EsuBft2178_4a-0001 (mRNA) Ectocarpus subulatus male Bft15b

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Overview


Name	EsuBft2178_4a-0001
Unique Name	EsuBft2178_4a-0001
Type	mRNA
Organism	Ectocarpus subulatus male Bft15b (Ectocarpus subulatus male Bft15b)

Alignments

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
Scaffold_242	contig	Scaffold_242:1011434..1021965 +

Analyses

This mRNA is derived from or has results from the following analyses


Analysis Name	Date Performed
OGS1.0 of Ectocarpus subulatus male Bft15b	2020-06-19

Properties


Property Name	Value
Seed ortholog	8128.ENSONIP00000026263
ProteomeId	EsuBft2178_4
Protein domains	SSF56672
Protein domains	Coil
Owner	apollo_admin@sb-roscoff.fr
Note	retrovirus-related pol polyprotein from transposon 297 os:drosophila melanogaster gn:pol pe:3 s [Automatic annotation]
Nb exon	3
Max annot lvl	33208\|Metazoa
Length	1824
Evalue	3.72e-36
EggNOG OGs	COG2801@1\|root,KOG0017@2759\|Eukaryota,38F42@33154\|Opisthokonta,3BA5H@33208\|Metazoa,3CZSS@33213\|Bilateria,48AQP@7711\|Chordata,48YUZ@7742\|Vertebrata
Date last modified	2016-06-14
Date creation	2016-06-14
Description	K02A2.6-like
COG category	L

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2178_4a	EsuBft2178_4a	Ectocarpus subulatus male Bft15b	gene	Scaffold_242 1011434..1021965 +

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2178_4a-0001-exon	agat-exon-87025	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 1011434..1011948 +
EsuBft2178_4a-0001-exon	agat-exon-87024	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 1012131..1012575 +
EsuBft2178_4a-0001-exon	EsuBft2178_4a-0001-exon	Ectocarpus subulatus male Bft15b	exon	Scaffold_242 1021102..1021965 +

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2178_4a-0001-cds	EsuBft2178_4a-0001-cds	Ectocarpus subulatus male Bft15b	CDS	Scaffold_242 1011434..1011948 +

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Species	Type	Position
EsuBft2178_4a-0001	EsuBft2178_4	Ectocarpus subulatus male Bft15b	polypeptide	Scaffold_242 1011434..1021965 +

Sequences

The following sequences are available for this feature:

mRNA - spliced transcript sequence
protein sequence
mRNA from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+
coding sequence from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+

