EsuBft873_6a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft873_6a-0001
Unique Name	EsuBft873_6a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_246	contig	Scaffold_246:489993..496424 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	2880.D7FSK2
ProteomeId	EsuBft873_6
Protein domains	IPR006912
Protein domains	PTHR22930
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	2
Max annot lvl	2759\|Eukaryota
Length	574
Evalue	1.36e-35
EggNOG OGs	2E2RF@1\|root,2S9YA@2759\|Eukaryota
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Description	Plant transposon protein
COG category	S

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GO	0016788

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft873_6a	EsuBft873_6a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_246 489993..496424 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft873_6a-0001-exon	EsuBft873_6a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_246 489993..490367 +
EsuBft873_6a-0001-exon	agat-exon-21200	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_246 491058..496424 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft873_6a-0001-cds	EsuBft873_6a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_246 489993..490367 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft873_6a-0001-exon	agat-three_prime_utr-22520	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_246 491409..496424 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft873_6a-0001	EsuBft873_6	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_246 489993..491408 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_246:489993..496424+
coding sequence from alignment at Scaffold_246:489993..496424+

spliced messenger RNA

>EsuBft873_6a-0001 ID=EsuBft873_6a-0001|Name=EsuBft873_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=5742bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_246:489993..496424+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGCCGAGACCGGCGTGGGTGATGATGCCCTGCTGCCAGCGACCGCGCT
TGCGGTGGCCCTGGTGGCCCTCGATGAGGTCCAACGCAACGACTTGTCGC
AAGAGGAGGAGGATACTGCCCCCGACCTTCCCCGTCCTAGACTCTCAAGA
ACGCAGCGACAGAGGAAAGACGTGAAGACATGCGCTTGGGCACAGATGTT
GGAGGACAAAGACCTCGAGGACAGCAACAGCAGAACCTCCAAGCAGTTTC
GTCTTGACTTCCGCGTCCCCTACTCATTTTTCCTGCGGCTCGTGGCGTTG
GTCAAGAGCAAGAACTGGTTCGTTACTGCGGGCTGCGATGGAGCAGGTCG
GCACAGCCACCCAGTGGAGCACAAGGTGCTGGCCTGGCTGACCATACTCG
GCCGGGGCAACTGCTTTGCAAGCATATACCAGATGTCGTGGATGAGCGCT
GCGACCGTGCAGGCGATGTTCCACAAGTTCTGCAAGCACTTCGCACGGGA
AATGTACGATGAACACATCTACCTCCCGTCGGAACAGAACGGCGAGCTGG
ACCACGTCATGAAGCAGTACGACCGGCTTGGCTTTTCGGGCGCGATGGGG
TCCATGGATGTAACTCATATCGGTTGGAGCAAGTGCCCCTACAACTTAGC
CCGTTCGTACACGGGCAAGGAGGGGGTTCCCACGGTCGGGTACCAGGTCA
CGGTTAATCACGCTGGCCGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNTTTTTTGCCGTCGGTGAAGAGGACCGCGTCTGC
GTCGCAGCAACATGGGGTAGGCAAAAGTCGAACAGCAGCAGTAGTAGTTA
ATGGTCAGCAGTAGCGGCAAACATACCCTGCTGGAGGGCGTGCATTGTGT
TGCGTCGTCGCTGTACAGAATATTGCTCTCCATGTGCCTATCGGTAGGAG
TAAGTGCGGTATGTACTGCTCAAGAATATGGCCACGCTCGGGTAGCCATA
CAGCTGAGCCTCGACAAGCTACGTTACGACTGGTGCACTTACTAAAGGGT
TGCATCCTGTGATTGCCGCCCAAAGGATGGGCCGTGGCTTGACAAGGTAT
CCTATGCATACAGCAGCAGTATCATCTTGGTTCTTCTTGCGGCAGCAGCC
CGTCATGGCCTGGTGAGTGCAGCAAAAATGCAACTTTGGCCGGACCCGGT
ACCCTACACCCTACGTTGAGCATGTCATGTTGAACAGCACACCATGAAGG
CACCGAACCCAGCCTGTCTCCATCATGACGGTTGTCTTACGCACTCGAAA
CCTGCCTCTCTCTCTCCCGCGTTCGTTGTGTCTCACCTCCGCTCATCGAC
GTCCTTCCCATGACCTCGAACGTGAGCCACGGCTGCGAGAAGTATTGATC
CGCCTCCAAGTTTTCCTTGAGCCACTTGAAGAAGCCAGGGACAGCGATGT
CCTTGTACCCCTTCGCCACTGCCGCGTGCTTGGCCTGTGTGGAGACAATC
CCGGCGTTGCGCTTGACCGCCAATTCAGCAACTTGGTGTCCGTCAGGCCG
GAGCTCCTCTTGTCCCGCAGCATCGAAATCACTGTCTCCGCATACGAGTT
GAACTCCAGCGGGAGAGACTGTACGCCATCTAGTTTCATAGCATTCATGG
TCTGCTGTACGGGATGCGACTGCTGTGTGCAGAGTGGCGCTGGTGCAGAA
AAGCGTTGTGTTTTGTGGTGTGCGCGGTGTGTGCTGTGAGCG

