EsuBft976_6a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview
NameEsuBft976_6a-0001
Unique NameEsuBft976_6a-0001
TypemRNA
OrganismEctocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Scaffold_78contigScaffold_78:68815..70134 +
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b2020-06-19
Properties
Property NameValue
Seed ortholog2880.D8LKV4
ProteomeIdEsuBft976_6
Ownerapollo_admin@sb-roscoff.fr
Notebardet-biedl syndrome 4 protein homolog os:xenopus tropicalis gn:bbs4 pe:2 sv:1 [Automatic annotation]
Nb exon1
Max annot lvl2759|Eukaryota
Length1015
Hectar predicted targeting categoryother localisation
Evalue3.07e-42
EggNOG OGsCOG0457@1|root,KOG1124@2759|Eukaryota
Date last modified2016-06-13
Date creation2016-06-13
Preferred nameBBS4
KEGG koko:K11447,ko:K16531
KEGG Pathwayko05202,map05202
GOsGO:0000003,GO:0000086,GO:0000226,GO:0000242,GO:0000278,GO:0000281,GO:0000288,GO:0000291,GO:0000785,GO:0000910,GO:0000956,GO:0001085,GO:0001103,GO:0001654,GO:0001708,GO:0001750,GO:0001754,GO:0001764,GO:0001838,GO:0001841,GO:0001843,GO:0001894,GO:0001895,GO:0001917,GO:0001947,GO:0002009,GO:0003006,GO:0003007,GO:0003008,GO:0003013,GO:0003073,GO:0003085,GO:0003143,GO:0003352,GO:0003356,GO:0003674,GO:0003774,GO:0003777,GO:0003824,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005654,GO:0005694,GO:0005737,GO:0005768,GO:0005794,GO:0005802,GO:0005813,GO:0005814,GO:0005815,GO:0005829,GO:0005856,GO:0005886,GO:0005911,GO:0005929,GO:0006139,GO:0006325,GO:0006401,GO:0006402,GO:0006464,GO:0006482,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006810,GO:0006928,GO:0006996,GO:0007010,GO:0007017,GO:0007049,GO:0007098,GO:0007154,GO:0007165,GO:0007166,GO:0007275,GO:0007276,GO:0007281,GO:0007283,GO:0007286,GO:0007368,GO:0007389,GO:0007399,GO:0007417,GO:0007420,GO:0007423,GO:0007507,GO:0007600,GO:0007606,GO:0007608,GO:0007610,GO:0008015,GO:0008064,GO:0008092,GO:0008104,GO:0008134,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008214,GO:0008217,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009506,GO:0009605,GO:0009653,GO:0009719,GO:0009725,GO:0009790,GO:0009792,GO:0009799,GO:0009855,GO:0009887,GO:0009888,GO:0009892,GO:0009933,GO:0009934,GO:0009987,GO:0009991,GO:0010033,GO:0010468,GO:0010564,GO:0010605,GO:0010629,GO:0010638,GO:0010639,GO:0012505,GO:0014020,GO:0015630,GO:0015631,GO:0016020,GO:0016043,GO:0016070,GO:0016071,GO:0016331,GO:0016358,GO:0016462,GO:0016477,GO:0016569,GO:0016570,GO:0016577,GO:0016787,GO:0016817,GO:0016818,GO:0017111,GO:0019216,GO:0019221,GO:0019222,GO:0019439,GO:0019538,GO:0019953,GO:0021537,GO:0021543,GO:0021544,GO:0021591,GO:0021756,GO:0021761,GO:0021766,GO:0021915,GO:0021987,GO:0022008,GO:0022402,GO:0022412,GO:0022414,GO:0022603,GO:0022607,GO:0023052,GO:0030030,GO:0030031,GO:0030054,GO:0030154,GO:0030182,GO:0030534,GO:0030832,GO:0030833,GO:0030837,GO:0030900,GO:0031023,GO:0031090,GO:0031175,GO:0031253,GO:0031333,GO:0031344,GO:0031346,GO:0031410,GO:0031514,GO:0031667,GO:0031974,GO:0031981,GO:0031982,GO:0031984,GO:0032095,GO:0032096,GO:0032098,GO:0032099,GO:0032101,GO:0032102,GO:0032104,GO:0032105,GO:0032107,GO:0032108,GO:0032231,GO:0032271,GO:0032272,GO:0032391,GO:0032400,GO:0032401,GO:0032402,GO:0032465,GO:0032501,GO:0032502,GO:0032504