EsuBft2982_5a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft2982_5a-0001
Unique Name	EsuBft2982_5a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_630	contig	Scaffold_630:1320853..1331790 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
ProteomeId	EsuBft2982_5
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Nb exon	3
Length	962
Hectar predicted targeting category	other localisation
Date last modified	2016-06-13
Date creation	2016-06-13

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2982_5a	EsuBft2982_5a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_630 1320853..1331790 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2982_5a-0001	EsuBft2982_5	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_630 1320853..1322424 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-exon-110256	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_630 1320853..1320890 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-exon-110253	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_630 1320991..1321150 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-exon-110254	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_630 1321924..1322904 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	EsuBft2982_5a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_630 1323266..1330421 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-exon-110255	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_630 1330506..1331790 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2982_5a-0001-cds	EsuBft2982_5a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_630 1320853..1320890 +

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-11912	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_630 1322425..1322904 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-11913	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_630 1323266..1330421 +
EsuBft2982_5a-0001-exon	agat-three_prime_utr-11914	Ectocarpus subulatus male Bft15b	three_prime_UTR	Scaffold_630 1330506..1331790 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+
coding sequence from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+

spliced messenger RNA

>EsuBft2982_5a-0001 ID=EsuBft2982_5a-0001|Name=EsuBft2982_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=9620bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGACATTCAAAAGCGCTCCCACCCTTGTCCTCTACAGGATCTTCAAGGA
TAAGACGTCCGAAAATTGCAAGGAGCGCTACGACAAGATCGTTGACGACC
AGAGCAAGAGCGATGGTAAAGCCCAGCGGGACTCCGGAGCCGGCACTGCT
GAGAGTGGTTCGGAGGACGAGGGAGAGAAGAATACCAAGATCCAGCTGAA
AAAAGTTCTGACAGCGATAGTGGACGCGAAGGCTGCAGCGAGGCAGGACT
CGGAAGAGACCAAGCAAAAGAAAGCCGATGAGGCGGCCCCGCACTCCGCG
ACGGGGACGTGGGCCATCAACCAGGGCAACGCCCGATGCGGCCCGGGCGC
GAAGGCTACATCATTCGAAGAAGCTGTTGCCGCCGACAACATCGCGTTGG
GTTCCCGCTCCGGTGCAGCGGCCGGTGGCCGTGCCAGCGGTCGGGTGAGT
CCGGCCAGCAGCATCGGGGGGCCCGCGTCGGAGGCTTCGGCGGGTGGCGC
TGCCAGCGGTCAATCGAGCCCGACCATGAGTACGGGTGGGATAGACGACG
ACTTAACGCCCGCGGGGAGCGGGCCATCGAGAAAGGTTCCGCCGCTTGGC
GAATTGGTGAAGCACATGGGGTCGCTGAGCATTCCGACGCTTGCGCAAAG
TGCCGGGGTCACCACGGAGGAGGCGGACTACCGTAAGGTTGCGGGTTAGC
GCACGGTCCGGGGTTTCCGCACGGTCCGGAGTCGTCGCACAGGGGCGCGA
