EsuBft904_8a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview
NameEsuBft904_8a-0001
Unique NameEsuBft904_8a-0001
TypemRNA
OrganismEctocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Scaffold_553contigScaffold_553:931353..935814 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b2020-06-19
Properties
Property NameValue
Seed ortholog2880.D7FLU8
ProteomeIdEsuBft904_8
Protein domainsIPR027417
Ownerapollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon3
Max annot lvl2759|Eukaryota
Length48
Evalue9.34e-26
EggNOG OGsCOG0210@1|root,KOG2108@2759|Eukaryota
Date last modified2016-06-13
Date creation2016-06-13
Preferred nameFBXO18
KEGG koko:K10300
GOsGO:0000018,GO:0000151,GO:0000152,GO:0000724,GO:0000725,GO:0000737,GO:0000785,GO:0001932,GO:0001934,GO:0003674,GO:0003676,GO:0003677,GO:0003678,GO:0003690,GO:0003697,GO:0003824,GO:0004003,GO:0004386,GO:0005488,GO:0005515,GO:0005575,GO:0005622,GO:0005623,GO:0005634,GO:0005694,GO:0005737,GO:0006139,GO:0006259,GO:0006260,GO:0006261,GO:0006275,GO:0006281,GO:0006282,GO:0006302,GO:0006308,GO:0006310,GO:0006464,GO:0006508,GO:0006511,GO:0006725,GO:0006807,GO:0006950,GO:0006974,GO:0006996,GO:0008026,GO:0008094,GO:0008150,GO:0008152,GO:0008156,GO:0008219,GO:0009056,GO:0009057,GO:0009058,GO:0009059,GO:0009607,GO:0009719,GO:0009889,GO:0009890,GO:0009892,GO:0009893,GO:0009966,GO:0009967,GO:0009987,GO:0010498,GO:0010556,GO:0010558,GO:0010562,GO:0010569,GO:0010604,GO:0010605,GO:0010646,GO:0010647,GO:0010941,GO:0010942,GO:0015616,GO:0016043,GO:0016462,GO:0016567,GO:0016787,GO:0016817,GO:0016818,GO:0016887,GO:0017111,GO:0017116,GO:0017117,GO:0019005,GO:0019219,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019439,GO:0019538,GO:0019941,GO:0023051,GO:0023056,GO:0030163,GO:0030674,GO:0031146,GO:0031297,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031325,GO:0031326,GO:0031327,GO:0031399,GO:0031401,GO:0031461,GO:0032268,GO:0032270,GO:0032392,GO:0032446,GO:0032508,GO:0032991,GO:0033202,GO:0033554,GO:0034641,GO:0034645,GO:0034655,GO:0035561,GO:0035562,GO:0036211,GO:0042325,GO:0042327,GO:0042623,GO:0042981,GO:0043065,GO:0043067,GO:0043068,GO:0043138,GO:0043140,GO:0043142,GO:0043161,GO:0043170,GO:0043224,GO:0043226,GO:0043227,GO:0043228,GO:0043229,GO:0043231,GO:0043232,GO:0043412,GO:0043632,GO:0044092,GO:0044237,GO:0044238,GO:0044248,GO:0044249,GO:0044257,GO:0044260,GO:0044265,GO:0044267,GO:0044270,GO:0044422,GO:0044424,GO:0044427,GO:0044428,GO:0044446,GO:0044464,GO:0045005,GO:0045738,GO:0045910,GO:0045934,GO:0045937,GO:0046483,GO:0046700,GO:0048478,GO:0048518,GO:0048519,GO:0048522,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048584,GO:0048585,GO:0050789,GO:0050794,GO:0050896,GO:0051052,GO:0051053,GO:0051098,GO:0051100,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