EsuBft1350_6a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview
NameEsuBft1350_6a-0001
Unique NameEsuBft1350_6a-0001
TypemRNA
OrganismEctocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Scaffold_30contigScaffold_30:401164..404111 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b2020-06-19
Properties
Property NameValue
ProteomeIdEsuBft1350_6
Protein domainsNON_CYTOPLASMIC_DOMAIN
Protein domainsCoil
Protein domainsSIGNAL_PEPTIDE
Protein domainsSIGNAL_PEPTIDE_C_REGION
Protein domainsSIGNAL_PEPTIDE_N_REGION
Protein domainsSIGNAL_PEPTIDE_H_REGION
Ownerapollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon1
Length294
Date last modified2016-06-13
Date creation2016-06-13
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1350_6aEsuBft1350_6aEctocarpus subulatus male Bft15bgeneScaffold_30 401164..404111 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1350_6a-0001-exonEsuBft1350_6a-0001-exonEctocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_30 401164..404111 -


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1350_6a-0001-exonagat-three_prime_utr-3185Ectocarpus subulatus male Bft15bthree_prime_UTRScaffold_30 401164..403961 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1350_6a-0001-cdsEsuBft1350_6a-0001-cdsEctocarpus subulatus male Bft15bCDSScaffold_30 403962..404111 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft1350_6a-0001EsuBft1350_6Ectocarpus subulatus male Bft15bpolypeptideScaffold_30 403962..404111 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>EsuBft1350_6a-0001 ID=EsuBft1350_6a-0001|Name=EsuBft1350_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=2948bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:401164..404111- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGACCGCGCTTTTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGCGCATGGC
CTCTATTTTTCAAGGGGGGTTCGGTTACTGGTTGGGGGTCGGGTCTATGT
GTACTGCATTCTCGAATTGTCCCCTCACTGTAGCTACTGTGGATTATCAG
TATACAGCTACCCTTACTCAACGCGTCTATGTGTCCGGCAATCTCCAATA
CAAATCAAACTGCGAGGTTTCATACAGCTTTCGTCACTCAATGCGTCTAT
GTGTCCGGCAGTCGCAAACGTCACTCAACCCGTTAGGTCTCAATATGC
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protein sequence of EsuBft1350_6a-0001

>EsuBft1350_6 ID=EsuBft1350_6|Name=EsuBft1350_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=50bp
MTALFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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mRNA from alignment at Scaffold_30:401164..404111-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EsuBft1350_6a-0001 ID=EsuBft1350_6a-0001|Name=EsuBft1350_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=2948bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:401164..404111- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACCGCGCTTTTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGCGCATGGC
CTCTATTTTTCAAGGGGGGTTCGGTTACTGGTTGGGGGTCGGGTCTATGT
GTACTGCATTCTCGAATTGTCCCCTCACTGTAGCTACTGTGGATTATCAG
TATACAGCTACCCTTACTCAACGCGTCTATGTGTCCGGCAATCTCCAATA
CAAATCAAACTGCGAGGTTTCATACAGCTTTCGTCACTCAATGCGTCTAT
GTGTCCGGCAGTCGCAAACGTCACTCAACCCGTTAGGTCTCAATATGC
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_30:401164..404111-

>EsuBft1350_6a-0001 ID=EsuBft1350_6a-0001|Name=EsuBft1350_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=150bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_30:401164..404111- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACCGCGCTTTTCGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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