spliced messenger RNA

>EsuBft2178_4a-0001 ID=EsuBft2178_4a-0001|Name=EsuBft2178_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=1824bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)|Notes=Excludes all bases but those of type(s): exon.  
ATGGTAAACAAGACCGCGCAAGGGGGGGATACAGAGGTAGCAACTTCGCG
AGGTGTGAACGGTGGATTAGTCAGCAGTGGGAAGGGAAAAAGGGAAGTTC
TAGCAGGACACTACAAGAGACTTGGAGTGCCCTCGGAGAATGAAGCTTTT
GACCAAGCGTTTAAGAAGGAGGTGGACGCATGGGCCCAAAAAGAAGAAGA
GACATCGAAGGCAGACGTTGGGAACGTAGAACTAGAAAAGGAGTTCACTG
AGGACGAGGTTGAGGCGTGTGTGAACAAGCTGAAGTGCCACAAAGCAGCA
GGAGCGGATGGGATAGTCAACGAGTTCATGAAGTTTGGGGGGAAGGGGAT
GATCCAGCTGATGGTACTGCTATGCAATTGGGTGTGGAAAAACGAGTGTT
CGCCAAGTAGATGGAGGGAAGGAGCAGTTGTGAACTTGTTGAAGAAAGGA
GACAAGACTGACCCGGGAAACTACAGGGGGGATCACACTGTTGAACACAG
CAGGAAAAGTGTTCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNTACGACACCGTATGGAGAAATGGGCTGTGGAAAC
AACTGTCCAAATACGGGGTCAAGGGGAAAATGTGGAGAGTGCTCTAGAAG
ATGACGAGTGTACGAAAAGCGCGGTCATGCTAGACGGAGAACTGTCGAAA
TTCTTCGACATTGAGCAGGGGGTCCCACAAGGTTGCACGCTGTCCCCAAC
ATTGTTCCAGGGCGCCAACGCAAGTCCGTCTTGGTTCGTCAAGGTATNGT
ACAACCTCAAACTGTCAGGGAAGGCTCGCGTCGGCGCCACGCACGCCAAC
TTTCTCGGTCACACCATCTCTCCGGCAGGTGTTAGCCCTGATGGCGTCAA
GGTTAGGGCGCTCACGCACATGCCGCCACCGACGAATGTTAGGGCGCTTC
GGAGCCTTCTCGGTGGACTCAGTTACTACCGGAAATTCCTCAAGAATGTC
GCCACCGAGGTGCGGCCTCTCAACTCTCTTCTCAAACAAGGCGTCCCCTT
CAAGTACACCCCGGGCACGGTCAAGGTTGTCAAAACGTTGTTAAGCGAAC
TCGCTCGCCCCCTGATTTTGGTCTTCCCGGATTGGGCAGCGATCGAGGAC
AACAGCCGTCCTCTTCGTTTGTGTTCCGACGCGTGTATCGACGGTTTTGG
CGCCTCCTTGGAACACGAACAGCTCGATGGCTCGGTGAAAACCATCGTGT
ACATCAGCCGCGCTGCTCTTCCTGCGGAGCGTAACTGGACCGTTTTGATT
CTGGAGGCTGGTGGCATTGTTTGGGCCATCAAACACCTTTGCGGTTATCT
GTGGTCGACCAAGTTCATCATCTATTCGGACCACAAAGCCTTGGAGAGCA
TTGGCAAGGTTGGGGAACACAACGCTAGGGTGCAACGATGGCTGGAATTC
CTGTCCAACTTCACCTACACCCGGAAATATCGGAAAGCTTCGGCAAACGG
CAACGCGGATTTTCTCTCGCGGTTGCCTTTACCAGCACAAGACACGGACA
AAACCGGCCCCGACTGCATTGATGGTGTCGATCAAGCGGGTGTTTTCCTC
ATTTGGGCTTGCGGGCGCAACTAA

protein sequence of EsuBft2178_4a-0001

>EsuBft2178_4 ID=EsuBft2178_4|Name=EsuBft2178_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=polypeptide|length=607bp
MVNKTAQGGDTEVATSRGVNGGLVSSGKGKREVLAGHYKRLGVPSENEAF
DQAFKKEVDAWAQKEEETSKADVGNVELEKEFTEDEVEACVNKLKCHKAA
GADGIVNEFMKFGGKGMIQLMVLLCNWVWKNECSPSRWREGAVVNLLKKG
DKTDPGNYRGDHTVEHSRKSVLXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
XXXXXXRHRMEKWAVETTVQIRGQGENVESALEDDECTKSAVMLDGELSK
FFDIEQGVPQGCTLSPTLFQGANASPSWFVKVXYNLKLSGKARVGATHAN
FLGHTISPAGVSPDGVKVRALTHMPPPTNVRALRSLLGGLSYYRKFLKNV
ATEVRPLNSLLKQGVPFKYTPGTVKVVKTLLSELARPLILVFPDWAAIED
NSRPLRLCSDACIDGFGASLEHEQLDGSVKTIVYISRAALPAERNWTVLI
LEAGGIVWAIKHLCGYLWSTKFIIYSDHKALESIGKVGEHNARVQRWLEF
LSNFTYTRKYRKASANGNADFLSRLPLPAQDTDKTGPDCIDGVDQAGVFL
IWACGRN

