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Alignments
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Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Properties
| Property Name | Value |
| Seed ortholog | 2880.D7G016 |
| ProteomeId | EsuBft995_5 |
| Protein domains | TMhelix |
| Protein domains | PTHR11349 |
| Protein domains | IPR001564 |
| Owner | apollo_admin@sb-roscoff.fr |
| Note | nucleoside diphosphate kinase 1 os:saccharum officinarum gn:ndpk1 pe:1 sv:1 [Automatic annotation] |
| Nb exon | 5 |
| Max annot lvl | 2759|Eukaryota |
| Length | 1294 |
| Hectar predicted targeting category | other localisation |
| Evalue | 6.84e-103 |
| EggNOG OGs | COG0105@1|root,KOG0888@2759|Eukaryota |
| Ec32 ortholog description | Nucleoside diphosphate kinase |
| Ec32 ortholog | Ec-22_003280.1 |
| Date last modified | 2016-06-14 |
| Date creation | 2016-06-14 |
| Preferred name | NME3 |
| KEGG rclass | RC00002 |
| KEGG ko | ko:K00940 |
| KEGG Reaction | R00124,R00139,R00156,R00330,R00570,R00722,R01137,R01857,R02093,R02326,R02331,R03530,R11894,R11895 |
| KEGG Pathway | ko00230,ko00240,ko00983,ko01100,ko01110,ko01130,ko04016,map00230,map00240,map00983,map01100,map01110,map01130,map04016 |
| KEGG Module | M00049,M00050,M00052,M00053 |
| GOs | 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|
| EC | 2.7.4.6 |
| Description | Nucleoside diphosphate kinase |
| COG category | F |
| BRITE | ko00000,ko00001,ko00002,ko01000,ko04131 |
Cross References
External references for this mRNA
| Database | Accession |
| GO | 0005524 |
| GO | 0010017 |
| GO | 0006165 |
| GO | 0006241 |
| GO | 0004550 |
| GO | 0006183 |
| GO | 0006228 |
Relationships
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spliced messenger RNA >EsuBft995_5a-0001 ID=EsuBft995_5a-0001|Name=EsuBft995_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=1294bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_444:113604..120122+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.
CACACCGACCCCCTCCCTCTCTCTCCCCGTCTCGTCTCTCTCACCCCCTC CAACAAGCACCATGGAGCGCACCTACATCATGATCAAGCCTGACGGCGTC CAGCGCAACCTGGTGGGCGAGATCATCGCTCGCTTCGAGAAGAAGGGGTA CAAGCTCGCCGCTCTCAAGATGGCGCGGCCCGAGCGATCGCACCTCGAGG AGCACTACGCCGACCTCAGCGGCAAGAGCTTCTTCGCGGGCCTCATCGAC TACATGGCGTCTGGCCCCGTGGTGTGCATGGTGTGGACGGGCGTGAACGT GGTGCTTGAGGGGCGCAAGATGCTCGGAGCCACCAAGCCGTCTGAGTCGG CCATGGGGACCATCCGCGGGGACTTCTGCGTGGAGGTGGGACGCAACGTC TGCCACGGCTCCGACTCCACGGACTCGGCTGAGCACGAGATCAAGCTCTG GTTCCCAGAGGGTGTGTGCGAGTGGGACGCGTGCACCAAGGCCTGGATCT ACGAGAAGTGAAGGATGAATGGATCATGTCCGCAAACCACGGCGGAAGGG GGCCTTGTTCTTTTGGAGTCCGGGGTTTCGACACCGTGCATGTCCACCGC ACAAGACGGTTCTTGGATGGTCGTGGCTTGTAAACGCATGCCTCGTGAAC TTGACAGTCCGATGGCCTGACAGTCTCGTTACTAGAAAGTCTCCTGCCGT GTGGCGCTCTGGGGGTCGCCGATCGATCGCCTCGATGTACAGAGAACAAG AGACCTTGAAGTTGTGTAGGGCTCACAAACCTCTTGCTGATTTCACGCGA GCGTGGAGCTTGGGGTAACCACAGCTGGGGTCGATTGAATTCATTCACCG AGCGTGTTTCGCCAGTGTTGCAGTATGACGGTACTGGTACCATCGGCATG AGAGTTGGGGACTCTGGGCTCAGTTGAAGTCATGTTTGGGGTGAACTGCA CCTGCGTTTCGCGCGAGTTCGGACACATGACAACCACCTTGCGCCCCAAA CCTAAGCAGAGAACACTACCACACTCGGGCTCAGGTGAAGTGATAGTGGG GGTTAACGACACCTACCGTCGTACGAGTTCGGACACATAAAATACAGAGA GTAATGACACACCAGGGGCACCGCTCAGAGGGGTGGTGCGCGGTTAAGAG AGAACCCTTGGACGTGAACTTGGTGTTTTCACGCACGATTTAGCTCTCTG TGCGACAGTGAAAAAAGTGTCACGGTGATGAGCAGTGCTATTTTTTTTTA TCCCATCATTGGACTCTGTCGTCTGCCCCTCTGGCCCCTATCCT back to topprotein sequence of EsuBft995_5a-0001 >EsuBft995_5 ID=EsuBft995_5|Name=EsuBft995_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=143bp
