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Alignments
The following features are aligned
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 45157.CMS430CT |
| Preferred name | PPP2R2C |
| PFAMs | WD40 |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| KEGG ko | ko:K04354 |
| KEGG Pathway | ko03015,ko04071,ko04111,ko04151,ko04152,ko04261,ko04390,ko04391,ko04530,ko04728,ko05142,ko05160,ko05165,map03015,map04071,map04111,map04151,map04152,map04261,map04390,map04391,map04530,map04728,map05142,map05160,map05165 |
| GOs | 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1990,GO:1901991,GO:1901992,GO:1902099,GO:1902412,GO:1902413,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902532,GO:1902680,GO:1902692,GO:1902749,GO:1902750,GO:1902751,GO:1903046,GO:1903047,GO:1903293,GO:1903436,GO:1903437,GO:1903504,GO:1903506,GO:1903508,GO:1903827,GO:1903829,GO:1905818,GO:2000026,GO:2000112,GO:2000177,GO:2000178,GO:2000647,GO:2001141 |
| Evalue | 7.41e-129 |
| EggNOG OGs | COG5170@1|root,KOG1354@2759|Eukaryota |
| Description | peptidyl-serine dephosphorylation |
| COG category | T |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko01009,ko03036 |
Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following start_codon feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
| Gcaud2004.t1.start1 | Gcaud2004.t1.start1 | Gracilaria caudata M_176_S67 male | start_codon | NODE_5_length_105932_cov_4.447794 75444..75446 + |
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
The following stop_codon feature(s) are a part of this mRNA:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type | Position |
| Gcaud2004.t1.stop1 | Gcaud2004.t1.stop1 | Gracilaria caudata M_176_S67 male | stop_codon | NODE_5_length_105932_cov_4.447794 77328..77330 + |
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
Sequences
The following sequences are available for this feature:
mRNA sequence >Gcaud2004.t1 ID=Gcaud2004.t1|Name=Gcaud2004.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=629bp MDVGFSSTDTDSLYDESLDRPITSMRRPSSDGAHVRPLSPPSAARAGSHP LRFMFAQAFGERMNAAMPPPSLSSAATSASSISLDTALTRQHQQQQNQEQ SELHPRAPPQFLQQLPQPQPNIPAVSESDIISSIRFNNDSDMLAAGDRAG RIVILKRMRRKRPPTPPRSPSPQRESSMPKAPEFRFWTQFQSHHPEFDYL KSMEIEEKISQIRWCRPAATSHRLLATNDKTIKLWSLYEKEVTTLATLHH PTLSSRSSSASLKSHPSSRSSSPSSTSSTSSSSTSDWSIPSNASNPSHRA KYQPGSAWTMRAMQADSMAKFVTDPSTLTMPPLQHQGRFITATPRRSFSS AHSYHINSISLNSDEETFLSADDLRVNLWNLERQGQGFNVLDLKPTNVED LTEVVTCAVFHPRHCHLFVHSTSRGIVRLCDLRQSALCDNWSKMFTLPPE NTRRNSFFSEIIASISDVKFSPDGRYFLTRDYMNLRLWDINMERAPVLVI PVQEHLRARFCDLYENDCIFDKFQCSFSSDGGSLLTGSYNSLFQAYSAYD GIGTAVEASVEFVSGISPRHRYTAEGLSVDRHRHSSAAELVDPNRRVMFL HASPTEPLAAVAAGPAVYLFCGTNGKAD* back to topspliced messenger RNA >Gcaud2004.t1 ID=Gcaud2004.t1|Name=Gcaud2004.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1887bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_5_length_105932_cov_4.447794:75444..77330+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