TGAAAATTAAATGGCATAAATATTTAATTCGATTTACGCACAGGGTCCGA
CGTTACCGCACAGGGTGCGATGACTCGCAACCTACAGTAGGGAAGTAGTG
GAGTGCGAACGATTTTGGGGCAACTTCACCCGTGCAATTATGCCAGTGCT
GGCCATGGCAACTTGCACCCCTGCAACCATGCCAGTGCTGGCCATCGCAA
CTTTTACCTCTGCAACCATGCCATTGCTGGCCAATGGCAACTTTCACCCC
TGCAACCATGCCAGTGCTGGCATGTACCTCTGCTGTATGAGTAGGTAGGT
CATCGTCGCATAGTGTGAAGGAAATGAAACACATGGAAATTTCCATGGGA
TCGGTAAACTTGAGCATTGTCCATTCAACCAAAACACCAGAAGAAAAGGA
GCAGCCATCAGCCAAAACAACTAACAGCAGGCAACACCACACACGCCCCC
GGTCTACTCCTTACGATCAGTATAAACATCAGCCACCCAACAGAGACACA
TAAACTCTGTCTGCCCCCCACACCGGCTTGTTCATACTGAAACCACGAGA
GAACCCCACAAGGCCCATCAACATTAGTATTGCCATTTGGCGAAACACCC
GGGCCACCAAAGAAAAACCCATTTCTCGTCTCTCGCTACTCTCTGTTCCC
ACTGCAGAAAAATACGCATGAACCCGGACACCAGGACACCCACATATAAG
CCATATTATATGTATGCGTATCCACTTATCAATCAGACTCGTCACGCACG
TAACGGGGAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNCCGTTTTTTGAGCATATCTCTGCAACCACTGACCGGATTTCGCCCC
CAAAACGCTTGGGTGATAGCCACGAGTCATATCTACCCAACGCAATTGGT
TTGGCGCCAATCAGAGCTCTGTGGGCTGAGATATTGGCGGTGTCGTAAAT
AAGAATTACTACACCGGTGTCGTAAATAGAATTACCCCAAAACAAACATC
AATCAATATTCCTACGCTAGCTGAAACAGCTGTGCTCTCCCGCGACATCT
GGCCTACAATTCGAACTACAAGGAACGACGTTGATACGATCAAAACACGG
TAGCGTCTGTTGAGGGGAGGTCGTCAGAGACATGCACGTTCACTAACATC
AGGTTATTATAGCCACATTGGATGCCCTCCCATATTGTGCGACCACACAC
AAGAAAACTCAAATTGCTACCAGTATCCTCTGCTACAGGTATCAACCGAA
TTTTTCGGTCTCAGCGGGGGTCTTCTCTCCGTTGCCAAGGGGACTCCGGC
TCCTCCCACCCACCCGCAAAAACCCCTGCTGCTGCTCGCCACCCTGGTAA
GCGCGCCGACTACAACGACAAATGCCCACGCTGCCCCCCCTACATCTGGA
AGCGCGTTGGCGGAGATCTGTGATGACTGTGCAGCTCCCCCCTTCATCTG
GAGAACCGCCCAACCGAAAAGCCCAGCGCTGCCCCTCCTATATCTGGAGG
CGCGCAGGTGAAGAAATGCCGCCCTCCCCTTCATCTGGAGAGCATTAACC
GGCGTTGCCCCCCCTACAGCTGGAGGCGCGCCGGTGAAGAAAAGTTGCGC
TCCCCTACATCTGGAGAGCGTGGACCCGCGTCGTCCCCCCTACATATGGG
GACGCGCCGGTGAAGAACTGCTGCCCTCCCCTGCATCTGGAAAGCGTTGA
CCTGCGCCGCCCCCCCTACATCTGGGGGCGCGCTGGAACTACTTTCCCCC
ACGTCTGGGGTGCGTCGGCTGGCGCTGCCCCCGCTACATCTGGAGGCGCG
CTGTTGTGTAGCCACTGCTGTACGTCCCTCCCCTACATCTGGAGGGCGTA
TACTGAGGCCTTCCTCACTTTTTTCTGGGGAGAACACCTGTGAGATATAT
GCGCTACCCCCCCCACATCTGGGGGTGCGTGTCGGGACCCTCCCCTACAT
CTGGAGGGCGTATACTGAGGCCTTCCTCACTTTTTTCTGGGGAGAACACC
TGTGAGATATATGCGCTACCCCCCCCACATCTGGGGGTGCGTGTCGGGAC
CCTCCCCTACATCTGGAGAGCAAACCTACGAAATTTTTCGCTACCCCCCC
TACATCTGGGAGTGCGTGTCGGTGTCAGTGCCTTCCCGTACATCTGGAAA
GCACAGGCTTCAAGAACTCAAGTCGCCCCCCCTACATCTGGGGGCGTGGA
GTGTTGGGGCTTGATATAGTGGGTTTCCCACCTTACAAGGCCTCACGCTC
ATCTAGCTTATCCTCCGGGAATAAGACCGCCGCCAAAAACGCTTGTGGGT
ACATCATCGAATGAAGATAAACTACAGTTGTTGCTCAACAAAATACTCAC
ACTCAAGAATGGAAACACCCGAACCGCGAATCACCTTTCGAAAACATCAT
CATTGGCTGTATCATCGTAAGCGAAACTACAGACGCTCTACGAACACCAA
ATCAGAAATAGAAACGCCTGAACTGCGAGTCCCCTTCATGAACTTTCGGT
ATCATTCGTCACAGGCAAGGTCACTCAAGGAATCACTCACGAATCAACCA
GAAATGAAGTGTCCGCGGCAACGCCGCGCTGTTGTTAGCCCTCTTTCACA
AACACAGCAGTATTGCGCGGTTTCGCTCCTCTGCGACAAATTGGCATTCA
CCAGGATCGCCATGAATGCAATACTCCAGCTTTCTCGGACCAAGTACTTT
CCCCGCGATCAACAGGCTCGGGTGTTGTGCCGCCGGCTCAGCGACCATGG
GTAGGGCAACCCGGGAACGATTTATATTCATCTCGCGCGAAGCGCGAAAA
AAATAGGAAGAGGCGTATTCGAATGACGCGTCCTATCGTTGTCTTAAAGC
TTGACAGAAGGAAGCCATGTGTGGTTATTCAGTGCCAGAGGTTGCGGGTT
CAATCCCCCTCAACGCCAACCTTTGTTTGCAGCTTCCTTTTTTTCCCGAT
TTTTCTTCACGATGGGAGGGCCGTCACCTCCTATTGGCGGTAAGTTAGCG
AGTAAACCACCGTTTACGCG