051173,GO:0051174,GO:0051246,GO:0051247,GO:0051276,GO:0051603,GO:0051716,GO:0060090,GO:0060255,GO:0060542,GO:0065007,GO:0065009,GO:0070035,GO:0070647,GO:0071103,GO:0071216,GO:0071495,GO:0071704,GO:0071840,GO:0072396,GO:0072402,GO:0072423,GO:0072429,GO:0080090,GO:0080134,GO:0080135,GO:0090304,GO:0090305,GO:0090329,GO:0097159,GO:0140097,GO:1901360,GO:1901361,GO:1901363,GO:1901564,GO:1901565,GO:1901575,GO:1901576,GO:1902229,GO:1902231,GO:1902494,GO:1902531,GO:1902533,GO:1904949,GO:1990234,GO:1990518,GO:2000042,GO:2000104,GO:2000112,GO:2000113,GO:2000779,GO:2000780,GO:2001020,GO:2001021,GO:2001022,GO:2001233,GO:2001235,GO:2001242,GO:2001244
EC3.6.4.12
DescriptionATP-dependent DNA helicase activity
COG categoryL
BRITEko00000,ko01000,ko04121
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft904_8aEsuBft904_8aEctocarpus subulatus male Bft15bgeneScaffold_553 931353..935814 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft904_8a-0001-exonagat-exon-64278Ectocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_553 931353..931649 -
EsuBft904_8a-0001-exonEsuBft904_8a-0001-exonEctocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_553 935013..935063 -
EsuBft904_8a-0001-exonagat-exon-64279Ectocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_553 935680..935814 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft904_8a-0001-cdsEsuBft904_8a-0001-cdsEctocarpus subulatus male Bft15bCDSScaffold_553 931353..931649 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft904_8a-0001EsuBft904_8Ectocarpus subulatus male Bft15bpolypeptideScaffold_553 931353..935814 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>EsuBft904_8a-0001 ID=EsuBft904_8a-0001|Name=EsuBft904_8a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=483bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_553:931353..935814- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGTGGACGACTACATATCGGCGGACAAGACCCCTCACCAAGTCTTGGC
GGACATGGGAGTCGTGGAAACCATGGGTCTAGGCCCGGACTCCGAGGGCC
CGCTAATGATCCTGTCCACCGTCCACAAGATCAAGGGGCTGGAGTACGAC
ACCGTGGTGCTCGCAGACGACTTTTCCTTCGAGCCGAATCTGAGGAAAGA
ATCCAAGGATAAGGAGGGTCTAGAAGTGTACGGAATGTTGAAGGAAGGAA
TAGGGTTCAAGGACTACCTACATGGACCAATGGATGCAGGAACAAAGCTT
AAGGTCAAATTCAGGACCGGGGACATAGGCCTTCGAGAACGTCGACGAAG
ACATAGGACGGTAGACGAGGAAGACGACGAGTTCAAATGTGATTGCGGCT
TCGAATGCGAAGACCGTGTTCATGTAGTCGCGGAATGTCCGTGGTACACG
ATGGAGAGGCAAGTGTACGTGACTGAGCTNNNN
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protein sequence of EsuBft904_8a-0001

>EsuBft904_8 ID=EsuBft904_8|Name=EsuBft904_8a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=161bp
MVDDYISADKTPHQVLADMGVVETMGLGPDSEGPLMILSTVHKIKGLEYD
TVVLADDFSFEPNLRKESKDKEGLEVYGMLKEGIGFKDYLHGPMDAGTKL
KVKFRTGDIGLRERRRRHRTVDEEDDEFKCDCGFECEDRVHVVAECPWYT
MERQVYVTELX
