EsuBft569_5a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft569_5a-0001
Unique Name	EsuBft569_5a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_242	contig	Scaffold_242:489700..498168 -

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	2880.D7G903
ProteomeId	EsuBft569_5
Protein domains	IPR017986
Protein domains	IPR015943
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	3
Max annot lvl	2759\|Eukaryota
Length	724
Hectar predicted targeting category	other localisation
Evalue	1.58e-147
EggNOG OGs	2CME1@1\|root,2QQ39@2759\|Eukaryota
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Preferred name	CFAP43
GOs	GO:0001932,GO:0001933,GO:0003674,GO:0004857,GO:0004860,GO:0006469,GO:0008150,GO:0009892,GO:0009966,GO:0009968,GO:0010563,GO:0010605,GO:0010646,GO:0010648,GO:0010941,GO:0019207,GO:0019210,GO:0019220,GO:0019222,GO:0019887,GO:0023051,GO:0023057,GO:0030234,GO:0031323,GO:0031324,GO:0031399,GO:0031400,GO:0032268,GO:0032269,GO:0033673,GO:0042325,GO:0042326,GO:0042981,GO:0043066,GO:0043067,GO:0043069,GO:0043086,GO:0043549,GO:0044092,GO:0045859,GO:0045936,GO:0048519,GO:0048523,GO:0048583,GO:0048585,GO:0050789,GO:0050790,GO:0050794,GO:0051171,GO:0051172,GO:0051174,GO:0051246,GO:0051248,GO:0051338,GO:0051348,GO:0060255,GO:0060548,GO:0065007,GO:0065009,GO:0080090,GO:0098772,GO:1902041,GO:1902042,GO:2001233,GO:2001234,GO:2001236,GO:2001237

Cross References

External references for this mRNA


Database	Accession
GO	0031227

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft569_5a	EsuBft569_5a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_242 489700..498168 -

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft569_5a-0001	EsuBft569_5	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_242 496357..498168 -

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-exon-10529	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 489700..489896 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-exon-10530	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 490024..490067 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-exon-10532	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 490137..490622 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-exon-10528	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 490711..496671 -
EsuBft569_5a-0001-exon	EsuBft569_5a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 497096..497485 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-exon-10531	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 497998..498168 -

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-18531	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 489700..489896 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-18532	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 490024..490067 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-18533	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 490137..490622 -
EsuBft569_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-18534	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_242 490711..496356 -

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft569_5a-0001-cds	EsuBft569_5a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_242 496357..496671 -

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_242:489700..498168-
coding sequence from alignment at Scaffold_242:489700..498168-