ATGGATGTGGGCTTCTCTAGTACCGATACCGACTCGCTGTATGACGAGAG TTTGGATAGACCTATTACCAGCATGCGTCGACCTTCGTCGGATGGAGCCC ATGTCCGCCCTCTCTCCCCGCCATCTGCTGCGCGCGCCGGCTCGCATCCG TTGCGCTTCATGTTTGCTCAGGCTTTTGGTGAACGAATGAATGCCGCTAT GCCACCGCCTTCACTTTCGTCTGCGGCTACTTCTGCTTCTTCCATTTCTC TTGATACCGCGCTCACACGGCAGCATCAGCAACAACAAAACCAAGAGCAG AGTGAACTTCATCCACGCGCACCACCCCAATTTCTGCAACAGCTGCCTCA GCCTCAGCCTAACATTCCCGCCGTGTCTGAAAGCGACATCATCTCTTCCA TACGTTTCAACAATGATTCGGACATGCTTGCTGCAGGCGACCGTGCCGGT CGTATTGTTATCTTGAAACGAATGCGACGGAAACGTCCCCCAACACCTCC ACGCTCCCCATCGCCTCAAAGAGAGTCCTCAATGCCGAAAGCACCCGAGT TTCGGTTCTGGACCCAGTTTCAGTCCCATCATCCCGAATTCGACTACCTC AAGAGTATGGAGATTGAAGAGAAGATCAGTCAAATACGTTGGTGCCGACC AGCTGCTACCTCGCATCGGCTGCTCGCTACCAACGATAAGACAATCAAAC TTTGGAGCCTCTACGAGAAGGAAGTCACTACTCTGGCTACATTACATCAT CCGACATTGAGCTCCCGTTCGTCCTCGGCGTCCTTAAAATCCCATCCCTC ATCGCGTTCCTCATCCCCTTCATCCACTTCAAGTACCTCGTCCTCTTCTA CCTCTGATTGGTCCATCCCCTCCAATGCATCTAATCCTTCGCATCGTGCC AAGTATCAGCCAGGTTCCGCCTGGACTATGCGTGCAATGCAAGCTGATTC TATGGCAAAGTTTGTTACCGATCCGTCAACACTAACAATGCCACCTTTGC AACACCAAGGCCGTTTCATCACTGCCACACCTCGTCGTTCGTTCAGCTCA GCCCATTCGTACCACATAAATTCAATCTCGCTCAACTCGGATGAGGAGAC GTTTCTGTCAGCGGATGATCTTCGTGTCAACCTTTGGAACCTTGAACGGC AGGGACAGGGTTTCAACGTGCTGGACTTGAAGCCAACCAACGTGGAGGAC CTTACTGAGGTGGTTACGTGTGCTGTGTTTCATCCGCGTCATTGTCACCT ATTTGTGCACTCTACTTCCCGCGGCATTGTTCGGCTGTGCGACTTGAGGC AGTCTGCTTTATGCGACAACTGGTCGAAGATGTTCACGCTTCCACCTGAG AACACACGACGTAATTCTTTCTTTTCGGAAATCATTGCATCTATCTCTGA TGTGAAGTTTTCCCCAGACGGGCGGTACTTTCTCACGAGAGACTATATGA ACCTGAGACTGTGGGACATCAATATGGAGCGAGCACCAGTGTTGGTGATC CCTGTTCAAGAGCACCTGCGAGCTCGGTTTTGTGACCTGTACGAGAATGA TTGCATTTTTGACAAGTTTCAATGTTCGTTTTCTAGTGATGGCGGATCAC TGCTTACTGGAAGCTACAATTCGTTGTTTCAGGCGTATTCTGCATATGAC GGCATCGGCACTGCTGTTGAGGCTAGCGTGGAGTTTGTTTCGGGTATATC TCCACGTCATCGATATACAGCTGAAGGGCTGTCTGTTGATCGGCATCGGC ACTCTAGTGCAGCAGAACTTGTTGATCCGAACAGGCGGGTGATGTTCCTG CATGCTTCACCGACTGAGCCACTTGCTGCTGTAGCGGCTGGACCTGCCGT ATATCTGTTTTGTGGGACTAACGGCAAGGCAGATTAG back to topprotein sequence of Gcaud2004.t1 >Gcaud2004.t1 ID=Gcaud2004.t1|Name=Gcaud2004.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=polypeptide|length=629bp