,GO:0032507,GO:0032535,GO:0032870,GO:0032879,GO:0032886,GO:0032956,GO:0032970,GO:0032991,GO:0033036,GO:0033043,GO:0033059,GO:0033210,GO:0033365,GO:0034097,GO:0034260,GO:0034451,GO:0034452,GO:0034453,GO:0034454,GO:0034464,GO:0034504,GO:0034613,GO:0034641,GO:0034655,GO:0034708,GO:0035050,GO:0035097,GO:0035148,GO:0035176,GO:0035239,GO:0035295,GO:0035327,GO:0035845,GO:0035869,GO:0036064,GO:0036211,GO:0038108,GO:0040008,GO:0040011,GO:0040012,GO:0040014,GO:0040018,GO:0042221,GO:0042461,GO:0042462,GO:0042592,GO:0042995,GO:0043005,GO:0043009,GO:0043014,GO:0043086,GO:0043087,GO:0043170,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043233,GO:0043254,GO:0043412,GO:0043473,GO:0043928,GO:0044085,GO:0044087,GO:0044089,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044270,GO:0044320,GO:0044321,GO:0044380,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044425,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044430,GO:0044431,GO:0044441,GO:0044444,GO:0044446,GO:0044450,GO:0044451,GO:0044459,GO:0044463,GO:0044464,GO:0044666,GO:0044703,GO:0044770,GO:0044772,GO:0044782,GO:0044839,GO:0045165,GO:0045185,GO:0045444,GO:0045494,GO:0045724,GO:0045776,GO:0045927,GO:0046483,GO:0046530,GO:0046548,GO:0046700,GO:0046907,GO:0048232,GO:0048468,GO:0048487,GO:0048507,GO:0048509,GO:0048513,GO:0048515,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048532,GO:0048562,GO:0048568,GO:0048583,GO:0048585,GO:0048592,GO:0048598,GO:0048609,GO:0048638,GO:0048639,GO:0048646,GO:0048666,GO:0048699,GO:0048729,GO:0048731,GO:0048854,GO:0048856,GO:0048869,GO:0048870,GO:0048871,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050793,GO:0050794,GO:0050877,GO:0050890,GO:0050893,GO:0050896,GO:0051094,GO:0051128,GO:0051129,GO:0051130,GO:0051179,GO:0051234,GO:0051235,GO:0051239,GO:0051240,GO:0051270,GO:0051276,GO:0051301,GO:0051302,GO:0051336,GO:0051346,GO:0051457,GO:0051492,GO:0051493,GO:0051494,GO:0051640,GO:0051641,GO:0051648,GO:0051649,GO:0051650,GO:0051651,GO:0051656,GO:0051674,GO:0051703,GO:0051704,GO:0051705,GO:0051716,GO:0051726,GO:0051875,GO:0051904,GO:0051905,GO:0055044,GO:0055087,GO:0060170,GO:0060249,GO:0060255,GO:0060271,GO:0060295,GO:0060296,GO:0060322,GO:0060324,GO:0060429,GO:0060491,GO:0060562,GO:0060606,GO:0060612,GO:0060613,GO:0060632,GO:0061371,GO:0061448,GO:0061512,GO:0061640,GO:0065007,GO:0065008,GO:0065009,GO:0070013,GO:0070076,GO:0070491,GO:0070727,GO:0070887,GO:0070925,GO:0070988,GO:0071310,GO:0071345,GO:0071495,GO:0071539,GO:0071557,GO:0071704,GO:0071840,GO:0071944,GO:0072175,GO:0072359,GO:0072393,GO:0072595,GO:0072698,GO:0080090,GO:0090066,GO:0090304,GO:0090596,GO:0097458,GO:0097499,GO:0097708,GO:0097730,GO:0097731,GO:0097733,GO:0098588,GO:0098590,GO:0098791,GO:0110020,GO:0110053,GO:0120025,GO:0120031,GO:0120032,GO:0120034,GO:0120035,GO:0120036,GO:0120038,GO:1901360,GO:1901361,GO:1901564,GO:1901575,GO:1902017,GO:1902019,GO:1902115,GO:1902117,GO:1902494,GO:1902855,GO:1902903,GO:1902904,GO:1903047,GO:1903546,GO:1905508,GO:1905515,GO:1990234,GO:2000145
Descriptioncellular component assembly
COG categoryO
BRITEko00000,ko00001,ko01000,ko03036
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6aEsuBft976_6aEctocarpus subulatus male Bft15bgeneScaffold_78 68815..70134 +