spliced messenger RNA

>EsuBft569_5a-0001 ID=EsuBft569_5a-0001|Name=EsuBft569_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=7249bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:489700..498168- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGTATTGCGAGGTACCCTGCACGGTGGCACCGATCTCCGGTACACCGA
TGTGGCTTTTAGCCGTGATGGAGCACGGGTTGCAGCGTTCGGAAATCGCA
CGGACCACTTGGCAACAGTGTGGAATGTGAAGAAGGCTTCGGCAGATGAA
GAAGAGCTCACAGGAGAAAAGGTAATATCTCCAACCAAGGCCAAAGCACC
TGCTCCGCGAGGCAGGGGCAAGCGGAACCTGCTCGGAGAAGAGGACGACA
TCGAGGTCGACGATGTCAACGCGGATCACAATGCGATCGGTACCGCGGAC
TGCGTGAACTCGACTGGTGCAAGCGACCAACCCCTCCCCGACGCGGCAAG
TGCCCCTGCAGAAGCCTCGACCTCGTGCAGTCCATCTTCTTTAGAGAGCA
GCCAACCTGAGACAGGAGATGCGGCAGGAGCTATTGCCGCGGCCGAGATA
TTCCACCTCGAGAACCTCGTTACCATGGGGGATGGGAAGCACGACTCCTT
CACGTGTCATTGCTGGGGGCTTGAAAGCACGCTCTGGGCTGTCAATGAAC
CGGGACAATTGGCATGCTTTGATGCCAACACGGGCAAGTATACTTCTTGC
GTGACACTCAGCCGTGCTTCGAACACCTCCGACGGGGGATGGACGGCTGT
TGGCCTCCTCATGACTAAGACTCACATTGTCGTGACTGGTAGCGACGGCT
CGATCGAATGGCTTGCACTTCCGACCCAGTCAGGGGGGAGCCTCGAGGTA
CTCTTGAACTTTCTTTTCAAGGTTGCCAGAACCCCAATAAGTTATGGAAT
GCTTAGATCGGAGCGTACAGTTGACCTTACAGCACCCAGCGATCAGATTT
CGACCCCGTCAAATGTCCCCCCCTAGCCGCTTGACCACTCTGCCGCAACG
TGCGTGATAGGGTGACTTGACTATCGACGTGAGCATGAAGCTTGAACGTA
TGGTCACGTCCATGTTCTGCAAGTTTTACACACTATTGGCCTTTCGTGGG
TCTGACTTGGTTCATGTGCACTCACTGACCCATATCGACTATTTGCCCGA
CTTGCCTGTTTGCAGGTGGAGTTTAGCATCCAGCTGCTGCGTGACGACAG
CTCACCCTGCCGCGCTGTTGCGATGGCGTGCAGTCCTCTGTATGACAAGA
TGGTGGTGGGCTCATCTGGTGGAAGGGACTCAAACGTGTTTTTCCTATGG
TGTGCTCTGTCGGAGAGGGTAGGGGGGGGGGGGGGGGGGNNNNNNNNNNN
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NNNNNNCTTCCTTCAACATTCCGTACACTTCTAGACCCTCCTTATCCTTG
GATTCTTTCCTCAGATTCTGTTCTTCTCTCTCGGCACAAGCAACAGATAT
CTTCTCCTTGAACCCCTGTAGACCCTCCGTTTCCAGCGTTTCATCTTCGC
GATGTCGAGCCCCTTCCACACGTGCTCTACAACCTTGACCCATTCCGTGG
GTTGTCTACCCCTCTTTTTGTTTCCCTACTTCGCCTCCCATACAATTCAC
GGCAACCTCTCCTCCCCCATCCCGCACATGCGATACTGTAATGTCAGCTT
TCCCGTGTCTCTTCCCGACCGTAGGGATTGGATCCCCAATTCTGCCCTGA
CGGCTGCATTACTTGTTGTGCGCTTGGAGCATCCAAGAATGATTTTCGCT
GCTTTCATCTGCGCCGCCTCGAGTTCTTTCACACCCTTTTTATTTCCTTC
CCATACTTCTCGGCGTACTCTAGCGGCGGTACGATGACGCTCTTCAAAAC
CGTCAATGTGATGCGTGTATCGAGGTGCCGGTTCGCGAGTATTGGGTGCA
GCTTCCCTGCTCGTGCTTTGCCCTTTTCCGCTACCNNNNNNNNNNNNNNN
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CATACCGACAAAATCATCCGCAAACAGCATTCCTGAAAACGGCGTGTCCG
TGTCCCCTGCTTTTACTCCCTTCCGGACTGCCTCTACGACTTCCAACAGA
TCGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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CTAAGTCCTCCACCGCCCAATGGGGGACTTTAGTATTTATTTTAATGCCG
TACCAATAGGCATTAACCTTAGGGGGGGTTCGGGTACTGGTTGGGGGTCG
GTTCTATGTGTACTGCATCCTCGAATTGTCCCCTCACTATAGCTANNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCACTCCAAGCGTCTAT
GTGTCTGGCACTATCCAACATCACTCAACTCGTGGGGGTGTCAGTATGTA
GCTATCCCCACGCAGCGCGTCTATGTGTCTGGCAAACTCAAAAACCAATC
CATCTGTGAGGTTTCAGTATGCAGCTATCTTCACTCAACACGTCTATGTA
ACCGGCAATCTCCAATACAAATCACCTGTGATGTTCAATATGTGTCTATC
CTCATTCAAGGCGTCTATGTGTCCGGCACTATCCAACATCACTCAACCCG
TGGGGTTTCAATATGCACCTATCCCCACTCAACCCGTCTATGTGTCTGGC
AAACTCAACAACCAATGCATCTGTGAGGTTTCAGTATGCAGCTATCTTCA
CTCAACACGCGTCTATGTGTCCGGCACTATCCAACATCACTCAACCCGTG
GGGTTTCCGTAAGCAATCCTCACTCCACGCATCCATGCGTCACGCGTCTT
TGGTAGCGCATACTATGGGGGCTATATTTGGGGTGGCGTGTTTTACAGCG
CTTTGCCAACAGCGCCAACCCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

