EsuBft891_11a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft891_11a-0001
Unique Name	EsuBft891_11a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_152	contig	Scaffold_152:169997..175277 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft891_11
Protein domains	Coil
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	1
Length	515
Date last modified	2016-06-13
Date creation	2016-06-13

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft891_11a	EsuBft891_11a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_152 169997..175277 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft891_11a-0001-exon	agat-exon-99062	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_152 169997..175139 +
EsuBft891_11a-0001-exon	EsuBft891_11a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_152 175263..175277 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft891_11a-0001-cds	EsuBft891_11a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_152 169997..170146 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft891_11a-0001-exon	agat-three_prime_utr-22791	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_152 170147..175139 +
EsuBft891_11a-0001-exon	agat-three_prime_utr-22792	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_152 175263..175277 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft891_11a-0001	EsuBft891_11	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_152 169997..170146 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_152:169997..175277+
coding sequence from alignment at Scaffold_152:169997..175277+

spliced messenger RNA

>EsuBft891_11a-0001 ID=EsuBft891_11a-0001|Name=EsuBft891_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=5158bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_152:169997..175277+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGTTGCAAGAAAAAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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GGCTTTCTTTACCGTCTGCTTGATGAACTTGATTTCGAATGGTTCATCAG
CTTCGGCGACGGAGTCGATCTTGTGCGTTTTTATACGATCTCCCGCACCT
TTGATGCTGGAATCCCACGCAGTAGCAATATCGTCAGGATCTTCGTTAGG
GTGTAGGTTGCGAAGATGCTCCAGCGTGTCGTTGTTGCGCGGTGAACGTG
CTGGGGAGATTAAGGCACTGGCAGCTTTAGTGATGCCTCCGCTTTCGTGC
GCAAGTCTTGTGGCTCTTCTTTGGCGATTGTCTTCAGTATCCGCATAATA
CTGAAGTCGACGATTCTTCTCGTACATCATGAGCCAGGCGATAGGTTCAC
TCAGATCACCATTTGCAAAGCGGTTAAATCGGGATACCCTGTTCATCCTT
CCATCAGTCGATCCATGTAATGCTGGGGTAAGATGAAGCAACTTTGTTGC
TCGGACAAGTTGGAGTTGTCTTTCAACACGTGCTACTTCATATAGATTTT
ACCTGCAC

protein sequence of EsuBft891_11a-0001

>EsuBft891_11 ID=EsuBft891_11|Name=EsuBft891_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=50bp
MLQEKKTXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

mRNA from alignment at Scaffold_152:169997..175277+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft891_11a-0001 ID=EsuBft891_11a-0001|Name=EsuBft891_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=5281bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_152:169997..175277+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTTGCAAGAAAAAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTTCGGCGACGGAGTCGATCTTGTGCGTTTTTATACGATCTCCCGCACCT
TTGATGCTGGAATCCCACGCAGTAGCAATATCGTCAGGATCTTCGTTAGG
GTGTAGGTTGCGAAGATGCTCCAGCGTGTCGTTGTTGCGCGGTGAACGTG
CTGGGGAGATTAAGGCACTGGCAGCTTTAGTGATGCCTCCGCTTTCGTGC
GCAAGTCTTGTGGCTCTTCTTTGGCGATTGTCTTCAGTATCCGCATAATA
CTGAAGTCGACGATTCTTCTCGTACATCATGAGCCAGGCGATAGGTTCAC
TCAGATCACCATTTGCAAAGCGGTTAAATCGGGATACCCTGTTCATCCTT
CCATCAGTCGATCCATGTAATGCTGGGGTAAGATGAAGCAACTTTGTTGC
TCGGACAAGTTGGAGTTGTCTTTCAACACGTGCTACTTCATATGTGTGTG
TGAATGTTTCTCCACCTGCACTATTGCGGGGCACCGCGGTGCCCAACCTG
CACTATATCGGGTATCTGCCTCAATAGTGCAGATCCTGCACTATTGAGGG
CGCCGTCTGTGCGCAGAGATTTTACCTGCAC

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_152:169997..175277+

>EsuBft891_11a-0001 ID=EsuBft891_11a-0001|Name=EsuBft891_11a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=150bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_152:169997..175277+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGTTGCAAGAAAAAAAAACACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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