MDVGFSSTDTDSLYDESLDRPITSMRRPSSDGAHVRPLSPPSAARAGSHP LRFMFAQAFGERMNAAMPPPSLSSAATSASSISLDTALTRQHQQQQNQEQ SELHPRAPPQFLQQLPQPQPNIPAVSESDIISSIRFNNDSDMLAAGDRAG RIVILKRMRRKRPPTPPRSPSPQRESSMPKAPEFRFWTQFQSHHPEFDYL KSMEIEEKISQIRWCRPAATSHRLLATNDKTIKLWSLYEKEVTTLATLHH PTLSSRSSSASLKSHPSSRSSSPSSTSSTSSSSTSDWSIPSNASNPSHRA KYQPGSAWTMRAMQADSMAKFVTDPSTLTMPPLQHQGRFITATPRRSFSS AHSYHINSISLNSDEETFLSADDLRVNLWNLERQGQGFNVLDLKPTNVED LTEVVTCAVFHPRHCHLFVHSTSRGIVRLCDLRQSALCDNWSKMFTLPPE NTRRNSFFSEIIASISDVKFSPDGRYFLTRDYMNLRLWDINMERAPVLVI PVQEHLRARFCDLYENDCIFDKFQCSFSSDGGSLLTGSYNSLFQAYSAYD GIGTAVEASVEFVSGISPRHRYTAEGLSVDRHRHSSAAELVDPNRRVMFL HASPTEPLAAVAAGPAVYLFCGTNGKAD* back to topmRNA from alignment at NODE_5_length_105932_cov_4.447794:75444..77330+ Legend: start_codonpolypeptideCDSexonstop_codon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >Gcaud2004.t1 ID=Gcaud2004.t1|Name=Gcaud2004.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=mRNA|length=1887bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_5_length_105932_cov_4.447794:75444..77330+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male) ATGGATGTGGGCTTCTCTAGTACCGATACCGACTCGCTGTATGACGAGAG
TTTGGATAGACCTATTACCAGCATGCGTCGACCTTCGTCGGATGGAGCCC
ATGTCCGCCCTCTCTCCCCGCCATCTGCTGCGCGCGCCGGCTCGCATCCG
TTGCGCTTCATGTTTGCTCAGGCTTTTGGTGAACGAATGAATGCCGCTAT
GCCACCGCCTTCACTTTCGTCTGCGGCTACTTCTGCTTCTTCCATTTCTC
TTGATACCGCGCTCACACGGCAGCATCAGCAACAACAAAACCAAGAGCAG
AGTGAACTTCATCCACGCGCACCACCCCAATTTCTGCAACAGCTGCCTCA
GCCTCAGCCTAACATTCCCGCCGTGTCTGAAAGCGACATCATCTCTTCCA
TACGTTTCAACAATGATTCGGACATGCTTGCTGCAGGCGACCGTGCCGGT
CGTATTGTTATCTTGAAACGAATGCGACGGAAACGTCCCCCAACACCTCC
ACGCTCCCCATCGCCTCAAAGAGAGTCCTCAATGCCGAAAGCACCCGAGT
TTCGGTTCTGGACCCAGTTTCAGTCCCATCATCCCGAATTCGACTACCTC
AAGAGTATGGAGATTGAAGAGAAGATCAGTCAAATACGTTGGTGCCGACC
AGCTGCTACCTCGCATCGGCTGCTCGCTACCAACGATAAGACAATCAAAC
TTTGGAGCCTCTACGAGAAGGAAGTCACTACTCTGGCTACATTACATCAT
CCGACATTGAGCTCCCGTTCGTCCTCGGCGTCCTTAAAATCCCATCCCTC
ATCGCGTTCCTCATCCCCTTCATCCACTTCAAGTACCTCGTCCTCTTCTA
CCTCTGATTGGTCCATCCCCTCCAATGCATCTAATCCTTCGCATCGTGCC
AAGTATCAGCCAGGTTCCGCCTGGACTATGCGTGCAATGCAAGCTGATTC
TATGGCAAAGTTTGTTACCGATCCGTCAACACTAACAATGCCACCTTTGC
AACACCAAGGCCGTTTCATCACTGCCACACCTCGTCGTTCGTTCAGCTCA
GCCCATTCGTACCACATAAATTCAATCTCGCTCAACTCGGATGAGGAGAC
GTTTCTGTCAGCGGATGATCTTCGTGTCAACCTTTGGAACCTTGAACGGC
AGGGACAGGGTTTCAACGTGCTGGACTTGAAGCCAACCAACGTGGAGGAC
CTTACTGAGGTGGTTACGTGTGCTGTGTTTCATCCGCGTCATTGTCACCT
ATTTGTGCACTCTACTTCCCGCGGCATTGTTCGGCTGTGCGACTTGAGGC
AGTCTGCTTTATGCGACAACTGGTCGAAGATGTTCACGCTTCCACCTGAG
AACACACGACGTAATTCTTTCTTTTCGGAAATCATTGCATCTATCTCTGA
TGTGAAGTTTTCCCCAGACGGGCGGTACTTTCTCACGAGAGACTATATGA
ACCTGAGACTGTGGGACATCAATATGGAGCGAGCACCAGTGTTGGTGATC
CCTGTTCAAGAGCACCTGCGAGCTCGGTTTTGTGACCTGTACGAGAATGA
TTGCATTTTTGACAAGTTTCAATGTTCGTTTTCTAGTGATGGCGGATCAC