protein sequence of EsuBft569_5a-0001

>EsuBft569_5 ID=EsuBft569_5|Name=EsuBft569_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=291bp
MVLRGTLHGGTDLRYTDVAFSRDGARVAAFGNRTDHLATVWNVKKASADE
EELTGEKVISPTKAKAPAPRGRGKRNLLGEEDDIEVDDVNADHNAIGTAD
CVNSTGASDQPLPDAASAPAEASTSCSPSSLESSQPETGDAAGAIAAAEI
FHLENLVTMGDGKHDSFTCHCWGLESTLWAVNEPGQLACFDANTGKYTSC
VTLSRASNTSDGGWTAVGLLMTKTHIVVTGSDGSIEWLALPTQSGGSLEV
LLNFLFKVARTPISYGMLRSERTVDLTAPSDQISTPSNVPP

mRNA from alignment at Scaffold_242:489700..498168-

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft569_5a-0001 ID=EsuBft569_5a-0001|Name=EsuBft569_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=8469bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:489700..498168- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTATTGCGAGGTACCCTGCACGGTGGCACCGATCTCCGGTACACCGA
TGTGGCTTTTAGCCGTGATGGAGCACGGGTTGCAGCGTTCGGAAATCGCA
CGGACCACTTGGCAACAGTGTGGAATGTGAAGAAGGCTTCGGCAGATGAA
GAAGAGCTCACAGGAGAAAAGGTGTATACCTCGCTCCGTTCCTTGCAGTA
CTGGACCACGTGGCAGCATGGTGCTTGGTGGGTGACAACAGACTTCATAC
GAATGTGTTGCGATGCCGGGCCGGTGAGGTAGTTAAGCTTGTTAATGTTG
CTCAGGCCCAGCTGATTCTATGAAATACTGGTAGCAGTTCTGCTGACCGG
TGAGGCCTCCAAATCGATCGTCCCCGTTAGGTCGTCGAAGCCGTTCTTCC
TGGTGATATGTCATTCCTCAGCTTCAACCCGGCTGATTCTGATCAGCTTT
GCATCGGAGGAGCTAGTGGTCTTTATTTCTGGAGGGTGGACAACCTTGTT
GACAATTGGGTAAGAGTTTTGGGCAGTCTTTGTGTAGCCGTAAGTCTTCT
GCGTGTAACAAGTTGAGGGACATTAGCTTCCTCAGCACATTATCTCACCG
TGTGCGCTAAACCACCACTAAAGCATCGAGACCGAAACCTGGAGGGCGGA
CAACCATCGTTCTTGCTTTCGTGGCCCCGCTAGGTAATATCTCCAACCAA
GGCCAAAGCACCTGCTCCGCGAGGCAGGGGCAAGCGGAACCTGCTCGGAG
AAGAGGACGACATCGAGGTCGACGATGTCAACGCGGATCACAATGCGATC
GGTACCGCGGACTGCGTGAACTCGACTGGTGCAAGCGACCAACCCCTCCC
CGACGCGGCAAGTGCCCCTGCAGAAGCCTCGACCTCGTGCAGTCCATCTT
CTTTAGAGAGCAGCCAACCTGAGACAGGAGATGCGGCAGGAGCTATTGCC
GCGGCCGAGATATTCCACCTCGAGAACCTCGTTACCATGGGGGATGGGAA
GCACGACTCCTTCACGTGTCATTGCTGGGGGCTTGAAAGCACGCTCTGGG
CTGTCAATGAACCGGGACAATTGGTGAGGACAGGCGTGTCGCACGTGGCT
GGTCTTCGACGGCGTTGCGCTACCCCTTTCAGCAGACGTGCCGTAGGCAT
ATGGCTCCCAGACATATCATTAGTGTGGTGTCGATAAGGGCAGTGGTCGA
TGTAGGCTGTACACAATATCTGCTTGGGAAATCAGCAGTTCTCCAGGCAA
CGACCTCCCCTGCGCCTGCGCCTTGTTTTCTGTGGACATCGCTAGATTCC
CAGGTCGAGGCTAAACCGTCCACACGGCAAGTTGGAAGTATCACCGGTCG
AACAATACCAACTATTAGGAGGTTACATACGTACCCACACGCACACGACT
ACCTTCCCGTGATCCATAAGTGCAGTTACCGGGAACAAGTTCCCGCCGCT
GACGTTTGTTGTCGTTCGTGAAATCGTTGTCCCCTTTTTGTGTACAGGCA
TGCTTTGATGCCAACACGGGCAAGTATACTTCTTGCGTGACACTCAGCCG
TGCTTCGAACACCTCCGACGGGGGATGGACGGCTGTTGGCCTCCTCATGA