protein sequence of EsuBft873_6a-0001

>EsuBft873_6 ID=EsuBft873_6|Name=EsuBft873_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=242bp
MAETGVGDDALLPATALAVALVALDEVQRNDLSQEEEDTAPDLPRPRLSR
TQRQRKDVKTCAWAQMLEDKDLEDSNSRTSKQFRLDFRVPYSFFLRLVAL
VKSKNWFVTAGCDGAGRHSHPVEHKVLAWLTILGRGNCFASIYQMSWMSA
ATVQAMFHKFCKHFAREMYDEHIYLPSEQNGELDHVMKQYDRLGFSGAMG
SMDVTHIGWSKCPYNLARSYTGKEGVPTVGYQVTVNHAGRAX

mRNA from alignment at Scaffold_246:489993..496424+

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft873_6a-0001 ID=EsuBft873_6a-0001|Name=EsuBft873_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=6432bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_246:489993..496424+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGCCGAGACCGGCGTGGGTGATGATGCCCTGCTGCCAGCGACCGCGCT
TGCGGTGGCCCTGGTGGCCCTCGATGAGGTCCAACGCAACGACTTGTCGC
AAGAGGAGGAGGATACTGCCCCCGACCTTCCCCGTCCTAGACTCTCAAGA
ACGCAGCGACAGAGGAAAGACGTGAAGACATGCGCTTGGGCACAGATGTT
GGAGGACAAAGACCTCGAGGACAGCAACAGCAGAACCTCCAAGCAGTTTC
GTCTTGACTTCCGCGTCCCCTACTCATTTTTCCTGCGGCTCGTGGCGTTG
GTCAAGAGCAAGAACTGGTTCGTTACTGCGGGCTGCGATGGAGCAGGTCG
GCACAGCCACCCAGTGGAGCACAAGGTAAGCTGACGGCATGTATGTCGGA
TTCGTACGAGTGCAGCCTCTGCCCATACCAAGAAGAAGCTGCTGTACACT
GCTGTACATACTGCTGTCGTGCTGTTGATACAAGCGGAGGAACTACAACG
TACTGCAACTAACTACAGCAGTGCTACAGCAGTGGTCGAGCACCAGTGCT
TCCGCATACAGCAGTCGAGCACAAGCATTCTGGAATGTTACGGTACAGAC
GCTCTGTCCATAACCTACAAGAAGGGGAGTTCTGCTGATGTAGTGTGGAG
CAAAAACCATGCGCAGTTTTAGGACTGTTGTTCAGCTGCATGCCCTCGCC
CGTGGCCGAGACGCGCTTGGTGACCGCTGGCCGAGCTCTCCCACTCTTGC
AAAAAGTTCCCGCGGTCGCTCTGCTGTCGTGCATAGCAGCATATACACTG
CTTCTACATACACTGCTGTGCCGTTGTTACGTCACCTTGGGTTGAACTGG
CGTCCGGGATATCGCCGGAGACGAGTCCTCCAGTCAGCGCAACATCGCTA
AATAGGCTGAACTCACAGTCGTTGAGTTGTTCAGCGCATGGCACAATACT
CAGTCTCCCGCCCGTGAGATGCTTCCGCACGGCTTTACAGGCAACCACAC
CACATCATCACTAATAGCACCGCTGTATCCCGTGTATACGTTCCTTGTTG
AACTTGCTGGTGCAGGTGCTGGCCTGGCTGACCATACTCGGCCGGGGCAA
CTGCTTTGCAAGCATATACCAGATGTCGTGGATGAGCGCTGCGACCGTGC
AGGCGATGTTCCACAAGTTCTGCAAGCACTTCGCACGGGAAATGTACGAT
GAACACATCTACCTCCCGTCGGAACAGAACGGCGAGCTGGACCACGTCAT
GAAGCAGTACGACCGGCTTGGCTTTTCGGGCGCGATGGGGTCCATGGATG
TAACTCATATCGGTTGGAGCAAGTGCCCCTACAACTTAGCCCGTTCGTAC
ACGGGCAAGGAGGGGGTTCCCACGGTCGGGTACCAGGTCACGGTTAATCA
CGCTGGCCGTGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CATGGGGTAGGCAAAAGTCGAACAGCAGCAGTAGTAGTTAATGGTCAGCA
GTAGCGGCAAACATACCCTGCTGGAGGGCGTGCATTGTGTTGCGTCGTCG
CTGTACAGAATATTGCTCTCCATGTGCCTATCGGTAGGAGTAAGTGCGGT
ATGTACTGCTCAAGAATATGGCCACGCTCGGGTAGCCATACAGCTGAGCC
TCGACAAGCTACGTTACGACTGGTGCACTTACTAAAGGGTTGCATCCTGT
GATTGCCGCCCAAAGGATGGGCCGTGGCTTGACAAGGTATCCTATGCATA
CAGCAGCAGTATCATCTTGGTTCTTCTTGCGGCAGCAGCCCGTCATGGCC
TGGTGAGTGCAGCAAAAATGCAACTTTGGCCGGACCCGGTACCCTACACC
CTACGTTGAGCATGTCATGTTGAACAGCACACCATGAAGGCACCGAACCC
AGCCTGTCTCCATCATGACGGTTGTCTTACGCACTCGAAACCTGCCTCTC
TCTCTCCCGCGTTCGTTGTGTCTCACCTCCGCTCATCGACGTCCTTCCCA
TGACCTCGAACGTGAGCCACGGCTGCGAGAAGTATTGATCCGCCTCCAAG
TTTTCCTTGAGCCACTTGAAGAAGCCAGGGACAGCGATGTCCTTGTACCC
CTTCGCCACTGCCGCGTGCTTGGCCTGTGTGGAGACAATCCCGGCGTTGC
GCTTGACCGCCAATTCAGCAACTTGGTGTCCGTCAGGCCGGAGCTCCTCT
TGTCCCGCAGCATCGAAATCACTGTCTCCGCATACGAGTTGAACTCCAGC
GGGAGAGACTGTACGCCATCTAGTTTCATAGCATTCATGGTCTGCTGTAC
GGGATGCGACTGCTGTGTGCAGAGTGGCGCTGGTGCAGAAAAGCGTTGTG
TTTTGTGGTGTGCGCGGTGTGTGCTGTGAGCG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_246:489993..496424+