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6a-0001EsuBft976_6Ectocarpus subulatus male Bft15bpolypeptideScaffold_78 68884..69123 +


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6a-0001-exonEsuBft976_6a-0001-exonEctocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_78 68815..69804 +
EsuBft976_6a-0001-exonagat-exon-98451Ectocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_78 70110..70134 +


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6a-0001-exonagat-five_prime_utr-15427Ectocarpus subulatus male Bft15bfive_prime_UTRScaffold_78 68815..68883 +


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6a-0001-cdsEsuBft976_6a-0001-cdsEctocarpus subulatus male Bft15bCDSScaffold_78 68884..69123 +


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft976_6a-0001-exonagat-three_prime_utr-23697Ectocarpus subulatus male Bft15bthree_prime_UTRScaffold_78 69124..69804 +
EsuBft976_6a-0001-exonagat-three_prime_utr-23698Ectocarpus subulatus male Bft15bthree_prime_UTRScaffold_78 70110..70134 +


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>EsuBft976_6a-0001 ID=EsuBft976_6a-0001|Name=EsuBft976_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=1015bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_78:68815..70134+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATCCTTCCGAAGATCCAAAGTAGCAGCAGAGGGTCGTTTGTGGTGTCACC
GTATCACCACGAGGAGCCGATGCATGTGGCAGGGAAAGATAGTCACCACC
TCCGAGGTGGCCCGCCTGTTCACCGCCCCGAGACGTTAGAGGGGGTAGTG
TTGCGGGAGCGCCGAAACTGGCGCATATTCTCAGCATTCGCGAGGCAAGA
GTATCCGGAGTGTCTTCAAATCATCGAGGAGCAGCTGCGTGCTTGCAATG
GACTGGCTGAATATGCGATTCACGTGAAGGGTGAGAACTACAGTACCAGT
CTATGGTAGCAAGATCGAACACGATATCATGTGATTGACACATGTACTTC
GATCCATTTCGTTTAAGTTTCAAGCTACGGCAACGGTCTATGTAGACTGC
ATGTACTCGACTCTCCTTAGACTTCAGAATGTCTCTTTTACCTCGTGTGT
GGGATTGCAGACGAATACCGTTTGTGTTGGCCTTGACTGTACTACAGTAA
TTCCTTTCCGTCTTGTATATTTTGCACATTTTACGGGACTTCGACGGCAA
CCAGTGTGGGTTGCACTCGTCAAAGAATATTCGACCACCAACGAATCACG
ATTACCTTGCGGAGGATCTTCAAGATCATAAGGCCTAGGGAGCACAGAAA
TTGCTGGGGAGAGTTCTTCGAACTCCCACAACACCATCATGACTTACATA
CTCTGTGGGCCTCCATCAATACAGAAGATCACCTCGTATGCTTTTGGCCC
CGCCTTTACTTTGATATATCGACTGGCGTATGCCGTGTTTGCTTCCTCCG
GGGATGACCCCCCGCCTGTGTAGGCCAGATTGTGCGAGCCCAGGGTCAAA
TACAGGAGTCTCTGGTGCTATTTCAGGCGGCCACGTGTCTCAGCCCGCAG
AATCCGTCGAACCTGAAACAAGTGGGTCGATGTCTCTTTCTCTTGGGCAA
GCACAAGGCCGCACTCGATGTCTATGGCGAGGCACAACAGATTGATTCAG
AGGATTGGGAGGTGT
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protein sequence of EsuBft976_6a-0001