CTAAGACTCACATTGTCGTGACTGGTAGCGACGGCTCGATCGAATGGCTT
GCACTTCCGACCCAGTCAGGGGGGAGCCTCGAGGTACTCTTGAACTTTCT
TTTCAAGGTTGCCAGAACCCCAATAAGTTATGGAATGCTTAGATCGGAGC
GTACAGTTGACCTTACAGCACCCAGCGATCAGATTTCGACCCCGTCAAAT
GTCCCCCCCTAGCCGCTTGACCACTCTGCCGCAACGTGCGTGATAGGGTG
ACTTGACTATCGACGTGAGCATGAAGCTTGAACGTATGGTCACGTCCATG
TTCTGCAAGTTTTACACACTATTGGCCTTTCGTGGGTCTGACTTGGTTCA
TGTGCACTCACTGACCCATATCGACTATTTGCCCGACTTGCCTGTTTGCA
GGTGGAGTTTAGCATCCAGCTGCTGCGTGACGACAGCTCACCCTGCCGCG
CTGTTGCGATGGCGTGCAGTCCTCTGTATGACAAGATGGTGGTGGGCTCA
TCTGGTGGAAGGGACTCAAACGTGTTTTTCCTATGGTGTGCTCTGTCGGA
GAGGGTAGGGGGGGGGGGGGGGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTCCTTC
AACATTCCGTACACTTCTAGACCCTCCTTATCCTTGGATTCTTTCCTCAG
ATTCTGTTCTTCTCTCTCGGCACAAGCAACAGATATCTTCTCCTTGAACC
CCTGTAGACCCTCCGTTTCCAGCGTTTCATCTTCGCGATGTCGAGCCCCT
TCCACACGTGCTCTACAACCTTGACCCATTCCGTGGGTTGTCTACCCCTC
TTTTTGTTTCCCTACTTCGCCTCCCATACAATTCACGGCAACCTCTCCTC
CCCCATCCCGCACATGCGATACTGTAATGTCAGCTTTCCCGTGTCTCTTC
CCGACCGTAGGGATTGGATCCCCAATTCTGCCCTGACGGCTGCATTACTT
GTTGTGCGCTTGGAGCATCCAAGAATGATTTTCGCTGCTTTCATCTGCGC
CGCCTCGAGTTCTTTCACACCCTTTTTATTTCCTTCCCATACTTCTCGGC
GTACTCTAGCGGCGGTACGATGACGCTCTTCAAAACCGTCAATGTGATGC
GTGTATCGAGGTGCCGGTTCGCGAGTATTGGGTGCAGCTTCCCTGCTCGT
GCTTTGCCCTTTTCCGCTACCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCTCAGGGGTGTCCGACATACCGACAAAAT
CATCCGCAAACAGCATTCCTGAAAACGGCGTGTCCGTGTCCCCTGCTTTT
ACTCCCTTCCGGACTGCCTCTACGACTTCCAACAGATCGTTNNNNNNNNN
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AACCTTAGGTAAGCTTGTGCTTACTTTGGACTGTACCCTCCTCATCCTCT
GGGGGGGGTACAGAGGGGACGGGGGCGCATGGCCTCTATTTTTCAGGGGG
GGTTCGGGTACTGGTTGGGGGTCGGTTCTATGTGTACTGCATCCTCGAAT
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AACTCGTGGGGGTGTCAGTATGTAGCTATCCCCACGCAGCGCGTCTATGT
GTCTGGCAAACTCAAAAACCAATCCATCTGTGAGGTTTCAGTATGCAGCT
ATCTTCACTCAACACGTCTATGTAACCGGCAATCTCCAATACAAATCACC
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ACTCAACCCGTCTATGTGTCTGGCAAACTCAACAACCAATGCATCTGTGA
GGTTTCAGTATGCAGCTATCTTCACTCAACACGTCTATGTAACCGGCAAT
CTCCAATACAAATCACCTGTGATGTTCAATATGTGTCTATCCTCATTCAA
GGCGTCTATGTGTCCGGCACTATCCAACATCACTCAACCCGTGGGGTTTC
AATATGCACCTATCCCCACTCAACCCGTCTATGTGTCTGGCAATCTCAAA
CTTCACTCAACCCGCGGGGTTTCAGTATACACCTATTCACTCAACACATC
TATGTGTCCGGCAATCTCCTAGGTTTCCGTAAGCAATCCTCACTCCACGC
ATCCATGCGTCACGCGTCTTTGGTAGCGCATACTATGGGGGCTATATTTG
GGGTGGCGTGTTTTACAGCGCTTTGCCAACAGCGCCAACCCACTNNNNNN
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_242:489700..498168-