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mRNA from alignment at Scaffold_553:931353..935814-

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EsuBft904_8a-0001 ID=EsuBft904_8a-0001|Name=EsuBft904_8a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=4462bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_553:931353..935814- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTGGACGACTACATATCGGCGGACAAGACCCCTCACCAAGTCTTGGC
GGACATGGGAGTCGTGGAAACCATGGGTCTAGGCCCGGACTCCGAGGGCC
CGCTAATGATCCTGTCCACCGTCCACAAGATCAAGGTACGGTACCGAGCG
GTAGATGTCGGTCTGTGCATTGGTTTTTAGTTCGCTGCACTTGTATGTAA
GTCGCTCCGAAGCATCCCCGGCAGCGCGGAAGTCACAACTCAGTAGTAGC
GTTTGGGGTACTCGGGAGCATTTCTCATTTTTCGGTATCCTGTGCTTCGG
CAGCTTAAATTTGTCGACTCTTGTGGGTTGCCTTCCACGTTTTGCATCAG
TGGGTTCTCAGGTTCGGGGCTTGGGTGAAGGTCGAGCCGAGCAGGCTCTT
CTCGCCTCTAAAAGAGTTGATTGCAACAGTACCGTCCAACACCGGCTCCT
TTTGTCGATGAGCCGGTTACCGTAGTGGGGTCGATGCTAGTTGAAGAAGC
GCATACACACAGCGCGCTCGAGGTGGGCAACCTTGTTGTATGCAGATGCT
GGTGGTCTCCCTTACTGTTGTCTGGAAATGGGAAGGAATATTGACGTATG
ATTACACCCGACACTCTTTTCAAGTGTAGTATTGGAGATCTCGAATTTGT
TGGCCCTGTCATGTGCGGAAAAACTTGGCCCGTCTCCCGAAGCAGAAAAA
GCATGACGGTTTTCACACCAGTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTATTTTCGCA
GGGGCTGGAGTACGACACCGTGGTGCTCGCAGACGACTTTTCCTTCGAGC
CGGTGAACGGAAGCTCGCCCCTCCTCAAGAGCGCCACCGAAAGTCGCCAC
CCAGGACATGAATATACGCCCAGTAGACACGCTACACCGCCAACGAAAGG
CGCTTTTAGGACGTCTGGGTGTTTACTAAGCAGAGCGCCCGGCACAAGAC
TGGGGTACTTGTGTCAGGAGGTGTGAACTTGGATCTAGACTACGAGCCTA
TGTTGGAGGCGCTGTTTAGCGTCGGTGAGCCGGCAAAAGAACTGAAAGGA
ACCACAACCCCCGACGGACACTCGGATTGAGAAGGCCGAGTATTCCGTAT
ACCTTCCTGAAAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNAAGAACAGAATCTGAGGAAAGAATCCAAGGATAAGGAGGGTCT
AGAAGTGTACGGAATGTTGAAGGAAGGAATAGGGTTCAAGGACTACCTAC
ATGGACCAATGGATGCAGGAACAAAGCTTAAGGTCAAATTCAGGACCGGG
GACATAGGCCTTCGAGAACGTCGACGAAGACATAGGACGGTAGACGAGGA
AGACGACGAGTTCAAATGTGATTGCGGCTTCGAATGCGAAGACCGTGTTC
ATGTAGTCGCGGAATGTCCGTGGTACACGATGGAGAGGCAAGTGTACGTG
ACTGAGCTNNNN
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_553:931353..935814-

>EsuBft904_8a-0001 ID=EsuBft904_8a-0001|Name=EsuBft904_8a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=483bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_553:931353..935814- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTGGACGACTACATATCGGCGGACAAGACCCCTCACCAAGTCTTGGC
GGACATGGGAGTCGTGGAAACCATGGGTCTAGGCCCGGACTCCGAGGGCC
CGCTAATGATCCTGTCCACCGTCCACAAGATCAAGGGGCTGGAGTACGAC
ACCGTGGTGCTCGCAGACGACTTTTCCTTCGAGCCGAATCTGAGGAAAGA
ATCCAAGGATAAGGAGGGTCTAGAAGTGTACGGAATGTTGAAGGAAGGAA
TAGGGTTCAAGGACTACCTACATGGACCAATGGATGCAGGAACAAAGCTT
AAGGTCAAATTCAGGACCGGGGACATAGGCCTTCGAGAACGTCGACGAAG
ACATAGGACGGTAGACGAGGAAGACGACGAGTTCAAATGTGATTGCGGCT
TCGAATGCGAAGACCGTGTTCATGTAGTCGCGGAATGTCCGTGGTACACG
ATGGAGAGGCAAGTGTACGTGACTGAGCTNNNN
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