protein sequence of EsuBft2982_5a-0001

>EsuBft2982_5 ID=EsuBft2982_5|Name=EsuBft2982_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=232bp
MTFKSAPTLVLYRIFKDKTSENCKERYDKIVDDQSKSDGKAQRDSGAGTA
ESGSEDEGEKNTKIQLKKVLTAIVDAKAAARQDSEETKQKKADEAAPHSA
TGTWAINQGNARCGPGAKATSFEEAVAADNIALGSRSGAAAGGRASGRVS
PASSIGGPASEASAGGAASGQSSPTMSTGGIDDDLTPAGSGPSRKVPPLG
ELVKHMGSLSIPTLAQSAGVTTEEADYRKVAG

mRNA from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft2982_5a-0001 ID=EsuBft2982_5a-0001|Name=EsuBft2982_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=10938bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACATTCAAAAGCGCTCCCACCCTTGTCCTCTACAGGTCTGCAGGATG
AAGTGTGGAAATTGAATGGGAGCGTGCGTTCGGTCGGCGAAAGGTTGGAC
GCCTGCTGGAAGACCCTCAACCAGGAGCCCTTGGTCAGGATCTTCAAGGA
TAAGACGTCCGAAAATTGCAAGGAGCGCTACGACAAGATCGTTGACGACC
AGAGCAAGAGCGATGGTAAAGCCCAGCGGGACTCCGGAGCCGGCACTGCT
GAGAGTGGTTCGGAGGACGAGGGAGAGAAGAATACCAAGATCCAGCTGGT
GAGGGGTCCAGAGCCATTAAGCTATCTCTACCTTTTGTGACGGGCGCAAG
CCCGCGTGTACACGATCATGGCACAGTCTAAACAAGACGGGCACGAATGT
CTGCACATGGAGAATCCACAGAGTATCGTGAAACACCTGCGCTGCCCCGA
CCGAAAAATGCCTGCCGTCGTCGCCAACGTTACACTTGAAGATAAGAGGG
GTACGCACAGGGTTAGCTGTAAGTCCAACTTACATGCGCATGACAAAAGG
AAGACAGAAGTAGATGGANCCTGAGTGTACACGATCATGGCACAGTCGAA
ACAAGACGGGCACGAAGAGCTGCACATGGAGAATCCACAATCCATAGAGT
ATCGTGAAACACCTGCGCTGTCCCGACCGAAGAAAATGCCTGCCGTCCTC
ACCAACGTTACACTTGCAGATAAGAGGGGTACGCACAGGGCTAGCCGTAA
GCAACTGAAAATGCGCAGCATGACAAAAGAAAGACAGAAGTAGATAGACA
GCACAAAAGCCCGAGTGCTACACGCCAGGCGACGCAAAACGTGCAGAGAG
TTAGCTTGCTGAGACGGTCCTTCACCCACAAAATCAAACCAGCGTCGAAG
TTTGCACTCCCACTCTGTATTGTTTGGGGGCGTGACGTAGCAGTGTTGAC
ACGGATGTACAAAACAGACGATGCATATAGCTATCGCCGACGCTGGTAAT
ACAACTTGTAAGTCGTACAGCTGACGACCTGCTGCGCCGCTGTTGCTTCT
TGTCCGCGATGTGCTGCACAGAAAAAAGTTCTGACAGCGATAGTGGACGC
GAAGGCTGCAGCGAGGCAGGACTCGGAAGAGACCAAGCAAAAGAAAGCCG
ATGAGGCGGCCCCGCACTCCGCGACGGGGACGTGGGCCATCAACCAGGGC
AACGCCCGATGCGGCCCGGGCGCGAAGGCTACATCATTCGAAGAAGCTGT
TGCCGCCGACAACATCGCGTTGGGTTCCCGCTCCGGTGCAGCGGCCGGTG
GCCGTGCCAGCGGTCGGGTGAGTCCGGCCAGCAGCATCGGGGGGCCCGCG
TCGGAGGCTTCGGCGGGTGGCGCTGCCAGCGGTCAATCGAGCCCGACCAT
