCTGTGCGCGTTTGTGGTCAGGGTTGGTTTAGTTCAGCAGA
AACGTACTTCTTTTTCGATGAATCCAGGTTGGTGCAATTGCGCGTTGTGA
AGAAAGTGGTTCAAGGCGAACCGGTTGTAATTACGTTGCCATTGATTGGA
AATATTCGATACATGGTGGTGGTCAGAGAAGGAACCACTTGCATCTATCG
CGTGGAGTCCGATGTACAGAGCATCATCAAGAACTCGCCCAGACCTTCAG
ATACTCCTTCAGTAACGGTAAGTTTGCGTCATTTCCAACAAAATCTGTTG
TCAAATAGAGCGCGCATCATCTAACAATACGAGAATACTCTGTTTGATAC
AGCCGTCAGTATCACCATCGGCATCTCTGATACCACCGAGTGCTTCACCA
TCTCCCTCAATATCTATATCTCAATTACCGACTCCAACTTCATCGGCATC
TCCTTCTATGACCTCATCGGCCTCTGTCCAACCGACGAGAACACCTACCC
CATCAGTGACACCCTCAATGACCAGTTCACCATCAGTAAGTACTGTATCC
TCTCCATCTGCTTCTGTTACTCCATCTACAAGCGCGGCACCTTCTCCAAG
TATTTCTATGACTCCGACATCCAGCTCCATTCCAGAGGTTTCACCGTCTG
CTTCTATTTCGAGCAGCGCCAGGCCTTCCTTATCTGCATCTGCAAGCATG
TCTCCGGCAGTAATTGCAAGTCCTTCAGCCTCTGCAAGCATGTCCCCAGC
AATAAGTGCCACTGCTTCTGCTTCTGCCTCTGCAAGCTTGTCTCCATCAG
TAAGTGCCACTTCTTCATCCTCAGTAAGACCTTCGCCGAGTGTGATACCA
TCTCCGTCTTCTTCAAGCAGTATACTGTCGAGTTCCCCTAGGGCTTCGCC
GTCTCAATCAGTCTCACCATCAAGCAGCTCGTCAATGAGTGTGACCCCAT
CTTCTTCTCAATCGAACAGCCCGGAAGCCTCTGCAACGCCTTCCCCGAGT
ATGATTCCGAGTGTGACGTCCTCAACAAGTATGGAACCGTCAAGGATCCC
GATCACCACTTTGACGCCCAGTATGTCAACATCGATGATGGAAATACCGC
CTATTCCGAGCATAACTGCGACACCTTCTGTATCGATATCGATTACAGTC
GTGTCAGCTACTCCATCTATTAGGCGTTCACCTTCACCAAGTGCGTCTTC
TAGTTTGAAACCTTCGTTATCACCATATGTGGGTCCATCGGCGTCTGCAT
CTCCTTCGATATCCGTCTTGGCACAGCCATCGAACGAAGGTATCGCCCCG
TCAATAAGTGCATCGACTTCCCCGAGCCTCTCGCCACTACCTTCAACCTC
CGCGATCCTAGCATCATCAAGTGCATCTGTGAGTAGCGAGCCTGCCATTT
CTCCGTCCTCAAGTGCATCGCCATCTGCTAAGGGTTCTTTTTCAAGTGTT
TCACCAACCTTAACCCCTTCTTTGACGGGTGCCCCGAGCTCTTCAGTATC
TAATTCCTTGATCGTGACGCCGATGGCAAGTCAAACAGCTTCCCTGACTC
CGACAGCAAGCATTCAAGCATCTGCAGTAACTTCCCCCGAGAAATCAGCT
TCGCCTTCTATCAGTGTCACACCAGTGGTCTCATCTGCAACACCATCACT
ATCGCTTAGTGCCGGACCAAGTAGTGCATCACCAACAGTTTCACTAACTG
CTTCTCCGTCTCCTTCACAGGGAACTGAAGATCCGAACAACATCAACGAT
GGGGCGGACCGCGATGAGAACACATTAGATGGTAGTAGTACGTGCTTCCC
AGCGTCAGAAACTGTGACCACAAGTAGAGGGAAGAAGAGAATGGACGAGA
TACAAATCGGGGACGTGGTTCTTTCAGACAGTGGTATGGAACCAATCATT
CTCTTCACTCACGAAAACAAGTGGGTTCGCGCAGAGTTTGTAAGGTTGCA
TGCTGGAAATGAAAGTCTAACGGCCACTGGCGGTCATATGATATACGTGC
AAAATGGCCTGAAACGCGCAAGAGATGTGGAGATTGGAGATATGTTGCGC
GGCATGCATGGATACTCAACAATCTGGAAGAAGGAATGGGTAGTGGATCG