>EsuBft569_5a-0001 ID=EsuBft569_5a-0001|Name=EsuBft569_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=876bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:489700..498168- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTATTGCGAGGTACCCTGCACGGTGGCACCGATCTCCGGTACACCGA
TGTGGCTTTTAGCCGTGATGGAGCACGGGTTGCAGCGTTCGGAAATCGCA
CGGACCACTTGGCAACAGTGTGGAATGTGAAGAAGGCTTCGGCAGATGAA
GAAGAGCTCACAGGAGAAAAGGTAATATCTCCAACCAAGGCCAAAGCACC
TGCTCCGCGAGGCAGGGGCAAGCGGAACCTGCTCGGAGAAGAGGACGACA
TCGAGGTCGACGATGTCAACGCGGATCACAATGCGATCGGTACCGCGGAC
TGCGTGAACTCGACTGGTGCAAGCGACCAACCCCTCCCCGACGCGGCAAG
TGCCCCTGCAGAAGCCTCGACCTCGTGCAGTCCATCTTCTTTAGAGAGCA
GCCAACCTGAGACAGGAGATGCGGCAGGAGCTATTGCCGCGGCCGAGATA
TTCCACCTCGAGAACCTCGTTACCATGGGGGATGGGAAGCACGACTCCTT
CACGTGTCATTGCTGGGGGCTTGAAAGCACGCTCTGGGCTGTCAATGAAC
CGGGACAATTGGCATGCTTTGATGCCAACACGGGCAAGTATACTTCTTGC
GTGACACTCAGCCGTGCTTCGAACACCTCCGACGGGGGATGGACGGCTGT
TGGCCTCCTCATGACTAAGACTCACATTGTCGTGACTGGTAGCGACGGCT
CGATCGAATGGCTTGCACTTCCGACCCAGTCAGGGGGGAGCCTCGAGGTA
CTCTTGAACTTTCTTTTCAAGGTTGCCAGAACCCCAATAAGTTATGGAAT
GCTTAGATCGGAGCGTACAGTTGACCTTACAGCACCCAGCGATCAGATTT
CGACCCCGTCAAATGTCCCCCCCTAG