GAGTACGGGTGGGATAGACGACGACTTAACGCCCGCGGGGAGCGGGCCAT
CGAGAAAGGTTCCGCCGCTTGGCGAATTGGTGAAGCACATGGGGTCGCTG
AGCATTCCGACGCTTGCGCAAAGTGCCGGGGTCACCACGGAGGAGGCGGA
CTACCGTAAGGTTGCGGGTTAGCGCACGGTCCGGGGTTTCCGCACGGTCC
GGAGTCGTCGCACAGGGGCGCGATGAAAATTAAATGGCATAAATATTTAA
TTCGATTTACGCACAGGGTCCGACGTTACCGCACAGGGTGCGATGACTCG
CAACCTACAGTAGGGAAGTAGTGGAGTGCGAACGATTTTGGGGCAACTTC
ACCCGTGCAATTATGCCAGTGCTGGCCATGGCAACTTGCACCCCTGCAAC
CATGCCAGTGCTGGCCATCGCAACTTTTACCTCTGCAACCATGCCATTGC
TGGCCAATGGCAACTTTCACCCCTGCAACCATGCCAGTGCTGGCATGTAC
CTCTGCTGTATGAGTAGGTAGGTCATCGTCGCATAGTGTGAAGGAAATGA
AACACATGGAAATTTCCATGGGATCGGTAAACTTGAGCATTGTCCATTCA
ACCAAAACACCAGAAGAAAAGGAGCAGCCATCAGCCAAAACAACTAACAG
CAGTAAGTACCATGGAACAGCACCATGGAACAGCAGCACTATTGTACCTT
GAGTAATTCTATTTACGACACCGGTGTCGTAATTCTTATTTACGACACCG
CCAATATCTCAGCCCACAGAGCTCTGATTGGCGCCAAACCAATTGCGTTG
GGTAGATATGACTCGTGGCTATCACCCAAGCGTTTTGGGGGCGAAATCCG
GTCAGTGGTTGCAGAGATATGCTCAAAAAACGGGATGATGCTGCTGTGCC
TCTTTTCTGAGTATATCTCTGCGTTTTCTCGATGCTTTCGAAATTTGTCA
TTATTATTTTGCGTACCCCCTTTGCTCGCCAAGGGGGAGGGGAAAAGAGC
GGAGACCAGGCAGGGCAACACCACACACGCCCCCGGTCTACTCCTTACGA
TCAGTATAAACATCAGCCACCCAACAGAGACACATAAACTCTGTCTGCCC
CCCACACCGGCTTGTTCATACTGAAACCACGAGAGAACCCCACAAGGCCC
ATCAACATTAGTATTGCCATTTGGCGAAACACCCGGGCCACCAAAGAAAA
ACCCATTTCTCGTCTCTCGCTACTCTCTGTTCCCACTGCAGAAAAATACG
CATGAACCCGGACACCAGGACACCCACATATAAGCCATATTATATGTATG
CGTATCCACTTATCAATCAGACTCGTCACGCACGTAACGGGGAAGNNNNN
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CTTCCTTTTTTTCCCGATTTTTCTTCACGATGGGAGGGCCGTCACCTCCT
ATTGGCGGTAAGTTAGCGAGTAAACCACCGTTTACGCG

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+

>EsuBft2982_5a-0001 ID=EsuBft2982_5a-0001|Name=EsuBft2982_5a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=699bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_630:1320853..1331790+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGACATTCAAAAGCGCTCCCACCCTTGTCCTCTACAGGATCTTCAAGGA
TAAGACGTCCGAAAATTGCAAGGAGCGCTACGACAAGATCGTTGACGACC
AGAGCAAGAGCGATGGTAAAGCCCAGCGGGACTCCGGAGCCGGCACTGCT
GAGAGTGGTTCGGAGGACGAGGGAGAGAAGAATACCAAGATCCAGCTGAA
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