EsuBft3787_2a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview
NameEsuBft3787_2a-0001
Unique NameEsuBft3787_2a-0001
TypemRNA
OrganismEctocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
Alignments
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
Scaffold_255contigScaffold_255:36310..40253 -
Analyses
This mRNA is derived from or has results from the following analyses
Analysis NameDate Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b2020-06-19
Properties
Property NameValue
ProteomeIdEsuBft3787_2
Protein domainsSignalP-TM
Ownerapollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon1
Length394
Date last modified2016-06-15
Date creation2016-06-15
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft3787_2aEsuBft3787_2aEctocarpus subulatus male Bft15bgeneScaffold_255 36310..40253 -


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft3787_2a-0001-exonEsuBft3787_2a-0001-exonEctocarpus subulatus male Bft15bexonScaffold_255 36310..40253 -


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft3787_2a-0001-exonagat-three_prime_utr-14419Ectocarpus subulatus male Bft15bthree_prime_UTRScaffold_255 36310..40103 -


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft3787_2a-0001-cdsEsuBft3787_2a-0001-cdsEctocarpus subulatus male Bft15bCDSScaffold_255 40104..40253 -


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameSpeciesTypePosition
EsuBft3787_2a-0001EsuBft3787_2Ectocarpus subulatus male Bft15bpolypeptideScaffold_255 40104..40253 -


Sequences
The following sequences are available for this feature:

spliced messenger RNA

>EsuBft3787_2a-0001 ID=EsuBft3787_2a-0001|Name=EsuBft3787_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3944bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_255:36310..40253- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AGTGTTGGTGGCGGCAGCGCCTCCCGTGGTAACATGAGTGTTCCCCGAGA
TGCCAGGCAGCAGCACTATCTTGCTGGAGAGCAAGCCTCCACCGCCTACG
GCGGCACCGAGAGAGCCCGTCTGCTGGAATTTCGCCGGGGTTTTGGTCTG
CCGGCCACGCTGGGTGGTCGTGATATCCATGTCGGTGTCCATGATGTCGT
GTTTTCCGCGGTTTGTGTTGTGTCGTCTGTGTTGTCTCGAACTGAGCGCT
ACAACTCACGGACGGCGTCATTTTTTTTGACACAAGTTGCACAAGTCTAC
GTCACACGTTTAAAATGACTGCACACAGGTTCCAAGTTTTTGAAAGACAA
CTGTCGAAAATTTTGACAAAAAAGTCGGTCCGTTTAAAACGGTCCTTAAC
CTGGCAAACGGTGTGAAGTATGTGGGACGCATAGTAGATAGCCCGTATGC
ACGCTTTGCGGGACATCTTGGAACCGGGGATAGACTGGGTAGACTAGAGC
ACTTGATCTTGACTGGACCCAGTTCGCCGTGTTTGAGCTGGGGACGCTAC
CGCGAGACCTGCCTGAGGGCCACAGACCTGGTACTCTGACTCACTGGCGA
CAGAGAGAGAATTTCTGGATTGATTGCGCGCATGGATGTTGTCAAGAACG
GTTACAATACCAAGAGGGAGATCGCCTGCTCCCCAAGCCCTGGTCTGCCC
ACGCATGTTTTTTTTTTATTTTTCTCAATATGACACAACGAACGAGTCCA
TCTCTATTATAGAAAAGAGTCAGAGACAGATTAACAATGGAATCATAGCG
TCAGAGAAAACTACCCGTATGTCTACGATTTCCCAGACAGCATATAGGGA
CATCTCCCCTGTGGGTAACAGGCTCAACAAATCAGTTTGGTAGCTGTCTT
GTGTGTCTCATATATGTTATGTTGGGAAGGTGCAGACGAAAGGTGTTGGG
TACTGTTGGGTAGTCGGGCGTTTTGTGTGTCGCACCCTATTAGTTGTAGG
ACATGCAATCTCCATCAGTTTACAAACATATTCTCAGTTTGGTATGCATA
TGTGCGGAGTATGTGCGGCTGATGTGCCATCTCTATCATAGAAA
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protein sequence of EsuBft3787_2a-0001

>EsuBft3787_2 ID=EsuBft3787_2|Name=EsuBft3787_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=50bp
MXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
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mRNA from alignment at Scaffold_255:36310..40253-

Legend: exonpolypeptideCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>EsuBft3787_2a-0001 ID=EsuBft3787_2a-0001|Name=EsuBft3787_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=3944bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_255:36310..40253- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AGTGTTGGTGGCGGCAGCGCCTCCCGTGGTAACATGAGTGTTCCCCGAGA
TGCCAGGCAGCAGCACTATCTTGCTGGAGAGCAAGCCTCCACCGCCTACG
GCGGCACCGAGAGAGCCCGTCTGCTGGAATTTCGCCGGGGTTTTGGTCTG
CCGGCCACGCTGGGTGGTCGTGATATCCATGTCGGTGTCCATGATGTCGT
GTTTTCCGCGGTTTGTGTTGTGTCGTCTGTGTTGTCTCGAACTGAGCGCT
ACAACTCACGGACGGCGTCATTTTTTTTGACACAAGTTGCACAAGTCTAC
GTCACACGTTTAAAATGACTGCACACAGGTTCCAAGTTTTTGAAAGACAA
CTGTCGAAAATTTTGACAAAAAAGTCGGTCCGTTTAAAACGGTCCTTAAC
CTGGCAAACGGTGTGAAGTATGTGGGACGCATAGTAGATAGCCCGTATGC
ACGCTTTGCGGGACATCTTGGAACCGGGGATAGACTGGGTAGACTAGAGC
ACTTGATCTTGACTGGACCCAGTTCGCCGTGTTTGAGCTGGGGACGCTAC
CGCGAGACCTGCCTGAGGGCCACAGACCTGGTACTCTGACTCACTGGCGA
CAGAGAGAGAATTTCTGGATTGATTGCGCGCATGGATGTTGTCAAGAACG
GTTACAATACCAAGAGGGAGATCGCCTGCTCCCCAAGCCCTGGTCTGCCC
ACGCATGTTTTTTTTTTATTTTTCTCAATATGACACAACGAACGAGTCCA
TCTCTATTATAGAAAAGAGTCAGAGACAGATTAACAATGGAATCATAGCG
TCAGAGAAAACTACCCGTATGTCTACGATTTCCCAGACAGCATATAGGGA
CATCTCCCCTGTGGGTAACAGGCTCAACAAATCAGTTTGGTAGCTGTCTT
GTGTGTCTCATATATGTTATGTTGGGAAGGTGCAGACGAAAGGTGTTGGG
TACTGTTGGGTAGTCGGGCGTTTTGTGTGTCGCACCCTATTAGTTGTAGG
ACATGCAATCTCCATCAGTTTACAAACATATTCTCAGTTTGGTATGCATA
TGTGCGGAGTATGTGCGGCTGATGTGCCATCTCTATCATAGAAA
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Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_255:36310..40253-

>EsuBft3787_2a-0001 ID=EsuBft3787_2a-0001|Name=EsuBft3787_2a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=150bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_255:36310..40253- (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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