>EsuBft873_6a-0001 ID=EsuBft873_6a-0001|Name=EsuBft873_6a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=726bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_246:489993..496424+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGCCGAGACCGGCGTGGGTGATGATGCCCTGCTGCCAGCGACCGCGCT
TGCGGTGGCCCTGGTGGCCCTCGATGAGGTCCAACGCAACGACTTGTCGC
AAGAGGAGGAGGATACTGCCCCCGACCTTCCCCGTCCTAGACTCTCAAGA
ACGCAGCGACAGAGGAAAGACGTGAAGACATGCGCTTGGGCACAGATGTT
GGAGGACAAAGACCTCGAGGACAGCAACAGCAGAACCTCCAAGCAGTTTC
GTCTTGACTTCCGCGTCCCCTACTCATTTTTCCTGCGGCTCGTGGCGTTG
GTCAAGAGCAAGAACTGGTTCGTTACTGCGGGCTGCGATGGAGCAGGTCG
GCACAGCCACCCAGTGGAGCACAAGGTGCTGGCCTGGCTGACCATACTCG
GCCGGGGCAACTGCTTTGCAAGCATATACCAGATGTCGTGGATGAGCGCT
GCGACCGTGCAGGCGATGTTCCACAAGTTCTGCAAGCACTTCGCACGGGA
AATGTACGATGAACACATCTACCTCCCGTCGGAACAGAACGGCGAGCTGG
ACCACGTCATGAAGCAGTACGACCGGCTTGGCTTTTCGGGCGCGATGGGG
TCCATGGATGTAACTCATATCGGTTGGAGCAAGTGCCCCTACAACTTAGC
CCGTTCGTACACGGGCAAGGAGGGGGTTCCCACGGTCGGGTACCAGGTCA
CGGTTAATCACGCTGGCCGTGCNNNN