TGCTTACTGGAAGCTACAATTCGTTGTTTCAGGCGTATTCTGCATATGAC
GGCATCGGCACTGCTGTTGAGGCTAGCGTGGAGTTTGTTTCGGGTATATC
TCCACGTCATCGATATACAGCTGAAGGGCTGTCTGTTGATCGGCATCGGC
ACTCTAGTGCAGCAGAACTTGTTGATCCGAACAGGCGGGTGATGTTCCTG
CATGCTTCACCGACTGAGCCACTTGCTGCTGTAGCGGCTGGACCTGCCGT
ATATCTGTTTTGTGGGACTAACGGCAAGGCAGATTAG back to topCoding sequence (CDS) from alignment at NODE_5_length_105932_cov_4.447794:75444..77330+ >Gcaud2004.t1 ID=Gcaud2004.t1|Name=Gcaud2004.t1|organism=Gracilaria caudata M_176_S67 male|type=CDS|length=1887bp|location=Sequence derived from alignment at NODE_5_length_105932_cov_4.447794:75444..77330+ (Gracilaria caudata M_176_S67 male) ATGGATGTGGGCTTCTCTAGTACCGATACCGACTCGCTGTATGACGAGAG TTTGGATAGACCTATTACCAGCATGCGTCGACCTTCGTCGGATGGAGCCC ATGTCCGCCCTCTCTCCCCGCCATCTGCTGCGCGCGCCGGCTCGCATCCG TTGCGCTTCATGTTTGCTCAGGCTTTTGGTGAACGAATGAATGCCGCTAT GCCACCGCCTTCACTTTCGTCTGCGGCTACTTCTGCTTCTTCCATTTCTC TTGATACCGCGCTCACACGGCAGCATCAGCAACAACAAAACCAAGAGCAG AGTGAACTTCATCCACGCGCACCACCCCAATTTCTGCAACAGCTGCCTCA GCCTCAGCCTAACATTCCCGCCGTGTCTGAAAGCGACATCATCTCTTCCA TACGTTTCAACAATGATTCGGACATGCTTGCTGCAGGCGACCGTGCCGGT CGTATTGTTATCTTGAAACGAATGCGACGGAAACGTCCCCCAACACCTCC ACGCTCCCCATCGCCTCAAAGAGAGTCCTCAATGCCGAAAGCACCCGAGT TTCGGTTCTGGACCCAGTTTCAGTCCCATCATCCCGAATTCGACTACCTC AAGAGTATGGAGATTGAAGAGAAGATCAGTCAAATACGTTGGTGCCGACC AGCTGCTACCTCGCATCGGCTGCTCGCTACCAACGATAAGACAATCAAAC TTTGGAGCCTCTACGAGAAGGAAGTCACTACTCTGGCTACATTACATCAT CCGACATTGAGCTCCCGTTCGTCCTCGGCGTCCTTAAAATCCCATCCCTC ATCGCGTTCCTCATCCCCTTCATCCACTTCAAGTACCTCGTCCTCTTCTA CCTCTGATTGGTCCATCCCCTCCAATGCATCTAATCCTTCGCATCGTGCC AAGTATCAGCCAGGTTCCGCCTGGACTATGCGTGCAATGCAAGCTGATTC TATGGCAAAGTTTGTTACCGATCCGTCAACACTAACAATGCCACCTTTGC AACACCAAGGCCGTTTCATCACTGCCACACCTCGTCGTTCGTTCAGCTCA GCCCATTCGTACCACATAAATTCAATCTCGCTCAACTCGGATGAGGAGAC GTTTCTGTCAGCGGATGATCTTCGTGTCAACCTTTGGAACCTTGAACGGC AGGGACAGGGTTTCAACGTGCTGGACTTGAAGCCAACCAACGTGGAGGAC CTTACTGAGGTGGTTACGTGTGCTGTGTTTCATCCGCGTCATTGTCACCT ATTTGTGCACTCTACTTCCCGCGGCATTGTTCGGCTGTGCGACTTGAGGC AGTCTGCTTTATGCGACAACTGGTCGAAGATGTTCACGCTTCCACCTGAG AACACACGACGTAATTCTTTCTTTTCGGAAATCATTGCATCTATCTCTGA TGTGAAGTTTTCCCCAGACGGGCGGTACTTTCTCACGAGAGACTATATGA ACCTGAGACTGTGGGACATCAATATGGAGCGAGCACCAGTGTTGGTGATC CCTGTTCAAGAGCACCTGCGAGCTCGGTTTTGTGACCTGTACGAGAATGA TTGCATTTTTGACAAGTTTCAATGTTCGTTTTCTAGTGATGGCGGATCAC TGCTTACTGGAAGCTACAATTCGTTGTTTCAGGCGTATTCTGCATATGAC GGCATCGGCACTGCTGTTGAGGCTAGCGTGGAGTTTGTTTCGGGTATATC TCCACGTCATCGATATACAGCTGAAGGGCTGTCTGTTGATCGGCATCGGC ACTCTAGTGCAGCAGAACTTGTTGATCCGAACAGGCGGGTGATGTTCCTG CATGCTTCACCGACTGAGCCACTTGCTGCTGTAGCGGCTGGACCTGCCGT ATATCTGTTTTGTGGGACTAACGGCAAGGCAGATTAG back to top
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