CGGTCTTTTCAACCCGCACACGGAAGGAGGTAATATCGTTGTGAACGGGT
TCGTGACCAGTTGCTACACTGAAACGATTGAGACGATCACGGCACATGCA
TTGTTGAGCGTGGTGAGATTGATGGGACGGTGGAGAAGTACGGAACGTGT
GCTACGTGCGATTGGAAACGGTGTTGAGATGATTGCGGCGACAGCCACGA
GCAGCACGTGGGCACCGCGACATTAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at NODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222-

>Gcaud3186.t1 ID=Gcaud3186.t1|Name=Gcaud3186.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=1473bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_80_length_55642_cov_4.475869:17597..20222- (Gracilaria caudata M_176_S67 male)
ATGGTTCAATACCGTCACGGATCAGTTCCATCTTGTCCGCACAGGATTCA
GTACACAGGAACTCCTTCTGAAGAAGGTTCTCAACTGCTCCTGCGACATA
ATGATATGAAAATATCTGAATCTGATACATTGACTCCAATCGACTGTACA
GACAGTGGAGTGCAAAGACTTGTGCTCTCTACCCGGCTTCGCGACCAAAT
TCTTTCTGACTTTCTTGAAGATGTGGACAAGAGTATTGACAAATCGGTCT
TGTATCAGAGCGTTGCTCAGCAACTTGCAGGGGCAAAATACTACGTGTCT
GTGCAAGATTCTGTGCGCGTTTGTGGTCAGGGTTGGTTTAGTTCAGCAGA
AACGTACTTCTTTTTCGATGAATCCAGGTTGGTGCAATTGCGCGTTGTGA
AGAAAGTGGTTCAAGGCGAACCGGTTGTAATTACGTTGCCATTGATTGGA
AATATTCGATACATGGTGGTGGTCAGAGAAGGAACCACTTGCATCTATCG
CGTGGAGTCCGATGTACAGAGCATCATCAAGAACTCGCCCAGACCTTCAG
ATACTCCTTCAGTAACGCCGTCAGTATCACCATCGGCATCTCTGATACCA
CCGATAAGTACTGTATCCTCTCCATCTGCTTCTGTTACTCCATCTACAAG
CGCGGCACCTTCTCCAAGTATTTCTATGACTCCGACATCCAGCTCCATTC
CAGAGGTTTCACCGTCTGCTTCTATTTCGAGCAGCGCCAGGCCTTCCTTA
TCTGCATCTGCAAGCATGTCTCCGGCAGTAATTGCAAGTCCTTCAGCCTC
TGCAAGCATGTCCCCAGCAATAAGTGCCACTGCTTCTGCTTCTGCCTCTG
CAAGCTTGTCTCCATCAGGAACTGAAGATCCGAACAACATCAACGATGGG
GCGGACCGCGATGAGAACACATTAGATGGTAGTAGTACGTGCTTCCCAGC
GTCAGAAACTGTGACCACAAGTAGAGGGAAGAAGAGAATGGACGAGATAC
AAATCGGGGACGTGGTTCTTTCAGACAGTGGTATGGAACCAATCATTCTC
TTCACTCACGAAAACAAGTGGGTTCGCGCAGAGTTTGTAAGGTTGCATGC
TGGAAATGAAAGTCTAACGGCCACTGGCGGTCATATGATATACGTGCAAA
ATGGCCTGAAACGCGCAAGAGATGTGGAGATTGGAGATATGTTGCGCGGC
ATGCATGGATACTCAACAATCTGGAAGAAGGAATGGGTAGTGGATCGCGG
TCTTTTCAACCCGCACACGGAAGGAGGTAATATCGTTGTGAACGGGTTCG
TGACCAGTTGCTACACTGAAACGATTGAGACGATCACGGCACATGCATTG
TTGAGCGTGGTGAGATTGATGGGACGGTGGAGAAGTACGGAACGTGTGCT
ACGTGCGATTGGAAACGGTGTTGAGATGATTGCGGCGACAGCCACGAGCA
GCACGTGGGCACCGCGACATTAG
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