mRNA from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+

Legend: exonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>EsuBft2178_4a-0001 ID=EsuBft2178_4a-0001|Name=EsuBft2178_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=mRNA|length=10532bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTAAACAAGACCGCGCAAGGGGGGGATACAGAGGTAGCAACTTCGCG
AGGTGTGAACGGTGGATTAGTCAGCAGTGGGAAGGGAAAAAGGGAAGTTC
TAGCAGGACACTACAAGAGACTTGGAGTGCCCTCGGAGAATGAAGCTTTT
GACCAAGCGTTTAAGAAGGAGGTGGACGCATGGGCCCAAAAAGAAGAAGA
GACATCGAAGGCAGACGTTGGGAACGTAGAACTAGAAAAGGAGTTCACTG
AGGACGAGGTTGAGGCGTGTGTGAACAAGCTGAAGTGCCACAAAGCAGCA
GGAGCGGATGGGATAGTCAACGAGTTCATGAAGTTTGGGGGGAAGGGGAT
GATCCAGCTGATGGTACTGCTATGCAATTGGGTGTGGAAAAACGAGTGTT
CGCCAAGTAGATGGAGGGAAGGAGCAGTTGTGAACTTGTTGAAGAAAGGA
GACAAGACTGACCCGGGAAACTACAGGGGGGATCACACTGTTGAACACAG
CAGGAAAAGTGTTCTGTAAGCTGCTGAACGATAGGATAAGGGGAGTATTG
GAGAAGGAACATAGCATTAGTGAGGGCCAGGCAGGTTCCCGAAAGAAGGG
GAGTTGCGTAGACCACGTGTTCACGGTAGGGAGAACCATCCACGGTAGAA
AGAGGGCGGGAAAGCCGACGTACCGCTTCCTCCTGGACGTGAAAAAGGNN
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CGACACCGTATGGAGAAATGGGCTGTGGAAACAACTGTCCAAATACGGGG
TCAAGGGGAAAATGTGGAGAGTGCTCTAGAAGATGACGAGTGTACGAAAA
GCGCGGTCATGCTAGACGGAGAACTGTCGAAATTCTTCGACATTGAGCAG
GGGGTCCCACAAGGTTGCACGCTGTCCCCAACATTGTTCCAGGTGTTCAT
CAACGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNCTTCGGATGCCGCAGGGCGCCAACGCAAGTCCGTCTTGGTTCGTCAA
GGTATNGTACAACCTCAAACTGTCAGGGAAGGCTCGCGTCGGCGCCACGC
ACGCCAACTTTCTCGGTCACACCATCTCTCCGGCAGGTGTTAGCCCTGAT
GGCGTCAAGGTTAGGGCGCTCACGCACATGCCGCCACCGACGAATGTTAG
GGCGCTTCGGAGCCTTCTCGGTGGACTCAGTTACTACCGGAAATTCCTCA
AGAATGTCGCCACCGAGGTGCGGCCTCTCAACTCTCTTCTCAAACAAGGC
GTCCCCTTCAAGTACACCCCGGGCACGGTCAAGGTTGTCAAAACGTTGTT
AAGCGAACTCGCTCGCCCCCTGATTTTGGTCTTCCCGGATTGGGCAGCGA
TCGAGGACAACAGCCGTCCTCTTCGTTTGTGTTCCGACGCGTGTATCGAC
GGTTTTGGCGCCTCCTTGGAACACGAACAGCTCGATGGCTCGGTGAAAAC
CATCGTGTACATCAGCCGCGCTGCTCTTCCTGCGGAGCGTAACTGGACCG
TTTTGATTCTGGAGGCTGGTGGCATTGTTTGGGCCATCAAACACCTTTGC
GGTTATCTGTGGTCGACCAAGTTCATCATCTATTCGGACCACAAAGCCTT
GGAGAGCATTGGCAAGGTTGGGGAACACAACGCTAGGGTGCAACGATGGC
TGGAATTCCTGTCCAACTTCACCTACACCCGGAAATATCGGAAAGCTTCG
GCAAACGGCAACGCGGATTTTCTCTCGCGGTTGCCTTTACCAGCACAAGA
CACGGACAAAACCGGCCCCGACTGCATTGATGGTGTCGATCAAGCGGGTG
TTTTCCTCATTTGGGCTTGCGGGCGCAACTAA