>EsuBft976_6 ID=EsuBft976_6|Name=EsuBft976_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=79bp
MHVAGKDSHHLRGGPPVHRPETLEGVVLRERRNWRIFSAFARQEYPECLQ
IIEEQLRACNGLAEYAIHVKGENYSTSLW
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mRNA from alignment at Scaffold_78:68815..70134+

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EsuBft976_6a-0001 ID=EsuBft976_6a-0001|Name=EsuBft976_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=1320bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_78:68815..70134+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATCCTTCCGAAGATCCAAAGTAGCAGCAGAGGGTCGTTTGTGGTGTCACC
GTATCACCACGAGGAGCCGATGCATGTGGCAGGGAAAGATAGTCACCACC
TCCGAGGTGGCCCGCCTGTTCACCGCCCCGAGACGTTAGAGGGGGTAGTG
TTGCGGGAGCGCCGAAACTGGCGCATATTCTCAGCATTCGCGAGGCAAGA
GTATCCGGAGTGTCTTCAAATCATCGAGGAGCAGCTGCGTGCTTGCAATG
GACTGGCTGAATATGCGATTCACGTGAAGGGTGAGAACTACAGTACCAGT
CTATGGTAGCAAGATCGAACACGATATCATGTGATTGACACATGTACTTC
GATCCATTTCGTTTAAGTTTCAAGCTACGGCAACGGTCTATGTAGACTGC
ATGTACTCGACTCTCCTTAGACTTCAGAATGTCTCTTTTACCTCGTGTGT
GGGATTGCAGACGAATACCGTTTGTGTTGGCCTTGACTGTACTACAGTAA
TTCCTTTCCGTCTTGTATATTTTGCACATTTTACGGGACTTCGACGGCAA
CCAGTGTGGGTTGCACTCGTCAAAGAATATTCGACCACCAACGAATCACG
ATTACCTTGCGGAGGATCTTCAAGATCATAAGGCCTAGGGAGCACAGAAA
TTGCTGGGGAGAGTTCTTCGAACTCCCACAACACCATCATGACTTACATA
CTCTGTGGGCCTCCATCAATACAGAAGATCACCTCGTATGCTTTTGGCCC
CGCCTTTACTTTGATATATCGACTGGCGTATGCCGTGTTTGCTTCCTCCG
GGGATGACCCCCCGCCTGTGTAGGCCAGATTGTGCGAGCCCAGGGTCAAA
TACAGGAGTCTCTGGTGCTATTTCAGGCGGCCACGTGTCTCAGCCCGCAG
AATCCGTCGAACCTGAAACAAGTGGGTCGATGTCTCTTTCTCTTGGGCAA
GCACAAGGCCGCACTCGATGTCTATGGCGAGGCACAACAGGTATACCTAA
AAAAGGAACAAATCCTGGAGTCTCATGGTATTTTATTGTTGGATGTTGGC
ACAGAAATCGAGCAAAATATGGTTTTTGGTGACAACTCGGGGGACCCCAG
GGCAGATGATTTGGCGGTAAGAAGCCGTCTCAGCGCTGGTATCCCTCCGT
GGAAGGTAGATGTTGTCAGCGCAGCATTCGCTCGTCGGAGAAAGCATCTC
GAAAGGGTGAAATACAACACATGGACGTCATGATCTCTTGGCTCTTCATT
TTTCGTGACTAGACCCTTAACCATGTGCCGTTGTGCGTCTGCAAGATTGA
TTCAGAGGATTGGGAGGTGT
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_78:68815..70134+

>EsuBft976_6a-0001 ID=EsuBft976_6a-0001|Name=EsuBft976_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=240bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_78:68815..70134+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCATGTGGCAGGGAAAGATAGTCACCACCTCCGAGGTGGCCCGCCTGT
TCACCGCCCCGAGACGTTAGAGGGGGTAGTGTTGCGGGAGCGCCGAAACT
GGCGCATATTCTCAGCATTCGCGAGGCAAGAGTATCCGGAGTGTCTTCAA
ATCATCGAGGAGCAGCTGCGTGCTTGCAATGGACTGGCTGAATATGCGAT
TCACGTGAAGGGTGAGAACTACAGTACCAGTCTATGGTAG
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