MIKPDGVQRNLVGEIIARFEKKGYKLAALKMARPERSHLEEHYADLSGKS FFAGLIDYMASGPVVCMVWTGVNVVLEGRKMLGATKPSESAMGTIRGDFC VEVGRNVCHGSDSTDSAEHEIKLWFPEGVCEWDACTKAWIYEK back to topmRNA from alignment at Scaffold_444:113604..120122+ Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >EsuBft995_5a-0001 ID=EsuBft995_5a-0001|Name=EsuBft995_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=6519bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_444:113604..120122+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b) CACACCGACCCCCTCCCTCTCTCTCCCCGTCTCGTCTCTCTCACCCCCTC
CAACAAGGTAAGCATCGGTACCTGTAACTAGCCTTGCTGTGATATTCTCG
CCGAATCGGCAAATCTTGCCCGTCTGCTGCTGCACTTTGGCTTCGCTCTC
GGCCTGATTGGCAGATCTTATCAGAACATTTTCCCAGTGGTCTCTTTGTC
CGTGTGTGTGGACCATATTGCGTCGAAGGTAGCGCAACTCTGTATGCCTA
CCCCACCAGTGCATTCCCTCGCGGACACGATACCTCGTGAGATCAGGGCA
GCTGTACAACACGCATCCTTTTCGTATACCAACCATGTAGAGAGTTCGCA
GGCGCGAATGACGATGAACATGGCGGTGTGCAGCAGGCAGTATCGCAGCA
GCAGTGAGCCAAGATGGTGGGTCCAACAGACCAAGATGAAGAGGAAGGTA
CTGCTGCAGTCGATGACAACTCGGAAATATTCCCCGCTCCTGTGCATCTC
CCTTCACCGCTACACCTGGCATGTGATGTGCTGCTGGTGCGTGCTGCGTT
TCAAATTCTTCATTACCTCCTTTGAAAAACCAACAGCACCATGGAGCGCA
CCTACATCATGATCAAGCCTGACGGCGTCCAGCGCAACCTGGTGGGCGAG
ATCATCGCTCGCTTCGAGAAGAAGGGGTACAAGCTCGCCGCTCTCAAGGT
ACAGTGCTGCCATTGGTGCATCGGACAAAATGGATAAAGTTCCATGGGTA
AATGTAAAATTCTTATTTTCCTCTTGGCTTACCATGGGCTGGCTCCGAAA
CTATGCCCCATGTGCACCTACTGCCTACTACCCCCGTCACGTCCCGGCGT
GAAACGGTGTAGAGCCGTGGAGCGGACGAGACCCTGTTCGTCTCACCCGC
CTGAACATATTCCGTGTAGCCACCACAGCAGCAGTAAATAACGAGATATG
GAACACCAAATATTGACCGGAGAGATGCTCGCACTGCTGTATTTTTTGGA
ACATATCTGGCGGGTTTCCGCGATATCAGCATTCCGCGTGTTGCGGAAAA
CCATACCATGAGAACCGCGAGGATTACGGAATCCCACAGCACACCAACTT
GCGTCATGAATAACCCACGGCGCGTCTCTCGTGCTTCCGTTTCATGCACG
GCATCTACCTGATCGTAATACCGTCCGTAGGTGCCAATAAGATATCACAC
CCCATATCACACCCCTGGACCTTTTCTCACAGCCCGATTATCGTATATGG
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CCCCTCTGGCCCCTATCCT back to topCoding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_444:113604..120122+ >EsuBft995_5a-0001 ID=EsuBft995_5a-0001|Name=EsuBft995_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=432bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_444:113604..120122+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b) ATGATCAAGCCTGACGGCGTCCAGCGCAACCTGGTGGGCGAGATCATCGC TCGCTTCGAGAAGAAGGGGTACAAGCTCGCCGCTCTCAAGATGGCGCGGC CCGAGCGATCGCACCTCGAGGAGCACTACGCCGACCTCAGCGGCAAGAGC TTCTTCGCGGGCCTCATCGACTACATGGCGTCTGGCCCCGTGGTGTGCAT GGTGTGGACGGGCGTGAACGTGGTGCTTGAGGGGCGCAAGATGCTCGGAG CCACCAAGCCGTCTGAGTCGGCCATGGGGACCATCCGCGGGGACTTCTGC GTGGAGGTGGGACGCAACGTCTGCCACGGCTCCGACTCCACGGACTCGGC TGAGCACGAGATCAAGCTCTGGTTCCCAGAGGGTGTGTGCGAGTGGGACG CGTGCACCAAGGCCTGGATCTACGAGAAGTGA back to top
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