Coding sequence (CDS) from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+

>EsuBft2178_4a-0001 ID=EsuBft2178_4a-0001|Name=EsuBft2178_4a-0001|organism=Ectocarpus subulatus male Bft15b|type=CDS|length=1824bp|location=Sequence derived from alignment at Scaffold_242:1011434..1021965+ (Ectocarpus subulatus male Bft15b)
ATGGTAAACAAGACCGCGCAAGGGGGGGATACAGAGGTAGCAACTTCGCG
AGGTGTGAACGGTGGATTAGTCAGCAGTGGGAAGGGAAAAAGGGAAGTTC
TAGCAGGACACTACAAGAGACTTGGAGTGCCCTCGGAGAATGAAGCTTTT
GACCAAGCGTTTAAGAAGGAGGTGGACGCATGGGCCCAAAAAGAAGAAGA
GACATCGAAGGCAGACGTTGGGAACGTAGAACTAGAAAAGGAGTTCACTG
AGGACGAGGTTGAGGCGTGTGTGAACAAGCTGAAGTGCCACAAAGCAGCA
GGAGCGGATGGGATAGTCAACGAGTTCATGAAGTTTGGGGGGAAGGGGAT
GATCCAGCTGATGGTACTGCTATGCAATTGGGTGTGGAAAAACGAGTGTT
CGCCAAGTAGATGGAGGGAAGGAGCAGTTGTGAACTTGTTGAAGAAAGGA
GACAAGACTGACCCGGGAAACTACAGGGGGGATCACACTGTTGAACACAG
CAGGAAAAGTGTTCTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNTACGACACCGTATGGAGAAATGGGCTGTGGAAAC
AACTGTCCAAATACGGGGTCAAGGGGAAAATGTGGAGAGTGCTCTAGAAG
ATGACGAGTGTACGAAAAGCGCGGTCATGCTAGACGGAGAACTGTCGAAA
TTCTTCGACATTGAGCAGGGGGTCCCACAAGGTTGCACGCTGTCCCCAAC
ATTGTTCCAGGGCGCCAACGCAAGTCCGTCTTGGTTCGTCAAGGTATNGT
ACAACCTCAAACTGTCAGGGAAGGCTCGCGTCGGCGCCACGCACGCCAAC
TTTCTCGGTCACACCATCTCTCCGGCAGGTGTTAGCCCTGATGGCGTCAA
GGTTAGGGCGCTCACGCACATGCCGCCACCGACGAATGTTAGGGCGCTTC
GGAGCCTTCTCGGTGGACTCAGTTACTACCGGAAATTCCTCAAGAATGTC
GCCACCGAGGTGCGGCCTCTCAACTCTCTTCTCAAACAAGGCGTCCCCTT
CAAGTACACCCCGGGCACGGTCAAGGTTGTCAAAACGTTGTTAAGCGAAC
TCGCTCGCCCCCTGATTTTGGTCTTCCCGGATTGGGCAGCGATCGAGGAC
AACAGCCGTCCTCTTCGTTTGTGTTCCGACGCGTGTATCGACGGTTTTGG
CGCCTCCTTGGAACACGAACAGCTCGATGGCTCGGTGAAAACCATCGTGT
ACATCAGCCGCGCTGCTCTTCCTGCGGAGCGTAACTGGACCGTTTTGATT
CTGGAGGCTGGTGGCATTGTTTGGGCCATCAAACACCTTTGCGGTTATCT
GTGGTCGACCAAGTTCATCATCTATTCGGACCACAAAGCCTTGGAGAGCA
TTGGCAAGGTTGGGGAACACAACGCTAGGGTGCAACGATGGCTGGAATTC
CTGTCCAACTTCACCTACACCCGGAAATATCGGAAAGCTTCGGCAAACGG
CAACGCGGATTTTCTCTCGCGGTTGCCTTTACCAGCACAAGACACGGACA
AAACCGGCCCCGACTGCATTGATGGTGTCGATCAAGCGGGTGTTTTCCTC
ATTTGGGCTTGCGGGCGCAACTAA